vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-28T11:58:05+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4396Inversion des axes numeriques2020-07-28T11:58:05+02:00Thonier FlorianInversion des axes numeriques
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4394loadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du top2020-07-09T09:36:07+02:00Thonier FlorianloadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du topUn bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.Un bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4389améliorer le impersonate : bouton direct + bouton fin2023-10-26T16:01:26+02:00Thonier Florianaméliorer le impersonate : bouton direct + bouton finJe pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement inté...Je pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement intégrer un plugin reposant sur du jquery pour avoir quelque chose de facilement fonctionel et esthétique (pas certain que ce soit notre choix). Mais à la rigueur ca pourait possiblement être employé sur d'autres listes ?
* 3. avoir un bouton pour enlever le impersonate automatiquement sans avoir à remonter la liste pour cliquer sur la premier ligne de la liste.
Le 1 et 3 sont très simple à mettre en place je pense. Le 2 serait un vrai plus et éviterait d’avoir à passer par la table user pour retrouver un utilisateur que l'on souhaite impersonate, mais demande plus de réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4388Supprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de données2020-09-30T19:01:54+02:00Mikaël SalsonSupprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de donnéescf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer ...cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer dès qu'il est inséré (avec succès) dans la BDDhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4387Ne plus produire le `.vdj.fa`, sauf si nouvelle option2020-07-30T20:49:08+02:00Mikaël SalsonNe plus produire le `.vdj.fa`, sauf si nouvelle optionLa sortie est redondante avec d'autres informations et peut prendre un espace disque non négligeable, en particulier avec un `-y all`.
%"Algo 2020.07"La sortie est redondante avec d'autres informations et peut prendre un espace disque non négligeable, en particulier avec un `-y all`.
%"Algo 2020.07"Algo 2020.08Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4384Suppression des patients2020-08-25T10:33:47+02:00Aurélie CAILLAULT-VENETSuppression des patientsBonjour,
Suite à la MAJ de cette semaine, nous avons plusieurs constats:
- nous ne pouvons plus supprimer les dossiers créés en doublon;
- les échantillons nouvellement inclus ne peuvent plus être analysés sur notre version obsolète de C...Bonjour,
Suite à la MAJ de cette semaine, nous avons plusieurs constats:
- nous ne pouvons plus supprimer les dossiers créés en doublon;
- les échantillons nouvellement inclus ne peuvent plus être analysés sur notre version obsolète de Chrome. Les anciens profils ne sont pas impactés;
- sur FireFox, la prise en main est différente et notamment le copier-coller de la séquence d'un clone d'intérêt. Nous perdons la mise en forme avec la séparation de la région N. Il faut donc tout retrouver à la main ou alors enregistrer en html, ouvrir la page avec Internet explorer (navigateur par défaut) et faire le copier-coller comme ça.
Idem l'enregistrement de l'export en pdf est plus complexe qu'avec Chrome; l'accès est moins direct car il nécessite pdf creator. Si on veut rouvrir le fichier html avec Chrome et l'imprimer en pdf, ça ne fonctionne pas.
- concernant l'affichage des clones dans l'encart du haut à droite, nous avons constaté que l'allure des courbes a été modifiée. Au lieu de faire un graphique en points avec des droites, nous avons des courbes. Si c'est plus doux à l'oeil, en analyse c'est moins facile surtout quand on recherche les contaminations éventuelles dans un run. Est-il possible de modifier cette visualisation et revenir au système précédent?
Mise à part la suppression des dossiers en double, les autres points ne sont pas bloquants mais ils ralentissent l'analyse car il y a plus de petites étapes à faire pour obtenir un résultat.
Auréliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4381Certaines analyses on des samples en double dans le champs order2020-07-23T12:06:58+02:00Thonier FlorianCertaines analyses on des samples en double dans le champs orderJe suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.Je suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4376Adaptation de l'axe des X pour les histogrammes2021-09-15T19:33:09+02:00Mikaël SalsonAdaptation de l'axe des X pour les histogrammesDepuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications ...Depuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications que tu as faites sur le client ?
C'est d'autant plus utile maintenant qu'on a les clones de distribution qui s'affichent dans l'histogramme. L'histogramme porte donc sur un intervalle plus large et les vrais clones sont sur une plage plus écrasée.
Voici ce que donne l'histogramme chez moi par défaut pour L3 par exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=clone%20average%20read%20length,size,bar
Ne serait-ce que sélectionner est difficile sans pouvoir focus sur certains clones.
![Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_](/uploads/e69a369f979f5e1dc3429c35f32bf3fb/Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_.png)
Voir aussi #2431 #3503https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4375Pouvoir cacher les clones de distribution2020-07-28T13:26:08+02:00Mikaël SalsonPouvoir cacher les clones de distributionOn peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont ...On peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont pas cette même couleur) mais en tout cas il faut un moyen de les filtrer.
Souvent les clones de distribution ont pour effet d'élargir l'intervalle du genescan, ce qui peut le rendre moins lisible sur de petits écrans. Dans ces cas j'aimerais parfois pouvoir désativer les clones de distribution pour ne voir que les « vrais » clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4374Taille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non i...2020-07-22T13:55:02+02:00Mathieu GiraudTaille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non intéressantshttp://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ pet...http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ petits points superposés (changer par exemple l'axe x en "average read length").
C'est déjà curieux qu'ils ne soient pas "décalés" poru faire un nuage de points...
... mais un seul paquet serait mieux qu'un nuage (qui dépend juste de l'axe de distribution). Avoir un moyen de regrouper ces clones ? Est-ce que cela correspondrait à faire un "nouveau" clone de distribution ?
