vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-28T17:04:37+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2305De-duplication de reads de capture2023-06-28T17:04:37+02:00Mathieu GiraudDe-duplication de reads de captureDavid ~"BEL-Belfast" souhaite enlever les doublons exacts de séquence. Pour de la ~"bio-capture", la position des reads est plus ou moins aléatoire, bref ils ne devraient pas être exactement les mêmes. On pourrait avoir un ~"server-pre-p...David ~"BEL-Belfast" souhaite enlever les doublons exacts de séquence. Pour de la ~"bio-capture", la position des reads est plus ou moins aléatoire, bref ils ne devraient pas être exactement les mêmes. On pourrait avoir un ~"server-pre-process" qui fait cela.
C'est par contre problématique pour quantifier précisément (et/ou si on a beaucoup de reads. "Pour de la MRD il faudrait des UMI, mais pour le diag pas besoin."
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2304Mettre une taille minimale pour les bar plots2017-05-22T17:00:37+02:00Mathieu GiraudMettre une taille minimale pour les bar plotshttp://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=22960&config=25
Premier échantillon, preset 4
On a deux clones dominants qui écrasent tout. Si on fait une multi-sélection à la souris, en bas de l'histogramme, on arrive bien à sél...http://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=22960&config=25
Premier échantillon, preset 4
On a deux clones dominants qui écrasent tout. Si on fait une multi-sélection à la souris, en bas de l'histogramme, on arrive bien à sélectionner des petits clones... qu'on ne voyait pas avant.
On pourrait mettre une taille minimale (comme dans la grid). Attention, on n'a pas envie de changer la somme (beaucoup de petits clones ajoutés pourraient donner une somme fausse) : la taille minimale pourrait être uniquement sur l'épaisseur de la boîte, pas sur son `y` absolu qui dépend de la somme réelle de l'histogramme.
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2302Interdire la suppression d'une config qui a servi2017-07-12T11:03:23+02:00Mikaël SalsonInterdire la suppression d'une config qui a serviDans #2296 @RyanHerb s'est rendu compte que la suppression d'une config ou d'un utilisateur supprimait tous les fichiers liés à cette config ou cet utilisateur.
Maintenant que cet effet indésirable est retiré, comment se comporte l'ap...Dans #2296 @RyanHerb s'est rendu compte que la suppression d'une config ou d'un utilisateur supprimait tous les fichiers liés à cette config ou cet utilisateur.
Maintenant que cet effet indésirable est retiré, comment se comporte l'application si on supprime un utilisateur ou un config. Peut-on accéder aux fichiers correspondants sans erreur ?
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2300initial_id / initial_type dans default.py:save_analysis2021-10-12T17:40:17+02:00Mathieu Giraudinitial_id / initial_type dans default.py:save_analysisJ'ai l'impression que `initial_id` / `initial_type` ne servent que à du log.
@RyanHerb, peux-tu confirmer ? Dans ce cas, je vais supprimer, pour simplifier.
Voir aussi #2284.
cc @mikael-sJ'ai l'impression que `initial_id` / `initial_type` ne servent que à du log.
@RyanHerb, peux-tu confirmer ? Dans ce cas, je vais supprimer, pour simplifier.
Voir aussi #2284.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2294API : La modification de l'URL est prise en compte même sans devel-mode2018-04-13T12:36:06+02:00Ghost UserAPI : La modification de l'URL est prise en compte même sans devel-model'ajout manuel de clone ou de plot dans l'url est disponible en mode normal et non pas uniquement en dev mod. D'autant plus que le dev mode ne semble pas etre détecté au chargement de la page.
@magiraud @mikael-sl'ajout manuel de clone ou de plot dans l'url est disponible en mode normal et non pas uniquement en dev mod. D'autant plus que le dev mode ne semble pas etre détecté au chargement de la page.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2291app/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est ...2017-04-11T04:42:01+02:00Mathieu Giraudapp/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est pas fonctionnelSi l'on met plus de 4-5 sequences sur http://app.vidjil.org/analyze (`segmenter_page.{html,js}`), on n'arrive pas à utiliser l'ascenseur.
@aurelBZH, tu avais travaillé sur un truc similaire, pourras-tu éventuellement jeter un coup d'o...Si l'on met plus de 4-5 sequences sur http://app.vidjil.org/analyze (`segmenter_page.{html,js}`), on n'arrive pas à utiliser l'ascenseur.
