vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:34:29+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1304Réarrangements incomplets2016-11-29T14:34:29+01:00Vidjil TeamRéarrangements incompletsPatient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
***
Pour le patient MAQ en DD2/DD3 :...Patient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
***
Pour le patient MAQ en DD2/DD3 : rien. Mais ça vient des germlines. Le DD2 fait 9nt et on utilise une graine qui s'étend sur 11. Il faudrait récupérer la séquence en amont du DD2 et en aval du DD3.
***
|13+0=13| |rev-compl|
actgggggatacgcacagtgctacaaaacctacagagacctgtac
En utilisant ces séquences-là (en local) on a un clone à 44584 reads.
***
|
***
|9+0=9| |rev-compl|
tatactgatgtgtttcattgtgccttcctac
et cette séquence-là pour le DD3 :
>M22152|TRDD3*01|Homo sapiens|F|D-REGION|214..226|13 nt|1|
***
|
***
Sur bioinfo-inria on a cette séquence-là pour le DD2 :
>M22153|TRDD2*01|Homo sapiens|F|D-REGION|34..42|9 nt|1|
***
Pour récupérer automatiquement les séquences amonts on peut peut-être utiliser l'API du NCBI (pour le faire automatiquement). Sinon on peut les stocker quelque part :)
***
Pour TRDD2*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22153&rettype=fasta&retmode=text&to=42
Pour TRDD3*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22152&rettype=fasta&retmode=text&from=214&to=258
***
b43f867 pour récupérer les fichiers avec les séquences amont/aval
et cffcd74, 7aaa26f pour gérer les réarrangements incomplets (merci Mathieu)
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1303Éléments qui bougent suite à une normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamÉléments qui bougent suite à une normalisationraison : ordre des éléments dans le graphique
solution : rajouter des éléments invisibles dans la légende
***
@Duezraison : ordre des éléments dans le graphique
solution : rajouter des éléments invisibles dans la légende
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1302Bouton de normalisation non cohérent avec l'affichage dans le graphique2017-05-11T17:25:19+02:00Vidjil TeamBouton de normalisation non cohérent avec l'affichage dans le graphiqueExemple avec le patient Leu où les courbes ne sont pas normalisées mais le radio button est sélectionné.
***
@DuezExemple avec le patient Leu où les courbes ne sont pas normalisées mais le radio button est sélectionné.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1301API: erreur si mauvais appel2016-11-29T14:34:26+01:00Vidjil TeamAPI: erreur si mauvais appelMaintenant qu'il y a une belle API, il y a plein d'occasion de faire des erreurs :
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1&config=5
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=578545&config=2
http://rbx.vidjil.org/browser/?dfgdt=5785
Il de...Maintenant qu'il y a une belle API, il y a plein d'occasion de faire des erreurs :
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1&config=5
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=578545&config=2
http://rbx.vidjil.org/browser/?dfgdt=5785
Il devrait y avoir un joli message d'erreur dans ces cas :)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1300Petits clones qui frétillent2016-11-29T14:34:26+01:00Vidjil TeamPetits clones qui frétillentDepuis la dernière modif du moteur physique, si on met bcp de clones, les petits clones autour du gros ont tendance à frétiller. Voir particulièrement sur Demo L3 en multi.
***
Mvoui, pas si gênant, ou cela a diminué
***
Non observé depu...Depuis la dernière modif du moteur physique, si on met bcp de clones, les petits clones autour du gros ont tendance à frétiller. Voir particulièrement sur Demo L3 en multi.
***
Mvoui, pas si gênant, ou cela a diminué
***
Non observé depuis longtemps
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1299Liens mal placés pour le téléchargement des data et analysis2016-11-29T14:34:25+01:00Vidjil TeamLiens mal placés pour le téléchargement des data et analysisSur la page d'un patient, c'est uniquement lorsque la souris passe tout en haut du lien qu'on peut cliquer et télécharger, sinon le lien n'est pas actif. Pourtant il s'agit d'une balise <a> classique, je ne vois pas trop pourquoi. Y-a-t-...Sur la page d'un patient, c'est uniquement lorsque la souris passe tout en haut du lien qu'on peut cliquer et télécharger, sinon le lien n'est pas actif. Pourtant il s'agit d'une balise <a> classique, je ne vois pas trop pourquoi. Y-a-t-il un div par dessus qui cacherait ?
***
en effet le footer depasse un poil
>> df1c65cee53
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1298API : accès à la visu d'un patient2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAPI : accès à la visu d'un patientScénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là...Scénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là, puis là.
***
Par exemple http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2 (avec un bouton share pour récupérer l'URL ou alors Vidjil nous met automatiquement à cette URL-là lorsqu'on visualise le suivi d'un patient).