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4370Label dans les graph; avoir des tooltips2021-03-30T14:16:57+02:00Thonier FlorianLabel dans les graph; avoir des tooltipsJe suis en train d'ouvrir une analyse. Les noms de samples dans la timeline sont relativment identique et je ne peux donc pas les voir totalement. Je n'arrive donc pas à les trier.
J'aimerai avoir les mêmes information de tooltip que da...Je suis en train d'ouvrir une analyse. Les noms de samples dans la timeline sont relativment identique et je ne peux donc pas les voir totalement. Je n'arrive donc pas à les trier.
J'aimerai avoir les mêmes information de tooltip que dans la graphList.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4364Documenter `stock_order`2020-07-23T12:11:28+02:00Mikaël SalsonDocumenter `stock_order`Suite à !737Suite à !737Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4361Pouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseau2021-04-23T13:42:35+02:00Mikaël SalsonPouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseauNotre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).Notre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4357URL courte : /b au lieu de /browser2020-12-02T20:07:40+01:00Mathieu GiraudURL courte : /b au lieu de /browserC'était une des motiviations de #2792.
Au final ce n'est pas mis dans !720, soucis de tests et autres, mais, désormais que !720 est mergé, ce serait bien de voir cela (et de le faire avant un prochain déploiement, pour ne pas que les U...C'était une des motiviations de #2792.
Au final ce n'est pas mis dans !720, soucis de tests et autres, mais, désormais que !720 est mergé, ce serait bien de voir cela (et de le faire avant un prochain déploiement, pour ne pas que les URLs changent toujours).marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4347Optimisation du chargement des distributions2020-07-28T11:18:44+02:00Thonier FlorianOptimisation du chargement des distributionsLes distributions sont sources de ralentissement lors du chargement des analyses.
Je cherche un moyen d’accélérer cette latence induite. Parfois quelques dizaine de secondes de perte de contrôle de l'interface, et en plus, un message d...Les distributions sont sources de ralentissement lors du chargement des analyses.
Je cherche un moyen d’accélérer cette latence induite. Parfois quelques dizaine de secondes de perte de contrôle de l'interface, et en plus, un message du navigateur aux utilisteurs indiquant un possible `freeze`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4338Chiffres significatifs : average_read_length, e-value2021-03-31T21:37:28+02:00Mathieu GiraudChiffres significatifs : average_read_length, e-value```
"_average_read_length": [
333.6000061035156
],
```
Mettre seulement 2 (ou 1, ou 3) décimales. Pas tellement pour gagner 10 octets, mais juste parce que cela ne fait pas vraiment de sens.
Pendant qu'on y est, 2 décimal...```
"_average_read_length": [
333.6000061035156
],
```
Mettre seulement 2 (ou 1, ou 3) décimales. Pas tellement pour gagner 10 octets, mais juste parce que cela ne fait pas vraiment de sens.
Pendant qu'on y est, 2 décimales pour les e-valeurs sont probablement aussi largement suffisantes, surtout vu la précision de nos modèles ;-)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4334Supprimer seg_stat ?2020-07-28T16:19:19+02:00Mathieu GiraudSupprimer seg_stat ?Dans `core/windows.cpp`, `WindowsStorage::statusToJson()` crée, dans le json, `seg_stat`, à partir de `status_by_window` :
```
"reads": [
606
],
"seg_stat": [
{
"1": 217,
"2": 389
...Dans `core/windows.cpp`, `WindowsStorage::statusToJson()` crée, dans le json, `seg_stat`, à partir de `status_by_window` :
```
"reads": [
606
],
"seg_stat": [
{
"1": 217,
"2": 389
}
```
Cela permet de connaître la répartition +/- de chaque window. Mais... est-ce que vous vous en êtes déjà servi ?
Le dernier commit mentionnant explicitement `seg_stat` est... 8991d0b29 (2014 !), même si `seg_stat` a depuis été "transporté et actualisé" par différents ~"dev-refactor".
À ce moment `seg_stat` était utilisé par ~"server-fuse". Mais... ce n'est plus le cas (pas réussi à trouver depuis quand), et désormais j'ai l'impression qu'il n'y a plus *aucune* lecture de `seg_stat` dans tout notre code (et aucun test). En attendant, cela prend 40 octets (dont beaucoup de blancs) par séquence dans le `.vidjil` (sur 1.9 Ko, voir #4036). Bref, supprimer `seg_stat` ?
On pourrait même se demander si `status_by_window` est utile... oui, sert à fixer le W50, mais est-ce tout ?
cc @duez @flothoniAlgo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4321Dock et URL2021-01-04T09:57:09+01:00Mathieu GiraudDock et URLsur !109, est-ce que les docks fonctionnent ?sur !109, est-ce que les docks fonctionnent ?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4319Release algo 2020.062020-08-22T11:30:34+02:00Mathieu GiraudRelease algo 2020.06
À mon sens toutes les issues (ou MR) étiquetées comme %"Algo 2020.06" sont prêtes, après le code review peut prendre du temps.
(Tiens, comment faire ? Je me rends compte que des issues sont assignées à %"Algo 2020.06", mais pas toutes l...
À mon sens toutes les issues (ou MR) étiquetées comme %"Algo 2020.06" sont prêtes, après le code review peut prendre du temps.
(Tiens, comment faire ? Je me rends compte que des issues sont assignées à %"Algo 2020.06", mais pas toutes les MR correspondantes... faut-il systématiquement tagger aussi les MR ?)
Un gros morceau était !679,
un autre gros morceau restant est !706 > !705 > !695, le reste sont des choses mineures.
Si, après !679 je voulais retester !690, mais bon, on verra s'il y a le temps.
D'autres envies ?Algo 2020.06