vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-23T16:36:20+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2500Prototype pour le responsive2021-11-23T16:36:20+01:00Ghost UserPrototype pour le responsiveTel que discuté mercredi dernierTel que discuté mercredi dernierhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2501segmenteur : l'alignement/send to ne fonctionne pas avec les séquences germin...2017-08-30T12:12:30+02:00Mikaël Salsonsegmenteur : l'alignement/send to ne fonctionne pas avec les séquences germinalesDiscuté avec @aurelBZH : quand les séquences germinales sont dans le segmenteur, l'alignement ou le send to ne prend en compte que les séquences des **clones**.
Il faut modifier les fonctions `sendTo` et `align` de `segmenter.js` (avec ...Discuté avec @aurelBZH : quand les séquences germinales sont dans le segmenteur, l'alignement ou le send to ne prend en compte que les séquences des **clones**.
Il faut modifier les fonctions `sendTo` et `align` de `segmenter.js` (avec certainement de la factorisation à faire).
Est-ce que cela fix #2460 ? (poke @magiraud)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2502segmenteur : update reset toutes les séquences2017-06-13T16:25:05+02:00Mikaël Salsonsegmenteur : update reset toutes les séquencesSur la branche `feature-c/germline-segmenter` lorsqu'on aligne les séquences, elles sont « dés-alignées » dès que `updateElem` est appelée (c'est-à-dire assez rapidement) car les séquences sont résettées.Sur la branche `feature-c/germline-segmenter` lorsqu'on aligne les séquences, elles sont « dés-alignées » dès que `updateElem` est appelée (c'est-à-dire assez rapidement) car les séquences sont résettées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2503Erreur JS avec l'axe 'clone average read length' dans la liste2021-11-08T12:38:58+01:00Ghost UserErreur JS avec l'axe 'clone average read length' dans la listeL'erreur apparaît quand on sélectionne cet axe dans `list_axis_select`
```
Uncaught TypeError: Cannot read property '0' of undefined
at Clone.getAverageReadLength (clone.js:107)
at Object.fct (axes.js:66)
at List.updateElem (...L'erreur apparaît quand on sélectionne cet axe dans `list_axis_select`
```
Uncaught TypeError: Cannot read property '0' of undefined
at Clone.getAverageReadLength (clone.js:107)
at Object.fct (axes.js:66)
at List.updateElem (list.js:495)
at List.update (list.js:353)
at HTMLSelectElement.axis.onchange (list.js:321)
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2504Germlines : Les informations de germlines.js ne sont pas prises en compte pou...2018-04-10T12:49:36+02:00Mikaël SalsonGermlines : Les informations de germlines.js ne sont pas prises en compte pour la couleur et shortcut de l'allèleSur la branche `feature-c/germline-segmenter` on a perdu l'information de locus pour chaque clone (couleur et shortcut consistant en une seule lettre).
Probablement dû à une modification autour de germline/germlineList.Sur la branche `feature-c/germline-segmenter` on a perdu l'information de locus pour chaque clone (couleur et shortcut consistant en une seule lettre).
Probablement dû à une modification autour de germline/germlineList.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2505Le build Vidjil-pkg est cassé2017-09-08T11:22:48+02:00Mikaël SalsonLe build Vidjil-pkg est cassé```
+ ./create-git-version-h.sh
/tmp/hudson3330770862249711213.sh: line 8: ./create-git-version-h.sh: Permission denied
```
/cc @magiraud```
+ ./create-git-version-h.sh
/tmp/hudson3330770862249711213.sh: line 8: ./create-git-version-h.sh: Permission denied
```
/cc @magiraudMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2507Délétions Vleft / Jright : documenter, intégrer, nouvel axe2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudDélétions Vleft / Jright : documenter, intégrer, nouvel axeEn discutant de ~"app-stats" avec @flothoni, on s'est dit qu'on pourrait dès maintenant visualiser dans le ~"client-grid" / ~"client-bar".
- [ ] Documenter dans `doc/format-analysis.org` les champs `delRight` et `delLeft`
- [ ] Faire u...En discutant de ~"app-stats" avec @flothoni, on s'est dit qu'on pourrait dès maintenant visualiser dans le ~"client-grid" / ~"client-bar".
- [ ] Documenter dans `doc/format-analysis.org` les champs `delRight` et `delLeft`
- [ ] Faire une fonction d'accès dans clone.js pour récupére `seg.5.delRight` et `seg.3.delLeft`
- [ ] Créer deux axesWeb 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2510segmenteur: méthodes à implémenter sur l'object "Sequence"2017-08-30T12:11:27+02:00Mathieu Giraudsegmenteur: méthodes à implémenter sur l'object "Sequence"- `isClone()` pour tester si une séquence est un clone ou non
- et, idéalement, les fonctions qui le peuvent devraient être agnostique par rapport au fait que la séquence soit un clone ou pas. En cas de traitement différencié, on peut pa...- `isClone()` pour tester si une séquence est un clone ou non
- et, idéalement, les fonctions qui le peuvent devraient être agnostique par rapport au fait que la séquence soit un clone ou pas. En cas de traitement différencié, on peut par exemple coder une méthode `uniqueName()` `22#IGHV...` / `IGHV4`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2511exportFasta: ne pas faire de choses particulières selon les germlines2023-03-01T17:02:47+01:00Mathieu GiraudexportFasta: ne pas faire de choses particulières selon les germlinesVu avec @mikael-s et @aurelBZH : la construction de `exportFasta` fait des choses trop dépendantes des germlines particulières.
Déjà utiliser la/les liste(s) plate(s) de #2487, en attendant mieux.Vu avec @mikael-s et @aurelBZH : la construction de `exportFasta` fait des choses trop dépendantes des germlines particulières.
Déjà utiliser la/les liste(s) plate(s) de #2487, en attendant mieux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2512"compare samples for this patient" pour les sample sets2017-06-07T14:25:30+02:00Mathieu Giraud"compare samples for this patient" pour les sample setshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2513Comment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?2023-03-01T16:58:21+01:00Mathieu GiraudComment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?Voir #1740.
Discussion avec @heto
`.insertAfter` ? `.appendChild` ?Voir #1740.
Discussion avec @heto
`.insertAfter` ? `.appendChild` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2515Permettre de changer la taille entre différents éléments du responsive2023-03-01T16:57:17+01:00Mathieu GiraudPermettre de changer la taille entre différents éléments du responsiveVu avec @heto
Suite à #2500, que ce soit entre les panels A/B/C voire entre les vues dans un panel, on aimerait pouvoir avoir un séparateur déplaçable (avec certaines contraintes comme les 400px). Mais ce n'est pas le plus important po...Vu avec @heto
Suite à #2500, que ce soit entre les panels A/B/C voire entre les vues dans un panel, on aimerait pouvoir avoir un séparateur déplaçable (avec certaines contraintes comme les 400px). Mais ce n'est pas le plus important pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2516Est-ce que les vues ont une largeur maximale ?2021-11-23T16:36:19+01:00Mathieu GiraudEst-ce que les vues ont une largeur maximale ?Suite à #2500, on se demande si les vues `info` et `liste` devraient avoir une largeur maximale (donc fixe) ou pas.
cc @hetoSuite à #2500, on se demande si les vues `info` et `liste` devraient avoir une largeur maximale (donc fixe) ou pas.
cc @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2517Tests pour la vue info2017-06-07T17:40:30+02:00Mathieu GiraudTests pour la vue infoSuite à !54, faire quelques tests unitaires sur la vue info.Suite à !54, faire quelques tests unitaires sur la vue info.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2518Erreur de permission dans l'utilisation du compare samples2017-09-12T14:58:39+02:00Mikaël SalsonErreur de permission dans l'utilisation du compare samplesAurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you ...Aurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (22815)you do not have permission to consult this element (22817)you do not have permission to consult this element (22827)you do not have permission to consult this element (22829)
```
Voir un exemple ici auquel Aurélie n'accède pas : http://app.vidjil.org/?custom=22626&custom=22628& alors que les deux échantillons sont bien accessibles par Aurélie : http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22628&config=25 et http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22626&config=25
Quand on cherche `permission to consult` dans `vidjil-debug.log` on se rend compte que ce n'est pas la seule à avoir rencontré ce genre de problème.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2520On a moins de 100 clones avec la config MiXCR2023-03-01T16:59:27+01:00Mikaël SalsonOn a moins de 100 clones avec la config MiXCRDemande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Demande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2521Mettre les noms de famille dans les logs2017-07-07T15:46:09+02:00Mikaël SalsonMettre les noms de famille dans les logsDans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Dans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2519Restes de "patient" pour les sample sets2017-09-12T17:29:01+02:00Mathieu GiraudRestes de "patient" pour les sample setsSuite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db....Suite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db.call('{{=helper.get_add_route()}}')"> + new {{=helper.get_type_display()}} </span>
```
Le droit `create_patient` signifie-t-il bien qu'on a le droit de créer tout type de sample sets ? Il faudrait dans ce cas mettre à jour la doc et renommer ce qui est visible en "create sample sets (patients, runs, ...)"
---
`sample_set/custom.html`
```
<td class="column_200"> patient </td>
```
à changer ?
---
`sample_set/index.html`
```
<td> <a {{if row.sequence_file.data_file == None :}} {{=XML("class='inactive' title='file is missing' ")}}
{{else:}} href="{{=URL('patient','download', scheme='https',
```
Euh ?
---
`sample_set/permission.html`
```
{{if not auth.can_modify_patient(request.vars["id"]) :}}
<div>you need admin access on this patient if you want to change permission </div>
```
Euh ? Permission générique de modifier un sample_set ?
---
cc @RyanHerb, @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2477CORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont ...2021-04-15T20:44:25+02:00Mikaël SalsonCORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont pas au même endroitSur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Sur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2844Les clones en hide sont toujours affichés dans le segmenter2019-01-17T13:20:53+01:00Thonier FlorianLes clones en hide sont toujours affichés dans le segmenterUn bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Un bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3062Les URL avec le paramètre patient fonctionnent-elles encore ?2018-03-13T15:39:06+01:00Mikaël SalsonLes URL avec le paramètre patient fonctionnent-elles encore ?J'ai l'impression que non ce qui est très gênant car on n'a plein d'issue avec de telles URL…
À quoi est-ce dû ? Peut-on redonner l'accès à ces adresses ?
Par exemple pour prendre un patient récent, le patient 8278 existe bien et pourta...J'ai l'impression que non ce qui est très gênant car on n'a plein d'issue avec de telles URL…
À quoi est-ce dû ? Peut-on redonner l'accès à ces adresses ?
Par exemple pour prendre un patient récent, le patient 8278 existe bien et pourtant : http://app.vidjil.org/index.html?patient=8278&config=25Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2855Erreur sur l'upload de fichiers "doublons"2017-11-30T07:59:26+01:00Ryan HerbertErreur sur l'upload de fichiers "doublons"Si un fichier existe déjà sur le serveur (dans le même type de set, il semblerait), l'upload échoue, silencieusement du point de vue de l'utilisateur, mais le message de retour est que le sample existe déjà.
Il semblerait que la vérific...Si un fichier existe déjà sur le serveur (dans le même type de set, il semblerait), l'upload échoue, silencieusement du point de vue de l'utilisateur, mais le message de retour est que le sample existe déjà.
Il semblerait que la vérification d'existance d'un doublon de sample pour un set donné vérifie tous les sets accessibles.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2476Charger les permissions en une fois dans SampleSetList2017-07-12T11:03:23+02:00Mikaël SalsonCharger les permissions en une fois dans SampleSetListSuite à #2475, une possibilité d'amélioration. Dans [sample_set_list.py](server/web2py/applications/vidjil/models/sample_set_list.py) on a :
```python
for row in query_gss:
# […]
self.elements[row.id].has_...Suite à #2475, une possibilité d'amélioration. Dans [sample_set_list.py](server/web2py/applications/vidjil/models/sample_set_list.py) on a :
```python
for row in query_gss:
# […]
self.elements[row.id].has_permission = auth.can_modify(type, row.id)
self.elements[row.id].anon_allowed = auth.can_view_info(type, row.id)
```
Ça serait mieux que `can_modify` et `can_view_info` prennent une liste d'IDs en paramètre et fassent une seule requête.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2525"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?2018-04-13T15:56:03+02:00Mathieu Giraud"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un reto...Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un retour à l'utilisateur qu'un chargement est en cours ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2528Positionnement précis des vues2021-11-23T15:17:22+01:00Mathieu GiraudPositionnement précis des vues@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2535Documenter ce qu'il faut pour un nouveau serveur2020-08-27T12:01:37+02:00Mathieu GiraudDocumenter ce qu'il faut pour un nouveau serveurVoir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server....Voir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server.org` ? D'autres documents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2536Faut-il maintenir un groupe vide2017-06-15T14:58:37+02:00Thonier FlorianFaut-il maintenir un groupe videVoilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donne...Voilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donner tous les droits à ce dernier membre. La question est donc de savoir si il vaut mieux que je déplace ce membre dans le groupe ingé qui ont tous les droits, et laisser un groupe vide derrière moi, ou bien de donner le droit manquant à ce second groupe, mais poser des soucis si un nouveau membre s'y rajoute.
