vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-01T17:38:13+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4728Nouvelles germlines, séquence hors locus passant de too_few en only_V2021-04-01T17:38:13+02:00Mathieu GiraudNouvelles germlines, séquence hors locus passant de too_few en only_V`segmentation-2.fa` (tous les `L` sont des `-L`, ping #4727)
```
# Sequences outside any V(D)J locus
>too_few_vj-2
GCCTCAGGCCAGCCTTCCGCTCCTTGAAGCTGGTCTCCGCACAGTGCTGGTTCCGTCACCCCCACCCAGGGAAGCAGGTCTGAGCAGCTTGTCCTGGCTG
_L__________________...`segmentation-2.fa` (tous les `L` sont des `-L`, ping #4727)
```
# Sequences outside any V(D)J locus
>too_few_vj-2
GCCTCAGGCCAGCCTTCCGCTCCTTGAAGCTGGTCTCCGCACAGTGCTGGTTCCGTCACCCCCACCCAGGGAAGCAGGTCTGAGCAGCTTGTCCTGGCTG
_L___________________L__________L___________________________L___LLL__________L______________________
==================.=====
# 8 ! seed IGL UNSEG only V/5' 6.300249e+01 6.300000e+01/2.490249e-03
```
Cela fait beaucoup de k-mers pour quelque chose d'aléatoire, avec probablement un match d'au moins 18nt à la suitehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4729Ouvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlines2021-03-22T09:24:59+01:00Mathieu GiraudOuvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlinesL'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.L'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4730Plus de STRAND avec nouvelles germlines dans des cas qui devraient être too f...2021-04-01T17:38:13+02:00Mathieu GiraudPlus de STRAND avec nouvelles germlines dans des cas qui devraient être too few V/JPrend la suite de #2107 dans le cadre de !885.
Sur `bug2107.fa`, on a sur !885
```
UNSEG strand -> 5
UNSEG too few V/J -> 9
UNSEG only V/5' -> 1
```
là où avant on avait
```
UNSEG strand -...Prend la suite de #2107 dans le cadre de !885.
Sur `bug2107.fa`, on a sur !885
```
UNSEG strand -> 5
UNSEG too few V/J -> 9
UNSEG only V/5' -> 1
```
là où avant on avait
```
UNSEG strand -> 3
UNSEG too few V/J -> 11
UNSEG only V/5' -> 1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4731Mettre à jour (encore) les germlines2024-02-06T08:21:58+01:00Mathieu GiraudMettre à jour (encore) les germlinesAprès !885, on pourra tenter de reprendre la dernière germline (sur !885, c'est 2021-01-25). Peu de [modifications](http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html) sur Homo Sapiens, mais autant être à jour, actuellement on est chaud ...Après !885, on pourra tenter de reprendre la dernière germline (sur !885, c'est 2021-01-25). Peu de [modifications](http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html) sur Homo Sapiens, mais autant être à jour, actuellement on est chaud sur les modifications que cela peut impliquer (mais je ne le fais pas maintenant sur !885 car cela peut remettre le bazar partout).
Cela se fera probablement en même temps/après !478 et cochonAlgo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4732Réparer "add germline genes" sur le nouvel aligneur2021-03-24T15:00:03+01:00Mathieu GiraudRéparer "add germline genes" sur le nouvel aligneuraprès !836après !836marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4733L'interface admin ne permet plus de partager des sets à d'autres groupes2021-04-13T10:13:13+02:00Mathieu GiraudL'interface admin ne permet plus de partager des sets à d'autres groupes@duez : "maintenant les permissions sont sur les sets, pas sur les patients" (cela fait probablement au moins 1 an !)
Marc voit comment changer cela.@duez : "maintenant les permissions sont sur les sets, pas sur les patients" (cela fait probablement au moins 1 an !)
Marc voit comment changer cela.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4734doc usager nouvel aligneur2021-05-05T15:21:49+02:00Mathieu Girauddoc usager nouvel aligneur
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4736Follow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentation2023-03-28T16:35:40+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentationThe following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelqu...The following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelques part sur cette fonction.
