vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-02-01T18:52:19+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/895menu style2017-02-01T18:52:19+01:00Vidjil Teammenu stylepermettre de voir l'option sélectionné (checkbox/highlight ? )
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@Duezpermettre de voir l'option sélectionné (checkbox/highlight ? )
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/893admin menu2017-02-01T18:52:13+01:00Vidjil Teamadmin menu-ajouter les options au menu admin ( drag/drop, toggle visibility, ...)
-acces sans passer par conf.js
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@Duez-ajouter les options au menu admin ( drag/drop, toggle visibility, ...)
-acces sans passer par conf.js
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2013Un mauvais commit traine dans dev, à rebaser2017-02-01T18:48:35+01:00Vidjil TeamUn mauvais commit traine dans dev, à rebaser1bba34fa35 (XXXX choses qui trainaient dans ~/git/prod-server/ XXX) s'est (encore) retrouvé sur dev :-)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s1bba34fa35 (XXXX choses qui trainaient dans ~/git/prod-server/ XXX) s'est (encore) retrouvé sur dev :-)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1175Vue admin: savoir de qui vient chaque fichier2017-01-31T17:37:57+01:00Vidjil TeamVue admin: savoir de qui vient chaque fichierpar exemple comme ce qui se fait pour les configs: avoir une simple liste de type
Lille, ECNGS
de ceux qui ont accès en dehors de System admin
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479944e : pour l'instant une liste d'ids de groupes
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Qui a fait quoi, déjà uploa...par exemple comme ce qui se fait pour les configs: avoir une simple liste de type
Lille, ECNGS
de ceux qui ont accès en dehors de System admin
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479944e : pour l'instant une liste d'ids de groupes
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Qui a fait quoi, déjà uploader
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1321Permissions et groupes2017-01-31T17:37:57+01:00Vidjil TeamPermissions et groupes- Le groupe "public" ne semble pas fonctionner
- Le groupe "admin" non plus (par exemple se logguer comme mathieu@vidjil.org)
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-tout les utilisateurs de rbx.vidjil ont été mis dans le groupe public et les futurs users le seront automa...- Le groupe "public" ne semble pas fonctionner
- Le groupe "admin" non plus (par exemple se logguer comme mathieu@vidjil.org)
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-tout les utilisateurs de rbx.vidjil ont été mis dans le groupe public et les futurs users le seront automatiquement
-pas de différence visible entre admin et mathieu ... (supprimer la tâche si c'est bon)
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ok, tout bon
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2057Formulaire admin pour modifier un groupe2017-01-31T17:37:57+01:00Mikaël SalsonFormulaire admin pour modifier un groupeDiscuté avec @flothoni et @RyanHerb, ce n'est pas pratique de devoir passer par l'interface d'admin de web2py (et on peut vouloir modifier cela sans être admin web2py). Probablement similaire à #1179 dans la réalisation
@magiraudDiscuté avec @flothoni et @RyanHerb, ce n'est pas pratique de devoir passer par l'interface d'admin de web2py (et on peut vouloir modifier cela sans être admin web2py). Probablement similaire à #1179 dans la réalisation
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2077Sur la page d'un utilisateur, voir aussi le groupe "uniquely assigned to user...2017-01-31T17:37:57+01:00Mathieu GiraudSur la page d'un utilisateur, voir aussi le groupe "uniquely assigned to user Xxx"À chaque fois que l'on crée un utilisateur, on va ensuite à la pêche dans la liste des groupes (voir d'ailleurs #2024). Et le groupe de chaque utilisateur est, pour la majorité des utilisateurs, l'endroit principal où l'on va regarder / ...À chaque fois que l'on crée un utilisateur, on va ensuite à la pêche dans la liste des groupes (voir d'ailleurs #2024). Et le groupe de chaque utilisateur est, pour la majorité des utilisateurs, l'endroit principal où l'on va regarder / mettre ses droits.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1407Colonne "Last login" dans le tableau "Users"2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamColonne "Last login" dans le tableau "Users"Ce serait pratique de savoir quand se sont loggués nos utilisateurs pour la dernière fois
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(et de pouvoir trier par cette colonne)
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pas évident: nécessite une implémentation personalisée de la méthode de login
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ok, pas grave
***...Ce serait pratique de savoir quand se sont loggués nos utilisateurs pour la dernière fois
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(et de pouvoir trier par cette colonne)
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pas évident: nécessite une implémentation personalisée de la méthode de login
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ok, pas grave
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Au temps pour moi, table auth_event permet de le savoir.
