vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-04-05T09:51:09+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3078L'application client se fige de manière aléatoire2018-04-05T09:51:09+02:00Mikaël SalsonL'application client se fige de manière aléatoireRemonté par @Aurelie :
> la page se fige, plus aucune fonction ne répond. Là il faut que je vide l’historique et que je me reconnecte à Vidjil pour que cela reparte.
Et :
>
Pour les pages qui se figent, c’est reproductible et je pens...Remonté par @Aurelie :
> la page se fige, plus aucune fonction ne répond. Là il faut que je vide l’historique et que je me reconnecte à Vidjil pour que cela reparte.
Et :
>
Pour les pages qui se figent, c’est reproductible et je pense que cela se passe uniquement sur les pages d’analyses. Je n’ai pas le souvenir que ce se soit produit quand on est sur la page de la base patients ou quand on crée un nouveau dossier patient.
Peut-être lié à #2847, à voir lorsqu'il sera résolu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3077Erreur serveur en visualisant des résultats sur la branche feature-w/multi_up...2018-04-05T17:26:31+02:00Mikaël SalsonErreur serveur en visualisant des résultats sur la branche feature-w/multi_uploadL'accès à ces données : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=42&config=3 produit une [erreur serveur](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.19-11-26.f7e19838-ecf0-4300-a717-4295f8f075e8) si...L'accès à ces données : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=42&config=3 produit une [erreur serveur](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.19-11-26.f7e19838-ecf0-4300-a717-4295f8f075e8) si dev est sur la branche `feature-w/multi_upload` mais pas si elle est sur la branche `dev` :
```
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group_id'
```Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3073Multi-upload : les pre-process ne sont pas lancés2018-03-21T19:04:38+01:00Mikaël SalsonMulti-upload : les pre-process ne sont pas lancésLors d'un test en ajoutant deux samples avec un pre-process, les pre-process n'ont pas été lancés et le deuxième sample ne semble pas avoir été uploadé correctement.Lors d'un test en ajoutant deux samples avec un pre-process, les pre-process n'ont pas été lancés et le deuxième sample ne semble pas avoir été uploadé correctement.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3072Erreur serveur en essayant de charger une analyse sans être connecté2018-03-22T12:24:43+01:00Ryan HerbertErreur serveur en essayant de charger une analyse sans être connectéPour être clair, l'erreur se produit après s'être connecté.
- charger une analyse
- se déconnecter
- recharger la page avec la même URL
- valider le formulaire de login
=> server error
Je n'observe pas l'erreur sur `app`, de même pour ...Pour être clair, l'erreur se produit après s'être connecté.
- charger une analyse
- se déconnecter
- recharger la page avec la même URL
- valider le formulaire de login
=> server error
Je n'observe pas l'erreur sur `app`, de même pour l'erreur de #2990 . La raison étant que... Les requêtes login et logout n'échouent pas sur mon environnement.
Donc, sur `app`, la requête de login passe dans le callback `error` et l'URL `next` est traitée dans le callback `error`. Si la requête login fonctionne, on appelle `display_result` dans le callback `success` et les paramètres d'URL sont perdues, menant à une erreur serveur lors du `get_analysis`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3062Les URL avec le paramètre patient fonctionnent-elles encore ?2018-03-13T15:39:06+01:00Mikaël SalsonLes URL avec le paramètre patient fonctionnent-elles encore ?J'ai l'impression que non ce qui est très gênant car on n'a plein d'issue avec de telles URL…
À quoi est-ce dû ? Peut-on redonner l'accès à ces adresses ?
Par exemple pour prendre un patient récent, le patient 8278 existe bien et pourta...J'ai l'impression que non ce qui est très gênant car on n'a plein d'issue avec de telles URL…
À quoi est-ce dû ? Peut-on redonner l'accès à ces adresses ?