>
> C'est possible de la faire après cette MR pour ne pas géner le freeze mais ce serait mieux avec.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4737Nouvel aligner : le premier span peut déborder sur la gauche2021-03-31T16:19:55+02:00Mathieu GiraudNouvel aligner : le premier span peut déborder sur la gaucheJe ne le mets pas dans !836 pour ne pas ralentir le merge, mais c'est tout de même ~"client-ugly", à traiter si possible pour %"Web 2021.05".
http://feature-c-aligner.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil&clone=1,25,36,37
![green...Je ne le mets pas dans !836 pour ne pas ralentir le merge, mais c'est tout de même ~"client-ugly", à traiter si possible pour %"Web 2021.05".
http://feature-c-aligner.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil&clone=1,25,36,37
![green](/uploads/d910db182d7517f14d8023cd4e1f3143/green.png)Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4738Nouvel aligneur : pas de scroll à 4 séquences2021-04-01T19:33:48+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur : pas de scroll à 4 séquencesJe sors cela de !836 pour faciliter le merge, mais à voir tout de même pour %"Web 2021.05" :
> @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_491284):
> Si je sélectionne 4 séquences, j...Je sors cela de !836 pour faciliter le merge, mais à voir tout de même pour %"Web 2021.05" :
> @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_491284):
> Si je sélectionne 4 séquences, je vois un scroll sur l'aligneur alors que les 4 tiennent bien en hauteur.
Le problème n'est pas tant que de voir le scroll que le fait que, quand la souris va sur l'aligneur, tout bouge alors qu'il y a la place pour que cela ne bouge pas.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4739Templates .js2021-03-31T15:17:01+02:00Mathieu GiraudTemplates .jsThe following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477951):
> J'avais évoqué l'idée de stocker le template dans un .js plu...The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477951):
> J'avais évoqué l'idée de stocker le template dans un .js plutôt que de devoir l'inclure dans chaque fichier HTML, ce qui est error-prone (mauvaise recopie, modification d'un fichier, oubli d'un fichier…).
>
> @duez a dit qu'il faudrait échapper tous les caractères problématiques si on le met dans une chaîne JS. Certes, mais ça ne me semble pas être un gros problème. On pourrait même ajouter une commande dans le Makefile qui prend le fichier HTML dans le répertoire template et qui en fait un JS qui va bien.
>
> Il y avait également le problème du chargement, qui doit se faire avant que l'aligneur se charge. C'est vrai mais on a déjà cette contrainte avec d'autres composants. Là non plus je n'ai pas l'impression que ce soit bloquant.
>
> Ça me semble quand même bien plus robuste d'avoir un Makefile qui produit le .js à partir du template HTML, .js qui est ensuite chargé par tous les fichiers nécessaires (index.html, segmenter_page.html, test_QUnit.html, d'autres ?).
@duez : "les templates, cela ne fonctionne pas en ce moment, pour avoir les choses en local"
Bref, revoir tout cela en avril après le freeze voir quelle direction on se donne pour la suite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4740"Unknown" tant qu'on n'a pas envoyé sur IMGT ?2021-03-31T15:24:00+02:00Mathieu Giraud"Unknown" tant qu'on n'a pas envoyé sur IMGT ?The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498331): (+1 comment)
> C'est voulu le point (et la zone verte #4737) l...The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498331): (+1 comment)
> C'est voulu le point (et la zone verte #4737) lorsqu'on n'a pas les informations d'IMGT sur la productivité et le % d'identité ? Quand on a passe la souris au dessus du point on a un popup nous affichant « unknown ».
>
> ![aligner](/uploads/855c08725c89447119f426ea398f0758/aligner.png)
Mais bon, que mettre d'autre ? Rien au lieu de "unknown" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4741Recherche de primers avec caractère dégénérée sur la première ou la dernière ...2021-10-27T11:05:31+02:00Mathieu GiraudRecherche de primers avec caractère dégénérée sur la première ou la dernière position@flothoni : "bioseq ne fonctionne pas dans ces cas-là, remplace cela par une substitution"@flothoni : "bioseq ne fonctionne pas dans ces cas-là, remplace cela par une substitution"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4742Retirer le --trim du test germlines-read.should2021-10-15T09:34:38+02:00Mikaël SalsonRetirer le --trim du test germlines-read.shouldVu dans [cette discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/885#note_434007) il y a une option `--trim 100` qui biaise les résultats du germline et qui ne les rend pas très pertinents en l'état puisque cela ne nous ...Vu dans [cette discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/885#note_434007) il y a une option `--trim 100` qui biaise les résultats du germline et qui ne les rend pas très pertinents en l'état puisque cela ne nous dit pas grand chose sur ce qu'il se passe dans des conditions "réelles".
