vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-06-07T13:44:43+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2514Que devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?2017-06-07T13:44:43+02:00Mathieu GiraudQue devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2527Suppression de vue2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudSuppression de vuePeut-être afficher une croix/poubelle lorsqu'on est en édition de vues
@heto: quand on affiche les overlays, quelque chose en bas du menuPeut-être afficher une croix/poubelle lorsqu'on est en édition de vues
@heto: quand on affiche les overlays, quelque chose en bas du menuhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2529Simple clic : une vue à sa bonne place2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudSimple clic : une vue à sa bonne placeDans le panel par défaut, ou sinon dans le dernier panel mis.Dans le panel par défaut, ou sinon dans le dernier panel mis.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2530Geste pour l'édition des vues2020-06-23T09:35:05+02:00Mathieu GiraudGeste pour l'édition des vuesPour l'instant double clic (#2529).
On verra plus tard quel sera le geste exact: appui long ? drag/drop ? clic+shift ? et sur tablette/mobile ?Pour l'instant double clic (#2529).
On verra plus tard quel sera le geste exact: appui long ? drag/drop ? clic+shift ? et sur tablette/mobile ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2531Lorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vue2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudLorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vueRe-clic sur le numéro de la vue (voire mêem sur le menu), il ne se passe rien.Re-clic sur le numéro de la vue (voire mêem sur le menu), il ne se passe rien.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2532Mettre en valeur la vue en cours d'ajout2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudMettre en valeur la vue en cours d'ajoutVoir aussi #2531Voir aussi #2531https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2533Nombre maximum de vues par panel lors de l'édition overlay2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudNombre maximum de vues par panel lors de l'édition overlayNb de vues maximales en dur ?
@heto : "non, cela dépend de la hauteur"
On moment où on peut rajouter une vue, si la somme des hauteurs minimales/souhaitées est supérieur par panel (vu par media queries ?), on n'affiche pas l'overlay ...Nb de vues maximales en dur ?
@heto : "non, cela dépend de la hauteur"
On moment où on peut rajouter une vue, si la somme des hauteurs minimales/souhaitées est supérieur par panel (vu par media queries ?), on n'affiche pas l'overlay dessus / on interdit de rajouter ici.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2534Remplacement automatique de vue lors du simple clic2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudRemplacement automatique de vue lors du simple clicVoir #2533.
En simple clic, on pourrait enlever automatiquement la vue la plus ancienne du panel.Voir #2533.
En simple clic, on pourrait enlever automatiquement la vue la plus ancienne du panel.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2541L'infobox peut être trop large en mode utilisateur2017-11-29T09:16:25+01:00Mikaël SalsonL'infobox peut être trop large en mode utilisateurQuand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screensh...Quand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screenshot_20170628_091558.png)
En revanche quand on y va en tant qu'utilisateur (102), celle-ci est trop large car le nom du fichier est trop long.
![Screenshot_20170628_091544](/uploads/366e00505e28aa6f0eae0496eb5300fd/Screenshot_20170628_091544.png)
La différence s'explique probablement par le fait qu'on ajoute l'identifiant dans le nom du fichier, quand on est admin. Mais le nom du fichier ne devrait pas prendre autant de place en mode utilisateur. Ici cela prend quasiment la moitié de mon écran.Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2544Développement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil2018-11-20T12:29:12+01:00Ghost UserDéveloppement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil### Notes et documentation
Le module développé pour la nouvelle interface est actuellement appelé vmi, pour View Management Interface. Il est composé des fichiers `vmi.js` et `vmi.css`.
Une variable `vmi` est définie et contient ...### Notes et documentation
Le module développé pour la nouvelle interface est actuellement appelé vmi, pour View Management Interface. Il est composé des fichiers `vmi.js` et `vmi.css`.
Une variable `vmi` est définie et contient les attributs/fonctions nécessaires à la gestion des vues, notamment le constructeur `vmi.View`. La documentation des différentes fonctions a été ajoutée dans `vmi.js`.
Les fichiers `vmi_mocker` (js et css) ne font pas partie du module à proprement parler, mais regroupent le code JavaScript et les règles CSS utilisés pendant la conception du prototype -notamment les "fausses" vues/blocs de couleur- et ne devraient à terme plus avoir d'utilité.
Le module est voulu indépendant de Vidjil et son contenu ne doit pas y être lié, les valeurs particulières et les besoins de l'application doivent figurer dans l'utilisation du module par celle-ci.
Il est en revanche dépendant de jQuery.
- Les media queries présentes dans `vmi.css` sont certainement plus liée à Vidjil qu'à vmi. Par extension, cet aspect du responsive est sans doute différent de l'objectif de vmi ; et pourrait se retrouver dans d'autres fichiers (accompagné des changements de taille de police et d'autres adaptations nécessaires à une bonne lisibilité sur de petits écrans).
D'autre part, les valeurs actuellement présentes dans ces media queries sont amenées à changer, elles ont pour l'instant permis de tester le fonctionnement attendu mais ne seront sans doute pas les plus judicieuses une fois l'interface prête.
- Le travail sur le remplissage des panels et redimensionnement des vues est à compléter (je l'avais mis de côté pour passer aux interactions avec le menu), en témoignent les espaces blancs qui apparaissent avec les vues 5 et 6 (`solid`) du mocker.
