vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-19T20:39:47+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4900Test Cypress serveur : test_0.js / firefox_latest échoue sur !10742021-11-19T20:39:47+01:00Mikaël SalsonTest Cypress serveur : test_0.js / firefox_latest échoue sur !1074`test_0.js` a échoué : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1511173
![Before_all_step_--_01-Remove_anon_for_public_grp__failed_](/uploads/fbc152be6ce608f5ace26f92271e185c/Before_all_step_--_01-Remove_anon_for_public_grp__failed_...`test_0.js` a échoué : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1511173
![Before_all_step_--_01-Remove_anon_for_public_grp__failed_](/uploads/fbc152be6ce608f5ace26f92271e185c/Before_all_step_--_01-Remove_anon_for_public_grp__failed_.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3709Tester une version récente de Firefox, dont au moins FF 78 ESR2021-11-19T13:52:17+01:00Mikaël SalsonTester une version récente de Firefox, dont au moins FF 78 ESRÀ faire, mais pour l'instant il y a un souci : le control+clic ouvre le menu contextuel au lieu de faire un control + clic (le problème est contournable car cela n'affecte pas toutes les versions de Firefox)
https://github.com/mozilla/ge...À faire, mais pour l'instant il y a un souci : le control+clic ouvre le menu contextuel au lieu de faire un control + clic (le problème est contournable car cela n'affecte pas toutes les versions de Firefox)
https://github.com/mozilla/geckodriver/issues/1492Tests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4475Tester Chrome 79 (jusqu'à juin 2023)2021-11-19T13:52:08+01:00Mathieu GiraudTester Chrome 79 (jusqu'à juin 2023)
Suite à !802, il serait bon que l'on puisse toujours tester Chrome 79, en parallèle du "dernier Chrome installé sur les slaves" qui évoluera progressivement.
@mikael-s : "slave séparé, donc goulot d'étranglement".
Fera probablement pa...
Suite à !802, il serait bon que l'on puisse toujours tester Chrome 79, en parallèle du "dernier Chrome installé sur les slaves" qui évoluera progressivement.
@mikael-s : "slave séparé, donc goulot d'étranglement".
Fera probablement partie du stage "legacy-browsers" !451 (même si on est bien d'accord que 79 n'est pas legacy, cela sera notre "stable" actuel).Tests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4817Les tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxe2021-11-18T10:14:34+01:00Mikaël SalsonLes tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2542Clones qui n'apparaissent pas dans un compare samples2021-11-16T17:32:37+01:00Mikaël SalsonClones qui n'apparaissent pas dans un compare samples~"KIE-Kiel" nous remonte un problème où les clones n'apparaissent pas dans des compare samples (par exemple ici : http://app.vidjil.org/?custom=26292&custom=26293&custom=26294&custom=26295 en se connectant avec l'utilisateur 27).
Je n'a...~"KIE-Kiel" nous remonte un problème où les clones n'apparaissent pas dans des compare samples (par exemple ici : http://app.vidjil.org/?custom=26292&custom=26293&custom=26294&custom=26295 en se connectant avec l'utilisateur 27).
Je n'arrive pas à reproduire ce problème. Quelqu'un l'a ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2841cluster par v/5' et j/3' ne marche qu'en partie2021-11-16T17:26:48+01:00Ghost Usercluster par v/5' et j/3' ne marche qu'en partieavec demo LIL 3 :
pour le v/5'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/0ac9ce13d4646c865069515fb536c0fc/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
pour le j/3'
![Screenshot-2017-11...avec demo LIL 3 :
pour le v/5'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/0ac9ce13d4646c865069515fb536c0fc/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
pour le j/3'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3_j3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/005c0b5c0768717be5bbedc77cf587ae/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3_j3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
le clustering par V/5'et j/3' ne marche pas completement, ca donne l'impression que le traitement commence, a le bon comportement puis s'arrète en cour de route.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2846Le cluster par V ne marche pas2021-11-16T16:51:53+01:00Thonier FlorianLe cluster par V ne marche pasIl s'agit d'un bug vu au cours du TP.
Un simple refresh de la page permet de retrouvé un comportement normal.
Le `cluster by V` ne marche plus. Aucune idée de la raison, mais je présume encore qu'il s'agit d'un appel à une fonction tier...Il s'agit d'un bug vu au cours du TP.