@aurelBZH, tu avais travaillé sur un truc similaire, pourras-tu éventuellement jeter un coup d'oeil ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2289Utilisateurs: avoir une colonne "groups" plus explicite2023-10-26T16:16:07+02:00Mathieu GiraudUtilisateurs: avoir une colonne "groups" plus expliciteLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2288Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis2023-03-01T16:22:07+01:00Mathieu GiraudSegmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précisVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2287Longueur des séquences consensus sur S222020-12-11T13:13:50+01:00Mathieu GiraudLongueur des séquences consensus sur S22Comparer les sorties Vidjil et MiXCR sur S22 :
- http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=sequenceLength,Size,bar
- http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=25&plot=sequenceLength,Size,bar
Belle gaussienne po...Comparer les sorties Vidjil et MiXCR sur S22 :
- http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=sequenceLength,Size,bar
- http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=25&plot=sequenceLength,Size,bar
Belle gaussienne pour MiXCR. Pour Vidjil, c'est curieux. Peut-être la même chose que #1165 ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2286Utilisateurs: pays et position2017-03-22T21:15:38+01:00Mathieu GiraudUtilisateurs: pays et positionUniquement pour de la ~com, par exemple pour la carte des utilisateurs... mais aussi pour mieux connaître nos utilisateurs.
Si l'on veut se mettre aux emoji (🇨🇳 🇫🇷...) l'avantage est qu'ils suivent les codes à deux lettres ISO 3166-1.
...Uniquement pour de la ~com, par exemple pour la carte des utilisateurs... mais aussi pour mieux connaître nos utilisateurs.
Si l'on veut se mettre aux emoji (🇨🇳 🇫🇷...) l'avantage est qu'ils suivent les codes à deux lettres ISO 3166-1.
(Au passage, rigolo chez moi, entre "write" et "preview", ce n'est pas le même set d'emojis).
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2284SampleSets: SET_TYPE_SEQUENCE_FILE2017-06-08T11:19:16+02:00Mathieu GiraudSampleSets: SET_TYPE_SEQUENCE_FILESuite à #2282, on se rend compte qu'il y a du code pour un type `sequence_file`.
@RyanHerb : "@Duez a fait cela à un moment (pour transition, ou pas ?), chaque sample a son sample set."
Est-ce toujours utilisé ou à supprimer ?
...Suite à #2282, on se rend compte qu'il y a du code pour un type `sequence_file`.
@RyanHerb : "@Duez a fait cela à un moment (pour transition, ou pas ?), chaque sample a son sample set."
Est-ce toujours utilisé ou à supprimer ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2278Proposer au login l'acces à la page http://app.vidjil.org/analyze2017-04-03T11:55:12+02:00Thonier FlorianProposer au login l'acces à la page http://app.vidjil.org/analyzeLors du login, on propose un champs démo, il pourrait être intéressant aussi de faire de la com pour la page [analyse](http://app.vidjil.org/analyze) avec un lien
Précise-t-on si la page est encore en évolution ?
@magiraud @mikael-s @...Lors du login, on propose un champs démo, il pourrait être intéressant aussi de faire de la com pour la page [analyse](http://app.vidjil.org/analyze) avec un lien
Précise-t-on si la page est encore en évolution ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2277sample set: l'URL n'est pas mise à jour2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu Giraudsample set: l'URL n'est pas mise à jourAutant faire cela directement avec #2274.
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sAutant faire cela directement avec #2274.
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2276Visualisation de getSegLengthDoubleFeature2021-11-22T14:25:04+01:00Thonier FlorianVisualisation de getSegLengthDoubleFeatureSuite au déploiment de la dernière version du serveur, la détéction des primers #2043 sur un sets test IGH fonctionne, en revanche, la visualisation graphique ne marche pas.
La fonction `getSegLengthDoubleFeature` retourne bien la vale...Suite au déploiment de la dernière version du serveur, la détéction des primers #2043 sur un sets test IGH fonctionne, en revanche, la visualisation graphique ne marche pas.
La fonction `getSegLengthDoubleFeature` retourne bien la valeur attendu sur un clone type, et il s'agit de la fonction théoriquement appelé par le graph.
A voir si le format de generation du graph n'as pas changé. (il me semble qu'il y avait eu une variation il y a deux mois).Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2275analyze: message d'erreur lorsqu'on n'envoie pas de fichier FASTA2017-03-22T15:10:36+01:00Mathieu Giraudanalyze: message d'erreur lorsqu'on n'envoie pas de fichier FASTAVu par @flothoni : le ~"segmenter-app" (maintenant sur http://app.vidjil.org/analyze) devrait donner une erreur correcte ("This is not a FASTA file") si on n'envoie pas un fichier Fasta, ce que peut faire un ~"com-first-time-user".
