vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:36:12+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1428remettre en place un mécanisme de sauvegarde2016-11-29T14:36:12+01:00Vidjil Teamremettre en place un mécanisme de sauvegarde
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#1426
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#1426https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1429ce serait l'occasion de tester la restauration de la DB à partir de sauvegarde2016-11-29T14:36:12+01:00Vidjil Teamce serait l'occasion de tester la restauration de la DB à partir de sauvegarde
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#1426
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#1426https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1426Transition sqlite > MySQL ?2016-11-29T14:36:12+01:00Vidjil TeamTransition sqlite > MySQL ?Si on décide de faire la transition, on y arrivera bien, il faudra juste faire attention :)
Cette tâche est pour lister les choses qui devront être faites avant ce moment
Un post 'migrating from sqlite to mysql', je ne sais pas ce que c...Si on décide de faire la transition, on y arrivera bien, il faudra juste faire attention :)
Cette tâche est pour lister les choses qui devront être faites avant ce moment
Un post 'migrating from sqlite to mysql', je ne sais pas ce que cela vaut : https://realpython.com/blog/python/web2py-migrating-from-sqlite-to-mysql/
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Remonté. On se sait pas si c'est cela qui fait "database locked", mais bon...
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merci à tous
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#1427, #1428, #1429
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1430Supervision externe des workers/tasks2016-11-29T14:36:13+01:00Vidjil TeamSupervision externe des workers/tasksEn attendant mieux, j'ai mis une mesure d'urgence pour qu'on soit prévenu si les workers tombent.
56a77b7 (sur rbx)
-> page https://rbx.vidjil.org/vidjil/admin/monitor (publique, mais bon...)
-> surveillée par uptimerobot, vérifie si...En attendant mieux, j'ai mis une mesure d'urgence pour qu'on soit prévenu si les workers tombent.
56a77b7 (sur rbx)
-> page https://rbx.vidjil.org/vidjil/admin/monitor (publique, mais bon...)
-> surveillée par uptimerobot, vérifie si QUEUED=0
-> https://uptimerobot.com/dashboard#776644401
Normalement, cela reste très peu de temps en QUEUED (passe en ASSIGNED en quelques secondes). Quand il y a un problème, hier comme ce matin, on avait du QUEUED.
(Je n'ai pas testé volontairement, on verra bien si la supervision marche...)
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mis aussi pour dev.vidjil.org
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1432Compare patients lève une IOError2016-11-29T14:36:15+01:00Vidjil TeamCompare patients lève une IOErrorExemple de compare patients qui ne fonctionne pas : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=576&custom=334&
Et qui génère un ticket comme celui-ci : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/80.250.3.157.2015-02-18.11-39-50.a296dc...Exemple de compare patients qui ne fonctionne pas : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=576&custom=334&
Et qui génère un ticket comme celui-ci : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/80.250.3.157.2015-02-18.11-39-50.a296dc22-35dc-4c4d-b6bf-860fedb81cf4
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>3dcc03b
Mais provoque d'autres problemes
on vire le champ germlines pour le moment, de toute façon on ne s'en sert pas encore.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1434Focus2016-11-29T14:36:16+01:00Vidjil TeamFocusLorsqu'un certain nombre de clones sont sélectionnés, on pourrait avoir un bouton "focus" qui ne garde que les clones sélectionnés.
On pourrait ainsi plus facilement, sélectionner un paquet de clones (par exemple même V/J), puis change...Lorsqu'un certain nombre de clones sont sélectionnés, on pourrait avoir un bouton "focus" qui ne garde que les clones sélectionnés.
On pourrait ainsi plus facilement, sélectionner un paquet de clones (par exemple même V/J), puis changer complètement les axes pour faire autre chose :
- sélection pour mieux grouper
- ou tout simplement des stats dans tous les sens : Quelle est la distribution des CDR3 de ce paquet de clones ?
J'ai l'impression que cela pourrait être fait assez (très ?) facilement avec le .isFiltered des clones.
Comme c'est le même mécanisme que "search", peut-être mettre ce bouton à côté de search, et trouver un moyen que quand on est focus, on le sait (est-ce que le X de search annulerait aussi le focus ?)