Par exemple pour prendre un patient récent, le patient 8278 existe bien et pourtant : http://app.vidjil.org/index.html?patient=8278&config=25Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3057Ascenseur horizontal dans le fenêtre d'information des clones2018-10-16T17:36:18+02:00Mikaël SalsonAscenseur horizontal dans le fenêtre d'information des clonesParfois il y a beaucoup d'informations affichées et on ne voit pas tout. Et… il n'y aucun moyen de voir le reste !
Exemple ici : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=26513&config=25&clone=81
Aller voir les informations du clone s...Parfois il y a beaucoup d'informations affichées et on ne voit pas tout. Et… il n'y aucun moyen de voir le reste !
Exemple ici : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=26513&config=25&clone=81
Aller voir les informations du clone sélectionné et se rendre compte du problème…
Il faudrait au moins un ascenseur horizontal !Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3055Problème d'encodage des noms accentués dans les logs2018-03-22T17:39:13+01:00Mikaël SalsonProblème d'encodage des noms accentués dans les logsJe viens d'avoir une [erreur serveur](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-02-20.14-18-49.e5e1477a-03b6-44d3-8612-526db542499d) :
```
<type 'exceptions.UnicodeDecodeError'>('ascii' codec can't decode by...Je viens d'avoir une [erreur serveur](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-02-20.14-18-49.e5e1477a-03b6-44d3-8612-526db542499d) :
```
<type 'exceptions.UnicodeDecodeError'>('ascii' codec can't decode byte 0xc3 in position 36: ordinal not in range(128))
```
en effectuant une action d'administration sur le serveur de dev (@magiraud est-ce lié à !143 ?)
Utiliser la fonction `vidjil_utils.safe_encoding` pourrait être utile.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3023Segmentation fault sous CentOS6.3 avec g++4.82018-01-31T11:55:09+01:00Mikaël SalsonSegmentation fault sous CentOS6.3 avec g++4.8```
==27296== Use of uninitialised value of size 8
==27296== at 0x4C662C: WindowsStorage::add(std::string, read_t, int, Germline*, std::list<int, std::allocator<int> >) (windows.cpp:167)
==27296== by 0x43C0AC: testCluster() (testCl...```
==27296== Use of uninitialised value of size 8
==27296== at 0x4C662C: WindowsStorage::add(std::string, read_t, int, Germline*, std::list<int, std::allocator<int> >) (windows.cpp:167)
==27296== by 0x43C0AC: testCluster() (testCluster.cpp:29)
==27296== by 0x405FC4: main (tests.cpp:28)
==27296==
==27296== Invalid read of size 4
==27296== at 0x4C662C: WindowsStorage::add(std::string, read_t, int, Germline*, std::list<int, std::allocator<int> >) (windows.cpp:167)
==27296== by 0x43C0AC: testCluster() (testCluster.cpp:29)
==27296== by 0x405FC4: main (tests.cpp:28)
==27296== Address 0x22611570 is not stack'd, malloc'd or (recently) free'd
==27296==
==27296==
==27296== Process terminating with default action of signal 11 (SIGSEGV)
==27296== Access not within mapped region at address 0x22611570
==27296== at 0x4C662C: WindowsStorage::add(std::string, read_t, int, Germline*, std::list<int, std::allocator<int> >) (windows.cpp:167)
==27296== by 0x43C0AC: testCluster() (testCluster.cpp:29)
==27296== by 0x405FC4: main (tests.cpp:28)
```Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3009Les séquences upstream ou downstream sont parfois trop courtes : récupérer le...2018-09-01T16:35:50+02:00Mikaël SalsonLes séquences upstream ou downstream sont parfois trop courtes : récupérer les positions dans le génome, coller up/downCas remonté par V.C. (~"PAR-Debré") : http://app.vidjil.org/browser/?set=25751&config=25
On a une séquence DD2/DD3 qui n'est pas trouvée par Vidjil car il y a 28 délétions dans le D. Cela devrait normalement nous laisser 20nt dans la sé...Cas remonté par V.C. (~"PAR-Debré") : http://app.vidjil.org/browser/?set=25751&config=25
On a une séquence DD2/DD3 qui n'est pas trouvée par Vidjil car il y a 28 délétions dans le D. Cela devrait normalement nous laisser 20nt dans la séquence (40 de upstream plus 8 de D, 48 en théorie moins les 28 délétions). Hors dans le fichier upstream la séquence ne fait que 42 nt, ce qui ne laisse que 14 nt et la jonction n'est pas détectée (e-valeur trop élevée).
