vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-05-17T19:48:08+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5006Le hover des time label montre toujours le nombre de reads de l'échantillon c...2022-05-17T19:48:08+02:00Thonier FlorianLe hover des time label montre toujours le nombre de reads de l'échantillon courantJe viens de m'apercevoir que le nombre de reads et le pourcentage indiqué dans le hover est toujours lié au sample courant.
Probablement une variable non ou mal passée.
A priori très simple à corriger.Je viens de m'apercevoir que le nombre de reads et le pourcentage indiqué dans le hover est toujours lié au sample courant.
Probablement une variable non ou mal passée.
A priori très simple à corriger.Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4897Signaler s'il y a une erreur dans le conf.js2022-05-17T19:48:13+02:00Mathieu GiraudSignaler s'il y a une erreur dans le conf.jsSi par exemple une virgule manque, le client charge tout de même des valeurs par défaut... et n'informe pas de cela, ce qui peut mener (et a mené) à des quiproquo.
Si conf.js est mal formé, le dire fortement, pas uniquement en console, ...Si par exemple une virgule manque, le client charge tout de même des valeurs par défaut... et n'informe pas de cela, ce qui peut mener (et a mené) à des quiproquo.
Si conf.js est mal formé, le dire fortement, pas uniquement en console, mais même bloquer l'accès et mettre "bad configuration"
cc @duezWeb 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5024Afficher la couleur du tag sur l'étoile même lorsqu'un autre axe est séléctionné2022-05-18T08:34:29+02:00Thonier FlorianAfficher la couleur du tag sur l'étoile même lorsqu'un autre axe est séléctionnéJe ne suis pas certain que ce soit une bonne idée pour la compréhension globale.
On pourrait donner la couleur du tag sur l'icône étoile du clonotype même lorsque la couleur est différente. Utile ? A voir, mais une suggestion lors du w...Je ne suis pas certain que ce soit une bonne idée pour la compréhension globale.
On pourrait donner la couleur du tag sur l'icône étoile du clonotype même lorsque la couleur est différente. Utile ? A voir, mais une suggestion lors du workshop.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5027Limiter au top strict d'un sample2022-05-18T09:59:39+02:00Thonier FlorianLimiter au top strict d'un sampleLorsque l'on a beaucoup de sample et ou de contamination (cf ), on peut se retrouver avec 300 clonotypes dans un run.
Une équipe souhaitait limiter le nombre du top au top de ce sample.Lorsque l'on a beaucoup de sample et ou de contamination (cf ), on peut se retrouver avec 300 clonotypes dans un run.
Une équipe souhaitait limiter le nombre du top au top de ce sample.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5022Afficher le nombre des clonotypes non filtrés2022-05-18T10:08:54+02:00Thonier FlorianAfficher le nombre des clonotypes non filtrésLors du TP, on demande de filtrer avec une séquence donnée et de dire combien il reste de clonotype.
Il n'y a en réalité pars de moyen simple de la faire. Il faut sélectionner un à un les clonotype restant dans la liste, ou bien faire ...Lors du TP, on demande de filtrer avec une séquence donnée et de dire combien il reste de clonotype.
Il n'y a en réalité pars de moyen simple de la faire. Il faut sélectionner un à un les clonotype restant dans la liste, ou bien faire un drag sur le scatterplot (mais qui n'affiche que ceux qui ont une valeur pour la sample courant).
Je propose que l'on fasse dans ce cas un affichage flash avec ces 2 informations distinctes. Quoique l'on ne saura pas dans ce cas la donnée sample par sample...
On pourrait imaginer une zone pour l'afficher, mais ça me semble discutable d'y dédié une zone, et où ? dans le panel info ?
En écrivant ces lignes, je me demande si avoir dans la liste des samples depuis le menu du graph un nombre en bout de ligne avec le nombre de clonotypes restants qu'importe le nombre de filtre mis en place.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5002[VW] Nouveaux rapports : documenter :)2022-05-19T07:05:21+02:00Mathieu Giraud[VW] Nouveaux rapports : documenter :)On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1587Signature / Geler une analyse2022-05-19T08:03:41+02:00Vidjil TeamSignature / Geler une analyseIl faut pouvoir geler une analyse et marquer dans le rapport qui l'a gelée (ou validée) et quand. Il n'est plus possible de sauvegarder par dessus.
Permet-on de lancer de nouveaux runs sur ce fichier ? De toute façon on garde toujours...Il faut pouvoir geler une analyse et marquer dans le rapport qui l'a gelée (ou validée) et quand. Il n'est plus possible de sauvegarder par dessus.
Permet-on de lancer de nouveaux runs sur ce fichier ? De toute façon on garde toujours les résultats. Mais il faut pouvoir revenir facilement aux résultats sauvegardés.
