vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-10-06T15:00:29+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4875Curseur d'attente2021-10-06T15:00:29+02:00Mathieu GiraudCurseur d'attente(pour le calcul primers, mais potentiellement pour d'autres calculs)
See [discussion in !1013](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_574004) :
> > En CSS ? https://stackoverflow.com/questions/5175740/javas...(pour le calcul primers, mais potentiellement pour d'autres calculs)
See [discussion in !1013](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_574004) :
> > En CSS ? https://stackoverflow.com/questions/5175740/javascript-cursor-change-and-change-back-again
> Sans effet. Les commandes marchent normalement. Le curseur change si je teste en dehors du switch des primers. Mais lors du switch, le client "freeze" et le curseur redevient normal directement à la fin du switch.
Ou bien #4856 (mais, en général, ce serait bien de savoir comment changer le curseur :))https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4876Si le post process échouel, les analyses sont quand même disponible pour le fuse2021-10-06T17:38:57+02:00Thonier FlorianSi le post process échouel, les analyses sont quand même disponible pour le fuseSuite à une erreur sur un scirpt de preprocess fuse, toutes les analyses sont en erreur.
En cherchant a corriger ce point, j'ai vu dans le log du fuse que l'ensemble des autres analyses était listé dans la commande fuse.
Quelque part,...Suite à une erreur sur un scirpt de preprocess fuse, toutes les analyses sont en erreur.
En cherchant a corriger ce point, j'ai vu dans le log du fuse que l'ensemble des autres analyses était listé dans la commande fuse.
Quelque part, en effet, l'analyse vidjil est disponible, mais je ne pense pas que l'on devrait les inclure.
Il s'agit probablement d'un étiquetage des process dans le serveur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4878validate-links.py: asynchrone ?2021-10-12T12:27:49+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: asynchrone ?
On pourrait probablement gagner du temps de build.
On pourrait probablement gagner du temps de build.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4879Licence et germlines2021-10-29T17:24:56+02:00Mathieu GiraudLicence et germlinesDepuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Depuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4880Report non-designated sequence outside of germline ?2021-10-16T13:01:10+02:00Mathieu GiraudReport non-designated sequence outside of germline ?Discussion dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1010#note_579356
Voir ce qu'on souhaite côté bio, et aussi comment cela apparaît dans le ~client.Discussion dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1010#note_579356
Voir ce qu'on souhaite côté bio, et aussi comment cela apparaît dans le ~client.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4881Spam de initMenu sur app2021-10-20T18:15:33+02:00Thonier FlorianSpam de initMenu sur appLorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On...Lorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On a donc cette erreur fictive qui s'affiche à charque chargement de page.
Je pense que l'on doit reparamètrer app pour ne pas chercher a afficher ces fichiers, et donc ne plus lever d'erreurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4882Supported browsers, mai 2022/20242023-05-17T16:03:06+02:00Mathieu GiraudSupported browsers, mai 2022/2024Suite à #1077, #2427, #4860, #4862, !1041
Une proposition pour fixer un cap vers où l'on va:
- mai 2022 (reporté depuis sept 2021, on attendait #4862)
- on droppe les legacy FF32 et Chrome49
- les supported FF78 et Chrome79 devi...Suite à #1077, #2427, #4860, #4862, !1041
Une proposition pour fixer un cap vers où l'on va:
- mai 2022 (reporté depuis sept 2021, on attendait #4862)
- on droppe les legacy FF32 et Chrome49
- les supported FF78 et Chrome79 deviennent les **extended support**, supportés jusqu'à au moins mai 2024 (!1051)
- les nouveaux supported deviennent FF98 ESR (ou autre si une autre sort) et Chrome XX.
- mai 2024 : nouvelle itération
Par rapport à ce qu'on avait mis l'année dernière (!802), on repousse donc les échéances de quelques mois, mais cela me semble sain, maintenant qu'il y a le warning #4862, que les utilisateurs
- aient 6 mois pour se préoccuper (et nous contacter si besoin)
- et que, en changeant vers le supported, ils savent qu'ils sont à l'abri pour plus de 2 ans (d'où !1051)
Ceci est toujours modulé par ce qu'on se rendrait compte par des stats (#2417) et/ou des retours d'usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4883Migrer à Typescript ?2022-02-25T17:43:59+01:00Mathieu GiraudMigrer à Typescript ?cc @duez @flothonicc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4884Undo2021-10-21T19:11:55+02:00Mathieu GiraudUndo
Suite à #1100 et plus précis.
On aimerait tout simplement avoir un bouton "Undo" (et un raccourci clavier) qui annule la dernière action, au cas où on s'est trompé ou on change d'avis:
- changement de couleur, d'axe, d'option...
- cl...
Suite à #1100 et plus précis.
On aimerait tout simplement avoir un bouton "Undo" (et un raccourci clavier) qui annule la dernière action, au cas où on s'est trompé ou on change d'avis:
- changement de couleur, d'axe, d'option...
- cluster (cela existe déjà, "revert to previous cluster")
- édition de clones
- filtre
- ?
(Cela n'annulerait pas les actions load/save.)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4885Noms plus courts pour les stages2021-10-27T09:56:49+02:00Mathieu GiraudNoms plus courts pour les stages
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans f...
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans faire le hover ? Avant nous avions `ff32-bla-bla`.
