vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-11T15:25:03+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1344C++11 ?2021-01-11T15:25:03+01:00Vidjil TeamC++11 ?Tâche remise au goût du jour : est-on prêt à passer en C++11 ?
Quelle est la diffusion de C++11 ?
- est-ce que rbx compile ?
- est-ce que Mikaël compile ?
- est-ce que Mathieu, avec son OS décadent, compile ?
- et pour les milli...Tâche remise au goût du jour : est-on prêt à passer en C++11 ?
Quelle est la diffusion de C++11 ?
- est-ce que rbx compile ?
- est-ce que Mikaël compile ?
- est-ce que Mathieu, avec son OS décadent, compile ?
- et pour les milliers d'utilisateurs qui téléchargent nos sources ?
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Est-ce que mettre -std=c++11 et recompiler Vidjil fonctionne chez vous ? (bien faire un make clean)
Marc, tu peux pousser une branche c11 pour qu'on teste tous la même chose...
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gcc: https://gcc.gnu.org/wiki/C11Status
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Version stable d'Ubuntu : ok ?
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Pour mémoire, les avantages de passer à C++11 :
- parser json ("Parser le MultiGermline")
- docopt C++11 ("Traitement de options")
- et quelques auto dans les templates ?
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sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
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sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
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sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
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ok, d'accord
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Remarque importante : pour l'instant, faire tous les dev c+11 uniquement sur la branche c+11
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CentOS 6 (maintenue jusqu'en 2017) embarque gcc 4.4 qui a un support limité de C++11 (pas de lambda fonctions par exemple) : https://gcc.gnu.org/gcc-4.4/cxx0x_status.html
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Oui... et on trouvera plein d'autres systèmes stables sans bon support C++11. Je propose qu'on ne revienne pas sur la décision : on va basculer sur C++11. Par contre, il faut trouver un moyen correct d'avoir notre intégration continue.
Trois solutions :
- on arrive à installer un gcc correct sur CentOS 6 : http://www.necessaryandsufficient.net/2014/07/c11-on-centos/
- on met plutôt un slave CentOS 7
- on enlève CentOS des slaves !
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1343(Check commit) Pas de droits pour le groupe par défaut2016-11-29T14:35:02+01:00Vidjil Team(Check commit) Pas de droits pour le groupe par défautMarc, peux-tu vérifier 1efdee9 et modifier si je me suis trompé ?
Jusqu'à maintenant, il y avait "share rights with users of the same group"... et effectivement, j'ai testé la création d'un patient de Lille, et il était visible par publ...Marc, peux-tu vérifier 1efdee9 et modifier si je me suis trompé ?
Jusqu'à maintenant, il y avait "share rights with users of the same group"... et effectivement, j'ai testé la création d'un patient de Lille, et il était visible par public, ce qui n'est pas souhaité.
Ce que je ne comprends pas, c'est que ces lignes proviennent de bb4faa7b, en juin. Or, depuis le temps, on a eu plusieurs utilisateurs qui ont créé des patients, et public n'avait pas le droit ?
