vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-02-17T14:39:05+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4704Documenter / cacher -c detect / windows / germline ?2021-02-17T14:39:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / cacher -c detect / windows / germline ?Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?...Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?
Je penche pour cacher tout cela, ou au moins le mettre en "advanced options" (à voir comment, passer tout `-c` en advanced ? Et faire un preset pour `-c designations -2 -3` ?)
Ce n'est pas que du ~bikeshedding, c'est juste qu'une commande non documentée n'apporte pas de clarté. Dans tout vidjil-algo.md, il y a une seule occurrence de `-c designations`, et aucune des autres. Surtout que, selon la commande, plein d'autres options ne servent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4702Productivité et pseudo-gènes2024-02-23T10:32:17+01:00Mathieu GiraudProductivité et pseudo-gènes
ERIC #2443 mentionne explicitement **functional** IGHV gene. Mais il y a un certain nombre de pseudo-gènes dans nos germlines (et il y en aura encore plus après !885). Est-ce que ces séquences sont gappées ? A-t-on eu déjà des cas ou d...
ERIC #2443 mentionne explicitement **functional** IGHV gene. Mais il y a un certain nombre de pseudo-gènes dans nos germlines (et il y en aura encore plus après !885). Est-ce que ces séquences sont gappées ? A-t-on eu déjà des cas ou des discordances avec des pseudo-gènes ?
On devrait probablement vérifier cela, ce qui impliquer de parser un peu plus les headers... et/ou, dans `split-germlines.py`, extraire deux fichiers différents, les gènes et les pseudos ?
Y a-t-il un lien avec #3654 ?Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4699vidjil-algo: pouvoir prendre des séquences en ligne de commande2021-02-15T14:24:17+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: pouvoir prendre des séquences en ligne de commandeDepuis !887, il est agréable de pouvoir faire
`echo ">seq\ngggtcttactactgtgcctgtgacaccacaccgataaactcatctttggaaaaggaacccg" | ./vidjil-algo --all -g germline -`
Va-t-on plus loin avec une option type `--seq` pour prendre directement des...Depuis !887, il est agréable de pouvoir faire
`echo ">seq\ngggtcttactactgtgcctgtgacaccacaccgataaactcatctttggaaaaggaacccg" | ./vidjil-algo --all -g germline -`
Va-t-on plus loin avec une option type `--seq` pour prendre directement des séquences ? (peut-être même sans header fasta ?)
Cela pourrait faciliter le débuggage / valgrind quand nécessaire, mais c'est vraiment ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4697Mieux afficher les ratios très faibles2021-02-12T18:30:41+01:00Mathieu GiraudMieux afficher les ratios très faibles- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4696--filter-reads : renommer "detected.fa"2021-03-26T05:26:28+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : renommer "detected.fa"!906 : "filtered.fa" serait plus juste ici.
Voir aussi #4692.!906 : "filtered.fa" serait plus juste ici.
Voir aussi #4692.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4695Indice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l...2021-02-12T12:59:50+01:00Thonier FlorianIndice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l'échantillonPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indicesPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indices2021-03-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4691--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windows2021-03-18T14:23:30+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windowsThe following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va...The following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va par là, refactor nécessaire (ou bien nouvelle commande vraiment indépendante qui lance juste le KmerSegmenter).
Ping #1180.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4687SEG_METHOD_ONE_CENTERED, sans minimiseur2021-04-27T15:48:34+02:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_ONE_CENTERED, sans minimiseur
Le minimiseur est en général indispensable pour avoir une fenêtre canonique à partir de reads couvrant de manière variable un gène #2643.
Cependant, dans certains cas où l'on recherche une séquence exacte (a priori strictement incluse ...
Le minimiseur est en général indispensable pour avoir une fenêtre canonique à partir de reads couvrant de manière variable un gène #2643.
Cependant, dans certains cas où l'on recherche une séquence exacte (a priori strictement incluse dans les reads d'intérêt) #4686, on peut souhaiter avoir une position centrale sur laquelle on peut s'appuyer.
