vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-07-01T12:05:19+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1325Est-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?2021-07-01T12:05:19+02:00Vidjil TeamEst-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-c...Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-coverage ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1324mise au point2017-02-01T19:20:19+01:00Vidjil Teammise au point
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#1322
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#1322https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1323fuse2018-11-20T12:10:23+01:00Vidjil Teamfuse
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#1322
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#1322https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1322Mettre au point le clustering automatique2019-04-17T17:48:28+02:00Vidjil TeamMettre au point le clustering automatiqueLes clusters fonctionnent, comme par exemple avec la config TRG-cluster.
Il faut se replonger dans les distances et tutti quanti
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Tests de la config TRG + Cluster sur Van Cel
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Au programme du prochain Vidjil Day
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Il faut le fair...Les clusters fonctionnent, comme par exemple avec la config TRG-cluster.
Il faut se replonger dans les distances et tutti quanti
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Tests de la config TRG + Cluster sur Van Cel
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Au programme du prochain Vidjil Day
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Il faut le faire un jour.
Discussion métro : autant faire en .js plutôt qu'en C++
Pas vraiment de merge automatique (c'est toujours l'user), mais
- soit on visualise le graphe (hum, pas super facile)
- soit on visualise le graphe restreint à un clone (distance de tous les autres clones par rapport au clone sélectionné)
- ou on visualise le graphe en "paquets", 8-16 paquets principaux à des positions fixes
- ou même, sans visualisation, auto-sélection : on sélectionne un clone, il sélectionne ceux qui sont à une distance <= epsilon. Pratique, on n'a plus qu'à aligner, vérifier et merger
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Voici un argument contre le clustering automatique : QC29 faits par plusieurs centres avec différents séquenceurs. Il y a des petites mutations reproductibles indépendamment du centre de séquençage. Du clustering les aurait regroupés, cachant ces sous-clones.
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ping
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#1323, #1324
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@magiraud @mikael-s @DuezThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1321Permissions et groupes2017-01-31T17:37:57+01:00Vidjil TeamPermissions et groupes- Le groupe "public" ne semble pas fonctionner
- Le groupe "admin" non plus (par exemple se logguer comme mathieu@vidjil.org)
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-tout les utilisateurs de rbx.vidjil ont été mis dans le groupe public et les futurs users le seront automa...- Le groupe "public" ne semble pas fonctionner
- Le groupe "admin" non plus (par exemple se logguer comme mathieu@vidjil.org)
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-tout les utilisateurs de rbx.vidjil ont été mis dans le groupe public et les futurs users le seront automatiquement
-pas de différence visible entre admin et mathieu ... (supprimer la tâche si c'est bon)
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ok, tout bon
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1320Tooltip sur 'e', 'X' et autres éléments2021-11-23T15:32:55+01:00Vidjil TeamTooltip sur 'e', 'X' et autres élémentsà voir quand on aura déjà mis les icônes, ce sera plus générique
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@nobodyà voir quand on aura déjà mis les icônes, ce sera plus générique
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1319Barre de progression lors de l'upload d'un fichier patient2016-11-29T14:34:42+01:00Vidjil TeamBarre de progression lors de l'upload d'un fichier patientSuper
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@DuezSuper
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1318CSS : uniformiser les parties à mettre en couleur2016-11-29T14:34:41+01:00Vidjil TeamCSS : uniformiser les parties à mettre en couleurMême au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la lis...Même au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la liste est gérée dans updateColor() de clone.js. Ça serait bien d'avoir un truc uniforme entre les différentes parties à mettre en couleur (graph, scatterplot et liste) (et avoir une classe CSS est plus facilement testable qu'un changement de couleur).
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1317clones2016-11-29T14:34:40+01:00Vidjil Teamclones
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#1315
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#1315https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1316sp_system2016-11-29T14:34:40+01:00Vidjil Teamsp_system
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#1315
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#1315https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1315Lorsqu'un système est caché, son sp_system doit rester au même endroit mais i...2016-11-29T14:34:40+01:00Vidjil TeamLorsqu'un système est caché, son sp_system doit rester au même endroit mais invisible, idem pour ses clonesActuellement, cliquer pour faire cacher/apparaître un système fait beaucoup bouger la zone en bas à droite (et aussi le graphe). Il suffirait de rendre invisible le sp_system (ou de le griser en "systemBoxNameMenu inactive" comme dans le...Actuellement, cliquer pour faire cacher/apparaître un système fait beaucoup bouger la zone en bas à droite (et aussi le graphe). Il suffirait de rendre invisible le sp_system (ou de le griser en "systemBoxNameMenu inactive" comme dans le menu).
et idem pour les clones : les clones arrivent d'en bas à droite et bougent tout au passage. Il devraient simplement être invisibles (ou très grisés)
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461aeaf93a1
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Bien
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... mais cas particulier : lorsqu'on arrive à 1 (ou 0) système, le panneau avec les sp_systems doit rester. Cela arrive tout le temps quand on joue avec Demo-L3.
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c379748da63
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4ebe767fc, je me suis permis d'en remettre une couche
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#1316, #1317
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1314Pas de code dépendant de la germline dans clone.js / model.js2017-10-23T11:33:42+02:00Vidjil TeamPas de code dépendant de la germline dans clone.js / model.jsLe code ci-dessous, et plus généralement tout ce qui est hardcodé en fonction de la germline, devrait être dans une fonction shortenName(xxx) (prenant éventuellement la germline) dans un fichier à part (germline-xxxx.js ?) :
+ if (ty...Le code ci-dessous, et plus généralement tout ce qui est hardcodé en fonction de la germline, devrait être dans une fonction shortenName(xxx) (prenant éventuellement la germline) dans un fichier à part (germline-xxxx.js ?) :
+ if (typeof (this.getSequence()) != 'undefined' && typeof (this.name) != 'undefined') {
+ this.shortName = this.name.replace(new RegExp('IGHV', 'g'), "VH");
+ this.shortName = this.shortName.replace(new RegExp('IGHD', 'g'), "DH");
+ this.shortName = this.shortName.replace(new RegExp('IGHJ', 'g'), "JH");
+ this.shortName = this.shortName.replace(new RegExp('TRG', 'g'), "");
+ this.shortName = this.shortName.replace(new RegExp('\\*..', 'g'), "");
+ }
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Tatiana, c'est peut-être lié (ou pas) aussi à ce qu'on discutait vendredi dernier.