Perso, je penche pour la première option. Vous êtes d'accord ?
@mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2537Échecs de process Vidjil et Fuse2017-06-20T14:44:33+02:00Mikaël SalsonÉchecs de process Vidjil et FuseJe viens de voir dans le `vidjil-debug.log` des échecs pour Prague :
```
2017-06-20 12:27:19 <> None ERROR task.py:534 [26142] c2: 'fuse' FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026142//026142-24015.fused
[…]
2017-06-20 12:27:08 ...Je viens de voir dans le `vidjil-debug.log` des échecs pour Prague :
```
2017-06-20 12:27:19 <> None ERROR task.py:534 [26142] c2: 'fuse' FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026142//026142-24015.fused
[…]
2017-06-20 12:27:08 <> None ERROR task.py:232 [26141] c2: Vidjil FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026141/
```
Peux-tu regarder @flothoni ?
De manière générale, n'hésite pas à jeter un œil au vidjil-debug régulièrement, voir si tout va bien (ça m'arrive aussi de cliquer aléatoirement sur un échantillon pour regarder s'il n'y a rien de bizarre).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2538Explication des droits d'accès pour les utilisateurs2023-03-01T16:50:16+01:00Mathieu GiraudExplication des droits d'accès pour les utilisateursY a-t-il dans `user.org` une mention des droits ? Et dans le ~client ?
cc @flothoniY a-t-il dans `user.org` une mention des droits ? Et dans le ~client ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2539Nom de clone renommé invisible dans la liste2021-11-26T15:53:06+01:00Ghost UserNom de clone renommé invisible dans la listeLorsqu'on renomme un clone dans la liste par quelque chose commençant par le caractère `<`, le nom ne s'affiche plus.
Il apparaît tout de même dans le segmenteur et en hover, mais pas dans la `nameBox` de la liste.
Je m'en suis aperçu ...Lorsqu'on renomme un clone dans la liste par quelque chose commençant par le caractère `<`, le nom ne s'affiche plus.
Il apparaît tout de même dans le segmenteur et en hover, mais pas dans la `nameBox` de la liste.
Je m'en suis aperçu pour ce caractère, mais peut-être que d'autres peuvent également provoquer des résultats inattendus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2540Erreur taille de l'axe dans le preset 32017-10-06T13:59:17+02:00Thonier FlorianErreur taille de l'axe dans le preset 3Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus prè...Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus près.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2542Clones qui n'apparaissent pas dans un compare samples2021-11-16T17:32:37+01:00Mikaël SalsonClones qui n'apparaissent pas dans un compare samples~"KIE-Kiel" nous remonte un problème où les clones n'apparaissent pas dans des compare samples (par exemple ici : http://app.vidjil.org/?custom=26292&custom=26293&custom=26294&custom=26295 en se connectant avec l'utilisateur 27).
Je n'a...~"KIE-Kiel" nous remonte un problème où les clones n'apparaissent pas dans des compare samples (par exemple ici : http://app.vidjil.org/?custom=26292&custom=26293&custom=26294&custom=26295 en se connectant avec l'utilisateur 27).
Je n'arrive pas à reproduire ce problème. Quelqu'un l'a ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2543Les tests unitaires sur la sélection multiple ne passent pas sous FF452021-11-23T16:36:01+01:00Mikaël SalsonLes tests unitaires sur la sélection multiple ne passent pas sous FF45FF45 est mon navigateur et voici les résultats que j'ai sur ces tests :
```
the selected clone is 'unseg sequence' (test5)@ 147 ms
Expected: "unseg sequence"
Result: "test1"
three clones are selected@ 157 ms
Expected: 3
Result: 0
the...FF45 est mon navigateur et voici les résultats que j'ai sur ces tests :
```
the selected clone is 'unseg sequence' (test5)@ 147 ms
Expected: "unseg sequence"
Result: "test1"
three clones are selected@ 157 ms
Expected: 3
Result: 0
the selected clones are test{1,2,4}@ 158 ms
Expected: [0, 1, 3]
Result: []
```
À quoi est-ce dû ? Quelle est la compatibilité de ces tests ?
cc @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2545Documenter vmi.js et vmi_mocker.js2023-03-01T15:39:01+01:00Mathieu GiraudDocumenter vmi.js et vmi_mocker.js2017-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2548Il manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)2023-06-29T10:04:03+02:00Thonier FlorianIl manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)Suite à la correction du bug #2540. @mikael-s c'est aperçu d'un bug:
>En testant sur l'environnement de review j'ai l'impression qu'il manque le premier label (et la ligne correspondante) pour le preset 4 (par exemple) : http://feature-...Suite à la correction du bug #2540. @mikael-s c'est aperçu d'un bug:
>En testant sur l'environnement de review j'ai l'impression qu'il manque le premier label (et la ligne correspondante) pour le preset 4 (par exemple) : http://feature-c-2540-axe-preset-concensus-length.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil
@flothoni
>En effet, il semble manqué l'axe avec une valeur à 0.
Cependant, en remontant pour faire un bisect, je ne trouve pas dans les releases de situation ou ça marche.
Pour rappel, la configuration du preset 4 est `clone average length` par `size`, en représentation `mode_bar`.
C'est d'ailleurs ce dernier point qui pose problème. Quelque soit le preset, dès qu'il s'agit d'un mode bar, j'ai le bug.
Au passage, @mikael-s et @RyanHerb me disait hier qu'il n'avait pas le bug sur certaines release. J'ai pensé à reloader mon cache, mais ça ne marche pas plus. Etiez-vous bien en mode bar ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2218On ne peut plus changer le mode du scatterplot2017-07-05T09:15:55+02:00Mathieu GiraudOn ne peut plus changer le mode du scatterplot@aurelBZH :
> j'allais mettre une issue mais vous l'avez déja vu
Merci de le signaler : non, j’ai appris cela en voyant ton commentaire :-) Et même si je le savais, quand il y a un soucis… on ouvre une issue.
> il y a un souci au nive...@aurelBZH :
> j'allais mettre une issue mais vous l'avez déja vu
Merci de le signaler : non, j’ai appris cela en voyant ton commentaire :-) Et même si je le savais, quand il y a un soucis… on ouvre une issue.
> il y a un souci au niveau de la mise en place de mode_bar mode_grid on ne peut plus modifier l'affichage du graph.
Je corrige cela, le problème venait effectivement de ae59e50a
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2101L'ensemble des clones est situé à l'origine sur l'axe X du graphique lorsqu'u...2017-07-05T09:15:55+02:00Thonier FlorianL'ensemble des clones est situé à l'origine sur l'axe X du graphique lorsqu'un fichier est réuploadé/suppriméMessage d' Aurélie CAILLAULT VENET qui vient d'avoir un bug d'affichage.
![bug_affichage](/uploads/1d0c81fda0d31ec79bf379e540a14da8/bug_affichage.png)
Je viens de chercher la source de l'erreur.
Celle-ci semble être dû a des erreu...Message d' Aurélie CAILLAULT VENET qui vient d'avoir un bug d'affichage.
![bug_affichage](/uploads/1d0c81fda0d31ec79bf379e540a14da8/bug_affichage.png)
Je viens de chercher la source de l'erreur.
Celle-ci semble être dû a des erreurs de calcul de d3js dans la position X sur l'axe des abscisses.
Elle n'existe pas à partir des fichier vidjil, ni en local, ni sur le serveur lui-même, qu'importe la branche.
J'ai trouvé une méthode pour corriger le graph et voir apparaitre celui-ci, mais c'est pas possible de la donner à nos utilisateurs. Il faut faire un drag&drop d'un point et le mettre dans l'espace de rangement sur le côté. Ainsi, les dates sont recalculées et les samples retrouvent bien leurs position.
Pour ce qui est la source de l'erreur, je crois l'avoir trouvée aussi.
Il me semble que l'un des échantillion n'a pas de timestamps renseigné pour le run (valeur "deleted" dans le m.sample.timestamp).
Je ne sais pas d'où sort cette valeur. Elle ne sont présentent nul part dans le fichier vidjil. A la place on a les dates de création des fichiers sur le serveur. Elle est retournée par le serveur non ?
Ceci expliquerait pourquoi à l'update de l'axe, qui ne fait lui pas appel au serveur, il retourne une valeur Nan pour ce point et passe outre.
Après, je suis incapable de savoir pourquoi côté serveur nous avons une données erroné qui est retournée.
Quid si un utilisateurs rentre un champs au format date incorrect ? C'est verifié avant validation ? Il peut en laisser un non rempli ?
Sûrement lié à #1220 ?
Je retourne chercher du côté de server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py. Je pense que k'erreur vient de là.
En attendant, comme le process est déjà etabli, il faut certainement qu'Aurélie lance de nouveau l'analyse du run, et en modifie les champs de date. Cependant, a-t-elle encore la main pour modifier après coup les données d'un "run". En impersonnate, je ne le vois pas.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1645.segEdited dans model_loader:4422021-11-08T16:14:57+01:00Vidjil Team.segEdited dans model_loader:442On en a parlé vendredi matin: vérifier si la ligne 442 de model_loader est correcte
(récupère avant de modifier, j'ai renommé .manuallyChanged)
***
Tu as aussi modifier les "this.m..."
Il y a une raison ?
Perso, je les ai mises pour po...On en a parlé vendredi matin: vérifier si la ligne 442 de model_loader est correcte
(récupère avant de modifier, j'ai renommé .manuallyChanged)
***
Tu as aussi modifier les "this.m..."
Il y a une raison ?
Perso, je les ai mises pour pouvoir faire les tests. Ceux-ci ne marche plus si retirés (le clone n'as pas accès au model autrement dans les tests - mais pas lors d'une exécution direct au sein d'un navigateur)
***
Euh... je ne vois pas de quoi tu parles, désolé. Peux-tu me dire un numéro de commit et/ou de ligne ?
Évidemment, si j'ai changé quelque chose d'utile pour toi, tu peux le remettre.
***
"this.m.analysisHasChanged = true", devenu just "m.analysisHasChanged = true", ligne 572 et 625 de clone.js.
Ca doit être une erreur donc.
Je remet dans ce cas.
***
Euh... c'est toi qui as changé ces lignes en dernier, je pense :-)
git show f17b97e8
git blame clone.js
(d'où l'intérêt de bien faire les messages de commit pour expliquer)
***
hum, ça doit venir des mes mauvais commit/ push de la semaine dernière. En local j'avais les bons fichier, et git m'a proposé de mergé lors de mon pull.
Autant pour moi
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2021Sauvegarde de l'analyse ne fonctionne pas2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamSauvegarde de l'analyse ne fonctionne pasNotification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
***
Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
***
Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'es...Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
***
Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
***
Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'est pas une ligne modifiée récemment, donc ce n'est pas ça qui doit causer la nouveauté du problème.
Je n'arrive pas à trouver où ces ID sont définis dans le .js ni si quelquechose a récemment été modifié dans ce sens. Marc, Ryan une idée ?
Je ne suis plus dessus, vous avez la main ;)
***
Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'est pas une ligne modifiée récemment, donc ce n'est pas ça qui doit causer la nouveauté du problème.
Je n'arrive pas à trouver où ces ID sont définis dans le .js ni si quelquechose a récemment été modifié dans ce sens. Marc, Ryan une idée ?
Je ne suis plus dessus, vous avez la main ;)
***
C'est bien cette modification qui allait bien. Ou du moins c'était la plus simple. Le code de get_data (default.py) avec changé en octobre, donc quand j'ai mis prod-server à jour avec dev, le save_analysis. J'aurais pu remettre le bon champ "ids" dans le get_data mais il y avait plus de lignes à changer (au moins le double !).
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1609Revoir la liste dans germline.js2021-11-08T16:16:22+01:00Vidjil TeamRevoir la liste dans germline.jsApparitions impromptues de différents TRD dans d'autres germlines.
***
Merci Florian pour la tâche :)
N'hésite pas à nous mettre en followers au moins. Ça nous permet d'être au courant de la création de la tâche et de son évolution.