Or nous n'avons que 42 nt car la séquence que nous récupérons est au début du locus de `M22153.1` et l'API du NCBI ne permet pas de récupérer les positions qui précèdent (avec des positions négatives, par exemple).Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3008Mettre les séquences downstream des J dans les germlines ?2018-07-24T12:24:51+02:00Mikaël SalsonMettre les séquences downstream des J dans les germlines ?Remonté par V.C. (~"PAR-Debré"), mail du 2018/01/24
Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.
Voici l'analyse de base
```
TRG -> 935 236.7 ...Remonté par V.C. (~"PAR-Debré"), mail du 2018/01/24
Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.
Voici l'analyse de base
```
TRG -> 935 236.7 152 0.163
UNSEG only V/5' -> 34235 223.2
```
Il se trouve que le J (TRGJ2*01) est fortement grignoté (il n'en reste que 11nt, la graine s'étend sur 11 nucléotides…).
Si je mets les fichiers J_downstream dans les germlines, on trouve le clone sans problème :
```
TRG -> 31674 222.2 391 0.012
UNSEG only V/5' -> 3266 237.6
```
Ajouter les J downstream dans les germlines permettrait peut-être d'améliorer la situation pour #1971.
Est-ce que cela pourrait avoir des effets indésirables ? %"Algo 2017.11" ou %"Algo 2018.03" ?Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2998Le spinner tourne parfois alors qu'il ne se passe rien2019-02-15T16:42:40+01:00Mikaël SalsonLe spinner tourne parfois alors qu'il ne se passe rien1er exemple : #2991
2è exemple : #2997
C'est trompeur puisque ça laisse penser — à tort — à l'utilisateur qu'une action est en cours.1er exemple : #2991
2è exemple : #2997
C'est trompeur puisque ça laisse penser — à tort — à l'utilisateur qu'une action est en cours.Web 2018.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2997Pas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecte2018-03-21T19:04:39+01:00Mikaël SalsonPas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecteLorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De...Lorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De plus le spinner qui tourne donne l'impression qu'il se passe quelque chose.Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2988Le paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?2018-02-23T12:05:04+01:00Mikaël SalsonLe paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient ...L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient 4265.
Pourquoi le paramètre `patient` ne semble-t-il pas fonctionnel ? cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2964Séquence non analysée avec la présence du gène constant2020-02-13T16:42:59+01:00Anne de SeptenvilleSéquence non analysée avec la présence du gène constantJ'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La re...J'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La reconnaissance du J est peut-être gênée par les mutations ?
Séquence attendue (obtenue en Sanger, et visible sans problème sur Arrest)
```
>CHA
caggtcaccttgaaggagtctggtcctgtactggttaaacccacagagaccctcacgctgacgtgcaccgtctctgggttctcactcaacagtgctagaatgggtgtgacctggatccgtcagtccccagggaaggccctggaatggcttgcacacatttcctcgaatgacgaaaaattgtatagtacatctctgaagaccaggctcaccatctccaaggacacctccagaagccaggtggtcctcaccgtgaccaacatggaccctgtggacacagccacatattactgtgcacggacacggggagtatatagttatgattctcttgagtactggggccagggagccctgatcaccgtctccgcag
```Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2942Bug lors de la génération de rapport2018-03-05T17:16:25+01:00Mikaël SalsonBug lors de la génération de rapport~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences ...~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences sélectionnée-s (Cf pièces-jointes). Ensuite le logiciel reste figé avec le message "generating report".