Un simple refresh de la page permet de retrouvé un comportement normal.
Le `cluster by V` ne marche plus. Aucune idée de la raison, mais je présume encore qu'il s'agit d'un appel à une fonction tierce au cours du TP qui fait planté la suite.
A voir pour reproduire le comportement et isolé la fonction incriminée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2821La select box des axes n'affiche pas toujours la bonne valeur2021-11-16T16:48:00+01:00Ryan HerbertLa select box des axes n'affiche pas toujours la bonne valeurhttps://dev.vidjil.org/browser/?set=27&config=3&plot=tag,j,grid
L'axe sélectionné (et affiché) est l'axe `tag`, mais la selectbox de l'axe X affiche `locus`https://dev.vidjil.org/browser/?set=27&config=3&plot=tag,j,grid
L'axe sélectionné (et affiché) est l'axe `tag`, mais la selectbox de l'axe X affiche `locus`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2736fuse avec un fichier inexistant (deleted)2021-11-16T16:44:40+01:00Thonier Florianfuse avec un fichier inexistant (deleted)Demande de ~"Paris-Pitié" sur un de leur sample.
Après diverse manipulations sur leurs samples (erreur de fichier loadé et autre), ils ont tenté de supprimer tous les fichiers qui étaient présent et de relancer l'analyse.
Le souci c'e...Demande de ~"Paris-Pitié" sur un de leur sample.
Après diverse manipulations sur leurs samples (erreur de fichier loadé et autre), ils ont tenté de supprimer tous les fichiers qui étaient présent et de relancer l'analyse.
Le souci c'est que le fuse se lance avec en argument une liste entière de fichiers de résultats. Et parmi ceux-ci, il y en a un qui n'existe pas.
Deux points :
* Je ne sais pas pourquoi la liste est longue de près de 36 fichiers (qui existe toujours). Il s'agit des fichiers du set auquel il appartient, mais si on lance par la vue patient il ne devrait pas les inclure non ?
* Je ne sais pas pourquoi ce fichier qui n'existe plus est toujours dans la liste.
@mikael-s ou @RyanHerb : Vous qui avez un accès "direct" à la base vous pouvez m'éclairer svp ?
* Le patient : https://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=25216&config=26
* Le fichier inexistant incriminé : `/mnt/data/prod/result/results/results_file.data_file.8527084d8ad5abb9.3033303730332e7669646a696c.txt`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2752Message d'alerte non diffusé vers https2021-11-16T16:05:49+01:00Thonier FlorianMessage d'alerte non diffusé vers httpsJe me suis aperçu d'une erreur hier.
Lorsque l'on met un message d'erreur sur le serveur (le bandeau jaune) lorsque le serveur est tombé, celui-ci ne s'affiche pas si on passe par le `https`. Dans ce cas si on a une fenêtre qui s'ouvre ...Je me suis aperçu d'une erreur hier.
Lorsque l'on met un message d'erreur sur le serveur (le bandeau jaune) lorsque le serveur est tombé, celui-ci ne s'affiche pas si on passe par le `https`. Dans ce cas si on a une fenêtre qui s'ouvre distant qu'il y a un problème avec le certificat `ssl`, et donc il doit stopper le chargement avant d’afficher le bandeau.
Cette erreur est d'autant plus dérangeante qu'elle stipule à l'utilisateur de changer ou mettre à jour son navigateur internet (et le rend quelque part responsable, à tort). Clapier vient de me tléphoner en me disant que justement ils ne comprenait pas pourquoi ils avaient cette erreur.
Une idée de comment passer outre cette erreur ?
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2788Les axes ne devraient pas toujours mettre les 'undefined' à la valeur max2021-11-16T16:02:48+01:00Thonier FlorianLes axes ne devraient pas toujours mettre les 'undefined' à la valeur maxEn refaisant une passe sur le tuto, je me suis aperçu que la position des boules dans le "Compare two samples" était fausse.
Exemple : http://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3241&config=25
Si on selectionne la vue (pre...En refaisant une passe sur le tuto, je me suis aperçu que la position des boules dans le "Compare two samples" était fausse.
Exemple : http://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3241&config=25
Si on selectionne la vue (preset 9), on voit que tous les clones se retrouvent à 100% sur l'abscisse. Ces clones sont des clones n'ayant pas de valeur pour ce set, et au lieu de se retrouver à 0, ils sont à 100.