***
...Apparitions impromptues de différents TRD dans d'autres germlines.
***
Merci Florian pour la tâche :)
N'hésite pas à nous mettre en followers au moins. Ça nous permet d'être au courant de la création de la tâche et de son évolution.
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@nobody @mikael-s @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2000Lorsque le run est mal renseigné, ne pas permettre la soumission du formulaire2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamLorsque le run est mal renseigné, ne pas permettre la soumission du formulaireLors de l'ajout d'un fichier, si on ajoute un run qui n'existe pas, il est coloré en rouge mais on peut soumettre le formulaire, ce qui génère ensuite une boite de dialogue disant : « [object Object] error INTERNAL SERVER ERROR », ce qui...Lors de l'ajout d'un fichier, si on ajoute un run qui n'existe pas, il est coloré en rouge mais on peut soumettre le formulaire, ce qui génère ensuite une boite de dialogue disant : « [object Object] error INTERNAL SERVER ERROR », ce qui n'est pas très parlant.
J'imagine que du côté client il y a moyen de contrôler que les champs run et patient sont remplis avec des données correctes.
***
Hotfix prête, déployée sur dev.
Pas encore poussée sur prod-server
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1164test.data : faire un nouveau fichier2021-11-08T16:18:36+01:00Vidjil Teamtest.data : faire un nouveau fichierMessages d'erreur de la console Chromium :
GET http://vidjil.local/js/lib/jquery.min.map 404 (Not Found) /js/lib/jquery.min.map:1
Uncaught TypeError: Cannot read property 'selectAll' of undefined graph.js:331
***
Mikaël, est-ce toujou...Messages d'erreur de la console Chromium :
GET http://vidjil.local/js/lib/jquery.min.map 404 (Not Found) /js/lib/jquery.min.map:1
Uncaught TypeError: Cannot read property 'selectAll' of undefined graph.js:331
***
Mikaël, est-ce toujours confirmé ?
***
Oui et non. Le fichier test.data a été supprimé par 284c296 (hum) ce qui m'empêche de vérifier. Ce qui empêche aussi de lancer les tests browser…
***
aïe, désolé... cela ne se produira plus lorsque les tests browsers seront intégrés :)
Sur rbx, il y a maintenant demo/LIL-L2.vidjil (quand je l'avais mis, c'était pour avoir aussi le nouveau format).
Ok pour remettre cela sur le git... autant faire directement la tache "avoir un meilleur fichier de démo"
***
Fichier de test ≠ Fichier démo, non ? Pourquoi les deux devraient être identiques ? Les tests navigateurs de Marc ont été faits pour (l'ancien) test.data si on utilise d'autres données les concentrations, couleurs, séquences ne seront plus les mêmes et casseront du coup les tests.
***
ah oui. Et bien tu peux essayer un "git revert 284c296"... mais le fichier n'est plus reconnu, le format n'est pas le bon.
Faut-il essayer de le réparer ? Ou de le reprendre d'ailleurs (est-ce LIL-L2 ?)
Ou bien d'en choisir un autre, quitte à remettre certaines valeurs ?
(Si test ≠ démo, le fichier test pourrait être plus petit et truandé à la main pour avoir tous les cas bizarres que l'on veut)
***
(Le fichier demo sur rbx est bien différent de l'ancien test.data)
***
je peux être volontaire pour remettre les bonnes valeurs numériques si on prend un nouveau fichier propre
***
- multisystème (dont un incomplet)
- plusieurs clones (tester cluster)
- plusieurs points
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1956Fuse sur les runs ne fusionne pas tout (?)2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamFuse sur les runs ne fusionne pas tout (?)Aurélie vient de mettre un run sur le serveur avec 11 fichiers. Elle a lancé VIdjil sur chacun d'eux mais le fuse n'en affiche que 2 : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=9594&config=25
J'ai relancé un Vidjil me disant qu'il s'a...Aurélie vient de mettre un run sur le serveur avec 11 fichiers. Elle a lancé VIdjil sur chacun d'eux mais le fuse n'en affiche que 2 : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=9594&config=25
J'ai relancé un Vidjil me disant qu'il s'agissait peut-être juste d'un problème de concurrence entre les fuse. Mais cela ne change rien.
Quand on regarde le log du process, on se rend compte que le fuse a été lancé trois fois avec le même fichier de sortie mais avec des fichiers d'entrée différents. Pourquoi ?
***
http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=9594&config=25
ok, mais Mikaël voit dans le log du fuse que le fuse est appelé 3x... en écrasant le même fichier
Output log in /mnt/result/tmp/out-010485//010485.fuse.log
Juste pour la tracabilité.
***
993a8aa
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1948Base de données remplie avec des scheduler_task et scheduler_run2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamBase de données remplie avec des scheduler_task et scheduler_runIl y a une semaine, le 17 juin, il y avait environ 8 000 scheduler_task dans la BD. Aujourd'hui (24/06) il y en a environ 93 000. À raison d'environ 90 000 par semaine la BD risque de s'alourdir rapidement.
À quoi est-ce dû ?
***
Un cert...Il y a une semaine, le 17 juin, il y avait environ 8 000 scheduler_task dans la BD. Aujourd'hui (24/06) il y en a environ 93 000. À raison d'environ 90 000 par semaine la BD risque de s'alourdir rapidement.
À quoi est-ce dû ?
***
Un certain nombre de pre_process... J'imagine que cela vient des pre_process reprogrammés par task.py ?
Au passage, veut-on tout garder les scheduler_task et scheduler_run ? Effacer, au moins pour les pre_process / ou bien au moins pour les vieux trucs ? (on veut les log)
***
Non pas du tout. Ce sont des vidjil. Pour les id > 10000, il y a 82000 vidjil ((db.scheduler_task.id>10000) & (db.scheduler_task.task_name =='vidjil'))
Cela semble etre des vidjil relancés car en attente de la fin du pre-process.
***
ok. Il faudrait donc supprimer ces tâches "vidjil" dans la db, pour qu'il n'y ait que la dernière qui soit enregistrée.
task.py:161, est-ce qu'on pourrait mettre autre chose qu'un "return SUCCESS" et supprimer ces tâches ?
Ou bien utiliser "repeats" + "period" lors du queue_task, et de ne pas relancer de tâche (mais mettre à jour le "repeats" à la bonne valeur quand le vidjil est finalement lancé) ? Ou bien quelque chose avec "retry_failed"
***
Aïe, avec un "repeats", cela créerait quand même plein d'objets scheduler_run...
***
Ça continue encore (probablement les 24 QUEUED qui sont là depuis le problème de Myriam). On a environ 1600 entrées par jour dans scheduler_run qui annoncent « still pending ».
***
J'ai supprimé les runs et les task associés. J'ai backup la bdd avant de faire quoi que ce soit, donc si j'ai fait des bétises on peut revert.
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1931Pre-process is still pending, re-schedule2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamPre-process is still pending, re-scheduleToute la nuit, un (des ?) pre-process ont été re-schédulés : cf. la table db.scheduler_run de dev.vidjil.org (https://dev.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db). Donc ça a l'air de tourner en boucle. Ça me semble bloquant avant de mettre ...Toute la nuit, un (des ?) pre-process ont été re-schédulés : cf. la table db.scheduler_run de dev.vidjil.org (https://dev.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db). Donc ça a l'air de tourner en boucle. Ça me semble bloquant avant de mettre cela en prod.
***
Mikaël, tu confirmes qu'il n'y a plus de problème ?
***
apparemment
***
soyons généreux alors, fermons les tâches :-)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1771FineSegmenter et xxx en +/-, comme pour les Vk-Vk2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamFineSegmenter et xxx en +/-, comme pour les Vk-VkLe FineSegmenter ne fonctionne pas encore sur les Vk-Vk de Nordine.
Le KmerSegmenter fonctionne bien, puis Germline::override_rep5_rep3_from_labels
positionne rep5 et rep3 tous les deux sur IGKV.fa
mais... Le deuxième V est sur le brin...Le FineSegmenter ne fonctionne pas encore sur les Vk-Vk de Nordine.
Le KmerSegmenter fonctionne bien, puis Germline::override_rep5_rep3_from_labels
positionne rep5 et rep3 tous les deux sur IGKV.fa
mais... Le deuxième V est sur le brin négatif, et pour l'instant on ne fait pas cela : le FineSegmenter est lancé en + sur l'ensemble, puis en - sur l'ensemble, pas en mélangé. En général, le FineSegmenter est incapable de segmenter un +V -J ou un -V +J. (tant mieux ?). Bref, sur les données de Nordine, le premier Vk est trouvé, pas le deuxième.
Solutions possibles:
1. Tester les 4 combinaisons dans le FineSegmenter, au moins quand on a xxx (et en profiter pour faire cela de manière plus générique qu'actuellement, il y a du code dupliqué pour le +/-)
2. Faire un Germline::override_rep5_rep3_from_labels qui prend en compte le strand (et donc reconstruit un rep3 renversé si les labels ne sont pas dans le même sens). Cela irait au bout de la logique du "xxx" avec détection d'une partie gauche et droite, en sortie du KmerSegmenter on a bien cette info de strand.
3. (Ou sinon, juste pour le Vk-Vk, faire une germline spéciale où il ne fait pas le revcomp. Bofbof.)
***
1. : Non, finalement ce n'est pas la logique du "xxx", on connait les strands, on ne va pas tester les 4 combinaisons (mais il faudrait tout de même un jour nettoyer le code dupliqué)
2: Mvoui, mais attention à ne pas recréer un rep3 renversé pour chaque séquence. Un peu lourd...
... mieux, 4: mettre juste un flag "opposite_strand" dans la germline, et le faire prendre en compte par le FineSegmenter. Ce serait plus simple et relativement propre, car le FineSegmenter utilise déjà des flags pour passer en revcomp. Mvouais, pas si facile...
dans tous les cas, factoriser le doublon dans segmenter.cpp:723-763 aiderait à faire la solution 4 (ou la solution 1).
Tentant... il va falloir que je me contrôle pour ne pas faire cela avant d'avoir envoyé mon HdR (arg, 10 jours).
***
à faire avant visite de Mathieu à Amiens, le lundi 8.
Lien avec VDDJ ?
***
8d25f55
***
Au final, doublon dans le code supprimé, et flags (reverted_V et reverted_J) passés depuis le KmerSegmenter MAX_12 vers le FineSegmented.
***
Yououh : https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/FILENAME=data%7dStanford_S22.fasta,GERMLINE=-G%20germline%7dIGH,label=bonsai-debian-wheezy-amd64/plot/
40% faster on IGH :-)
***
Ouaouh ! Vive le CERNA :)
Juste pour chipoter, il vaut mieux regarder ce graphique-là https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/FILENAME=testPr1.fastq.gz,GERMLINE=-G%20germline%7DIGH,label=bonsai-debian-wheezy-amd64/plot/ (ça baisse aussi)
Il y a très peu de clones détectés sur le jeu Stanford, et donc peu de clones passent à la FineSegmentation
***
Oui, j'étais emporté par mon enthousiasme et je me disais bien que c'était le meilleur chiffre. Bref, entre 20% et 40% suivant les cas :-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1633Envoyer des clones à BLAST : plusieurs clones2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamEnvoyer des clones à BLAST : plusieurs clonesQuand on en a plusieurs clones sélectionnés, cela ouvre plusieurs onglets (dangereux si on a 20 ou 50 clones sélectionnés)... et chez moi, seul le premier onglet marche, les autres sont en erreur
Est-ce que l'API permet d'envoyer plusie...Quand on en a plusieurs clones sélectionnés, cela ouvre plusieurs onglets (dangereux si on a 20 ou 50 clones sélectionnés)... et chez moi, seul le premier onglet marche, les autres sont en erreur
Est-ce que l'API permet d'envoyer plusieurs séquences d'un coup, et de garder les choses propres sur un onglet ?
On peut sinon créer un fichier fasta (on a tout ce qu'il faut de notre côté), et l'envoyer d'un coup à Blast ?
***
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/node68.html
Apparement avec QUERY_FILE on peut soumettre un fichier, mais c'est que avec MegaBlast. À voir...
***
Si, cela doit être possible même pour Blast... en fait l'API a l'air d'être la même que quand on remplit un formulaire (en POST cela pourrait passer, peut-être) via http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch
Et cela a l'air d'être simplement un QUERY.
***
J'avais commencé a regarder ça hier pour le faire par post justement, mais ça me semblait compliqué plus compliqué que l'api. Je vais regarder si on peut fournir le fichier même hors megablast.
