vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-03-27T15:18:48+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4035Release 2020.012020-03-27T15:18:48+01:00Mathieu GiraudRelease 2020.01Au moins pour #3890, où j'ai promis à ~"Paris-Pitié" "d'ici novembre" :)Au moins pour #3890, où j'ai promis à ~"Paris-Pitié" "d'ici novembre" :)Déploiement 2020.062019-12-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3673Import .tsv AIRR depuis fuse.py2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudImport .tsv AIRR depuis fuse.py@mikael\-s : "indispensable pour #3591"
cc @flothoni
Voir aussi #3256.@mikael\-s : "indispensable pour #3591"
cc @flothoni
Voir aussi #3256.Déploiement 2020.06Thonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4136Avoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautés2020-05-27T09:29:48+02:00Mathieu GiraudAvoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautésSuggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-git...Suggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-gitlab", mais avant de trouver l'info... Cela pourrait prendre la forme de ~"client-notifications", mais on pourrait réfléchir à un fichier `.md` dans la ~doc (et donc qui se retrouve sur le web), ou bien une issue ~"dev-gitlab" particulière, à destination des usagers, expliquant ces chantiers. Nul besoin de détailler les 1500 issues (on peut mettre des liens ~"dev-gitlab"), mais plutôt de lister 10-15 chantiers et leur état d'avancement.
#2468 #4110Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-01-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4210Documentation docker; dev en local2020-10-16T18:40:08+02:00Thonier FlorianDocumentation docker; dev en localCette issue pour y mettre des points de documentation si on veux faire du dev en local (qui est pour l'instant un peu piégeux).Cette issue pour y mettre des points de documentation si on veux faire du dev en local (qui est pour l'instant un peu piégeux).Thonier FlorianThonier Florian2020-03-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4386Ne pas produire les fichiers clone.fa2020-07-28T19:06:22+02:00Mikaël SalsonNe pas produire les fichiers clone.faIl peut y avoir beaucoup de fichiers `clone.fa` (un par clone) quand on lance `-y all` (cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_353841). Cela prend de la place inutilement.
Il faudrait (par défaut ?) ne pas produire ce...Il peut y avoir beaucoup de fichiers `clone.fa` (un par clone) quand on lance `-y all` (cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_353841). Cela prend de la place inutilement.
Il faudrait (par défaut ?) ne pas produire ces fichiers : on a déjà l'info dans le `.vidjil`.
%"Algo 2020.07"Algo 2020.082020-08-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4506Pouvoir signaler des avertissements sur des serveurs non habilités2020-12-04T18:23:40+01:00Mathieu GiraudPouvoir signaler des avertissements sur des serveurs non habilitésCertains serveurs ne sont pas habilités à avoir des données de santé.
Un avertissement doit pouvoir figurer sur la page de création de sets / d'upload, en fonction d'une constante dans `defs.py`.Certains serveurs ne sont pas habilités à avoir des données de santé.
Un avertissement doit pouvoir figurer sur la page de création de sets / d'upload, en fonction d'une constante dans `defs.py`.Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-10-16https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod2020-12-03T12:42:36+01:00Mathieu Giraudqc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
A...@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
Attendre pour cela quelques jours que @RyanHerb finisse les issues en cours #3454 #3455 #3456 #3493 #3497. On peut en parler par exemple vendredi à l'audio ensemble.
Après la mise en prod, on pourra aussi tester des choses type #3409 ou autre.Web 2020.122020-10-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4531Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)2021-01-15T10:50:50+01:00Thonier FlorianAvoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)Un utilisateur souhaite voir les données du cochon.
J'ai rajouté l'entré dans le fichier `split-from-imgt`
Ensuite, il faudra mettre à jour le contenu de germline sur le serveur et la configuration associée.
TODO; ajouté aussi une do...Un utilisateur souhaite voir les données du cochon.
J'ai rajouté l'entré dans le fichier `split-from-imgt`
Ensuite, il faudra mettre à jour le contenu de germline sur le serveur et la configuration associée.
TODO; ajouté aussi une doc sur la meilleur manière de procédé à une release de germline
* ajout de l'espèce
* release de la nouvelle version
* ajout de nouvelle config (par défaut sur tout nouveau serveur ?)Algo 2021.022020-11-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4576Mettre à jour la page de login views/default/user.html2020-12-02T20:49:49+01:00Mathieu GiraudMettre à jour la page de login views/default/user.htmlPas mise à jour depuis plusieurs années. Revoir les crédits.
Suite à !813, mettre en particulier un texte différent selon le statut du server.Pas mise à jour depuis plusieurs années. Revoir les crédits.