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Excellent !
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1530L'accès à la config n'est pas vérifié : bug ou feature ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamL'accès à la config n'est pas vérifié : bug ou feature ?Dans la fonction get_data (controllers/default.py): on vérifie que l'utilisateur a les droits sur le patient, mais pas sur la config. Je pose juste la question. Si c'est un bug ne pas le corriger juste me le dire : je vais bientôt pousse...Dans la fonction get_data (controllers/default.py): on vérifie que l'utilisateur a les droits sur le patient, mais pas sur la config. Je pose juste la question. Si c'est un bug ne pas le corriger juste me le dire : je vais bientôt pousser des choses autour du module d'authentification (et je pourrais corriger…).
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idem, à fermer ?
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À vue de nez l'accès à la config ne m'a pas l'air vérifié dans get_data. Mais est-un bug ou une feature ? Ça permet de montrer des résultats à des utilisateurs (en leur donnant le lien) sur des configs auxquelles ils n'ont normalement pas accès.
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Au lancement d'un run on vérifie bien que l'utilisateur ai le droit d'utiliser la config, de même à l'affichage dans la vue du sample-set.
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Au lancement d'un run on vérifie bien que l'utilisateur ai le droit d'utiliser la config, de même à l'affichage dans la vue du sample-set.
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merci. (Le fait d'avoir recrée un compte pour Marc fait que plein de "vieilles tâches" sont remontées, on peut nettoyer et fermer bcp de trucs sans trop se prendre la tête)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1536impersonate2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamimpersonateCela serait utile de pouvoir, en tant qu'admin, prendre le rôle d'un utilisateur sans avoir à se délogguer.
De plus, cela permettrait un log plus propre.
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Priorité remontée. Avoir ce mécanisme permettrait de vérifier que tout fonction...Cela serait utile de pouvoir, en tant qu'admin, prendre le rôle d'un utilisateur sans avoir à se délogguer.
De plus, cela permettrait un log plus propre.
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Priorité remontée. Avoir ce mécanisme permettrait de vérifier que tout fonctionne avant d'envoyer des mails à nos utilisateurs.
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Il faut ajouter la permission 'impersonate' sur auth_user (fait à la main dans la DB pour le groupe admin). Faut-il l'automatiser à l'installation ?
Ensuite se rentre à l'adresse https://rbx.vidjil.org/vidjil/default/user/impersonate/ et rentrer l'identifiant de l'utilisateur dont on veut prendre le rôle. Attention les actions (et erreurs) seront loggées avec cet utilisateur.
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merci à tous les deux
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1927Sécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamSécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (al...En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (alors que le droit n'est que de "read" normalement).
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Ca va meme plus loin, en creusant un peu, je m'apperçois que lancer un db.call avec les bons parametres dans la console affiche la page meme si on n'est pas connecté.
ex: db.call('sample_set/index', {'id' :'62' , 'config_id' : 5 } )
De là, je peux même télécharger le fichier results.
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J'ai rajouté des vérifications avec la méthode existante dans auth: can_modify_config et j'ai caché les boutons pour les personnes non-admin.
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Rando 2016: ok pour Ryan. merci !
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1939VidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamVidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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@mikael-soui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1450Option '-X', s'arrêter après un certain nombre de clones2017-01-26T09:29:03+01:00Vidjil TeamOption '-X', s'arrêter après un certain nombre de clonesOn aimerait avoir une option "-X 100" qui dise au C++ de s'arrêter après avoir traité 100 clones. Ce serait très utile pour débugguer, en combinaison avec "-A".
rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract", puis option ...On aimerait avoir une option "-X 100" qui dise au C++ de s'arrêter après avoir traité 100 clones. Ce serait très utile pour débugguer, en combinaison avec "-A".
rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract", puis option dans le main.
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Merci Tatiana !
J'ai fait trois commits derrière, regarde-les (par exemple avec git log ou avec gitk)
Je réouvre la tâche, car tes commits ont fait que les tests ne passent plus.