D'ailleur, une contre indication pour megablast ? Si on a un gros jeu de séquence c'est peut-être préférable
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1165Représentative : trop courte ? Graine utilisée ? Et en multi-système ?2023-06-29T14:43:59+02:00Vidjil TeamReprésentative : trop courte ? Graine utilisée ? Et en multi-système ?./vidjil -c clones -G germline/IGH -r 5 -R 5 -a -d data/Stanford_S22.fasta
puis regarder out/seq/sequences.fa-1
representative : [105,232]
aligner : pourquoi est-elle si courte ? Il s'arrête à une position où pourtant 5/8 ..../vidjil -c clones -G germline/IGH -r 5 -R 5 -a -d data/Stanford_S22.fasta
puis regarder out/seq/sequences.fa-1
representative : [105,232]
aligner : pourquoi est-elle si courte ? Il s'arrête à une position où pourtant 5/8 des séquences sont d'accord. (50% ?)
Et moralement, quasiment tout devrait être retrouvé dans la représentative.
cf aussi mail de Filip
***
à non, je suis bête, ce n'est pas les positions mais les k-mer
***
c'est quand même méga-exigeant, avec k=12/span=13 : si deux erreurs de séquençage sont espacée de 13 et concernent 25% des séquences, cela ne passe plus...
***
Et si on générait des représentatives avec des N à certaines positions ?
***
Dans le cas présent, la graine est ######-######, la représentative va jusqu'à la fin du read, on ne peut pas étendre plus de ce côté-là. De l'autre côté, le premier k-mer est GCTGTA-CTGCAA qu'on retrouve 6 fois dans le jeu. Si on prend le k-mer précédent CGCTGT-CCTGCA on ne le retrouve que 4 fois or le min_cover est à 5 (c'est la valeur du -R, ou du -r je ne sais plus entre les deux…)
***
En passant le -R à 4, on gagne 5 nt dans la représentative…
***
bon, ce n'est pas un bug, et mis en basse priorité.
À voir si on veut mettre une graine de représentative de 8 ou de 6 (au lieu de la graine par défaut, ici span 13).
Justificatif : on ne fait pas trop de bêtises, pour que cela aille vraiment plus loin il faut que plusieurs k-mers à la suite passent.
***
Au passage, la graine utilisée par la représentative est la variable "seed" dans vidjil.cpp.
Elle n'est pas affectée par les multi-germlines (même problème que -w...).
Ainsi, les deux commandes suivantes, sur Stanford, n'utilisent pas la même graine pour la représentative (alors qu'elles utilisent toutes les deux la même graine, s13, pour le KmerSegmenter) :
./vidjil -g germline -w 60 (graine par défaut, s10 actuellement)
./vidjil -G germline/IGH (graine réglée pour IGH, s13, et -w 60 se réglant tout seul)
Les commandes segmentent donc les mêmes reads mais n'ont pas la même longueur de représentative (1 base de différence). Hihihi :)
***
Allez pour être positif : Jeu de données de Lille au Diag (BAI 167 BC89-L1500956). Le premier clone qui sort en TRG a une représentative de 217 bp (214bp en électrophorèse ?!). Dans le cluster (157396 reads), la longueur médiane des reads est de 217bp et en fait près de 82% des reads font 217bp. Par contre dans ce même cluster il y a des reads chimériques allant jusqu'à 494bp (il y a 530 reads, soit 0,3% qui font plus de 250bp).
Même jeu de données : en TRD et VdJa on trouve deux clones qui sont en fait les mêmes → les représentatives sont identiques.
Même jeu de données en IGK, prenons au hasard le clone à 1,038% Intron -5/3/-2 KDE. La représentative fait 285bp et la longueur médiane des reads dans ce jeu est de 285bp (environ les 2/3 des séquences ont cette longueur). Là aussi il y a des séquences plus longues (0,6% font plus de 300bp… soit 10 séquences).
Mais tout cela c'est sur du Ion Torrent, il faudrait voir sur de l'Illumina
***
Voir aussi "Représentative : mesure de qualité"
***
Je ne sais pas si je suis sur la bonne tâche. En tout cas, un examen attentif du "make snapshot_diff" entre la 2016.08 et sans-aho (0a3bc4c) montre une différence significative sur la représentative calculée dans should-get-tests/vidjil_s22.should_get (avec -k 9).
Peut-être que cela va naturellement s'améliorer avec les trucs en cours sur la représentative.
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1576Pas de représentative pour les séquences étiquetées2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamPas de représentative pour les séquences étiquetéesstanford-labels.should_get passe... mais génère une exception "No representative for junction".
C'est normal vu les conditions de WindowsStorage::getRepresentativeComputer().
Cela veut dire qu'on peut utiliser -FaW... mais à la conditio...stanford-labels.should_get passe... mais génère une exception "No representative for junction".
C'est normal vu les conditions de WindowsStorage::getRepresentativeComputer().
Cela veut dire qu'on peut utiliser -FaW... mais à la condition de mettre -r 1.
En tout cas, c'est un bug.
***
f3cab65
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1543bug de segmentation sur deux slaves2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil Teambug de segmentation sur deux slavesDepuis mes commits du 24 avril, le build est cassé... sur exactement deux slaves. Les autres fonctionnent.
ks.getSegmentationStatus() == UNSEG_TOO_FEW_J failed (testSegment.cpp:161)
# 9 ! seed TRG UNSEG too few (0) 1.000000e+00 5.2...Depuis mes commits du 24 avril, le build est cassé... sur exactement deux slaves. Les autres fonctionnent.
ks.getSegmentationStatus() == UNSEG_TOO_FEW_J failed (testSegment.cpp:161)
# 9 ! seed TRG UNSEG too few (0) 1.000000e+00 5.263273e17/1.000000e+00
+G+G+G+G+G+G+G+G+G _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
Je devrais apprendre à me logguer en ssh sur les slaves pour comprendre ce qu'il se passe :)
***
C'est cadeau :
Add these lines to your .ssh/config file
Host *.ci
ProxyCommand ssh mgir001@ci-ssh.inria.fr "/usr/bin/nc `basename %h .ci` %p"
SSH command : ssh ci@bonsai-debian-squeeze.ci
Le mot de passe de l'utilisateur ci est… ci et celui de root est… password
***
Et évidemment mettre ta clé publique sur ci.inria.fr
***
merci !
Et pour devenir "Slave Admin" sur https://ci.inria.fr/project/bonsai/users, il faut que je corrompe un des Admin ?
***
done. bon we.
***
Cela fonctionne, merci et bon we !
Juste pour info, dans mon .ssh/config, comme j'utilise une "autre clé", j'ai du spécifier IdentityFile, mais pour la passerelle, en rajoutant :
Host ci-ssh.inria.fr
IdentityFile = ~/.ssh/id_dsa.xxxxxx
***
a72ef27
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4734doc usager nouvel aligneur2021-05-05T15:21:49+02:00Mathieu Girauddoc usager nouvel aligneur
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1458Axes génériques : mettre à '?' si pas de données2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamAxes génériques : mettre à '?' si pas de donnéesOn prend des données sans CDR3 length, on sélectionne CDR3 length -> gros bug d'affichage, les clones dansent.
Le minimum serait que les clones se mettent sagement sur une ligne "?".
... mais, dans ce cas, le mieux serait de ne pas affi...On prend des données sans CDR3 length, on sélectionne CDR3 length -> gros bug d'affichage, les clones dansent.
Le minimum serait que les clones se mettent sagement sur une ligne "?".
... mais, dans ce cas, le mieux serait de ne pas afficher cet axe.
Trouver un mécanisme générique, car on pourrait afficher d'autres données, qui seront présentes ou pas selon les jeux de données et le programme producteur ?
***
Sur CDR3, si pas défini apparaît comme 0, et pas ?
à vérifier.
***
Apparaissent maintenant comme '?' 65eefa49,5b9ff6, bdd9c9e
***
ok
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1368Gaps affines pour le align.cgi et le FineSegmenter2024-02-07T14:09:31+01:00Vidjil TeamGaps affines pour le align.cgi et le FineSegmenterPar exemple sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=99&config=1 un alignement entre les deux clones majoritaires donne un alignement assez spécial : normalement on a une insertion de 6 au niveau de la jonction entre les d...Par exemple sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=99&config=1 un alignement entre les deux clones majoritaires donne un alignement assez spécial : normalement on a une insertion de 6 au niveau de la jonction entre les deux séquences mais à la place on a des insertions éparses. Le coût d'extension semble trop élevé.
***
Ah ben non je suis bête, on n'a pas de gap affine… du coup il faudrait la gestion des gap affines : ça peut induire les biologistes en erreur sur les réelles différences entre deux séquences.
***
Sans les gars affines, on peut au moins mieux régler les paramètres Semi-Global de début et de fin (en fait il n'y en pas, zéro pour l'instant)
***
18616d4 et 2d59131, reste à trouver les bons paramètres...
tools/align peut servir à cela
***
un point à régler pour la qualité du FineSegmenter. Tout est en place, il ne reste qu'à trouver les bons paramètres...
***
Oui par exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=805&config=25
Le clone majoritaire en IGH et en IGH+ sont probablement les mêmes (sauf que l'un est coupé) mais l'alignement produit est très foireux (avec des gaps partout).
Cela peut aider à régler les paramètres :)
***
Vidjil Survey, Patrick : "Can you improve the aligment's tools. We observe some errors."
Vérifier ce que cela donne actuellement. Mettre en prod les gaps affines, tester sur des séquences. Re-déployer align.cgi.
***
Évoqué par Martin, et d'autres, vendredi dernier au CHR
***
Problème de Patrick sur des séquences de longueur différentes : les gap affines sont-ils mis ?
A priori non ajouté dans lazy_msa, je teste
***
Dans LazyMSA remplacer
Cost dpCost = VDJ;
par
Cost dpCost = VDJaffine;
Permet de passer de cet alignement :
ATGATCAGCCTGAGAGATAC
---------ATGA-TCA-GC
à :
ATGATCAGCCTGAGAGATAC
ATGATCAG-----------C
***
Ping.
***
ping
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j'ai l'impression qu'en affine on force à ce que les deux premières et dernières lettres soient alignées entre elles (cf. cgi-align2.should-get)
***
Pour tester plus facilement, on peut aussi utiliser, dans tools,
./align -c 9 ../../data/msa2.fa -i 0 -j 1
En tout cas celui qui a fait 2d59131 n'avait pas mis de tests à côté, c'est mal.
***
Et -m 6 -x est éclairant.
***
Déjà fc0297a, mais cela n'explique pas tout. La fin serait aussi à faire.
./align -c 9 ../../data/msa3.fa -i 0 -j 1 -x
segmente-faute de temps en temps. Cela vient peut-être du debug que j'ai rajouté, mais en tout cas ce n'est pas normal.
***
Perso le align ne compile pas (pleins d'erreurs liées à docopt).
***
Quand on voit mieux les mutations, on voit mieux quand l'aligneur fait n'importe quoi...
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Hum. En fait, il semblerait que le backtrack Gotoh n'ait tout simplement pas été implémenté.
dp.backtrack() se ballade dans B, mais pas dans Bins / Bdel. C'est fâcheux.
***
En fait si, mais il y a autre chose.
***
8e8c46c. Corrige des choses, et plus de segfault.
Mais il y a toujours la première lettre, je regarde.
***
e2a453c. Nettoyage et merge de l'ensemble bientôt.
***
Nov 2016: non, les gaps affines ne sont pas utilisés pour le FineSegmenter (mais bien pour l'alignement). Mais on n'en veut pas nécessairement : le FineSegmenter fait déjà les gaps de délétion à la fin.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1360changer les systèmes sélectionnés devrait aussi mettre à jour le total des cl...2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil Teamchanger les systèmes sélectionnés devrait aussi mettre à jour le total des clonesEn multi-système, si on change l'affichage TRG / IGH / ... (boite en haut à gauche), le % de clones de la somme devrait se mettre à jour.
***
C'est toujours le cas (pas poussé ?)
***
merci !
***
@CyanaelEn multi-système, si on change l'affichage TRG / IGH / ... (boite en haut à gauche), le % de clones de la somme devrait se mettre à jour.
***
C'est toujours le cas (pas poussé ?)
***
merci !
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2426Ordre des chargements pour app.js/require.js2021-11-23T16:35:29+01:00Mathieu GiraudOrdre des chargements pour app.js/require.js@RyanHerb, dans 2c92e6e2, tu as amélioré l'ordre de chargement dans `app.js` pour #2412.