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09de66e ... 52fc4b7
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1435Nomenclature : locus, chain ?2016-11-29T14:36:17+01:00Vidjil TeamNomenclature : locus, chain ?Utiliser "system" ou "germline" n'est pas très universel. On ne va pas changer les objets dans notre code, mais pour l'utilisateur (et éventuellement pour format-analysis.org)
Possibilités :
- "locus", "chain"
- "target" (mais confus, c...Utiliser "system" ou "germline" n'est pas très universel. On ne va pas changer les objets dans notre code, mais pour l'utilisateur (et éventuellement pour format-analysis.org)
Possibilités :
- "locus", "chain"
- "target" (mais confus, cela peut vouioir aussi dire autre chose)
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-> "Locus"
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1439Tests fonctionnels pour fuse.py2016-11-29T14:36:21+01:00Vidjil TeamTests fonctionnels pour fuse.pyOn a pour l'instant... un seul test fonctionnel pour fuse.py : /vidjil/algo/tests/stanford-fuse.should_get
Et encore, il lance vidjil puis fuse.
Il faudrait en avoir plus... et partir de fichiers .vidjil stockés directement dans ./data....On a pour l'instant... un seul test fonctionnel pour fuse.py : /vidjil/algo/tests/stanford-fuse.should_get
Et encore, il lance vidjil puis fuse.
Il faudrait en avoir plus... et partir de fichiers .vidjil stockés directement dans ./data.
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On va se partager la tâche tous les trois : chacun fait au moins un test de fuse.
J'ai fait ma part, 82af416 :-)
Marc, c'est l'occasion d'en faire un avec ce que tu voulais corriger par 3dcc03b.
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Test ajouté 7ae27d2… mais il ne passe pas (problème avec germlines)
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Tout passe en ce moment.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1440Être prévenu dès qu'un processus est FAILED2016-11-29T14:36:21+01:00Vidjil TeamÊtre prévenu dès qu'un processus est FAILEDC'est un peu tard d'attendre le lendemain matin pour réagir :)
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98a85f1 + supervision externe sur LAST_RESULTS=F (uniquement sur rbx, pas sur dev car on peut faire des exp sur dev)
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@nobodyC'est un peu tard d'attendre le lendemain matin pour réagir :)
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98a85f1 + supervision externe sur LAST_RESULTS=F (uniquement sur rbx, pas sur dev car on peut faire des exp sur dev)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1444Se passer de org-babel-tangle ?2016-11-29T14:36:24+01:00Vidjil TeamSe passer de org-babel-tangle ?1702465: cela passe aussi sur Travis, et apparament cela passait déjà sur Jenkins.
Franchement, very very low. On pourrait
- mettre un message "the tests also require the org-mode package", et on s'en sort ainsi,
- ou bien ne pas lan...1702465: cela passe aussi sur Travis, et apparament cela passait déjà sur Jenkins.
Franchement, very very low. On pourrait
- mettre un message "the tests also require the org-mode package", et on s'en sort ainsi,
- ou bien ne pas lancer le test si la commande n'est pas dispo. Peut-être plus propre, tu ne voulais pas faire une dépendance aux should_get ?
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merci Mikaël
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1449Afficher les .affects dans le browser2016-11-29T14:36:28+01:00Vidjil TeamAfficher les .affects dans le browserVu ce que Marc a mis en place pour le CDR3, cela devrait être facile d'afficher des .affects sur les séquences , type :
+H+H _ _ _ +K _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ +h+h+h+h+h
Est-ce que le truc fonctionnerait ...Vu ce que Marc a mis en place pour le CDR3, cela devrait être facile d'afficher des .affects sur les séquences , type :
+H+H _ _ _ +K _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ +h+h+h+h+h
Est-ce que le truc fonctionnerait si on met plusieurs features "H" dans une même séquence ?
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- côté cpp:
- Lorsque l'option '-K' est mise, mettre aussi les .affects dans le json .vidjil ... (en debug, typiquement avec -X 100)
- et sinon, on pourrait aussi le faire par défaut pour les séquences FineSegmentées... ou avec option ?
- côté .js : à voir
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On discute de cela jeudi matin
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- côté .js : c'est bon. 35cd4fe8
Il suffit de mettre dans le .vidjil un { start:"0", stop:"xxx", seq:" ") avec la séquence des affects (un seul caractère, pas deux, tant pis pour le +/-).
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C'est parfait ainsi. Un bon jeu d'options est ainsi -!KAX 100 -1 -k 10, comme dans la config 'debug-100-k10' sur rbx.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1451rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract2016-11-29T14:36:30+01:00Vidjil Teamrajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract
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#1450
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#1450https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1452Config 'debug kmers' sur le serveur2016-11-29T14:36:31+01:00Vidjil TeamConfig 'debug kmers' sur le serveurLorsque les tâches '-X' et '.affects dans le browser' auront été faites, faire une config "debug k-mers" avec des bonnes options pour débugguer les k-mers directement dans le browser+serveur.