Est-...Vu par @flothoni : le ~"segmenter-app" (maintenant sur http://app.vidjil.org/analyze) devrait donner une erreur correcte ("This is not a FASTA file") si on n'envoie pas un fichier Fasta, ce que peut faire un ~"com-first-time-user".
Est-ce que le controlleur renvoie déjà quelque chose dans ce cas ?
cc @tydax @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2272Analyse statique de code javascript2019-02-14T18:42:20+01:00Mathieu GiraudAnalyse statique de code javascriptJavascript n'est pas compilé... Ce serait intéressant d'avoir un jour une analyse statique de code, déjà pour voir les soucis de variables (par exemple, variables globales #2271 #2201 / est-ce que toutes les variables locales sont déclar...Javascript n'est pas compilé... Ce serait intéressant d'avoir un jour une analyse statique de code, déjà pour voir les soucis de variables (par exemple, variables globales #2271 #2201 / est-ce que toutes les variables locales sont déclarées avec `var` ?). Et il y a sûrement pleins d'autres petits bugs cachés.
cc @mikael-sWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2271`germline` ne devrait pas être une variable globale2017-04-25T14:48:40+02:00Mathieu Giraud`germline` ne devrait pas être une variable globaleEn faisant c178a5a pour #2267, je me suis rendu compte que `germline` est une variable globale.
C'est problématique.
Voir aussi #2201.
cc @mikael-s @RyanHerbEn faisant c178a5a pour #2267, je me suis rendu compte que `germline` est une variable globale.
C'est problématique.
Voir aussi #2201.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2270Certains test QUnit de url_test.js dépendent de db_scan.js2017-03-20T22:24:54+01:00Ryan HerbertCertains test QUnit de url_test.js dépendent de db_scan.jsJe m'en suis rendu compte en débuggant #2267
Si je commente l'inclusion de dbscan_test.js dans test_QUnit.html, deux tests de url_test.js échouent.
@magiraud @mikael-s @aurelBZHJe m'en suis rendu compte en débuggant #2267
Si je commente l'inclusion de dbscan_test.js dans test_QUnit.html, deux tests de url_test.js échouent.
@magiraud @mikael-s @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2269Affichage limité à 16 sample dans la vue d'un run2017-03-22T14:39:20+01:00Thonier FlorianAffichage limité à 16 sample dans la vue d'un runmail de Aurelie Caillault
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1 . Nous avons mis 17 échantillons dans le run 53_LAL et visuellement nous ne pouvons en voir que 16. Au départ nous pensions pouvoir utiliser l’épingle à droite pour y placer les échantillons qu’on avai...mail de Aurelie Caillault
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1 . Nous avons mis 17 échantillons dans le run 53_LAL et visuellement nous ne pouvons en voir que 16. Au départ nous pensions pouvoir utiliser l’épingle à droite pour y placer les échantillons qu’on avait regardés et ainsi accéder au 17ème échantillon non visible. Mais à place de l’épingle nous avons 3 petits points et du coup on ne peut rien faire. Est-ce lié au nombre trop grand d’échantillons ? Notre idée de départ n’est-elle pas possible ?
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Je viens de vérifier, et en effet, on a seulement l'affichage de 16 samples.
De plus, même lors de l'utilisation du "compare sample", il n'y a que 16 points visualisables. Le point manquant est le dernier de la liste des échantillons (sample88.ionXpress...)
Je me demande si il n'y a pas un bug avec la commande fuse qui supprimerai le dernier sample, comme une boucle avec un length-1 par exemple.
Je viens de trouver comment accéder au données brut (le run a été crée par Anne-Sophie BLANCHIS, et c'est la seul à pouvoir télécharger le resultat .dat brut), encore fallait-il savoir qui avait creer le 'run'. (affiché dans le log du report sample).
Pour finir donc, le fichier loadé par le serveur est en effet bien limité à 16 sample, donc le dernier est en dehors.Web 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2267Un test QUnit dans clone_test.js passe une fois sur deux2017-03-21T16:15:19+01:00Mathieu GiraudUn test QUnit dans clone_test.js passe une fois sur deuxProbablement suite à un des derniers merge.
cc @mikael-s @RyanHerbProbablement suite à un des derniers merge.
cc @mikael-s @RyanHerb