Est-ce que tu pourrais en profiter pour faire une autre passe pour se demander si tout est bien dans l'ordre ?
Par exemple, faudrait-il charger `m...@RyanHerb, dans 2c92e6e2, tu as amélioré l'ordre de chargement dans `app.js` pour #2412.
Est-ce que tu pourrais en profiter pour faire une autre passe pour se demander si tout est bien dans l'ordre ?
Par exemple, faudrait-il charger `model` et `model_loader` avant le reste ? D'autres choses ?
Si on fait cela, est-ce que cela aurait des conséquences sur la performance ?
Au passage, dans 6399680 j'ai mis à jour `require.js`, apparament cela a marché du premier coup.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2063Export/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samples2017-10-27T12:44:24+02:00Thonier FlorianExport/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samplesEvoqué à Rennes :
Possibilité d'envoyer/partager un patient entre deux hopitaux.
Cas pratique :
Mr Durand est aujourd'hui traité à Lille.
Demain, il prévoit de déménager à Paris.
Les cliniciens de Paris pourront-il recupere...Evoqué à Rennes :
Possibilité d'envoyer/partager un patient entre deux hopitaux.
Cas pratique :
Mr Durand est aujourd'hui traité à Lille.
Demain, il prévoit de déménager à Paris.
Les cliniciens de Paris pourront-il recuperer les données généré à Lille pour poursuivre son analyse ? (hormis de possible questions de droits)
Concretement :
Faut-il leur dire de s'échanger les données fastq et de recréér un "patient" dasn la nouvelle structure ?
Faire un export de l'objet "patient" et de tous ce qui lui est associé, avec un protocole d'import de l'autre coté ? On peux ainsi conserver les notes et rapports déjà édités.
Comment le faire aujourd'hui avec l'approche centralisé ? Un changement de droits dans la base de données suffit ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerbprod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2361axes: factoriser encore un peu available_axis2017-09-15T13:42:23+02:00Mathieu Giraudaxes: factoriser encore un peu available_axisVu ce matin avec @RyanHerb. En particulier pour les bar plots.
Et si possible, pour les germline pour les grids... mais tant pis si ce n'est pas possible.Vu ce matin avec @RyanHerb. En particulier pour les bar plots.
Et si possible, pour les germline pour les grids... mais tant pis si ce n'est pas possible.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2208Montage de fichiers : se souvenir du dernier chemin ouvert dans le navigateur js2018-03-21T10:13:35+01:00Mathieu GiraudMontage de fichiers : se souvenir du dernier chemin ouvert dans le navigateur jscc @mfigeac @mikael-scc @mfigeac @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2083Doc pour Ngnix2023-03-01T16:53:50+01:00Mathieu GiraudDoc pour Ngnixdoc/server.org contient les infos pour Apache (sont-elles toujours à jour ?).
Il devrait aussi y avoir quelques infos pour Nginx.
@mikael-sdoc/server.org contient les infos pour Apache (sont-elles toujours à jour ?).
Il devrait aussi y avoir quelques infos pour Nginx.
@mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2549Sequence unexpected composé de deux fois le même segment2020-05-30T13:27:20+02:00Thonier FlorianSequence unexpected composé de deux fois le même segmentJe viens de lancer une première analyses pour un user. Les résultats ne sont pas probants mais c'était prévu par l'user (reads de 75 nt pour analyser de l'IGH, [résultats](http://app.vidjil.org/browser/?sample_set_id=24139&config=25)).
...Je viens de lancer une première analyses pour un user. Les résultats ne sont pas probants mais c'était prévu par l'user (reads de 75 nt pour analyser de l'IGH, [résultats](http://app.vidjil.org/browser/?sample_set_id=24139&config=25)).
Le souci que j'ai, c'est que quasiment toutes les séquences sont en unxecpeted, et que que celles-ci sont composées de deux fois le même segment alors qu'il s'agit simplement d'un seul segment continu splitté en seg5 et seg3.
Je met ici une séquence type en exemple : [unexpected.fasta](/uploads/65915ddfdc94f6b4ceddac71efba895c/unexpected.fasta)
Il y a la partie seg5, la seg3, et le segment brut.
Lorsque l'on aligne ces trois séquences (seaview, algo clustalO pour ma part), on se rend compte qu'il s'agit en fait du même segment. Il comporte beaucoup d'erreurs cela dit au niveau de la jonction.
Pour ce qui est du fichier, je vais le relancer en multi+inc seulement avant de répondre à l'utilisateur, mais je trouve ce cas de séquences intéressant à partager tout de même.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2551Faire marcher 'algo/tools' avec la réorganisation Fasta/BAM2017-08-28T15:57:38+02:00Mathieu GiraudFaire marcher 'algo/tools' avec la réorganisation Fasta/BAMSuite à !67, les programmes de `algo/tools` ne compilent plus.Suite à !67, les programmes de `algo/tools` ne compilent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2552Tester les programmes de `algo/tools`2017-08-30T09:09:13+02:00Mathieu GiraudTester les programmes de `algo/tools`#2551 vient du fait que tout cela n'est pas vraiment testé.
Si ces programmes sont vraiment utiles, faire des tests fonctionnels.#2551 vient du fait que tout cela n'est pas vraiment testé.
Si ces programmes sont vraiment utiles, faire des tests fonctionnels.Algo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2553Documenter légèrement BAM2017-08-30T09:09:13+02:00Mathieu GiraudDocumenter légèrement BAM@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads be...@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads beforehand.
>
> 1. In the case of paired-end sequencing, there is only one BAM file (but two FASTQ files). So the people could provide a single BAM file where reads have not been merged.
On pourrait mettre exactement ce type d'infos dans `doc/algo.org`, et ne pas en faire la pub dans `doc/user.org` et sur le serveur.Algo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1810Le nombre de clones affiché sur le slider top n'est pas le bon2017-07-10T17:01:28+02:00Vidjil TeamLe nombre de clones affiché sur le slider top n'est pas le bonhttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=26
Il y a 14 séquences, pourtant on voit "25 clones (top 14)".
Est-ce un problème de virtual clones ? Autre chose ?
***
Mikaël, tu disais qu'il n'y a finalement pas de problème, tu conf...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=26
Il y a 14 séquences, pourtant on voit "25 clones (top 14)".
Est-ce un problème de virtual clones ? Autre chose ?
***
Mikaël, tu disais qu'il n'y a finalement pas de problème, tu confirmes ?
***
Oui, ce sont les clones mergés ou le filtrage qui peuvent donner cette impression là (à voir si le top devrait être dynamique sinon ?)
J'ai ajouté des tests pour vérifier que le nombre de clones affichés est bien correct : 1b49b87
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1756Only V / Only J alors qu'il n'y a que du bruit2017-09-19T23:50:40+02:00Vidjil TeamOnly V / Only J alors qu'il n'y a que du bruitLe mail que j'ai envoyé à McGill m'a mis la puce à l'oreille : vraiment, leurs données RNA-Seq contiendraient des dizaines de % de reads en only V ou only J ?
rbx : ~/patients/u061-McGill/V03-372-1T_1.fq
Regardé quelques reads au début ...Le mail que j'ai envoyé à McGill m'a mis la puce à l'oreille : vraiment, leurs données RNA-Seq contiendraient des dizaines de % de reads en only V ou only J ?
rbx : ~/patients/u061-McGill/V03-372-1T_1.fq
Regardé quelques reads au début (-i -x 1000 -K -uU )... et non, on fait n'importe quoi :
>Bla
CTAGGCATGGCTCCTCTCCACAGGAAAACTCCACTCCAGTGCTCAGCTTGCACCCTGGCACAGGCCAGCAGTTGCTGGAAGTCAGACACCTGAGAAGAAC
# 1 ! seed IGK UNSEG only V _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
Je pensais qu'il y avait un filtre de e-value pour only V / only J...
***
5298c86.
Différence entre 2015.10.2 et 5298c86, sur V03-372-1T_1.fq
(http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1233&config=25, 10M reads) :
UNSEG strand -> 52957 99.5
- UNSEG too few V/J -> 7341235 97.5
- UNSEG only V -> 1660661 94.3
- UNSEG only J -> 1041862 94.7
- UNSEG ambiguous -> 898556 99.4
+ UNSEG too few V/J -> 10786960 96.9
+ UNSEG only V -> 108604 98.5
+ UNSEG only J -> 46512 99.5
+ UNSEG ambiguous -> 238 100.0
UNSEG too short w -> 1 100.0
Cette correction de bug peut justifier 2015.12 :-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1523Quatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichie...2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamQuatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichiers fusésPatient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
***
>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file...Patient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
***
>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file produit (dont 2 ont fail et n'avaient pas de resultat)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/953segmenter: visualiser Cys, Phe/Trp, séquence en AA (IMGT-)CDR3 depuis .clntab2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil Teamsegmenter: visualiser Cys, Phe/Trp, séquence en AA (IMGT-)CDR3 depuis .clntabFrom http://www.imgt.org/FAQ/#question39 :
The CDR3 is delimited by (but does not include) the anchor positions 2nd-CYS 104 and J-PHE or J-TRP 118.
***
- déjà identifier Cys, Phe/Trp, à condition que ce soit plus ou moins à la bonne ...From http://www.imgt.org/FAQ/#question39 :
The CDR3 is delimited by (but does not include) the anchor positions 2nd-CYS 104 and J-PHE or J-TRP 118.
***
- déjà identifier Cys, Phe/Trp, à condition que ce soit plus ou moins à la bonne position (disons dans la window)
- et la séquence en AA entre ces deux bornes (si mod 3 ok)
***
et si on a la séquence en AA, la rajouter dans la recherche de filtre
***
Remonté suite à discussion à Necker.
***
Indépendamment de notre code c++, on peut déjà afficher les données venant du .clntab.
- sequence.JUNCTION.raw nt seq
- sequence.JUNCTION.aa seq
Il ne donne pas encore la position, mais on peut chercher sequence.JUNCTION.raw nt seq dans la séquence complète
Ce serait bien de le faire avant Prague.
***
Au fait, on parle bien de IMGT-JUNCTION ? ou -CDR3 ?
http://www.imgt.org/PDF/Bioinformatics/20_i379-i385_2004.pdf
***
On peut désormais mettre en highlight tout les champs du model qui contiennent une sequence de nucleotide ou un objet du type { 'start' : xx; 'stop' : yy }, ca fonctionne deja pour "sequence.JUNCTION.raw nt seq" sans modifier le fuse.
-a étendre pour fonctionner avec les séquences en AA
-detecter automatiquement les champs du model pouvant etre utilisés
***
merci beaucoup Marc, c'est bien comme cela !
***
#954, #955, #956, #957, #958
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1727Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo2020-06-19T10:28:20+02:00Vidjil TeamExport csv de la liste des clones en sortie de l'algoVoir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fon...Voir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fonctionne ?
Qui l'utilise ?
***
Discuté lors du VW16.
***
Je viens de regarder ça deux minutes.
Je ne sais pas tout ce qu'il a été dit au VW, mais voici ce que j'ai vu.
Il vous faut une sortie complète pour faire des analyses bioinfo un peu comme j'ai pu en faire sur mes TCRD ?
Déjà, il faut susurrement mettre à jour avec la détection possible des 4a et 4b si ça devient courant.
De plus, tel quel, la dénomination de sortie est V, D ou J. Or, on peut avoir des D en V ou en J (recombo DJ ou DD par exemple). J'ai résolu pour ma part ce souci par une système de jonglage récursif (si DDx en 5, déplacer en 4, si déjà D en 4, déplacer en 4a, si déjà D en 4a ,...). La détection de l’appartenance aux V,D ou J se faisant uniquement sur la lecture des char en pos 3 du segment (pas idéal).
De plus, avoir une string avec le ratio inclut dedans n'est pas pratique. Soit le bioinfo derrière le recalcul, soit il faut qu'il soit inclut dans une colonne tierce. De même, le ratio n'est pas inclue à chaque fois car il y a une valeur seuil (5reads, suffisant pour les MRD, pas pour les répertoires). C'est compréhensible mais un peu embrouillant quand on a beaucoup de clones et que 90% ne passe pas le filtre.
Dernier point : pour le moment, on a "ratio_$i" en nom de colonne, mais ce n'est pas parlant, surtout si archivé. On gagne peut-être en compréhension si on avait le nom du point ? Bioinformatiquement, ce n'est peut-être pas non plus le plus pratique. Un mix "ratio_0 (prélèvement XXX)" ?
En bonus, possible d'inclure un outil de sélection des colonnes voulues, un peu comme l'obtention des refseq sur le table browser de ucsc ?