Ou mieux : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=CasMax&config=IGH-500
***
Je vote plutôt pour http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2
parce que les noms des patients (...) et surtout des configs peuvent changer.
(et aussi par anonymat, les URLs sont stockées partout, pas génial de balancer les noms des patients)
Peut-être hasher cela pour que ce soit moins translucide ?
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=df541da5&config=2
***
(et voir comment cela se passe lorsqu'ils ne sont pas loggués, peuvent-ils être redirigés comme il le faut lors du log)
***
>> 167408d80c424
-redirection ok
-shortcut ("?patient=15&config=2") ok
pour changer l'url sans recharger la page
history.pushState('plop', 'plop', '/browser/index.html?patient=32&config=5');
pour le bouton share (copie dans le presse papier >> need flash)
***
Excellent.
Et je ne connaissais pas pushState, et cela fonctionne même sur mon navigateur propriétaire :)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1297Ne pas faire apparaître les points qui n'ont pas fini de tourner2016-11-29T14:34:23+01:00Vidjil TeamNe pas faire apparaître les points qui n'ont pas fini de tournerLorsqu'un point est en train de tourner avec Vidjil, il apparaît dans le graph, ce qui semble le faire bugger (les courbes apparaissent puis disparaissent rapidement). Or ce point n'existe pas encore puisqu'on n'a pas les résultats.
***
...Lorsqu'un point est en train de tourner avec Vidjil, il apparaît dans le graph, ce qui semble le faire bugger (les courbes apparaissent puis disparaissent rapidement). Or ce point n'existe pas encore puisqu'on n'a pas les résultats.
***
7d9f4ce422
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1296Fichiers SRA2016-11-29T14:34:22+01:00Vidjil TeamFichiers SRAhttp://nsaunders.wordpress.com/2011/12/22/sequencing-for-relics-from-the-sanger-era-part-1-getting-the-raw-data/
***
Et donner des .fastq à Tatiana
***
merci Mikaël
***
@magiraud @mikael-shttp://nsaunders.wordpress.com/2011/12/22/sequencing-for-relics-from-the-sanger-era-part-1-getting-the-raw-data/
***
Et donner des .fastq à Tatiana
***
merci Mikaël
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1295Gros clones au milieu2017-11-21T19:14:03+01:00Vidjil TeamGros clones au milieuMartin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur l...Martin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur le fichier joint, le rond rouge V3-30/J6 ne va pas au bon endroit car il y a trop d'autres clones. ne faudrait-il pas qu'il soit centré et les autres répartis autour ? Plus le clone est majoritaire, plus il doit être bien placé.
>
>
***
Vive le forward de mail à task@producteev.com !
***
>> 3a9a6bb913fdfcac
***
Joli ! Ce change ce a quoi on est habitué, mais c'est mieux ainsi.
Et c'est aussi un peu plus rapide, ce qui est mieux quand on switche rapidement entre plusieurs systèmes.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1293Animations superflues lors de la normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamAnimations superflues lors de la normalisationIl y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent...Il y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent normalisé <> non normalisé)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1292Mettre le même tag à tous les clones sélectionnés2019-02-05T12:20:51+01:00Vidjil TeamMettre le même tag à tous les clones sélectionnésParfois on sélectionne plusieurs clones et on veut leur attribuer le même clone. Il faut recommencer plusieurs fois la même opération et c'est fastidieux…
***
La zone de sélection (ou il y a `5 clones, .... focus`) pourrait avoir un ch...Parfois on sélectionne plusieurs clones et on veut leur attribuer le même clone. Il faut recommencer plusieurs fois la même opération et c'est fastidieux…
***
La zone de sélection (ou il y a `5 clones, .... focus`) pourrait avoir un champ `tag` (donc une étoile) qui fait apparaître un menu contextuel pour faire cela.
***
@nobody @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1291Nom de chaque sample : dans la DB ?2021-06-24T16:31:17+02:00Vidjil TeamNom de chaque sample : dans la DB ?Le nom de chaque sample se modifie dans la fenêtre principale (et s'enregistre par "save analysis"), alors que la date se modifie dans la DB. Ce n'est pas optimal. Surtout, quand on consulte la DB, on ne voit pas les noms des points dans...Le nom de chaque sample se modifie dans la fenêtre principale (et s'enregistre par "save analysis"), alors que la date se modifie dans la DB. Ce n'est pas optimal. Surtout, quand on consulte la DB, on ne voit pas les noms des points dans la liste des fichiers (qu'on a passé du temps à renommer, style "Diag-PCR2-BC10")
- Faut-il un champ de plus dans la DB "Sample name" ?
- Ou bien prendre "info" (mvouais, texte libre...) ?
- Ou au moins afficher le "Sample name" comme colonne dans la DB ?