![Screen_Shot_2017-11-15_at_13.57.38](/uploads/78dfff7910fcb4637c3cf628dc1d4948/Screen_Shot_2017-11-15_at_13.57.38.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1902/mnt/data-rby ne répond pas2021-11-12T15:05:08+01:00Vidjil Team/mnt/data-rby ne répond pasC'est remis pour l'instant. Je vais voir si je peux trouver une cause de ce problème
***
C'est retombé.
***
Oui, ce n'est plus monté.
J'ai essayé un "sudo mount /mnt/data-rby" mais ensuite j'obtiens des "cannot access /mnt/data-rby: Inp...C'est remis pour l'instant. Je vais voir si je peux trouver une cause de ce problème
***
C'est retombé.
***
Oui, ce n'est plus monté.
J'ai essayé un "sudo mount /mnt/data-rby" mais ensuite j'obtiens des "cannot access /mnt/data-rby: Input/output error"
Ryan, peux-tu nous dire la commande que tu utilises ?
***
la commande qu'il faut lancer est: sudo sshfs vidjil@rby.vidjil.org:/home/export/data /mnt/data-rby -o identityfile=/home/vidjil/.ssh/rby.id_rsa,allow_other,default_permissions,uid=0,gid=0
Mais j'en ai profité pour réparer l'entrée dans fstab donc "sudo mount /mnt/data-rby" devrait suffir maintenant :)
***
merci Ryan !
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1074Le rafraichissement du scatterplot ne se fait pas avec le multisystème2021-11-11T10:39:32+01:00Vidjil TeamLe rafraichissement du scatterplot ne se fait pas avec le multisystèmeLorsqu'on sélectionne/désélectionne des germlines et tant qu'on ne passe pas la souris au dessus du scatterplot
***
@DuezLorsqu'on sélectionne/désélectionne des germlines et tant qu'on ne passe pas la souris au dessus du scatterplot
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1077Quelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?2021-11-11T10:39:32+01:00Vidjil TeamQuelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
***
* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
***
rempli browser.org, mais avec des versi...
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
***
* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
***
rempli browser.org, mais avec des versions blindées actuelles... il faudrait enquêter plus pour donner des versions plus raisonnables (et aussi vérifier pour IE 10)
***
Il faudrait une URL publique sans authentification pour lancer des « tests » (basiques) en utilisant des sites comme http://browsershots.org/ ou http://www.browserstack.com
Sur rbx on pourrait même utiliser le paramètre ?data pour tester la visualisation de http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil sur plein de navigateurs. Bien sûr il faudrait désactiver la vérification du navigateur pour ces tests (avec un param dans l'URL ?).
Ou alors on peut interagir directement avec browserling.com (mais ça demande pas mal de temps).
***
Excellente idée...
et c'est déjà le cas : http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil ne demande pas d'authentification
Essayé sur browsershots.org, mais n'arrive pas à lire robots.txt (alors que j'en ai rajouté un dans sites-available)
***
browserling, je ne connaissais pas. Rigolo, et il faut se dépécher en 3 minutes :)
***
Yououh ! http://browsershots.org/http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil
(robots: c'était peut-être juste un problème de cache.)
***
FF: le 21 a l'air de marcher... mais d'autres (22, 27, 28, 31) ne sont pas passés (pb juste temporaire ?)
***
Chrome: à partir du 20, cela a l'air correct (mais boites de bug dans plusieurs versions ensuite) ?
***
Bizarre pour FF, sur browserling j'avais pu jouer avec FF4 et ça marchait bien.
***
Obtenir d'anciennes versions de Chrome : https://google-chrome.en.uptodown.com/ubuntu/old
(si qq1 connait une astuce pour avoir plusieurs versions en parallèle, je suis preneur).
***
J'ai trouvé ça: http://stackoverflow.com/questions/10541225/cross-browser-testing-all-major-browsers-on-one-machine#10541484 mais je n'ai pas encore testé
***
#1078, #1079, #1080
***
@RyanHerb @Duez @mikael-s @aurelBZHWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2719Supprimer l'association d'un sample à un patient fait une server error2021-11-09T12:00:12+01:00Mathieu GiraudSupprimer l'association d'un sample à un patient fait une server errorJe suis en train de "déplacer" les samples du "patient" Demo X5 vers un nouveau "set" Demo X5.