À faire après !885Algo 2022.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4743Nouvel aligneur: doc dev-client2021-04-28T18:24:54+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur: doc dev-clientFrom [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477949):
> Comment sont générés les templates ? Un peu de doc sur le sujet ne ferait pas de mal. Et aussi plus généralement sur le fonctionnement de l...From [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477949):
> Comment sont générés les templates ? Un peu de doc sur le sujet ne ferait pas de mal. Et aussi plus généralement sur le fonctionnement de l'aligneur.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4744Nouvel aligneur et tests mystères2021-10-13T17:10:59+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur et tests mystèresFrom [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498442):
> Les tests pour l'instant ignorés sont dans efe44b679.From [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498442):
> Les tests pour l'instant ignorés sont dans efe44b679.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4745Import/export du serveur : conserver les identifiants2021-04-14T17:19:47+02:00Mikaël SalsonImport/export du serveur : conserver les identifiantsOn a eu divers problème avec l'export et le réimport de données du serveur (#4717/#4718 mais aussi un souci où ce n'est pas le bon fuse qui était pris en compte).
Pourquoi ne pas conserver les identifiants tel quel ?
Et on placerait l'...On a eu divers problème avec l'export et le réimport de données du serveur (#4717/#4718 mais aussi un souci où ce n'est pas le bon fuse qui était pris en compte).
Pourquoi ne pas conserver les identifiants tel quel ?
Et on placerait l'autoincrement sur les tables de la bases bien au-delà du niveau actuel afin de ne pas poser de problème si on doit réimporter de nouvelles données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4746Nouvel aligneur et tests supprimés2021-10-13T17:10:29+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur et tests supprimés1. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499889 :
> On avait des tests qui vérifiaient les positions des features. Y en a-t-il ?
2. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499891 :
> ...1. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499889 :
> On avait des tests qui vérifiaient les positions des features. Y en a-t-il ?
2. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499891 :
> Il y avait des tests sur les fonctions `addSegFeatureFromSeq` ou `getSegFeature`. Ces fonctions existent toujours, plus les tests.
> Il n'y a plus la fonction `get_positionned_highlight`, ok. Mais il y a maintenant la fonction `highlightToString`, pour laquelle je ne vois pas de test.
> Je ne vois pas non plus de tests pour les fonctions `segment_start`, `segment_stop`, par exemple.
3. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Pour le premier point, je pense avoir compris que les nouveaux tests vérifient la même chose mais avec un découpage différent, mais j'ai peut-être mal compris. Pour les deux seconds, je ne sais pas, j'avais cru que c'était pareil.
À discuter au retour de Marc.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4747Internaliser un retry sur le NetTimeout du old-chrome2021-04-02T14:58:14+02:00Mathieu GiraudInternaliser un retry sur le NetTimeout du old-chromeVoir #4592.
Suggestion de @mikael-s
(comme on a internalisé le retry sur gpg #3610)Voir #4592.
Suggestion de @mikael-s
(comme on a internalisé le retry sur gpg #3610)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4748Pouvoir invalider "manuellement" quelques k-mers2023-10-20T12:27:43+02:00Mathieu GiraudPouvoir invalider "manuellement" quelques k-mersDepuis #4665 :
> au final, c'est bien une séquence de 12nt présente dans le D et le V, mais nos graines de D ne l'ont pas vue... et donc cela apparaît abusivement comme V. C'est à se demander si on ne pourrait avoir quelque chose de "ma...Depuis #4665 :
> au final, c'est bien une séquence de 12nt présente dans le D et le V, mais nos graines de D ne l'ont pas vue... et donc cela apparaît abusivement comme V. C'est à se demander si on ne pourrait avoir quelque chose de "manuel" pour "invalider" certaines séquences comme celles-là (en pratique, il suffirait de rajouter un "faux D" suffisament long).
>
> Et #996 ?
On pourrait détecter (manuellement, déjà au moins celui de #4665, ou automatiquement #1364) que certains k-mers sont "dangereux" car partagés ou presque et les invalider.Algo 2022.04Mathieu GiraudMathieu Giraud