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Lien avec export Fasta ?
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@Cyanael @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1313admin: dans la table "user list", voir quelques détails2016-11-29T14:34:37+01:00Vidjil Teamadmin: dans la table "user list", voir quelques détailsOn commence à avoir bcp d'utilisateurs. On pourrait voir dans la table :
- combien de fichiers ils ont uploadé (et taille totale)
- leurs droits
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- leurs groupes
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fait depuis longtemps :)
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@DuezOn commence à avoir bcp d'utilisateurs. On pourrait voir dans la table :
- combien de fichiers ils ont uploadé (et taille totale)
- leurs droits
***
- leurs groupes
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fait depuis longtemps :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1312vérifier avec séquence Ja29 donnée par Aurélie2017-11-22T10:46:23+01:00Vidjil Teamvérifier avec séquence Ja29 donnée par Aurélie
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#1309
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#1309https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1311compléter germline.cpp2016-11-29T14:34:36+01:00Vidjil Teamcompléter germline.cpp
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#1309
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#1309https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1310compléter germlines.data2016-11-29T14:34:36+01:00Vidjil Teamcompléter germlines.data
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#1309
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#1309https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1309LEG: Vd2Ja292016-11-29T14:34:36+01:00Vidjil TeamLEG: Vd2Ja297bde694
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Sur la DB.
LEG a un Vd-Ja minuscule, et je ne trouve pas de Ja29 (et même en agrep -3)
ROU a un Vd-Ja plus impressionnant, mais toujours pas de Ja29.
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mail envoyé le 4 déc
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Préparer cela avant notre réunion au CBP le 8....7bde694
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Sur la DB.
LEG a un Vd-Ja minuscule, et je ne trouve pas de Ja29 (et même en agrep -3)
ROU a un Vd-Ja plus impressionnant, mais toujours pas de Ja29.
***
mail envoyé le 4 déc
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Préparer cela avant notre réunion au CBP le 8.
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Remis à plus tard. Notre Ja54 serait douteux.
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Mikaël, c'est fermable ?
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On va dire que c'est bon, Ja29.
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#1310, #1311, #1312
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1308Anonymisation des données 'cheap', côté client2016-11-29T14:34:32+01:00Vidjil TeamAnonymisation des données 'cheap', côté clientMême en remettant à plus tard une solution durable, il faudrait avoir rapidement quelque chose pour que l'admin n'aie pas sous les yeux tout le temps le nom des patients, au moins dans la liste avec tous les patients.
Proposition simpl...Même en remettant à plus tard une solution durable, il faudrait avoir rapidement quelque chose pour que l'admin n'aie pas sous les yeux tout le temps le nom des patients, au moins dans la liste avec tous les patients.
Proposition simple: si on est logé *en tant qu'administrateur* (et si un certain flag est non mis), alors on ne voit que les trois premières lettres. Oui, c'est curieux que l'admin voie moins que les users :)
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faire un mode cheap n'est pas plus compliqué qu'un vrai mode anonyme ...
proposition :
un switch par patient anonyme/non-anonyme (modifiable par le/les admin du patient)
+
un switch par user blindfolded/free (modifiable par nous)
pour voir le vrai nom d'un patient il faut que
-l'user ait minimum un droit de "read" sur le patient (obvious)
-l'user ne soit pas blindfolded
-le patient ne soit pas en mode anonyme
ca évite de devoir gérer les droits pour chaque combinaison user/patient
dans tout les cas une personne avec les droits d'admin sur un patient pourra voir le vrai nom dans le menu d'édition (ou pas ?)
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Tiens, j'ai appris un nouveau mot, blindfold. Joli
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efa5206cc5
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Parfait, cela fonctionne bien !
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Je viens de faire une passe sur tous les patients :
- droit "anon" rajouté au "propriétaire" de chaque patient
- droits supprimés à "System Admin" (qui les a par le groupe admin)
- "anon" mis aussi à quelques patient sur le groupe public (par exemple les souris). Signification : tous ceux qui peuvent "read" pourront aussi voir le nom de la souris.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1306Alignement : la séquence majoritaire n'est plus la première affichée2016-11-29T14:34:30+01:00Vidjil TeamAlignement : la séquence majoritaire n'est plus la première affichéeComme la segmentation se fait en fonction de la première, c'est gênant (et en plus on la cherche en se demandant où elle est).
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43e053a02
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ok
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@DuezComme la segmentation se fait en fonction de la première, c'est gênant (et en plus on la cherche en se demandant où elle est).
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43e053a02
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ok
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1305Sauvegarde impossible du fichier analysis2016-11-29T14:34:29+01:00Vidjil TeamSauvegarde impossible du fichier analysisPour le patient MAQ : impossible de sauvegarder l'analysis en étant connecté en admin ou en lille. Message : database : id patient file needed, id config needed, you do not have permission to save changes on this patient
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b3f0afa, mer...Pour le patient MAQ : impossible de sauvegarder l'analysis en étant connecté en admin ou en lille. Message : database : id patient file needed, id config needed, you do not have permission to save changes on this patient
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b3f0afa, merci Marc
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@Duez