"make test", depuis vidjil/ lance d'abord les tests unitaires
Il y a au moins un souci algo/test/testSegment.cpp
Deux principes :
- obligé : on ne doit pas casser les tests, ou si on le fait, c'est une urgence et on répare le plus vite possible (c'est le cas en ce moment). (C'est pour cela qu'un bon principe est de faire "make test" avant un push.
- souhaitable : rajouter un ou des tests quand on a une nouvelle fonctionnalité (voir la tâche suivante)
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#1451
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/928vidjil.cpp: rationaliser les options -% -R -z... et -r2017-01-26T09:28:25+01:00Vidjil Teamvidjil.cpp: rationaliser les options -% -R -z... et -ret peut-être en supprimer certaines
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et aussi -r
sortie json ne prend pas en compte -r : est-ce normal ?
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@nobodyet peut-être en supprimer certaines
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et aussi -r
sortie json ne prend pas en compte -r : est-ce normal ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/941germlines: souris2017-01-24T10:43:19+01:00Vidjil Teamgermlines: souris
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1865Souris IGH Limoges2017-01-24T10:42:21+01:00Vidjil TeamSouris IGH Limoges
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@magiraud @mikael-s
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2117Le soulignement des features ne fonctionne plus dans le segmenteur2017-01-23T11:26:22+01:00Mikaël SalsonLe soulignement des features ne fonctionne plus dans le segmenteurLorsqu'on sélectionne des séquences et qu'on utilise IMGT en post, les gènes/CDR3 ne sont plus soulignés quand on clique sur la checkbox.
Peut-être est-ce dû à l'apparition de la nouvelle icône sur la droite ?
@magiraud @RyanHerbLorsqu'on sélectionne des séquences et qu'on utilise IMGT en post, les gènes/CDR3 ne sont plus soulignés quand on clique sur la checkbox.
Peut-être est-ce dû à l'apparition de la nouvelle icône sur la droite ?
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2114Mode anonyme / impersonate pour utilisateurs (ayant pourtant le droit infos p...2017-01-19T11:04:30+01:00Mathieu GiraudMode anonyme / impersonate pour utilisateurs (ayant pourtant le droit infos personnelles)Demande de Nathalie. On aimerait se balader dans l’application et avoir une vue anonyme, et en particulier faire un « export report » où tout est anonymisé. On pourrait avoir un switch quelque part (pas loin de My Account, voir #1682 ?...Demande de Nathalie. On aimerait se balader dans l’application et avoir une vue anonyme, et en particulier faire un « export report » où tout est anonymisé. On pourrait avoir un switch quelque part (pas loin de My Account, voir #1682 ? ou bien dans le client ?) qui change virtuellement la permission (c'est finalement comme un "Impersonate").
Une autre solution déjà possible serait de créer un autre compte avec profil invité, mais c’est moins pratique pour les utilisateurs.
@RyanHerb @mikael-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2081Indicateur de progression au "démarrage" du client, en particulier pour le li...2017-01-18T13:17:55+01:00Mathieu GiraudIndicateur de progression au "démarrage" du client, en particulier pour le lien vers la dbQuand on utilise le client en connecté, on a souvent des soucis avec un message « Cannot connect to database, retry in a few seconds ». On préfererait ne pas avoir de timeout... mais c'est déjà cela, on est au courant.
Le problème est a...Quand on utilise le client en connecté, on a souvent des soucis avec un message « Cannot connect to database, retry in a few seconds ». On préfererait ne pas avoir de timeout... mais c'est déjà cela, on est au courant.
Le problème est au "démarrage" de l'application. Il m'est arrivé plusieurs fois de vouloir accéder à https://app.vidjil.org/ et... d'attendre. L’onglet « patients » met du temps à s’afficher, et parfois, rien ne se passe.
Je ne me souviens pas de la séquence d’opérations au début (y a-t-il un timeout ou pas ?), mais en tout cas on devrait avoir un truc rapide à charger, puis "Vidjil is loading", et un message de warning/error en cas de timeout ou d'attente inhabituelle.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1978Pouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquences2017-01-18T12:50:44+01:00Vidjil TeamPouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquencesAurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le r...Aurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le redimensionnement automatique est vite fatiguant.
***
J'avais cru que cela avait été fait dans les précédentes semaines, mais non, le comportement y est toujours, sur dev en tout cas. Marc, as-tu fait cela ou c'était juste un projet ?
***
@Duez