vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-09-15T19:20:36+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2369axes: pouvoir trier la liste des clones suivant n'importe quel axe2021-09-15T19:20:36+02:00Mathieu Giraudaxes: pouvoir trier la liste des clones suivant n'importe quel axeExtrait de #1471.Extrait de #1471.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2368axis: mettre toutes les valeurs de available_axis dans GenericAxis()2018-08-08T20:49:02+02:00Mathieu Giraudaxis: mettre toutes les valeurs de available_axis dans GenericAxis()Suite à la discussion de hier, et en particulier les problèmes sur le `init`, je me demande
si on ne pourrait pas mettre tout ce qu’on a besoin pour chaque axe dans `GenericAxis()`,
peut-être sous la forme d’un dictionnaire comme il y a ...Suite à la discussion de hier, et en particulier les problèmes sur le `init`, je me demande
si on ne pourrait pas mettre tout ce qu’on a besoin pour chaque axe dans `GenericAxis()`,
peut-être sous la forme d’un dictionnaire comme il y a des choses optionnelles.
On aurait quelque chose du genre :
```
avalaible_axis = [
...,
new PercentCustomAxis("sequenceLength", this.m,
{
doc: "ratio of the number of reads of each clone to the total number of reads in the selected locus",
label: "size",
fct : function(clone){return clone.getSizeZero()},
min : function(){return self.m.min_size},
max : 1,
log : true
}),
...
]
```
Ou, si on souhaite garder un dictionnaire, `"sequenceLength": new PercentCustomAxis( ... )`
Si on n'a plus de dictionnaire pour `available_axis`, une conséquence pourrait être, dans `scatterPlot.js`, de se passer complètement de `splitX` et `splitY` (sauf dans `changeSplitMethod`) et de remplacer
- `this.available_axis[this.splitX]` par quelque chose du type`this.axisX.data`
- `this.splitX` en `this.axisX.key`
Les appels à `available_axis` ne seraient alors que dans la construction du menu "plot" (et aussi dans`updateMenu`)
(et peut-être aider #2367).
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2367axes: déplacer available_axis quelque part2017-04-14T18:00:29+02:00Mathieu Giraudaxes: déplacer available_axis quelque partExtrait de #2362
> déplacer available_axis quelque part (`axis.js` ?)
Comme discuté hier, les axes sont indépendants du scatterplot. On pourrait être dans une situation sans scatterplot, et accéder aux axes, typiquement pour #2175.
O...Extrait de #2362
> déplacer available_axis quelque part (`axis.js` ?)
Comme discuté hier, les axes sont indépendants du scatterplot. On pourrait être dans une situation sans scatterplot, et accéder aux axes, typiquement pour #2175.
On n’a pas trop envie que ce soit une variable globale… quoi alors ? Dans le modèle ?
Peut-être qu’il faut lier cela à `clone.js`. Certes, les axes sont génériques (vu `GenericAxis()`, on pourrait faire des axes avec autre chose que des clones), mais pour l’instant tous les axes définis sont bien des axes de clones. (Si on fait un jour d’autre axes, ils pourront être dans d’autres avalaible_axis… ailleurs).
Si possible, ce serait bien de faire cela cette semaine pour que @heto puisse partir dessus pour #2175.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2366Environnement pour développer les tests QUnit2022-06-20T17:14:16+02:00Mathieu GiraudEnvironnement pour développer les tests QUnit@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigat...@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigateur une visualisation des données utilisées pour les tests unitaires (`data_test.js`).
>
> - charger les données de test dans la console d'une page vidjil (`json_data = {...}`)
> - lancer les instructions suivantes :
> - `m.parseJsonData(json_data, 100)`
> - `m.loadGermline()`
> - `m.initClones()`
>
> (ces fonctions sont en fait appelées au début d'une bonne partie des tests QUnit)
>
> Le scatterplot devrait faire apparaître les 5 clones de `json_data`.
Merci pour ces infos !
Ne pourrait-on pas créer une fonction `m.setupTests()` qui ferait tout cela tout seul ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2365axes: tailles des clones, avec deux valeurs particulières 0 et +2024-01-19T18:39:16+01:00Mathieu Giraudaxes: tailles des clones, avec deux valeurs particulières 0 et +Lorsqu'il y a 0 read ou peu de reads, ce sont des valeurs particulières (voir `sizeQ` dans `clone.js`).