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Config 'debug-100-k10', avec -!KAX 100 -1...Lorsque les tâches '-X' et '.affects dans le browser' auront été faites, faire une config "debug k-mers" avec des bonnes options pour débugguer les k-mers directement dans le browser+serveur.
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Config 'debug-100-k10', avec -!KAX 100 -1 -k 10
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1453Faire marcher fastq + '#'2016-11-29T14:36:31+01:00Vidjil TeamFaire marcher fastq + '#'Les tests should-vdj ont besoin de 13380ba7, mais 13380ba7 casse lecture de fastq.
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0623dbf
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@magiraudLes tests should-vdj ont besoin de 13380ba7, mais 13380ba7 casse lecture de fastq.
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0623dbf
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1454Faire un test .should_get pour '-X'2016-11-29T14:36:32+01:00Vidjil TeamFaire un test .should_get pour '-X'Faire un test pour '-X 100'.
S'inspirer par exemple de algo/tests/stanford-k14.should_get.
Se lance par sh should-to-tap.sh stanford-k14.should_get
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merci
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@CyanaelFaire un test pour '-X 100'.
S'inspirer par exemple de algo/tests/stanford-k14.should_get.
Se lance par sh should-to-tap.sh stanford-k14.should_get
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merci
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1455Scatterplot : transition histo > grid2016-11-29T14:36:33+01:00Vidjil TeamScatterplot : transition histo > gridLa transition grid > histo se fait bien, par contre, dans l'autre sens, c'est coupé et on ne suit pas les bars devenir des bulles.
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Vraiment beaucoup mieux.
Il reste un micro détail : lors de bar > grid, les axes se mettent à jour à l...La transition grid > histo se fait bien, par contre, dans l'autre sens, c'est coupé et on ne suit pas les bars devenir des bulles.
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Vraiment beaucoup mieux.
Il reste un micro détail : lors de bar > grid, les axes se mettent à jour à la fin.
C'est plus joli au début, comme dans grid > bar.
Je n'ai pas osé changer au hasard l'ordre des instructions dans changeSplitMethod :-)
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ok
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1456Scatterplot : axe y en mode histo2016-11-29T14:36:33+01:00Vidjil TeamScatterplot : axe y en mode histoà discuter, que tu nous explique si cela à un effet (ordre des boites) ou pas.
Si cela n'a pas d'effet (dommage), il faudra le retirer de la boite settings lorsqu'on est en histo...
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@Duezà discuter, que tu nous explique si cela à un effet (ordre des boites) ou pas.
Si cela n'a pas d'effet (dommage), il faudra le retirer de la boite settings lorsqu'on est en histo...
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1457Scatterplot : histo, respecter les systèmes sélectionnés2016-11-29T14:36:34+01:00Vidjil TeamScatterplot : histo, respecter les systèmes sélectionnésSur 'histo, on a toujours tous les systèmes.
La règle devrait être comme pour la grid : on affiche tout si c'est possible (abundance, N length...), mais s'il y a un V/J gene / allele, alors les autres systèmes restent sagement dans leur ...Sur 'histo, on a toujours tous les systèmes.
La règle devrait être comme pour la grid : on affiche tout si c'est possible (abundance, N length...), mais s'il y a un V/J gene / allele, alors les autres systèmes restent sagement dans leur coin
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1460Les rapports ne fonctionnent plus, ils ont des bouts de bar plot dedans2016-11-29T14:36:36+01:00Vidjil TeamLes rapports ne fonctionnent plus, ils ont des bouts de bar plot dedans+ commentaire de Yann à voir (qui était pourtant avant qu'on fait le pull sur rbx)
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@Duez+ commentaire de Yann à voir (qui était pourtant avant qu'on fait le pull sur rbx)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1462javascript, modularisation + main.js2016-11-29T14:36:38+01:00Vidjil Teamjavascript, modularisation + main.jsMarc a commencé de travailler dessus. On a dit à Nikos "dans deux semaines".
- retravailler main.js pour enlever des parties non essentielles
- commenter main.js, tout doit être très clair...
... et voir que cela fonctionne si o...Marc a commencé de travailler dessus. On a dit à Nikos "dans deux semaines".
- retravailler main.js pour enlever des parties non essentielles
- commenter main.js, tout doit être très clair...
... et voir que cela fonctionne si on enlève certains éléments
- avec aussi un exemple de création de clones depuis le .js (.vidjil directement donné à l'intérieur, par exemple celui de la doc ?)
- éventuellement, solution pour chargement facile de l'ensemble
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@Duez