***
Typiquement, en situation Diag puis MRD, on valide le Diag, et plus tard il y a un nouveau point. On est appelé à re-merger / colorer / .... (On a peut-être le droit de relancer le prog sur le Diag). Mais on a sauvegardé le fichier résultat comme le fichier analysis du Diag.
***
Mis en projet étudiant "tracabalité", sinon en reparler en 2016
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5028À score égal, favoriser les allèles les plus communs2022-05-19T09:40:47+02:00Mathieu GiraudÀ score égal, favoriser les allèles les plus communsEt... est-ce que les *01 sont plus communs que les *02 ou *03 ?
(On pourrait dire "on favorise les mutations à un tel endroit", mais cela signifierait juste de changer le score.)
Cas très particulier: quand les séquences sont identiqu...Et... est-ce que les *01 sont plus communs que les *02 ou *03 ?
(On pourrait dire "on favorise les mutations à un tel endroit", mais cela signifierait juste de changer le score.)
Cas très particulier: quand les séquences sont identiques: #4640.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4640Nouveau TRGJ1*02 et TRGJ2*012022-05-19T10:00:07+02:00Mathieu GiraudNouveau TRGJ1*02 et TRGJ2*01Pour mémoire, il y a six gènes dans TRGJ.
Nous connaissons bien `TRGJ1*02`, qui jusqu'à maintenant avait 3 nucléotides de moins en 5' que `TRGJ1*01`. Depuis [juillet 2018](http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html), il a rattrap...Pour mémoire, il y a six gènes dans TRGJ.
Nous connaissons bien `TRGJ1*02`, qui jusqu'à maintenant avait 3 nucléotides de moins en 5' que `TRGJ1*01`. Depuis [juillet 2018](http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html), il a rattrapé son grand frère:
```
!
M12960|TRGJ1*01 F|J-REGION|157..206 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacactggttgtcacag
M12957|TRGJ1*02 (old) (F)|J-REGION|23..69 ...ttattataagaaactctttggcagtggaacaacactTgttgtcacag
IMGT000011|TRGJ1*02 (new) F|J-REGION|118516..118565 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacactTgttgtcacag
M12961|TRGJ2*01 F|J-REGION|157..206 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacacttgttgtcacag
```
Il n'est désormais plus marqué `(F)`, et la différence avec `TRGJ1*01` devient encore plus subtile, après ~40 nt. Cela va changer à la marge l'annotation de certaines séquences.
Je serai curieux de connaître les raisons d'un tel changement.
cc @flothoni
[Update : 2022-05-19 : ajout de TRGJ2*01]https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4504Mieux fragmenter le tutorial ?2022-05-20T11:23:13+02:00Mathieu GiraudMieux fragmenter le tutorial ?
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adapté...
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adaptés, et les référencer tels quels depuis www.vidjil.org/doc ?
Derrière, penser chacun des 2-3 tutoriaux comme indépendants, pouvant être fait sans faire le reste ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5030fuse.py: se souvenir du numéro du sample duquel on prend une séquence2022-05-20T11:45:36+02:00Mathieu Giraudfuse.py: se souvenir du numéro du sample duquel on prend une séquence
puis l'afficher dans getHTMLinfo
à défaut de changer #3970, savoir d'où la séquence vient
puis l'afficher dans getHTMLinfo
à défaut de changer #3970, savoir d'où la séquence vienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3970fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?2022-05-20T11:45:37+02:00Thonier Florianfuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori...Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori sans considération sur la taille, qui est pourtant bien plus significative dans le second cas.
Nous devrions rajouter une vérification dans le script.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4920Nouveaux rapports : quels blocs, quels rapports LAL/LLC ?2022-05-20T12:04:53+02:00Mathieu GiraudNouveaux rapports : quels blocs, quels rapports LAL/LLC ?Déjà % V mut de IMGT ?Déjà % V mut de IMGT ?Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florian2022-03-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2902Création simultanée de patients et upload multiples de fichiers2022-05-20T12:21:01+02:00Mathieu GiraudCréation simultanée de patients et upload multiples de fichiersDiscuté ce matin à propos de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_64313
Dans un premier temps, il est suffisant d'avoir deux étapes : création batch #2878 puis multi-upload #1362/#2891
Dans un second temps, on pourra...Discuté ce matin à propos de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_64313
Dans un premier temps, il est suffisant d'avoir deux étapes : création batch #2878 puis multi-upload #1362/#2891
Dans un second temps, on pourrait avoir une procédure intégrée, à voir si ce n'est pas trop lourd
- 1) soit une UI intégrée à réaliser (comme le bas de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_63462)
- 2) soit une procédure qui fait les deux étapes, et propose successivement à l'utilisateur les vérification des deux étapes
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5026Comment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?2022-05-20T16:31:12+02:00Thonier FlorianComment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5009Normalisation; indiquer la valeur en pourcentage2022-05-20T16:31:12+02:00Thonier FlorianNormalisation; indiquer la valeur en pourcentageLorsque l'on veut effectuer une normalisation, nous nous attendons a avoir une valeur de type `0.1` pour dire 10%.