***
Rando 2016: Marc peut s'y coller, merci!
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2054Pouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifs2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudPouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifsDemande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Li...Demande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Lien avec #1471 ?
@flothoni @RyanHerb @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1176Algo: mode "filter"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamAlgo: mode "filter"Qui sera presque notre mode principal.
On prend un fasta, on renvoie un fasta.
***
Intéressés :
- Galaxy
- ... et peut-être même IMGT... évoqué avec VG : un filtre pour lancer avant (High)VQ ? Rêvons. #1442
***
`out/...Qui sera presque notre mode principal.
On prend un fasta, on renvoie un fasta.
***
Intéressés :
- Galaxy
- ... et peut-être même IMGT... évoqué avec VG : un filtre pour lancer avant (High)VQ ? Rêvons. #1442
***
`out/clones.vdj.fa` est déjà presque ce qu'on veut, sauf qu'il y a le FineSegmenter et pas tout
***
`/vidjil -G germline/TRG ~/vdj/data/runs/12-09/Lec_10-5.cut_100000.fa -r 1`
À chaque fois, les 12000 windows toujours sorties, et pas de SimilarityMatrix
```
& 20 clones & 1000 clones & tous les 12000
representative + finesegmenter & 7,0 s & 54s & :-)
representative & 1,5 s & 2,1s & 6,3s
representative + out all windows & 2,1 s & 3,3s & 6,3s
```
Q: Est-ce que cela vaut la peine de lancer representative sur tous les 12000 windows ? En gros 2x plus lent.
Pour la MRD, inutile, la representative suffit.
On peut s'arrêter à 100 ou 1000 représentatives par défaut, avec option pour en avoir plus (par défaut, vidjil doit aller vite)
Et c'est presque transparent : dans le fichier de sortie on aura :
```
>clone-099----0000015--0.0604%--BF7RV:268:1192--1-[20,160]
GTGGAGGCAAGAAAGAATTCTCAAACTCTCACTTCAATCCTTACCATCAAGTCCGTAGAGAAAGAAGACATGGCCGTTTACTACTGTGCTGCGTGGGATCCTCCCGACTTATTATAAGAAACTCTTTGGCAGTGGAACAAC
>clone-100----0000015--0.0604%--BF7RV:101:1096--1-[0,143]
GTTGTTCCACTGCCAAAGAGTTTCTTATAATAATGGAGATCCCACGCAGCACAGTAGTAAACGGCCATGTCTTCTTTCTCTACGGACTTGATGGTAAGGATTGAAGTGAGAGTTTGAGAATTCTTTCTTGCCTCCACTTTGTTG
>clone-101----0000015--0.0604%--window
CCGTTTACTACTGTGCTGCGTACCACTGGTTGGTTCAAGA
>clone-102----0000015--0.0604%--window
ACTGTGCTGCGTGGGATTATAAACCACTGGTTGGTTCAAG
```
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739a4e3
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1703grep_reads2020-02-13T17:19:04+01:00Vidjil Teamgrep_readsFaire un outil indépendant, en c++, qui fait un grep sur .fa / .fa.gz / .fq.
Avec options approché, reverse complement, count, filtres qualité...
Cela nous servirait pour nous... et peut-être même cela serait utile, via le serveur, pour...Faire un outil indépendant, en c++, qui fait un grep sur .fa / .fa.gz / .fq.
Avec options approché, reverse complement, count, filtres qualité...
Cela nous servirait pour nous... et peut-être même cela serait utile, via le serveur, pour une version du "get reads".
... et ... cela existe déjà sûrement.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1058Filtrage par séquence aa "KVIL" (plus tard, quand on aura les AA)2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par séquence aa "KVIL" (plus tard, quand on aura les AA)
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1057Filtrage par séquence nt "ATATACAGT"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par séquence nt "ATATACAGT"
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1056Filtrage par nom customisé "stand"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom customisé "stand"
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1055Filtrage par nom "V5"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom "V5"
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1054Filtrage par nom, par séquence en nt2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom, par séquence en ntNécessite déjà d'avoir calculé la séquence en aa…
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Une boite 'filter' unique dans #list_menu, qui permet de temporairement filtrer (même chose que tag visibiliter) tous les clones (que ce soit dans la liste, le scatter ou le graphe)
...Nécessite déjà d'avoir calculé la séquence en aa…
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Une boite 'filter' unique dans #list_menu, qui permet de temporairement filtrer (même chose que tag visibiliter) tous les clones (que ce soit dans la liste, le scatter ou le graphe)
Idéalement, il faudrait pouvoir rentrer dans la boîte un texte libre (pas besoin d'autocomplétion), qui filtre en même temps sur tous les champs.
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merci Marc, vive le travail en gare !
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(par AA, mis dans une autre tâche)
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Juste pour chipoter : on peut avoir un filtrage en temps réel ? (sans besoin de valider ?)
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hihihi, Marc le voulait aussi, c'est moi qui était pas super partant (que se passe-t-il si cela rame (balayage de tous les clones pour chaque caractère) ?
Scénario : cela rame, on entre 10 caractères... et on le voit ramer pour filtrer 1 caractère après l'autre Ou serait-il capable d'interrompre les trucs précédents ?
Je m'incline si cela ne rame vraiment pas (sur l'ordi de Nathalie :)
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#1055, #1056, #1057, #1058
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2064Sélectionner un rectangle sur une vue histogramme2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudSélectionner un rectangle sur une vue histogrammeSur la grid, on peut simplement sélectionner plusieurs clones par un rectangle (modulo #971).
Ce serait fantastique de pouvoir faire la même chose sur un histogramme. Soit directement sur les clones, soit éventuellement en cliquant sur ...Sur la grid, on peut simplement sélectionner plusieurs clones par un rectangle (modulo #971).
Ce serait fantastique de pouvoir faire la même chose sur un histogramme. Soit directement sur les clones, soit éventuellement en cliquant sur l'axe x.
On pourrait ainsi, dans une vue "à la GeneScan", sélectionner / filtrer (par `focus`) un pic et analyser des choses dessus.
Voir aussi #2059.
@aurelBZH @flothoni @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1392filter pourrait aussi reconnaître un "-"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil Teamfilter pourrait aussi reconnaître un "-"La nouveauté "multi words" dans le champ filter m'a fait penser à un truc :
Le champ filter dans les tableaux (patients, log, ...) pourrait accepter "-blabla" pour n'afficher que les lignes sans "blabla". Et on voudrait pouvoir faire "bl...La nouveauté "multi words" dans le champ filter m'a fait penser à un truc :
Le champ filter dans les tableaux (patients, log, ...) pourrait accepter "-blabla" pour n'afficher que les lignes sans "blabla". Et on voudrait pouvoir faire "bli blo -blabla -blublu"
En fait, cela vient du log, sur le serveur je fais quasiment toujours un "grep -v team" et puis d'autres "grep -v" pour filtrer ce que je connais.
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merci !
(et Marc, tu peux fermer les tâches quand c'est le cas)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1053Filtrage des clones : affichage du nombre et limite max2017-07-10T17:01:30+02:00Vidjil TeamFiltrage des clones : affichage du nombre et limite maxAfficher le nombre de clones ? ou la valeur du top ?
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Limite max : garder celle du top et ne pas en avoir une en dur ?
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On tranche, on va afficher pour l'instant les deux : "215 clones (top 20)"
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@DuezAfficher le nombre de clones ? ou la valeur du top ?
***
Limite max : garder celle du top et ne pas en avoir une en dur ?
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On tranche, on va afficher pour l'instant les deux : "215 clones (top 20)"
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1542La liste patient met, pour les admin, 5,5 secondes à être calculée2018-04-13T12:36:06+02:00Vidjil TeamLa liste patient met, pour les admin, 5,5 secondes à être calculéeDepuis ce matin 10:47:29 (mais pas à chaque fois), juste après les erreurs serveurs.
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Ce n'est pas le cas sur dev.
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La solution « ça fait 2 semaines qu'on n'a pas rebooté le serveur » n'est pas une solution ;-)
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La requête...Depuis ce matin 10:47:29 (mais pas à chaque fois), juste après les erreurs serveurs.
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Ce n'est pas le cas sur dev.
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La solution « ça fait 2 semaines qu'on n'a pas rebooté le serveur » n'est pas une solution ;-)
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La requête 2 (db.patient.id == db.sequence_file.patient_id) met 0,6 seconde sur le serveur contre 0,1 dans le shell ipython avec web2py chargé…
Quelle différence ? uwsgi ?
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Même problème au niveau de la base de données. Cette page mettait plus d'une seconde à charger https://rbx.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db?query=db.patient.id%3E0 contre 0,3 s pour dev
Ça sent le problème côté uwsgi. Mais c'est difficile de faire des tests car modifier le fichier de config entraîne le relancement des process… (et après le relancement, sans modif, le temps de requête est redevenu normal).
Peut-être abaisser le max-requests, pour recharger uwsgi plus souvent ? ou vérifier la consommation mémoire de uwsgi ?
En tout cas ce n'est pas satisfaisant. Il ne devrait pas y avoir d'intervention humaine nécessaire.
***
On vient de passer à 5-7 secondes pour une raison inexpliquée. Du coup on a plein de timeouts. Pourtant rien ne tourne sur le serveur et le réseau est tranquille aussi.
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Priorité baissée, ce n'est plus le cas. Mais ça serait bien d'identifier le problème qui a eu lieu…
***
Ryan, 28 juin:
> Je viens de pull une hotfix list patient pour améliorer la lenteur sur
prod-server. Faites-moi signe si vous voyez des anomalies :)
J'imagine que tu parles de 1ee80f0.
Bravo ! La patient list (pour nous) est passée de 5.5-6.5s à environ 3.5s.
***
Oui la vitesse n'est pas améliorée pour tout le monde. notament le probleme de lenteur venait du fait que je ne chargeais pas les permissions non présentes (donc quand un utilisateur n'avait pas les permissions anon ou admin sur un patient, une requete bdd était lancée)
***
Pour mémoire, une manière de logger toutes les requêtes effectuées sur Mysql : http://stackoverflow.com/a/20485975
***
Aurélie a assez souvent des timeout, en particulier avec la liste patient. En regardant dans les logs, sur les mois de septembre et octobre, la liste patient a mis 5,4s à se charger en moyenne pour elle (n=234, min=2.3, max=11.2, mediane=2.9), et plus de 9s pour 25% des tentatives.
ligne de commande pour avoir la liste des durées pour Aurélie sur sept. et oct :
`grep -P '2016-(09|10).*Aurélie.*patient.*list.*s\)\s*$' /var/vidjil/vidjil-debug.log | sed -r 's/^.*\(([0-9.]+)s\)\s*$/\1/'`
***
8177a7d et eb4ab24
On peut s'attendre à des améliorations importantes pour les utilisateurs ayant peu de patients, pas pour les admins. À voir ce que ça change pour Aurélie, une fois en prod.
***
Comme vu pendant l'audio du jeudi 10/11/2016, une solution de pagniation pourrait être envisagée. Les informations complémentaires pourraient être en 'lazy load' pour réduire la charge.
Et nous pourrions ne charger l'entièreté des données d'un utilisateur que lorsqu'un filtre ou un sort est appliqué.
***
Après quelques tests, en limitant chaque page à 50 patients, mes temps passent de ~1.1s (pour 1130 patients) à ~0.25s
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1046fuse.py trop lent : améliorer l'algo2017-07-10T17:01:30+02:00Vidjil Teamfuse.py trop lent : améliorer l'algo20 min pour le jeu de Necker sur une trentaine de points
***
old version 30 fichiers => 17min
avec filtrage => 2min27
l'algo n'est plus quadratique (chaque point supplémentaire était plus long a fuse que le precedent du au fait que le f...20 min pour le jeu de Necker sur une trentaine de points
***
old version 30 fichiers => 17min
avec filtrage => 2min27
l'algo n'est plus quadratique (chaque point supplémentaire était plus long a fuse que le precedent du au fait que le fused file devenait de plus en plus gros apres chaque fuse).
le fuse en lui même est quasi instantané, c'est le filtrage qui prend un peu de temps maintenant.
***
yeah
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2037Pagination de la requête patient/sample_set2017-07-10T17:01:30+02:00Ryan HerbertPagination de la requête patient/sample_setLa requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne ...La requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne peuvent pas fonctionner correctement avec la pagination.