merci
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le groupe public pour tous n'est mis en place que depuis 9c67823f43a3
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ok, merci
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1342Anonymisation : quand un patient est créé, l'uploader doit avoir le droit "anon"2016-11-29T14:35:01+01:00Vidjil TeamAnonymisation : quand un patient est créé, l'uploader doit avoir le droit "anon"e84cc19
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@magiraude84cc19
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1341Afficher le nom (anonymisé) du patient dans les dialogues "delete patient" et...2016-11-29T14:35:00+01:00Vidjil TeamAfficher le nom (anonymisé) du patient dans les dialogues "delete patient" et "permission"Quand on a cliqué sur "delete patient", on demande confirmation... mais on ne sait pas de quel patient il s'agit :)
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1a4c876
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@DuezQuand on a cliqué sur "delete patient", on demande confirmation... mais on ne sait pas de quel patient il s'agit :)
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1a4c876
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1340Après un cache-cache, les clones peuvent devenir obèses2016-11-29T14:34:59+01:00Vidjil TeamAprès un cache-cache, les clones peuvent devenir obèsesDemo L2
→ cacher TRG (par systemBoxMenu)
→ le faire réapparaître en cliquant sur le sp_system
→ les clones TRG ont grossi un peu :-)
Plus généralement, lorsqu'on joue à cache-cache avec les systemBoxMenu, certains clones d'autres syst...Demo L2
→ cacher TRG (par systemBoxMenu)
→ le faire réapparaître en cliquant sur le sp_system
→ les clones TRG ont grossi un peu :-)
Plus généralement, lorsqu'on joue à cache-cache avec les systemBoxMenu, certains clones d'autres systèmes changent leur taille, ce qui n'est pas souhaitable
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désactiver un systeme ne sert pas a le cacher mais a l'ignorer
les ratios au lieu d'etre calculés sur TRG+IGH ne le sont plus que sur IGH
ca permet d'avoir le nombre de reads segmentés des igh et de connaitre la proportion d'un clone igh parmis les igh
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Oui, d'accord pour le principe.
... mais il reste un vrai bug, la taille varie par rapport à la même situation (IGH et TRG visibles) :
Demo L3
→ cacher/ignorer TRG (par systemBoxMenu)
→ le faire réapparaître en cliquant sur le sp_system
→ resélectionner le IGH par le sp_system
- les clones IGH rouge/orange ont grossi un peu :-)
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13df9d50fbd5
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parfait
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1338noms des fichiers .data et .analysis exportés2017-02-01T19:15:11+01:00Vidjil Teamnoms des fichiers .data et .analysis exportés
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1337nom du fichier .csv2017-02-01T19:15:05+01:00Vidjil Teamnom du fichier .csv
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1336(et le backdoor du search, mais ok)2017-02-01T19:14:23+01:00Vidjil Team(et le backdoor du search, mais ok)
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1335export pdf2017-02-01T19:14:13+01:00Vidjil Teamexport pdf
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1334page des fichiers fasta d'un patient2017-02-01T19:15:02+01:00Vidjil Teampage des fichiers fasta d'un patient
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1333nom du patient transféré dans le .analysis (et affiché dans le info)2017-02-01T19:14:58+01:00Vidjil Teamnom du patient transféré dans le .analysis (et affiché dans le info)
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1332Anonymisation : il reste quelques endroits en clair2020-05-26T12:14:23+02:00Vidjil TeamAnonymisation : il reste quelques endroits en clairinfo.html: 0f8cad8
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bien
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#1333, #1334, #1335, #1336, #1337, #1338, #1339
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@Duezinfo.html: 0f8cad8
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bien
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#1333, #1334, #1335, #1336, #1337, #1338, #1339
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1331Faire passer les tests watir2017-11-18T12:31:19+01:00Vidjil TeamFaire passer les tests watirLes tests ne passent pas pour plusieurs raisons :
1. Lorsqu'on a qu'un seul point la fenêtre d'info n'est pas disponible
2. Impossible de modifier le nom d'un clone ou d'un tag (les modifications ne sont pas prises en compte)
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Remon...Les tests ne passent pas pour plusieurs raisons :
1. Lorsqu'on a qu'un seul point la fenêtre d'info n'est pas disponible
2. Impossible de modifier le nom d'un clone ou d'un tag (les modifications ne sont pas prises en compte)
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Remonté car résoudre cela unlockerait deux très bonnes choses :
- les tests intégrés à Jenkins (et peut-être Travis), d'où meilleure robustesse
- et une nouvelle solution de déploiement sur rbx, avec serveur de test
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Les tests watir passent maintenant que ce soit en local sur mon FF 31.4 sous Debian ou sur le slave Jenkins sous Ubuntu 14.04 (FF 35). En mode headless ou non (le mode non headless ne fonctionne pas à travers Jenkins mais je pense que c'est une limitation de Jenkins ou de mes compétences en Jenkins).
