vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-08-27T12:49:59+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1261tester mise à jour de web2py2020-08-27T12:49:59+02:00Vidjil Teamtester mise à jour de web2py
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@magiraud
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1260lancement régulier ?2020-12-11T13:04:03+01:00Vidjil Teamlancement régulier ?
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1259warnings par mail si cela baisse ?2018-11-20T12:11:10+01:00Vidjil Teamwarnings par mail si cela baisse ?
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1258accepter si on segmente des reads en plus2018-11-20T12:11:16+01:00Vidjil Teamaccepter si on segmente des reads en plus
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1257compare-last-results : être plus fin, lancement régulier2020-12-11T13:03:49+01:00Vidjil Teamcompare-last-results : être plus fin, lancement régulier
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#1258, #1259, #1260
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@magiraud
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#1258, #1259, #1260
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1256Bugs consécutifs à l'échec d'upload2016-11-29T14:33:51+01:00Vidjil TeamBugs consécutifs à l'échec d'uploadSuite à un échec d'upload il ne semble pas possible de modifier les métadonnées du fichier ou de réuploader un fichier.
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@DuezSuite à un échec d'upload il ne semble pas possible de modifier les métadonnées du fichier ou de réuploader un fichier.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1255Send to IMGT/IgBlast en multi-système2016-11-29T14:33:50+01:00Vidjil TeamSend to IMGT/IgBlast en multi-systèmeSelon le système de la séquence sélectionnée, on doit donner les bons paramètres pour que la segmentation avec IMGT/IgBlast se fasse sur le bon système (par défaut il semble l'envoyer en TRG)
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Prendre le système de la plus séquence sé...Selon le système de la séquence sélectionnée, on doit donner les bons paramètres pour que la segmentation avec IMGT/IgBlast se fasse sur le bon système (par défaut il semble l'envoyer en TRG)
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Prendre le système de la plus séquence sélectionnée la plus abondante (car si on a sélectionné des séquences de systèmes différents, cela ne va de toute façon pas marcher pour tout le monde)
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Euh... Demo L3 → clone principal IGH → igBlast → le fait en TRB et non pas en IGH
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>>ba13fdc55ebd097
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1254Échec de l'upload : database is locked2016-11-29T14:33:49+01:00Vidjil TeamÉchec de l'upload : database is lockedParfois l'upload de fichier échoue. Exemple de ticket : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-11-13.14-22-22.5d2d0491-a1a0-4820-b599-1f760db3cfe5
On a un database locked. Est-ce dû aux limitations de sqli...Parfois l'upload de fichier échoue. Exemple de ticket : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-11-13.14-22-22.5d2d0491-a1a0-4820-b599-1f760db3cfe5
On a un database locked. Est-ce dû aux limitations de sqlite ? Peut-il y avoir plusieurs connexions en parallèle sur la base de données ?
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Sur les gros fichiers (ou uploads longs) on a des « database is locked » qui semblent récurrents.
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Exemple : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-12-16.12-39-46.3b1604d2-4155-4688-8ec9-15f37b79081e
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http://www.motobit.com/help/scptutl/pa98.htm
la plupart des browsers sont limités a 2gb en upload (sauf chrome !!!!)
une solution serait d'utiliser l' API file de hml5 qui permet de slice un upload (mais c'est incompatible avec ie 10)
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Mikaël, est-ce toujours d'actualité ?
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Oui. Testé de chez moi avec un fichier de 900Mo. 1ère tentative échec : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/109.190.80.52.2015-02-07.16-57-12.8b53effd-52a6-4e2b-ab20-c33798bc1a84
2è tentative : ok
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Florian, des US, a essayé d'uploader... on a un (plusieurs) ticket(s) "Database is locked" :
https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/171.66.219.134.2015-03-09.17-49-31.93642c4b-06b2-44f7-8d4b-0fc8506d6376
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Et aussi un "database is locked" ce matin du CBP
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je reboote rbx, cela faisait > 1 semaine.
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et ce matin, encore plein d'erreurs... aïe...
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Florian a eu des soucis encore cette nuit... + on a eu des "No space left on device" ???
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Trois "database locked" aujourd'hui, pour deux usagers différents
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Plusieurs "<class 'sqlite3.OperationalError'> database is locked" encore aujourd'hui
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Pas de 'database is locked' depuis quelque temps. Magie du MySQL ?
Priorité baissée, et on fermera courant mai si pas de soucis.
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Le serveur a aussi été moins chargé ces derniers temps.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
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mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1252Compresser les fichiers dans la DB ?2016-11-29T14:33:48+01:00Vidjil TeamCompresser les fichiers dans la DB ?Pas urgent... de toute façon cela ne fera pas des miracles, x5-6, pas plus...
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Maintenant que Vidjil prend le .gz, on pourrait le faire sans risque... mais pas sur les fichiers .clntab, ni fichiers déjà .gz
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doublon, c'est fait
***...Pas urgent... de toute façon cela ne fera pas des miracles, x5-6, pas plus...
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Maintenant que Vidjil prend le .gz, on pourrait le faire sans risque... mais pas sur les fichiers .clntab, ni fichiers déjà .gz
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doublon, c'est fait
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1251Cmd-S sous OS X ?2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil TeamCmd-S sous OS X ?
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#1249
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#1249https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1250voir interaction avec boites de texte2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil Teamvoir interaction avec boites de texte
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#1249
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#1249https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1249Ctrl-S (save)2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil TeamCtrl-S (save)Cross-platform (?) : http://stackoverflow.com/questions/93695/best-cross-browser-method-to-capture-ctrls-with-jquery
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#1250, #1251
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@DuezCross-platform (?) : http://stackoverflow.com/questions/93695/best-cross-browser-method-to-capture-ctrls-with-jquery
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#1250, #1251
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1248API: export html2017-01-10T12:08:16+01:00Vidjil TeamAPI: export html?data=......&export=pdf
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?data=......&export=html
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@RyanHerb @Duez?data=......&export=pdf
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?data=......&export=html
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1247Server : cela doit fonctionner depuis l'upload2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamServer : cela doit fonctionner depuis l'upload
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#1245
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#1245https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1246Est-ce que fuse.py fonctionne toujours sur du clntab ?2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamEst-ce que fuse.py fonctionne toujours sur du clntab ?
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#1245
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#1245https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1245Config EC-clntab / fuse only2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamConfig EC-clntab / fuse onlyL'upload direct de .clntab (ou bien direct de .data) devrait fonctionner
Faut-il "none" comme programme ou "ec-ngs pipeline" ?
Cas de test : mettre sur la DB de rbx un patient avec deux points : un fichier .data, et un fichier .clntab
...L'upload direct de .clntab (ou bien direct de .data) devrait fonctionner
Faut-il "none" comme programme ou "ec-ngs pipeline" ?
Cas de test : mettre sur la DB de rbx un patient avec deux points : un fichier .data, et un fichier .clntab
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#1246, #1247
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1244versions 2014.10 et .09 : deux limites différentes2016-11-29T14:33:41+01:00Vidjil Teamversions 2014.10 et .09 : deux limites différentesdescendu, on arrive à vivre avec
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@Duezdescendu, on arrive à vivre avec
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1243'color by system' ne fonctionne pas2016-11-29T14:33:40+01:00Vidjil Team'color by system' ne fonctionne pas>> 46c54dc0118c0d
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@Duez>> 46c54dc0118c0d
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/124251 clones sur un point, top 502016-11-29T14:33:39+01:00Vidjil Team51 clones sur un point, top 50>>22684c4fe69aa92
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@Duez>>22684c4fe69aa92
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@Duez