Suite à !813, mettre en particulier un texte différent selon le statut du server.Web 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4562Mise en prod "My Account"2020-12-10T09:27:00+01:00Mathieu GiraudMise en prod "My Account"Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait p...Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait pas traîner, tout à fait d'accord ;) On peut en parler pochainement !
cc @flothoniWeb 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4575Faire un template de release/déploiement web2021-08-13T10:08:22+02:00Mathieu GiraudFaire un template de release/déploiement webÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiWeb 2021.052020-12-11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4632Analyse avec MiXCR ne fonctionne pas avec les distributions2021-02-23T10:10:25+01:00Thonier FlorianAnalyse avec MiXCR ne fonctionne pas avec les distributionsSur le serveur de test, les analyses avec la config mixcr ne s'ouvre pas.
Cela est provoqué par la fonction `loadAllDistribClones` qui échoue sur une variable qui peut être non définie.
Les clones mixcr n'ont pas de valeur `lenSeqAvera...Sur le serveur de test, les analyses avec la config mixcr ne s'ouvre pas.
Cela est provoqué par la fonction `loadAllDistribClones` qui échoue sur une variable qui peut être non définie.
Les clones mixcr n'ont pas de valeur `lenSeqAverage`.
Il y aurait possiblement besoin d'un hotfix.
Dans le pire des cas, en attendant nous pouvons retirer sur le serveur les distributions du fuse lors des configuration mixcr.
Ps: Prévenir l'utilisateur 66.2021-01-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4592Évaluer la reproductibilité des pipelines2021-10-29T11:24:20+02:00Mathieu GiraudÉvaluer la reproductibilité des pipelinesPlus généralement que #4591, par API, faire des stats sur les jobs *passés* voir quel est le nombre moyen de relances (automatiques et/ou manuelles) qu'il y a eues. Idéalement coupler cela avec #3397 : que coûtent les relances ?Plus généralement que #4591, par API, faire des stats sur les jobs *passés* voir quel est le nombre moyen de relances (automatiques et/ou manuelles) qu'il y a eues. Idéalement coupler cela avec #3397 : que coûtent les relances ?Tests-Dev-2021-052021-02-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4481Config import AIRR pour le web2021-10-27T17:43:45+02:00Mathieu GiraudConfig import AIRR pour le webUne manière de faire #3591, possible depuis !558
Florian : "peut-être il suffit de reprendre ce qui existait pour clntab"Une manière de faire #3591, possible depuis !558
Florian : "peut-être il suffit de reprendre ce qui existait pour clntab"Thonier FlorianThonier Florian2021-03-07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4421Pertinence / bon usage des tooltips2021-03-19T14:59:07+01:00Mathieu GiraudPertinence / bon usage des tooltipsPapoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant ...Papoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant qu'il y ait plus d'infos sur ordi que sur tablette", tout à fait !
Se renseigner sur les bons usages2021-03-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3844Exporter les clones dans un format compatible avec d'autres bases de données2019-03-19T19:36:13+01:00Thonier FlorianExporter les clones dans un format compatible avec d'autres bases de donnéesJe pense que cette issue n'a pas de raison d'être. On a déjà le fasta, et en plus maintenant le AIRR. JE ne pense pas qu'il y ai d'autre format necessaire (ou j'en loupe).
Cependant, on ne sait pas si il va réussir à être adopté aussi l...Je pense que cette issue n'a pas de raison d'être. On a déjà le fasta, et en plus maintenant le AIRR. JE ne pense pas qu'il y ai d'autre format necessaire (ou j'en loupe).
Cependant, on ne sait pas si il va réussir à être adopté aussi largement que prévu. Dans le doute, j'ouvre cette issue et fixe arbitrairement la date pour dans 2 ans, un vendredi .2021-03-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4271Mettre à jour les germlines2021-04-01T20:14:43+02:00Mathieu GiraudMettre à jour les germlinesCela fait plus de 18 mois que cela n'a pas été fait (et !374 ?)
Probablement pas pour #4268 ;)Cela fait plus de 18 mois que cela n'a pas été fait (et !374 ?)
Probablement pas pour #4268 ;)Algo 2021.042021-03-23https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4716Supprimer les boutons logout tant qu'ils ne fonctionnent pas2021-04-15T20:44:25+02:00Mathieu GiraudSupprimer les boutons logout tant qu'ils ne fonctionnent pas
Si on n'arrive pas à résoudre #2477, et bien... supprimons les boutons logout, ils apportent de la confusion.
Si on n'arrive pas à résoudre #2477, et bien... supprimons les boutons logout, ils apportent de la confusion.Web 2021.052021-04-07