Prendre dans ce cas la position centrale (coder un `affectanalyser.getCentralPosition()`), entre le premier le dernier k-mer ? (S'il y a tout de même quelques mutations, et bien... on gardera la même position centrale si ces mutations sont "au milieu", d'où asymétrie, mais ce ne serait pas l'utilisation visée)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4684Mise à jour Docker et service de relancement2021-02-10T14:51:50+01:00Mathieu GiraudMise à jour Docker et service de relancement
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce servi...
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce service de relance est-il uniquement sur lil ? Serait-il intéressant ailleurs, et faut-il le documenter aussi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4682Les CGI du Docker sont versionnées en dur : les recompiler.2023-03-21T16:46:03+01:00Mikaël SalsonLes CGI du Docker sont versionnées en dur : les recompiler.Pour l'instant on a un `align.cgi` et `similarity.cgi` qui sont versionnés dans `docker/vidjil-client/conf/align.cgi`. En l'état ces fichiers datent de juin 2018.
Il faudrait que l'image Docker recompile le CGI pour le servir.Pour l'instant on a un `align.cgi` et `similarity.cgi` qui sont versionnés dans `docker/vidjil-client/conf/align.cgi`. En l'état ces fichiers datent de juin 2018.
Il faudrait que l'image Docker recompile le CGI pour le servir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4680Remonter AUTODELETE dans defs.py2021-02-05T13:07:25+01:00Mathieu GiraudRemonter AUTODELETE dans defs.pyÉvoqué avec @flothoni et tous ce matin.
On a bien #1503 et http://www.vidjil.org/doc/server/#autodelete-and-permissions en tête.
Permettre que pour du dev ou autre (~"dev-ci" ?), on puisse avoir `AUTODELETE = True` dans `defs.py`.
Mett...Évoqué avec @flothoni et tous ce matin.
On a bien #1503 et http://www.vidjil.org/doc/server/#autodelete-and-permissions en tête.
Permettre que pour du dev ou autre (~"dev-ci" ?), on puisse avoir `AUTODELETE = True` dans `defs.py`.
Mettre dans `defs.py` le warning actuellement présent dans `db.py`, et ajuster la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4679Pouvoir facilement lancer sur le ci des jobs "élgoignés"2021-02-05T10:03:20+01:00Mathieu GiraudPouvoir facilement lancer sur le ci des jobs "élgoignés"On veut lancer rapidement un job type `valgrind_functional`, `multiple_test`, ou un de leurs sous-jobs, sans attendre les ~15 minutes voire plus... si on est sur une `feature-a/release`, on se prend quasi 1h (?), avec `tgz-release` et au...On veut lancer rapidement un job type `valgrind_functional`, `multiple_test`, ou un de leurs sous-jobs, sans attendre les ~15 minutes voire plus... si on est sur une `feature-a/release`, on se prend quasi 1h (?), avec `tgz-release` et autres...
Et bien... une manière simple et pérenne est d'avoir un nouveau nom de branche, par exemple `feature-x` ou autre, où tout est en manual (si c'est possible), mais où il n'y a pas les premiers stages.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4678Reproductibilité valgrind_functional / gzip2024-02-06T07:47:44+01:00Mathieu GiraudReproductibilité valgrind_functional / gzip
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/884#note_460619
Actuellement on a `allow_failure: true` pour #4460, mais à terme ce serait bien de ne plus l'avoir
Comprendre ce qui loupe. Éventuellement récupérer cela avec...
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/884#note_460619
Actuellement on a `allow_failure: true` pour #4460, mais à terme ce serait bien de ne plus l'avoir
Comprendre ce qui loupe. Éventuellement récupérer cela avec should pour qu'un test du par exemple à un timeout soit simplement marqué `skip` et qu'on puisse se focaliser sur les vrais problèmes décelés par `valgrind`.Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4677Aligner : zoom horizontal ?2021-02-04T08:48:23+01:00Mathieu GiraudAligner : zoom horizontal ?Après !836
Est-ce que cela fait sens d'avoir un zoom horizontal, avec par exemple 3-4 niveaux différents ? Le zoom est présent sur tous les "genome browser", mais là notre zone est bien plus petite... cela dit, en particulier quand basc...Après !836
Est-ce que cela fait sens d'avoir un zoom horizontal, avec par exemple 3-4 niveaux différents ? Le zoom est présent sur tous les "genome browser", mais là notre zone est bien plus petite... cela dit, en particulier quand bascule en AA, on sent qu'on pourrait avoir une vue plus globale pour appréhender l'ensemble des CDR/FR... Cela pourrait aider aussi pour les "grandes délétions".