Il n'y a plus qu'à rajouter des tests. Je ne vois rien qui s'y oppose. Au contraire le commit 3915c6c (par exemple) montre bien en quoi des tests navigateurs sont indispensables.
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Passe aussi chez moi (Chrome uniquement). Mais pas 100% du temps, un peu imprédictible. J'imagine que c'est plus robuste en headless ou si on est pas en train de toucher à la souris autour.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1330Tri aussi par ordre décroissant2016-11-29T14:34:50+01:00Vidjil TeamTri aussi par ordre décroissantRe-cliquer sur une colonne pourrait trier en ordre décroissant
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génial
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@DuezRe-cliquer sur une colonne pourrait trier en ordre décroissant
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génial
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1329En cas d'absence de fichier de config, la fenêtre de bienvenue ne s'affiche pas.2016-11-29T14:34:49+01:00Vidjil TeamEn cas d'absence de fichier de config, la fenêtre de bienvenue ne s'affiche pas.Il s'agit de la version « offline ». Peut-être que cela crée d'autres problèmes, je ne sais pas… Priorité haute car c'est bloquant pour les tests fonctionnels.
Soit le fichier de config est indispensable et il faut mettre un message d'er...Il s'agit de la version « offline ». Peut-être que cela crée d'autres problèmes, je ne sais pas… Priorité haute car c'est bloquant pour les tests fonctionnels.
Soit le fichier de config est indispensable et il faut mettre un message d'erreur le disant. Soit il n'est pas indispensable et il faut adopter le comportement habituel.
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4a78c78a90
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1328Que devrait indiquer le menu "analysis" tout comme les #visu.axis_select pour...2021-07-09T18:28:38+02:00Vidjil TeamQue devrait indiquer le menu "analysis" tout comme les #visu.axis_select pour des systèmes bizarres ?Quand on sélectionne TRD+, cela peut faire bizarre de voir les menus & co raconter "gene V" / "gene J". On pourrait avoir "gene V+D2" et "gene J+D3". En fait cela dépend des données : s'il y a beaucoup de V (plus le D2) cela passe, sinon...Quand on sélectionne TRD+, cela peut faire bizarre de voir les menus & co raconter "gene V" / "gene J". On pourrait avoir "gene V+D2" et "gene J+D3". En fait cela dépend des données : s'il y a beaucoup de V (plus le D2) cela passe, sinon cela fait bizarre.
Mais je ne vois pas de bonne solution, cela dépend de chaque germline bizzare (et afficher "5'" ne serait pas clair pour tout le monde). Bref, proposition : ne rien changer pour l'instant...
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1327À l'ouverture d'un patient, sélectionner un bon système2016-11-29T14:34:48+01:00Vidjil TeamÀ l'ouverture d'un patient, sélectionner un bon systèmeMaintenant, certains patients ont 4-5 systèmes, mais certains tout petits.
À l'ouverture d'un patient, le système sélectionné pourrait être soit le plus gros au total, ou bien le système du plus gros clone au point 0 (qui est en haut de...Maintenant, certains patients ont 4-5 systèmes, mais certains tout petits.
À l'ouverture d'un patient, le système sélectionné pourrait être soit le plus gros au total, ou bien le système du plus gros clone au point 0 (qui est en haut de la liste de clones maintenant).
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yeah
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1326Stats sur clones sélectionnés : position2022-06-20T10:11:13+02:00Vidjil TeamStats sur clones sélectionnés : positionRéfléchir si la position est optimale. (Les autres quantités sont à gauche, pas à droite).
De plus, quand on est en :hover sur un clone, faut-il changer ou non le comportement des stats ?
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@nobodyRéfléchir si la position est optimale. (Les autres quantités sont à gauche, pas à droite).
De plus, quand on est en :hover sur un clone, faut-il changer ou non le comportement des stats ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1325Est-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?2021-07-01T12:05:19+02:00Vidjil TeamEst-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-c...Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-coverage ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1324mise au point2017-02-01T19:20:19+01:00Vidjil Teammise au point
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