La solution proposée était de désactiver la pagination lors du filtre ou du sort des résultats
@RyanHerb @magiraud @mikael-s Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1131Filtrage dynamique des patients2017-07-10T17:01:30+02:00Vidjil TeamFiltrage dynamique des patientsLa table des patients risque d'être longue. Il sera utile de pouvoir filtrer par nom, par info. Ajouter une barre en haut pour pouvoir conserver (dynamiquement) les patients qui matchent.
***
Je pensais aussi à un tri (par nom ? par date...La table des patients risque d'être longue. Il sera utile de pouvoir filtrer par nom, par info. Ajouter une barre en haut pour pouvoir conserver (dynamiquement) les patients qui matchent.
***
Je pensais aussi à un tri (par nom ? par date ?), mais le filtrage est bien mieux.
***
5a3dddb. Merci Marc, excellent
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2298Plus de détéction des VD(D)J2020-04-28T12:42:00+02:00Thonier FlorianPlus de détéction des VD(D)JJe viens de tester d'analyser des runs et je m’aperçois que suivant la release, la détection des clones VDDJ, VDDDJ ne fonctionne plus (option -d).
Après une recherche avec des grosses mailles, je peux dire que l'erreur se situe entre l...Je viens de tester d'analyser des runs et je m’aperçois que suivant la release, la détection des clones VDDJ, VDDDJ ne fonctionne plus (option -d).
Après une recherche avec des grosses mailles, je peux dire que l'erreur se situe entre la release 2106.07 et 2016.08.
Est-ce normal ?
Si non, je ferai un bisect prochainement pour trouver l'origine.
@magiraud @mikael-sAlgo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2138Le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J2020-10-14T11:10:04+02:00Mikaël SalsonLe FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du JEn l'état actuel, le FineSegmenter met le début du V à la position 1 de la séquence, et la fin du J à la dernière position de la séquence. Dans le cas d'un séquençage de produits de PCR ce n'est pas un problème. Avec de la capture ou du ...En l'état actuel, le FineSegmenter met le début du V à la position 1 de la séquence, et la fin du J à la dernière position de la séquence. Dans le cas d'un séquençage de produits de PCR ce n'est pas un problème. Avec de la capture ou du RNA-Seq (avec de longs reads), cela devient plus problématique.
La correction de ce bug aura aussi des conséquences pour la recherche du codon stop dans la séquence (voir #1824/#2142).
cc @magiraudAlgo 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1263Browser ne charge pas en offline2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamBrowser ne charge pas en offlineReferenceError: germline_data is not defined germline_builder.js:60
C'est bloquant pour les tests browser…
***
pas de probleme en offline chez moi germline_data se trouve dans germline/germline.data qui est un fichier javascript (contra...ReferenceError: germline_data is not defined germline_builder.js:60
C'est bloquant pour les tests browser…
***
pas de probleme en offline chez moi germline_data se trouve dans germline/germline.data qui est un fichier javascript (contrairement a ce que laisse penser son extension) accessible en offline.
j'ai vu sur les log de jenkins le message
>> phantomjs : cannot connect to X server
qui est apparemment du a une version obsolete de phantomjs
***
Il y a bien germline/germlines.data mais il est à la racine du git. Il n'est pas dans browser. Or le browser y accède via url: window.location.origin + "/germline/germlines.data". Il s'attend donc à ce qu'il soit dans browser. Il ne manque pas un lien symbolique ou quelque chose sur le git ?
Plus précisément si j'y accède via mon serveur apache (URL vidjil.local, qui correspond au répertoire ~/Recherche/vidjil/browser), ça ne marche pas. Si j'y accède via l'URL directe ça fonctionne : file:///home/mikael/Recherche/vidjil/browser/index.html
Là où c'est bloquant c'est pas pour les tests unitaires mais pour les tests fonctionnels (watir).
***
window.location.origin renvoie juste le domain name (rbx.vidjil.org)
et il y a un fallback pour récupérer le fichier autrement depuis qu'il est en javascript.
le probleme doit venir du repertoire germline/
recemment j'ai rajouté dans etc/nginx/sites-available/web2py :
location /germline {
root /path/to/vidjil/;
expires max;
error_page 405 = ;
}
la modif a été faite sur rbx et dans le fichier d'instal mais certainement pas sur le serveur de test
***
Oui mais la racine du site web est dans browser, alors que germline est au dessus de la racine, c'est difficilement accessible, non ?
***
>>8d43922dbe7a
le browser n'a plus besoin d'accéder a germline/ , le script buildGermlineBrowser.py met tout ce dont le browser a besoin (germline.data et les sequences) dans germline.js
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1678Tests .should-vdj: format ?2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamTests .should-vdj: format ?On a pour l'instant ces deux formats :
TRBV6-1 7/0/12 TRBD2 1/8/2 TRBJ2-7 TRDV2*02_14/TCCCGGCCT/0_TRDD3*01_3/CCACGGC/4_TRAJ29*01__TRA+D
ou bien :
TRDD2*01_18//4_TRAJ29*01__TRA+D commentaire seq15
Il faut trouver un bon format qui convie...On a pour l'instant ces deux formats :
TRBV6-1 7/0/12 TRBD2 1/8/2 TRBJ2-7 TRDV2*02_14/TCCCGGCCT/0_TRDD3*01_3/CCACGGC/4_TRAJ29*01__TRA+D
ou bien :
TRDD2*01_18//4_TRAJ29*01__TRA+D commentaire seq15
Il faut trouver un bon format qui conviennent à tous.
- espace ou _ ?
espace plus naturel, mais comment savoir où l'on s'arrête ? (surtout si commentaire derrière)
'#' pour commentaires ?
- On avait des tests uniquement sur le locus. Pour l'instant "__" + locus. Comment faire ? [TRG] ?
- Accepter à la fois 4/ACT/0 et 4/3/0 ?
- Accepter à la fois TRDD2 et TRDD2*01 ? Le '*' dit qu'il y a un allèle ensuite ?
Problème si pas l'allèle: à quoi fait référence la délétion ?
-> *01 par convention (YF/AC ne savent pas vraiment, mais il faut bien qu'on décide quelque chose)
TRGV4 1/3/4 TRGJ2 -> TRGV4{soit rien, soit *..} 1/{soit 3, soit [ACGT]^3}/4 TRGJ2{soit rien, soit *..}
- Accepte-t-on à la fois TRGV4 et TRGV04 ?
Cela devient lourd, proposition: se limiter à la nomenclature IMGT
***
Le moins que l'on puisse dire, c'est que ce n'est pas clair.
Le format que j'ai donnée, c'est ce qur j'ai impossé comme transformation car popur rappel, toutes les annotations sanger sont faites a la main, avec du copié/collé des séquence et recherche sur IMGT.
A terme, maintenant que des outils efficaces axistent, les annotatons vont peu à peu se conformer à l'outil utilisé (vidijl ou IMGT, si il y a un standard ...).
***
Mon avis, c'est qu'il peux être interressant de pouvoir switcher entre 4/AGG/3 et 4/3/3. c'est parfois plus parlant.
-Les alleles sont interessantes a conservé. Nous ne les avions pas car apperment les technicienne du lab ne les notait pas ici.
-Pour les alleles toujours, si encore certains étaient sureprésenté (genre 90% du temps) on pourrait se permettre de ne pas forcer son indication, mais je ne pense pas que ce soit le cas ... Donc il a son intérêt.
- Pour le 4 ou le 04, il faudrait voir comment c'est noté dans imgt pour faciliter l'utilisation par l'user des différents outils.
***
ok.
Allèles : il s'agit bien de donner la possibilité de soit les avoir, soit ne pas les avoir, en fonction de qui fait le fichier .should-vdj.fa et des pratiques des uns ou des autres.
***
9c7a029
On accepte ainsi 4/AGG/3 et 4/3/3, tout comme TRDD2 et TRDD2*01.
make shouldvdj -> déjà 3 séquences sur les 15 de Florian passent, on est sur la bonne voie :-)
Florian, d'où viennent les nomenclatures telles que TRGJ1-1 et TRBD2-2 que tu utilises ?
Dans IMGT, c'est TRGJ1*01 TRBD2*02 (ici c'est bien un allèle),
à la différence de IGHV3-11 qui est bien un gène (si on veut l'allèle, c'est IGHV3-11*01)
Peut-être vaudrait-il mieux se conforter à l'usage IMGT ?
***
Je viens de verifier les séquences et d'en corriger certaines (pour lesquelles vidjil avait effectivement raison) et d'autre dont la nomenclature pechaient.
Il ne reste que trois erreurs, 2 dd2-DD3 non vu tel quel, et un cas difficile a arbitrer (enfin je prefererais avoir votre avis, cf fichier joint).
Il y a dans le cas de vidjil à la fois des insertions/déletions et mutations. Mais en même temps ,il y a un fragment de 6 nt qui colle après ça ...
***
e54b4f7 : on peut mettre "TODO" sur un .should-vdj (on sait qu'il loupe, mais les tests passent)
4c1bd7b : mis sur les trois tests en question de Florian
***
@magiraud @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2433algo : mauvaise dénomination du Vh si séquence trop courte2021-11-23T16:33:29+01:00Thonier Florianalgo : mauvaise dénomination du Vh si séquence trop courteLors de tests de QC à Rennes, nous nous sommes aperçu que vidjil retournait anormalement beaucoup de V4-34 là ou il aurait du y avoir des V4-(59-61, ...).
Il se trouve que sur la portion des segments V séquencée est trop courte. Ainsi, ...Lors de tests de QC à Rennes, nous nous sommes aperçu que vidjil retournait anormalement beaucoup de V4-34 là ou il aurait du y avoir des V4-(59-61, ...).
Il se trouve que sur la portion des segments V séquencée est trop courte. Ainsi, on a une identité de 100% sur plusieurs segments, et nous pourrions faire la distinction uniquement sur des données plus longues.
Cependant, nous n'avons aucun retour à l'écran sur la compatibilité de la séquence avec de nombreux sous-segments. Il faudrait donc intégrer un tel retour. C'est d'ailleurs ce que semble faire immonuSeq lorsqu'il y a des incertitudes. Il donne le segment V inconnu, et il a un champs étiquette du segmentV (segmentV-tiles) avec une liste de segments compatibles.
Concrètement, pour de la clinique, on sais que le CDR3 que l'on trouve est bon, mais le design de l'AJO peut être biaisé par cette erreur. Pour la recherche, l’interprétation aussi, puisque nombre de séquences se retrouvent finalement regroupées sous les même segments alors qu'ils s sont peut-être différents dnas la séquence manquante (et n'ont donc pas la même signification biologique).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2172Tags: modèle, recherches2017-10-06T13:41:46+02:00Mathieu GiraudTags: modèle, recherchesVoir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ic...Voir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ici mieux gérer ces tags tels que `#bla` (ou `#mrd`, en attendant #1555).
Idées en vrac, à discuter / compléter :
- (affichage d'une fiche) afficher les tags d'une certaine manière (en inline, comme ~"bio-metadata" dans gitlab ?)
- (affichage d'une liste de sample sets / samples) afficher certains tags dans la liste
- (recherche/édition) proposer une liste de tags à côté des champs de recherche
- (recherche/édition) faire de l'autocomplétion lorsqu'on saisit `#` dans ces champs
- ...
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1546Rechercher sur le brin complémentaire aussi / revcomp2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamRechercher sur le brin complémentaire aussi / revcompDans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
***
ok... mais pourquoi une accolade a sauté dan...Dans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
***
ok... mais pourquoi une accolade a sauté dans list.js ? J'ai l'impression que cela ne passe plus tout à fait :)
Au fait, tu peux faire, pour revoir ton commit : git show 5c43ecaf
(Et c'est conseillé d'installer / utiliser gitk pour voir les commits)
***
un fausse manip sur un copié-collé.
Corrigé.
***
Super ! Idéalement, il faudrait faire un test.
Voir browser/test/QUnit/testFiles.list_test.js, ligne 85
list.filter("test2")
Le test est pour l'instant uniquement sur le nom du clone, il faudrait qu'il y en ait un sur la séquence, et un autre sur la séquence en revcomp (Les clones de test sont définis dans data_test.js).
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1376Le champ "search" des patients devrait aussi rechercher dans les infos2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamLe champ "search" des patients devrait aussi rechercher dans les infos
***
@Duez
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1369c++: détection CDR3: Cys, Phe/Trp + séquence en AA2019-10-23T07:37:53+02:00Vidjil Teamc++: détection CDR3: Cys, Phe/Trp + séquence en AAOn aurait pu tout faire en .js, mais le but est d'avoir les infos dans le .vidjil et être aussi capable d'afficher d'autres méthodes de détection de CDR3 (Nikos ou autres).