Ne pourrait-on pas changer ça ? En profiter pour mettre un placehorlder dans le champ avec une valeur ?
Par exemple le po...Lorsque l'on veut effectuer une normalisation, nous nous attendons a avoir une valeur de type `0.1` pour dire 10%.
Ne pourrait-on pas changer ça ? En profiter pour mettre un placehorlder dans le champ avec une valeur ?
Par exemple le pourcentage actuel du clone ? Ça évite quelques conversion hasardeuses.
Si fait, ne pas oublier de mettre à jour la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2257Reconfigurer Vidjil-benchmark / tracer les temps de vijdil-algo à travers les...2022-05-23T10:12:17+02:00Mathieu GiraudReconfigurer Vidjil-benchmark / tracer les temps de vijdil-algo à travers les releasesVidjil-benchmark ne fonctionnait plus (suite aux changements sur `-g`).
J'ai modifié (d'abord une modif simple, puis j'ai remis les 2 anciens + 2 nouveaux)...
Pour l'instant je n'arrive plus à accéder à l'historique de certains des ancie...Vidjil-benchmark ne fonctionnait plus (suite aux changements sur `-g`).
J'ai modifié (d'abord une modif simple, puis j'ai remis les 2 anciens + 2 nouveaux)...
Pour l'instant je n'arrive plus à accéder à l'historique de certains des anciens jobs.
J'espère ne pas avoir fait de bêtises !Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5029Le CI cypress ne test plus que le script aligner, et bypass tous les autres2022-05-25T17:14:16+02:00Thonier FlorianLe CI cypress ne test plus que le script aligner, et bypass tous les autresJe ne sais pas pourquoi le CI reagit comme ça ni depuis quand.
Mais il ne lance que le script `test_aligner.js` du doccier cypress. Ils sont pourtant tous présent quand on charge les artefact. Il y en a 2 en `external_xxx`, et ensuite ...Je ne sais pas pourquoi le CI reagit comme ça ni depuis quand.
Mais il ne lance que le script `test_aligner.js` du doccier cypress. Ils sont pourtant tous présent quand on charge les artefact. Il y en a 2 en `external_xxx`, et ensuite c'est le premier script dans l'ordre alphabétique...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5021Rapport - la génération échoue si l'on est en "custom"2022-05-25T17:22:23+02:00Thonier FlorianRapport - la génération échoue si l'on est en "custom"Si l'on ouvre un sample seul (en custom) l'on ne peux pas générer le rapport par défaut (peut-être les autres aussi). Je pense que l'on échoue à cause du bloc `log`. Il faudrait vérifier cependant...
Reproductible.Si l'on ouvre un sample seul (en custom) l'on ne peux pas générer le rapport par défaut (peut-être les autres aussi). Je pense que l'on échoue à cause du bloc `log`. Il faudrait vérifier cependant...
Reproductible.Web 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5032La fenêtre d'information d'un clone ne s'ouvre pas après un appel à CloneDB2022-05-31T10:26:31+02:00Mikaël SalsonLa fenêtre d'information d'un clone ne s'ouvre pas après un appel à CloneDBPar exemple ici : https://app.vidjil.org/51840-2?clone=25
On appelle CloneDB (c'est normal que le menu ne s'ouvre pas pour lancer IMGT ou CloneDB ?), ça mouline plusieurs secondes puis, quand on regarde la réponse, CloneDB a bien renvoy...Par exemple ici : https://app.vidjil.org/51840-2?clone=25
On appelle CloneDB (c'est normal que le menu ne s'ouvre pas pour lancer IMGT ou CloneDB ?), ça mouline plusieurs secondes puis, quand on regarde la réponse, CloneDB a bien renvoyé une réponse valide. Mais quand on essaie d'ouvrir la fenêtre d'information du clone on a une erreur :
```
Uncaught TypeError: clone is undefined
row_cast_content https://app.vidjil.org/js/tools.js:1007
getHtmlInfo https://app.vidjil.org/js/clone.js:1798
displayInfoBox https://app.vidjil.org/js/model.js:2458
```
Par contre l'information est bien présente dans le modèle car on peut par exemple plotter en fonction du nombre de hits dans CloneDB. Ça semble donc plutôt être un problème dans l'affichage du getHTMLInfo().
Je ne sais pas qui cela concerne @duez @flothoni ?