- Dans certains cas, et pour une raison que je n'ai pas encore pu déterminer, le mode "edit" (actuellement déclenché par ctrl+clic sur une vue dans le menu) ne s'active pas. Le comportement se rétablit généralement après suppression(s)/rétablissement(s) des vues.. Ca reste mystérieux, à surveiller
- Le `menu-container` est pour l'instant copié dans `index2.html`, pour permettre au chargement des données de fonctionner et de donner des choses à afficher aux vues. C'est une solution temporaire puisque d'après ce que j'ai compris, le menu actuel est amené à bouger ou disparaître
- Les dernières modifications sur la branche `feature-c/prototype2` portent sur le problème décrit ici en commentaire et sur 2d446f4d4. Les choses à surveiller à ce sujet sont les accès au DOM dans les `init`, `update`, `resize`, et certaines réactions d'affichage entre les vues (par exemple le highlight des clones entre la liste, le scatterplot et le graphe).
Les commits liés à l'implémentation du booléen `vmi.View.on`, càd l'autre solution, ont été annulés sur cette branche mais sont toujours accessibles dans `feature-c/prototype-vmi_View_on` si besoin
- Les emplacements (`parentId`) donnés dans les appels à `vmi.View` sont "arbitraires", et correspondent à l'interface actuelle, ils pourront changer
- Une fonctionnalité intéressante, une fois l'intégration de vmi au point, serait de pouvoir stocker les choix d'affichage comme "préférences utilisateur"
- Avancement au moment d'écrire ces notes : les vues apparaissent dans le bon panel, mais leur contenu n'est pas encore opérationnel, le blocage semble venir de la récupération des données (voir les erreurs en console au chargement)
Je crois que l'essentiel y est, j'éditerai si d'autres choses me reviennent. Par ailleurs, je me tiens à votre disposition ici ou par mail, si certains points concernant vmi restent obscurs notamment, ou pour toute autre chose !Web 2018.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2546Comment retravailler sur vmi indépendamment de Vidjil ?2023-06-29T10:47:37+02:00Mathieu GiraudComment retravailler sur vmi indépendamment de Vidjil ?Le `index2.html` contient désormais Vidjil, comment travailler sur `vmi.js` sans avoir Vidjil dedans ?Le `index2.html` contient désormais Vidjil, comment travailler sur `vmi.js` sans avoir Vidjil dedans ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2547Générer des QR-codes pour les URLs2017-12-04T08:19:04+01:00Mathieu GiraudGénérer des QR-codes pour les URLsUtilisations possibles
- Côté recherche ou com, sur présentations/posters/pubs...
- Côté clinique, sur les rapports patients imprimés
Faire d'abord #2095.
Utilisations possibles
- Côté recherche ou com, sur présentations/posters/pubs...
- Côté clinique, sur les rapports patients imprimés
Faire d'abord #2095.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2550Être plus fin dans le choix du parseur BAM ou Fasta/Fastq2017-07-07T15:07:43+02:00Mathieu GiraudÊtre plus fin dans le choix du parseur BAM ou Fasta/FastqSuite à #2016 et c02b2b5 par @mikael-s :
> OnlineBAM instantiation is based on the file extension.
Pour l'instant cela ira !
> It could be based on the first bytes of the file (which would be more reliable).
Et/ou une option en dur p...Suite à #2016 et c02b2b5 par @mikael-s :
> OnlineBAM instantiation is based on the file extension.
Pour l'instant cela ira !
> It could be based on the first bytes of the file (which would be more reliable).
Et/ou une option en dur pour forcer tel ou tel parseur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2557Intégrer ou lier Premier BioSoft2021-11-23T15:53:28+01:00Mathieu GiraudIntégrer ou lier Premier BioSoftPremier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commercia...Premier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commerciaux ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2558Remettre l'amorce par patient dans le client2021-11-23T15:55:02+01:00Mathieu GiraudRemettre l'amorce par patient dans le clientUne fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557Une fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2561data_test2017-07-28T12:51:03+02:00Ghost Userdata_testLes noms des germlines correspondant aux séquences des clones dans data_test.js ne correspondent pas à des germlines présentes dans la liste des germlines (germline.js)
j'ai changé les germlines du clone 2 pour mes tests mais pas les aut...Les noms des germlines correspondant aux séquences des clones dans data_test.js ne correspondent pas à des germlines présentes dans la liste des germlines (germline.js)
j'ai changé les germlines du clone 2 pour mes tests mais pas les autres ne sachant pas si vous vouliez les garder.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2563lisibilité liste clone2021-11-26T13:46:14+01:00Ghost Userlisibilité liste cloneLorsqu'on clic sur le symbole étoile d'un clone de la liste un pop up apparait. Si on quite le pop up il ne disparait pas et il n'y a aucun lien visuel entre le pop up et le clone dans la liste. IL peut donc etre dificile de faire un lie...Lorsqu'on clic sur le symbole étoile d'un clone de la liste un pop up apparait. Si on quite le pop up il ne disparait pas et il n'y a aucun lien visuel entre le pop up et le clone dans la liste. IL peut donc etre dificile de faire un lien entre le pop up et un clone de la liste.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2571Logout n'affiche pas de message2020-09-23T17:32:47+02:00Mathieu GiraudLogout n'affiche pas de messageVu par @RyanHerb, en lien avec #1113.Vu par @RyanHerb, en lien avec #1113.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2572CrossDomain, web2py et login2021-03-10T19:57:22+01:00Mathieu GiraudCrossDomain, web2py et loginVu par @RyanHerb
Patcher web2py (puis pull request) ?
Voir #1113, #2525, #2571Vu par @RyanHerb
Patcher web2py (puis pull request) ?
Voir #1113, #2525, #2571Ryan HerbertRyan Herbert