>
Je dois alors me déconnecter pour revenir à la liste des patients. J'ai tout de même réussi à réaliser quelques report sans problème, mais cette anomalie revient souvent.
Problèmes remontés par ~"LIL-Lille" aussi.
La génération des rapports est normalement testée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2905Les histogrammes sur des valeurs numériques devraient avoir des légendes régu...2018-08-14T21:47:09+02:00Mathieu GiraudLes histogrammes sur des valeurs numériques devraient avoir des légendes régulièreshttp://app.vidjil.org/index.html?set=25861&config=25
L'axe `x` est non régulier, regarder au milieu... Et le clone principal est à 192.5 bp et non à 192 bp.
![clone-avg](/uploads/8946a93e5e6c7be04f2102c19b4005c1/clone-avg.png)
C'est ~...http://app.vidjil.org/index.html?set=25861&config=25
L'axe `x` est non régulier, regarder au milieu... Et le clone principal est à 192.5 bp et non à 192 bp.
![clone-avg](/uploads/8946a93e5e6c7be04f2102c19b4005c1/clone-avg.png)
C'est ~"!-important", c'est maintenant la vue par défaut de nos utilisateurs... qui connaissent parfaitement les longueurs Genescan, on ne doit pas les induire en erreur.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2899Tests unitaires clients : tous les tests ne sont pas lancés via Nightmare2017-11-28T17:28:20+01:00Mikaël SalsonTests unitaires clients : tous les tests ne sont pas lancés via NightmareEn lançant des tests unitaires chez moi (via FF), je me suis rendu compte qu'apparemment tous les tests ne sont pas lancés via nightmare (aussi bien sur Gitlab que Jenkins).
J'ai par exemple un test qui échoue dans « shortcuts on scatter...En lançant des tests unitaires chez moi (via FF), je me suis rendu compte qu'apparemment tous les tests ne sont pas lancés via nightmare (aussi bien sur Gitlab que Jenkins).
J'ai par exemple un test qui échoue dans « shortcuts on scatterplot » (le 4è) et un test qui échoue dans « Segmenter: segt » (le 15è).
Rien de tel sous Gitlab. Et en regardant la sortie de la console et en cherchant les tests ayant ces noms-là je ne les trouve pas. Nightmare lance-t-il bien tout ?
@RyanHerb tu n'avais pas une commande magique pour voir la sortie des erreurs de Nightmare ?Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2897Normalisation : dans le menu settings le choix actuel n'est pas sélectionné2022-04-25T16:44:26+02:00Mikaël SalsonNormalisation : dans le menu settings le choix actuel n'est pas sélectionnéCe n'est pas gravissime, mais cela serait mieux de voir quel est le réglage courant.Ce n'est pas gravissime, mais cela serait mieux de voir quel est le réglage courant.prod-client-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2874La barre légère du "compare two samples" ne se voit plus dans le graphe2018-05-31T17:50:28+02:00Mathieu GiraudLa barre légère du "compare two samples" ne se voit plus dans le grapheDe plus, on devrait indiquer quel samples on compare dans la légende -> #2883 De plus, on devrait indiquer quel samples on compare dans la légende -> #2883 https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2855Erreur sur l'upload de fichiers "doublons"2017-11-30T07:59:26+01:00Ryan HerbertErreur sur l'upload de fichiers "doublons"Si un fichier existe déjà sur le serveur (dans le même type de set, il semblerait), l'upload échoue, silencieusement du point de vue de l'utilisateur, mais le message de retour est que le sample existe déjà.
Il semblerait que la vérific...Si un fichier existe déjà sur le serveur (dans le même type de set, il semblerait), l'upload échoue, silencieusement du point de vue de l'utilisateur, mais le message de retour est que le sample existe déjà.
Il semblerait que la vérification d'existance d'un doublon de sample pour un set donné vérifie tous les sets accessibles.Ryan HerbertRyan Herbert