Peut-être les afficher de manière particulière, comme pour #2363 et #2364.
cc @RyanHerbLorsqu'il y a 0 read ou peu de reads, ce sont des valeurs particulières (voir `sizeQ` dans `clone.js`).
Peut-être les afficher de manière particulière, comme pour #2363 et #2364.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2364axes: affichage de la valeur particulière '?' (ou '0' pour log)2021-09-29T17:21:04+02:00Mathieu Giraudaxes: affichage de la valeur particulière '?' (ou '0' pour log)Afficher de manière particulière '?' pour qu'on distingue mieux des autres valeurs.
Par exemple en cassant la ligne et/ou en décalant légèrement pour qu'il y ait plus d'espace.
(voire ajouter un label vide après '?').Afficher de manière particulière '?' pour qu'on distingue mieux des autres valeurs.
Par exemple en cassant la ligne et/ou en décalant légèrement pour qu'il y ait plus d'espace.
(voire ajouter un label vide après '?').Web 2021.11marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2363Axes: logarithmes et 02020-07-28T11:58:06+02:00Mathieu GiraudAxes: logarithmes et 0Vérifier ce qu’il se passe avec des valeurs à 0.
L’afficher de manière particulière (un 0, coupé du reste, comme dans #2364 ?)
cc @RyanHerbVérifier ce qu’il se passe avec des valeurs à 0.
L’afficher de manière particulière (un 0, coupé du reste, comme dans #2364 ?)
cc @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2362axes: bikeshedding2017-04-14T18:00:59+02:00Mathieu Giraudaxes: bikesheddingJuste des suggestions stupides :-)
- renommer CustomAxis en NumericAxis
- generic-axis.js → axis-generic.js
- custom-axis.js → axis-numeric.js
- germline-axis.js → axis-germline.js
- déplacer available_axis quelque part (axis.js ?)Juste des suggestions stupides :-)
- renommer CustomAxis en NumericAxis
- generic-axis.js → axis-generic.js
- custom-axis.js → axis-numeric.js
- germline-axis.js → axis-germline.js
- déplacer available_axis quelque part (axis.js ?)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2361axes: factoriser encore un peu available_axis2017-09-15T13:42:23+02:00Mathieu Giraudaxes: factoriser encore un peu available_axisVu ce matin avec @RyanHerb. En particulier pour les bar plots.
Et si possible, pour les germline pour les grids... mais tant pis si ce n'est pas possible.Vu ce matin avec @RyanHerb. En particulier pour les bar plots.
Et si possible, pour les germline pour les grids... mais tant pis si ce n'est pas possible.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2360axes: entiers2018-07-07T07:20:59+02:00Mathieu Giraudaxes: entiersLes longueurs de clones (et d’autres choses) sont entières. On ne doit pas voir de décimale dans les labels.
À voir si cela est correct actuellement ou s’il y a besoin de faire une classe spécifique pour les entiers.
cc @RyanHerbLes longueurs de clones (et d’autres choses) sont entières. On ne doit pas voir de décimale dans les labels.
À voir si cela est correct actuellement ou s’il y a besoin de faire une classe spécifique pour les entiers.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2359Limiter la mémoire allouée aux jobs lancés via les workers2021-11-22T13:51:54+01:00Mathieu GiraudLimiter la mémoire allouée aux jobs lancés via les workersEn complément de #2349, on pourrait limiter la quantité de mémoire par worker ou sur tous les workers. On aimerait ainsi que, même dans des cas non prévus, le serveur réponde toujours même si un process fait n'importe quoi.
Voir http://...En complément de #2349, on pourrait limiter la quantité de mémoire par worker ou sur tous les workers. On aimerait ainsi que, même dans des cas non prévus, le serveur réponde toujours même si un process fait n'importe quoi.
Voir http://coldattic.info/shvedsky/pro/blogs/a-foo-walks-into-a-bar/posts/40, qui discute longuement certaines possibilités.
(On pourrait d'ailleurs avoir une solution non universelle, et par exemple protéger MiXCR par un `ulimit` si cela fonctionne.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2356segmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènesPlus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) ét...Plus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) étant la référence.