Tout cela sera appelé à la fin, en même temps que le FineSegmen...On aurait pu tout faire en .js, mais le but est d'avoir les infos dans le .vidjil et être aussi capable d'afficher d'autres méthodes de détection de CDR3 (Nikos ou autres).
Tout cela sera appelé à la fin, en même temps que le FineSegmenter (et cela pourrait même être après le fuse, mais bon...)
***
Marc, peux-tu pousser ce que tu as fait, sur une branche séparée ? Merci.
***
merci Marc. On doit maintenant regarder (comparer miTCR ?) (IMGT ?)
Faire des should_get à partir de certaines séquences ?
On voit cela au cours du mois de mars.
***
Voir le script cdr3_detection/cdr3Finder.py fait par Florian dans la branche cdr3.
Il faudra un jour mettre tout ou partie de cela dans le C++, tout en gardant une certaine vitesse.
***
à faire, important... en avril ?
***
Pour mémoire, échange de mail avec Florian :
Le 25 févr. 2016 à 15:28, Florian Thonier <florian.thonier@inserm.fr> a écrit :
>> # Run search of cys104 & his position
>> theotical_cys104 = dataGerm[clone["seg"].get("5", 0)][312-LEN_CYS104:312].replace(".","").upper() # fix better len for cys ?
>> clone = betterFinder(portion5, borne5, theotical_cys104, clone)
> 312 : d’où vient cette valeur ? Est-ce la position exacte/approchée où on doit trouver la Cys104 dans les séquences gappées ? Ou bien la position exacte est 312 - 15 ? (et est-ce que cela marche pour tous les locus ?)
La position exacte du cys104 est de 310 à 312.
Je pars des séquences gappées pour positionné la CYS. Sans les gaps, les séquences sont de taille très diverses, et je ne peux donc plus le positionner exactement.
Normalement, le principe des gap fourni par IMGT est justement d'être extrêmement correct sur cette portion, quelques soit le locus. J'en ai regardé de visu quelques unes pour vérifier à l'époque, ils ont des erreurs sur d'autres portions où des corrections manuels pourraient probablement être apportée.
> Et avec le replace(".",""), tu n’as plus les gaps ensuite ? (Est-ce que c’était important d’avoir les gaps au départ ?)
theotical_cys104 est donc un motif de taille 15, que tu recherches de manière exacte ou approchée
Je le recherche de manière approché, en autorisant des petites modifs. De souvenir, c'est un partie un peu bancale. Je calcul un score d’occurrence en essayant de tenir compte de possible insert ou mismatch. si le score est inférieur à 12 ou 9 nt d’occurrence sur 15 ou 12 de séquence, je ne poursuit pas. (a vérifier)
C'est la partie à améliorer. Le souci, c'est que les séquences des clones , dans cette portion et dans des cas extrêmes, peuvent parfois inclure des modifications qui empêchent la détection du pattern.
Il y aurait sûrement un meilleurs moyen d'approcher le pattern.
> cysStart = cys[len(cys)-3:]
cysStart est le début de theoretical_cys104 (mais est-ce la Cys104 ou juste le début du motif de taille 15 ?)
On obtient par cette manip le codon de la cys 104 théorique de ce segment. Il existe deux codons possible pour la cys (TGT et TGC).
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>> #looking for trp/phe codons in CDR3 seq
>> admisibleSeq = [r"FG[A-Z]G", r"WG[A-Z]G", r"^FG"]
> D’où viennent exactement ces patterns ? Le dernier n’est-il pas beaucoup plus tolérant que tous les autres ? (ah oui, il est en dernier ?)
C'est patterns revenaient dans deux publications d'analyse de répertoire reposant sur la détection du CDR3. Etant majoritaires mais pas non plus exactes, j'ai inclut en plus le dernier. Comme tu l'as fait remarquer, il est en dernier; il y a un break qui arrête la recherche au premier pattern trouvé. Il est donc pris en compte que dans le cas ou les deux premier échouent.
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Branche cdr3-c++.
Le coeur est 0aae0cf : la JUNCTION est ce qui va de la Cys104 à la Phe118/Trp118 :
- Repris les séquences gappées V
- Autant faire aussi des séquences gappées J, alignées sur les motifs dont parle Florian. IMGT ne les propose pas, on le fait donc (c2b0dfc)
On utilise l'alignement déjà fait dans align_against_collection. Pour l'instant, c'est simple : si on a 3 délétions à la fin du V, on considère que la position de référence de la Cys104 est 3 nucléotides plus à droite. Bref, on ne prend pas en compte d'autres indels qui pourraient arriver. Ce calcul pourrait être amélioré en récupérant la position exacte de l'alignement.
Il y a donc des cas où cela marche et des cas non (mais ou on devrait avoir la bonne longueur à +/- 1, voire 2, mais donc mauvaise prédiction de prédictif), voir les derniers commits de tests. Pour la release 2016.03 (qui doit avoir lieu cette semaine), on fera encore quelques adaptations, mais cette détection sera toujours marquée comme "expérimentale".
Florian, pourrais-tu regarder ce que cela donne ? Cela serait particulièrement utile que tu lance sur tes données ou sur les données de test en comparant ton script et en regardant les cas où il y a des différences. Attention, il faut faire "make get-all-data" dans germline pour récupérer/créer les fichiers gappés.
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Branche cdr3-c++ mise à jour → c’est bon, on identifie maintenant la position de Cys104 et Phe118/Trp118 précisément dans la matrice de programmation dynamique (505c29d). Normalement on devrait maintenant trouver la bonne chose dans quasiment tous les cas.
(Dernier détail : IMGT va mettre certaines séquences comme "non-productives" car il y a des stop à l'extérieur du CDR3. Le "p" ou "u" calculé par Vidjil se limite à l'intérieur du CDR3.)
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Je reviens après avoir fait un petit tour dans les résultats.
Premier point : ça marche super bien !
J'ai toutefois deux ou trois points.
- Les autres plate-formes incluent dans leur CDR3 les codons de la cys et de la phe/trp. Je pense que pour coller au mieux niveau interopérabilité, il faudrait aussi les inclure.
- Sinon, je pense qu'il y a en effet un problème au niveau de la position start. Le bug vient de savoir si la position de début est inclusive ou exclusive, mais cela provoque par exemple un mauvais positionnement du CDR3 dans l'interface web du CDR3.
- Le dernier point, c'est de savoir si vidjil doit chercher ou non les codons stop aussi en amont/aval. Certes, le CDR3 est fonctionnel, mais la séquence ne le sera peut-être pas. Soit il faut une double feature stop-cdr3 et stop-sequence, soit une seule qui prenne en compte les deux possibilités. Toutes les séquences que j'ai trouvées non conformes le sont à cause de ce point. En amont, ce serait relativement simple; en aval, je ne sais pas quelle est la limite avant qu'un codon stop soit handicapant lors de la traduction.
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merci Florian pour tes remarques et ton travail là-dessus ! Je vais pousser bientôt tout cela dans dev.
1) Oui. Tu as raison, d'un côté, on doit donner ce que tout le monde attend... mais, de l'autre, on doit respecter les définitions IMGT. On va donc mettre les *deux* infos dans le json, cdr3 et junction, et chacun choisit ce qu'il veut.
2) A priori toutes les positions sont inclusives, normalement le c++ respecte cela. Après, on peut changer le côté browser pour qu'il respecte mieux, je vais enquêter
3) Disons que, pour l'instant, on ne dit que si le CDR3 est productif, pas plus. Le problème pour s'étendre "plus loin" est tout le problème du calcul de la séquence représentative. On peut avoir des reads d'un clone qui sont productifs, d'autre non. Bref, on mettra une tâche pour cela, mais on verra ultérieurement, à une prochaine release. Merci de garder tes séquences discordantes quelque part, on en aura bientôt besoin.
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merci encore Florian ! C'est mergé.
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#1370, #1371, #1372
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@mikael-s @Duez @flothoni @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2142Séquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gène2020-11-27T12:30:25+01:00Mathieu GiraudSéquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gèneTâche extraite de #1824 :
> @mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
> @magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-...Tâche extraite de #1824 :
> @mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
> @magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-) ... et même pourquoi pas un stop en amont du V. On pourrait rajouter un substr bien senti, avant l'appel à hasInFrameStopCodon. Que fait ~repseq-IMGT ?
> @mikael-s : pour l'instant le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J (#2138), ce qui empêche de limiter la recherche de codon stop à une certaine zone.
Lien à voir avec #2138Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1563Avoir accès à l'historique des résultats pour un fichier et une config donnée2017-07-10T17:01:51+02:00Vidjil TeamAvoir accès à l'historique des résultats pour un fichier et une config donnéeParfois on relance des calculs (typiquement ça va être le cas pour les patients de Lille pour lesquels on aura corrigé le bug « 1 clone, plusieurs représentatives), mais on a envie d'avoir accès aux anciens résultats, pour une même confi...Parfois on relance des calculs (typiquement ça va être le cas pour les patients de Lille pour lesquels on aura corrigé le bug « 1 clone, plusieurs représentatives), mais on a envie d'avoir accès aux anciens résultats, pour une même config.
Plus généralement on garde tous les résultats, mais ça n'apparait pas (on ne le voit que quand on efface le dernier résultat), c'est dommage. On pourrait avoir une liste déroulante pour choisir un autre résultat que le dernier (s'il y en a plus d'un, évidemment).
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Oui, excellente idée !
Idéalement, on aimerait même savoir quel est le % segmenté ou d'autres choses comme cela. Actuellement, cela demanderait de parser les .vidjil (bref un stats par patient).
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Et dans le compare patients aussi (à voir comment on fait pour ne pas se retrouver avec des milliers de lignes…) : on peut vouloir comparer deux résultats sur une même config sur un même fichier.
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Avoir un historique facile d'accès (liste déroulante sur la liste des sequence_file) ne semble pas si facile. Je n'ai pas réussi à faire reconnaitre du JS inclu dans une balise <script> envoyé par le serveur (donc pas de bind JQuery, et pas de possibilité d'appeler une fonction liée par les attribus HTML5 (comme onchange ou onclick).
Une solution serait de forcer l'extraction et l'évaluation de balises script au moment de l'affichage (dans database.js). Qu'en pensez-vous ?
Pour l'instant je me contente d'une nouvelle page, qui sera mieux adaptée pour proposer les comparaisons de fichiers, mais n'apporte pas l'ergonomie de la liste déroulante pour visualiser un fichier unique.
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Finalement, comme vu avec Mathieu j'ai modifié la page default/custom (la page de comparaison entre patients) pour pouvoir spécifier un patient_id et donc non seulement limiter la recherche à un client unique, mais également d'avoir accès à tous les résultats plutôt qu'à la plus récente.
La page a bien entendu conservé toute sa fonctionnalité originale lorsqu'on y accède sans spécifier de patient_id.
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C'est merge sur dev, mais je n'ai pas encore réussi à tester les comparaisons (j'ai essayé sur test et en local).
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2121Recherche de séquence avec positions dégénérées / regexp2021-04-16T22:40:05+02:00Mathieu GiraudRecherche de séquence avec positions dégénérées / regexpCoucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact ...Coucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact sur les performance (des regexp partout au lieu d'un simple test), bref cela mérite un nouvelle branche `regexp` et qu'on en parle tranquillement, par exemple ici.
@mikael-s
Voir aussi #1693.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4224Avoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel...2021-05-05T15:20:46+02:00Thonier FlorianAvoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel, le web et les slidesJe suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'ap...Je suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'apercevoir que watir a une option pour faire des [screenshot](http://watir.com/guides/screenshots/) inclut par défaut. J'imagine qu'il serait intéressant à certains endroit bien placer de pouvoir générer des screenshot qui seront ensuite exploiter comme illustration dans le tuto/manuel.
Il faudrait imaginer un job en plus dans le CI pour ensuite exporter les images, voir pour faire des crop automatiques de celle-ci pour se concentrer sur la partie intéréssante.Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2554VidjilAuth : ne pas avoir de chaîne en dur2024-01-19T18:44:47+01:00Mathieu GiraudVidjilAuth : ne pas avoir de chaîne en dur`'patient'`, `'run'`... on doit buen avoir des constantes quelque part.`'patient'`, `'run'`... on doit buen avoir des constantes quelque part.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2555Algo 2017.072018-06-12T08:26:21+02:00Mathieu GiraudAlgo 2017.07Voir les tâches %"Algo 2017.07".
cc @mikael-sVoir les tâches %"Algo 2017.07".
cc @mikael-sJuillet 2017