(plus généralement, mécanisme infos DB <> infos analysis ?)
***
Discussion plus radicale à avoir : y a-t-il encore besoin d'avoir des noms de samples ?
- pour la MRD, probablement non (date suffit, surtout si on peut mettre des événements)
- par contre, pour d'autres utilisations, c'est indispensable (souris, comparaisons de labos, ...)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1290Désélectionner un clone avec Ctrl+click2019-10-08T10:26:50+02:00Vidjil TeamDésélectionner un clone avec Ctrl+clickLorsqu'on sélectionne plusieurs clones et qu'on souhaite en désélectionner un, le seul moyen de le faire est de cliquer sur son nom dans l'aligneur. Ce n'est peut-être pas le moyen le plus intuitif. Il n'est pas possible, en maintenant a...Lorsqu'on sélectionne plusieurs clones et qu'on souhaite en désélectionner un, le seul moyen de le faire est de cliquer sur son nom dans l'aligneur. Ce n'est peut-être pas le moyen le plus intuitif. Il n'est pas possible, en maintenant appuyé Ctrl, de le désélectionner (ce qui est pourtant le comportement qu'on pourrait attendre).
***
>>515f31905 comportement attendu
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1289Impossible de « décacher » le menu de gauche2016-11-29T14:34:17+01:00Vidjil TeamImpossible de « décacher » le menu de gaucheSous FF ou Chromium, une fois le menu de gauche caché (en cliquant sur la barre du milieu), impossible de le remontrer : il apparaît pour disparaître aussitôt
***
>> 9afd899311eb371
***
@DuezSous FF ou Chromium, une fois le menu de gauche caché (en cliquant sur la barre du milieu), impossible de le remontrer : il apparaît pour disparaître aussitôt
***
>> 9afd899311eb371
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1288color by abundance at selected time point à l'intérieur d'un cluster2016-11-29T14:34:16+01:00Vidjil Teamcolor by abundance at selected time point à l'intérieur d'un clusterLa coloration ne fonctionne pas pour les clones à l'intérieur d'un cluster (lorsque le cluster a été « déplié »)
***
>> 25bb43b0f61247
***
@DuezLa coloration ne fonctionne pas pour les clones à l'intérieur d'un cluster (lorsque le cluster a été « déplié »)
***
>> 25bb43b0f61247
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1287Stocker la taille des fichiers fasta comme entier2016-11-29T14:34:15+01:00Vidjil TeamStocker la taille des fichiers fasta comme entierActuellement c'est une chaîne de caractères :)
Cela permettrait :
- de faire des sommes (par patient par exemple)
- de faire du tri
***
@DuezActuellement c'est une chaîne de caractères :)
Cela permettrait :
- de faire des sommes (par patient par exemple)
- de faire du tri
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1286TCRKlass2020-12-11T13:05:17+01:00Vidjil TeamTCRKlassTCRklass: A New K-String–Based Algorithm for Human and Mouse TCR Repertoire Characterization
http://www.jimmunol.org/content/early/2014/11/15/jimmunol.1400711.abstract
http://sourceforge.net/projects/tcrklass/files/
***
ADT, intégration...TCRklass: A New K-String–Based Algorithm for Human and Mouse TCR Repertoire Characterization
http://www.jimmunol.org/content/early/2014/11/15/jimmunol.1400711.abstract
http://sourceforge.net/projects/tcrklass/files/
***
ADT, intégration logiciel
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1285Ascenseur curieux qui fait partir le menu du haut2018-10-18T10:47:47+02:00Vidjil TeamAscenseur curieux qui fait partir le menu du hautDans certains cas, un ascenseur sur toute l'appli apparait, qui cache le menu principal quand il est mal positionné (alors que tout le reste de l'appli est fixed)
***
toujours d'actualité ?
***
@DuezDans certains cas, un ascenseur sur toute l'appli apparait, qui cache le menu principal quand il est mal positionné (alors que tout le reste de l'appli est fixed)
***
toujours d'actualité ?
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1284Rajouter les commandes de la doc dans la suite de tests2017-11-24T10:04:36+01:00Vidjil TeamRajouter les commandes de la doc dans la suite de tests`doc/algo.org` contient un certain nombre de commandes. L'idée n'est pas de tester la sortie (*), mais déjà de vérifier que la commande se lance correctement (en particulier si on change les options, il peut y avoir un exit 1).
Seul un ...`doc/algo.org` contient un certain nombre de commandes. L'idée n'est pas de tester la sortie (*), mais déjà de vérifier que la commande se lance correctement (en particulier si on change les options, il peut y avoir un exit 1).
Seul un pervers du org-mode + des tests peut faire cela :)
(*) Quoique... une belle syntaxe à la `should_get` serait amusante (dans un esprit doctest à la python ?)
Algo 2017.11