Typiquement, c’est dans les clones qu’on souligne les mutations (même s’ils sont "majoritaires).
Avec #1925/#2137, ce sont lès gènes VDJ qui sont la référence. On pourrait même afficher de manière particulière (css) les mutations où tous les clones sont d'accord, mais pas avec le gène.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2353segmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquence2024-01-19T18:33:56+01:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquencePour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : cert...Pour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : certains V/D/J peuvent être communs, et on peut vouloir ne les afficher qu’une seule foishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2349Ne pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même temps2020-01-21T17:34:41+01:00Mikaël SalsonNe pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même tempsMiXCR est gourmand en mémoire et si plusieurs instances sont lancées en même temps cela peut mettre la VM en carafe (cf. vdj#396). Peut-on laisser les jobs MiXCR QUEUED tant que d'autres jobs MiXCR sont en train de tourner ?
@RyanHerb...MiXCR est gourmand en mémoire et si plusieurs instances sont lancées en même temps cela peut mettre la VM en carafe (cf. vdj#396). Peut-on laisser les jobs MiXCR QUEUED tant que d'autres jobs MiXCR sont en train de tourner ?
@RyanHerb penses-tu que cela soit possible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2348Identifier clairement qu'on est sur le serveur de secours2017-12-04T09:10:30+01:00Mathieu GiraudIdentifier clairement qu'on est sur le serveur de secoursSuite à vdj#397, il y a des cas où le ~client va se connecter sur un serveur de secours.
Il faut que ce soit très clair pour les utilisateurs qu'ils ne sont pas sur le serveur principal. Le fond du bandeau pourrait par exemple passer en ...Suite à vdj#397, il y a des cas où le ~client va se connecter sur un serveur de secours.
Il faut que ce soit très clair pour les utilisateurs qu'ils ne sont pas sur le serveur principal. Le fond du bandeau pourrait par exemple passer en jaune, et/ou une notification "persistante" en haut (par exemple à la place de Vidjil(beta)).
Voir aussi #2152.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2347Corriger les tests fonctionnels sur le nom des clones2017-11-18T12:30:32+01:00Mikaël SalsonCorriger les tests fonctionnels sur le nom des clonesPar ma faute, les tests fonctionnels du client semblaient passer (alors que ce n'est pas le cas). Suite à !15 je pense qu'il faut adapter les tests.
Voici les tests qui échouent (il y en a d'autres qui plantent mais c'est à cause de vdj...Par ma faute, les tests fonctionnels du client semblaient passer (alors que ce n'est pas le cas). Suite à !15 je pense qu'il faut adapter les tests.
Voici les tests qui échouent (il y en a d'autres qui plantent mais c'est à cause de vdj#396).
```
1) Failure:
TestMultilocus#test_05_focus_in_list [test_multilocus.rb:102]:
>> Clone name is not correct in focus div
2) Failure:
TestMultilocus#test_05_focus_in_scatterplot [test_multilocus.rb:102]:
>> Clone name is not correct in focus div
```
@heto : pas besoin d'installer watir & co (il y a des problèmes de compatibilité avec les versions récentes de Firefox). Tu peux te contenter de corriger les tests et de voir si Gitlab-CI est content.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2340Des url mal formées génèrent des erreurs serveur2022-06-20T17:02:55+02:00Mathieu GiraudDes url mal formées génèrent des erreurs serveurhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2339Table des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'2021-02-09T16:25:08+01:00Mathieu GiraudTable des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'En faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbEn faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2338refactorer .getHtmlInfo2017-04-08T19:01:51+02:00Mathieu Giraudrefactorer .getHtmlInfoBeaucoup de `<tr colspan...` plus ou moins identiques.
Beaucoup de `<tr colspan...` plus ou moins identiques.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2336Renommer « merge » ou « cluster »2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudRenommer « merge » ou « cluster »Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses si...Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses similaires au bouton.
- remplacer « merge » par « cluster » : cohérent, mais risque de perturber les utilisateurs. Il faudra une notification.
- remplacer « cluster » par « merge » : un peu plus bizarre « merge by J’ », mais on peut s’y faire. Mvouais.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerb Web 2017.05