![image](/uploads/515e52bc63dae69592c6f0cde1377f55/image.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4886matrix + needs2021-10-27T09:56:49+02:00Mathieu Giraudmatrix + needsDepuis le merge des `matrix`, on n'a plus `server_firefox_supported` et autres: bref... les `needs` ne fonctionnent plus ? (~"!!-broken-ci" ou pas ?) Faut-il en sortir un explicitement du `matrix` pour lui donner le nom que l'on souhait...Depuis le merge des `matrix`, on n'a plus `server_firefox_supported` et autres: bref... les `needs` ne fonctionnent plus ? (~"!!-broken-ci" ou pas ?) Faut-il en sortir un explicitement du `matrix` pour lui donner le nom que l'on souhaite ?
cc @flothoni @mikael-sWeb 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4887multiple_test (algo) ne devrait pas être visible pour les feature-s/2021-10-22T13:49:42+02:00Mathieu Giraudmultiple_test (algo) ne devrait pas être visible pour les feature-s/Par exemple pipeline de !1047Par exemple pipeline de !1047Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4888Le preset primers ne fonctionne plus.2021-10-27T16:51:39+02:00Thonier FlorianLe preset primers ne fonctionne plus.Le preset primers ne fonctionne plus. Voir si il y a d'autre cas, et le corriger.Le preset primers ne fonctionne plus. Voir si il y a d'autre cas, et le corriger.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4889Des clicks dans les settings déclenche 2 fois les actions onclick2021-10-29T11:15:49+02:00Thonier FlorianDes clicks dans les settings déclenche 2 fois les actions onclickCela est provoqué par le fait que le `onclick` est placé sur le `label` et non pas sur l'élément `input` en lui même.
Il suffit de déplacer le onclick sur l'élément `input`Cela est provoqué par le fait que le `onclick` est placé sur le `label` et non pas sur l'élément `input` en lui même.
Il suffit de déplacer le onclick sur l'élément `input`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4890Griser le bouton de lancement d'analyse si en cours2021-10-29T12:33:46+02:00Thonier FlorianGriser le bouton de lancement d'analyse si en coursPour prévenir le reclick sur une ligne ou l'analyse est lancée, on pourrait griser l’icône de lancement dans ce qui est renvoyé par le serveur.
Le cas typique est de vouloir lancer quelques analyses. Les premiers clicks entraînent le r...Pour prévenir le reclick sur une ligne ou l'analyse est lancée, on pourrait griser l’icône de lancement dans ce qui est renvoyé par le serveur.
Le cas typique est de vouloir lancer quelques analyses. Les premiers clicks entraînent le rechargement de la page de la db, et on se retrouve ensuite sur la mauvaise ligne a recliquer.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4892Aligneur, disparition des clonotype lors d'une suppression2021-10-29T16:12:31+02:00Thonier FlorianAligneur, disparition des clonotype lors d'une suppressionLorsque l'on supprime un clonotype de la liste de l’aligneur, les descriptions à gauche disparaissent. Elles réapparaissent si on bouge un peu les séquence.
Probablement juste un refresh nécessaire.Lorsque l'on supprime un clonotype de la liste de l’aligneur, les descriptions à gauche disparaissent. Elles réapparaissent si on bouge un peu les séquence.
Probablement juste un refresh nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4893Erreur de clé étrangère sur sample_set_membership2021-11-03T18:25:14+01:00Mikaël SalsonErreur de clé étrangère sur sample_set_membershipOn a eu deux erreurs serveurs consécutives avec le message :
```
<class 'gluon.contrib.pymysql.err.IntegrityError'> (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`sample_set_membership`, CONSTRAIN...On a eu deux erreurs serveurs consécutives avec le message :
```
<class 'gluon.contrib.pymysql.err.IntegrityError'> (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`sample_set_membership`, CONSTRAINT `sample_set_membership_ibfk_1` FOREIGN KEY (`sample_set_id`) REFERENCES `sample_set` (`id`) ON DELETE SET NULL)')
```
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 564, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 310, in submit
link_to_sample_sets(fid, id_dict)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 55, in link_to_sample_sets
db.sample_set_membership.bulk_insert(arr)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 874, in bulk_insert
self, [el.op_values() for el in data])
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 795, in bulk_insert
return [self.insert(table, item) for item in items]
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 487, in insert
raise e
```
Utilisatrice 344, le 3/11 à 18h15 et 18h16.
Investiguer sur quel sample set cela s'est produit et pourquoi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4894Horodatage dans le docker.log ?2021-11-04T11:23:22+01:00Mathieu GiraudHorodatage dans le docker.log ?
Discussion avec @flothoni, pourrait simplifier les déploiements.
+ indiquer dans defs.py que plusieurs changements demandent de relancer les docks.
Discussion avec @flothoni, pourrait simplifier les déploiements.
+ indiquer dans defs.py que plusieurs changements demandent de relancer les docks.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4895Interleaved R1&R2 fastq.gz2021-11-04T17:17:19+01:00Mathieu GiraudInterleaved R1&R2 fastq.gzMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothoniMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4896Distribution vidjil-algo ? Debian, dock ?2021-11-04T17:32:47+01:00Mathieu GiraudDistribution vidjil-algo ? Debian, dock ?Évoqué avec @flothoni et @mikael-s
On avait cela il y a un certain temps...
Toujours en .deb ? en docker ? snap ?Évoqué avec @flothoni et @mikael-s
On avait cela il y a un certain temps...
Toujours en .deb ? en docker ? snap ?