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4676vidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller2021-02-03T19:43:49+01:00Mathieu Giraudvidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller`vidjil-format.md` est déjà partiellement testé, via `org-babel-tangle`
Au passage, le format s'appelle `2016b`... mais qu'est-ce que cela signifie ? On a rajouté des champs au fur et à mesure, et je ne suis pas sûr qu'un truc de 2016 pa...`vidjil-format.md` est déjà partiellement testé, via `org-babel-tangle`
Au passage, le format s'appelle `2016b`... mais qu'est-ce que cela signifie ? On a rajouté des champs au fur et à mesure, et je ne suis pas sûr qu'un truc de 2016 passe encore.
Quelques réflexions en vrac:
- rajouter un tangle+test sur le gros bloc `clones` list
- faire un "linter" de fichier `.vidjil` ? Qui lève des warnings si un champ est inconnu ?
- quand cela est fait, ce sera plus simple de donner un nouveau "nom de format" ?
(voir aussi #4570)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4673Suggestion de nouveaux warnings2021-02-03T09:06:40+01:00Mathieu GiraudSuggestion de nouveaux warningsDe @flothoni, dans #2247 :
> ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 ) ou les fichiers sources.
> * bad (mean) quality fastq
> * short reads
> * degenera...De @flothoni, dans #2247 :
> ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 ) ou les fichiers sources.
> * bad (mean) quality fastq
> * short reads
> * degenerated nucleotides
> Je repense aux preprocess. Il m'était arrivé un jour à Necker de me retrouver avec des fichiers corrompus pour lesquelles le `gz` sortait des fichiers très inférieurs à sa propre taille, mais qui restait ds les règles du format fastq. Ca mériterais un warning mais je ne pense pas que l'on ait d'outil pour détecter ça.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4671Erreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefined2021-04-23T14:02:53+02:00Mikaël SalsonErreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefinedDe nombreux utilisateurs ont eu ces derniers temps l'erreur suivante :
```
/client/: TypeError: Cannot set property 's' of undefined
at ScatterPlot.updateCloneSize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:890:16)
at ScatterPlo...De nombreux utilisateurs ont eu ces derniers temps l'erreur suivante :
```
/client/: TypeError: Cannot set property 's' of undefined
at ScatterPlot.updateCloneSize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:890:16)
at ScatterPlot.updateClone (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:914:22)
at ScatterPlot.updateClones (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:827:18)
at ScatterPlot.update (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:791:18)
at ScatterPlot.resize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:567:14)
at https://app.vidjil.org/js/view.js:318:22
```
Première occurrence du message le 13/10 (peut-être existait-il avant sous une forme légèrement différente). Elle est survenue chez 14 utilisateurs différents de différents labos.
/cc @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4669Warning sur certaines séquences en sortie des pre-process2021-01-27T18:45:13+01:00Mathieu GiraudWarning sur certaines séquences en sortie des pre-processEst-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans ...Est-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans le ~cpp pour propager ces warnings aux clones. Bof-bof.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4668Authentification SSO / SAML2021-01-27T16:06:25+01:00Mathieu GiraudAuthentification SSO / SAMLEst-ce que cela ferait sens, en complément de LDAP #2062, de permettre une authentification via un fournisseur externe ?
cc @duezEst-ce que cela ferait sens, en complément de LDAP #2062, de permettre une authentification via un fournisseur externe ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4667Documentation, avoir un champ de recherhce2021-01-27T11:13:55+01:00Thonier FlorianDocumentation, avoir un champ de recherhceNotre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pa...Notre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pas un serveur. Il faut vérifier si c'est la raison, et voir quand même si il n'existe pas l'option sur un site statique, ou via un plugin.
L'autre option est de lancer des recherches sur google avec l'option site:vidjil.org/docMathieu GiraudMathieu Giraud