Éditer les infos d'un sample > lui associer un set + supprimer un patient > valider
Ticket: vidjil/81.134.19.238.2017-10-12.11-03-11.897dde...Je suis en train de "déplacer" les samples du "patient" Demo X5 vers un nouveau "set" Demo X5.
Éditer les infos d'un sample > lui associer un set + supprimer un patient > valider
Ticket: vidjil/81.134.19.238.2017-10-12.11-03-11.897dde25-a7f1-46d9-a8d9-824a16f346dd
At: /vidjil/file/edit_form
(J'ai fait autrement, en supprimant le patient ensuite.)
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2693liste déroulante vide si dépassement de la selection 152021-11-09T11:58:01+01:00Thonier Florianliste déroulante vide si dépassement de la selection 15J'avais déjà remarqué ça mais ça ressort maintenant avec !61.
Lorsque l'on sélectionne dans la liste des axes pour les plots une valeur à partir de 15, le retour dans la liste une fois repliée montre une sélection vide.
cc @magiraud ...J'avais déjà remarqué ça mais ça ressort maintenant avec !61.
Lorsque l'on sélectionne dans la liste des axes pour les plots une valeur à partir de 15, le retour dans la liste une fois repliée montre une sélection vide.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2649Erreur Access-Control-Allow-Origin dans le lien "set permission"2021-11-09T11:57:16+01:00Mathieu GiraudErreur Access-Control-Allow-Origin dans le lien "set permission"Je n'arrive pas ce matin sur `app` à faire `set permissions` pour un groupe (`user_167` que je viens de créer, je voulais lui mettre les permissions standard sans `run`, quelqu'un y arrive-t-il ?). J'ai les erreurs suivantes (essayé sur ...Je n'arrive pas ce matin sur `app` à faire `set permissions` pour un groupe (`user_167` que je viens de créer, je voulais lui mettre les permissions standard sans `run`, quelqu'un y arrive-t-il ?). J'ai les erreurs suivantes (essayé sur deux navigateurs) :
```
[Error] Failed to load resource: Origin http://app.vidjil.org is not allowed by Access-Control-Allow-Origin.
[Error] XMLHttpRequest cannot load https://db.vidjil.org/vidjil/group/permission?id=186& due to access control checks.
```
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2646Erreurs dans rattus-norvegicus/IG*_{up,down}stream.fa2021-11-09T11:55:52+01:00Mathieu GiraudErreurs dans rattus-norvegicus/IG*_{up,down}stream.fa`rattus-norvegicus/IGHJ_downstream.fa` contient des `Error: CEFetchPApplication::proxy_stream(): ID list is empty or in it there are neither IDs nor accessions.`
Erreur similaire déjà présente dans germline-46, utilisée en prod.`rattus-norvegicus/IGHJ_downstream.fa` contient des `Error: CEFetchPApplication::proxy_stream(): ID list is empty or in it there are neither IDs nor accessions.`
Erreur similaire déjà présente dans germline-46, utilisée en prod.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2633Le preset 3 ne met pas correctement l'axe y2021-11-09T11:50:42+01:00Mathieu GiraudLe preset 3 ne met pas correctement l'axe ySélectionner preset 3. L'axe y dans le menu plot est mis à "size (other)" au lieu de "locus", alors que le ~"client-grid" affiche bien ce qu'il faut.
Lié à #2540 ?
cc @flothoniSélectionner preset 3. L'axe y dans le menu plot est mis à "size (other)" au lieu de "locus", alors que le ~"client-grid" affiche bien ce qu'il faut.
Lié à #2540 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2617.vidjil file list provoque une erreur serveur2021-11-09T11:49:10+01:00Mikaël Salson.vidjil file list provoque une erreur serveurVoir [ce ticket](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2017-09-08.11-17-08.1dd65ff3-8e4d-476d-b312-8021363068ae) par exemple
`AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'lower'`.
À corriger ou supprim...Voir [ce ticket](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2017-09-08.11-17-08.1dd65ff3-8e4d-476d-b312-8021363068ae) par exemple
`AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'lower'`.
À corriger ou supprimer la fonctionnalité si elle n'est pas utile…