vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-05-03T15:34:53+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4901Erreur serveur lors de l'utilisation de QC-stats2022-05-03T15:34:53+02:00Mikaël SalsonErreur serveur lors de l'utilisation de QC-statsSur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File...Sur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1194, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1015, in multi_sample_stats
results = getStatData(custom_result)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 984, in getStatData
r[head] = model.decorate(r[head])
KeyError: 'pre process'
```
À corriger/tester.
Peut-être en lien avec #4840 ?Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4893Erreur de clé étrangère sur sample_set_membership2021-11-03T18:25:14+01:00Mikaël SalsonErreur de clé étrangère sur sample_set_membershipOn a eu deux erreurs serveurs consécutives avec le message :
```
<class 'gluon.contrib.pymysql.err.IntegrityError'> (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`sample_set_membership`, CONSTRAIN...On a eu deux erreurs serveurs consécutives avec le message :
```
<class 'gluon.contrib.pymysql.err.IntegrityError'> (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`sample_set_membership`, CONSTRAINT `sample_set_membership_ibfk_1` FOREIGN KEY (`sample_set_id`) REFERENCES `sample_set` (`id`) ON DELETE SET NULL)')
```
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 564, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 310, in submit
link_to_sample_sets(fid, id_dict)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 55, in link_to_sample_sets
db.sample_set_membership.bulk_insert(arr)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 874, in bulk_insert
self, [el.op_values() for el in data])
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 795, in bulk_insert
return [self.insert(table, item) for item in items]
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 487, in insert
raise e
```
Utilisatrice 344, le 3/11 à 18h15 et 18h16.
Investiguer sur quel sample set cela s'est produit et pourquoi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4892Aligneur, disparition des clonotype lors d'une suppression2021-10-29T16:12:31+02:00Thonier FlorianAligneur, disparition des clonotype lors d'une suppressionLorsque l'on supprime un clonotype de la liste de l’aligneur, les descriptions à gauche disparaissent. Elles réapparaissent si on bouge un peu les séquence.
Probablement juste un refresh nécessaire.Lorsque l'on supprime un clonotype de la liste de l’aligneur, les descriptions à gauche disparaissent. Elles réapparaissent si on bouge un peu les séquence.
Probablement juste un refresh nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4888Le preset primers ne fonctionne plus.2021-10-27T16:51:39+02:00Thonier FlorianLe preset primers ne fonctionne plus.Le preset primers ne fonctionne plus. Voir si il y a d'autre cas, et le corriger.Le preset primers ne fonctionne plus. Voir si il y a d'autre cas, et le corriger.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4869La recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur2021-10-08T11:25:21+02:00Mikaël SalsonLa recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.ht...```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.html", line 110, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/SampleSet.py", line 57, in get_config_urls
if c[2] is not None :
IndexError: list index out of range
```Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4864Clone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"2021-10-07T14:18:52+02:00Thonier FlorianClone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples....Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples.sample_set_id`. On tombe donc dans une impasse de getHTMLinfo, sur la partie qui ajoute le bouton `get reads`.
2 solutions:
* ajouter une condition de plus pour rentrer dans ce cas de figure
* Modifier le serveur pour que le `open analysis` renvoie les valeurs `samples.sample_set_id`.
Une préférence ? Les deux n'étant pas non plus antinomique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4836Impossible de charger les samples sur la branche dev2021-09-17T16:57:43+02:00Thonier FlorianImpossible de charger les samples sur la branche devJe suis repassé sur la branche dev. Je remarque que l'on ne peut plus charger de données sans avoir une erreur.
J'ai l'impression que c'est la même erreur que j'ai sur la MR !691 preprocessing json. A savoir que l'objet `db` n'a pas de...Je suis repassé sur la branche dev. Je remarque que l'on ne peut plus charger de données sans avoir une erreur.
J'ai l'impression que c'est la même erreur que j'ai sur la MR !691 preprocessing json. A savoir que l'objet `db` n'a pas de valeur `upload_source` si il n'y a pas de choix entre computer/nfs.
J'ai déjà corrigé ce point sur la MR !691.
A vérifier quand elle sera mergée.2021-09-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4835Erreur sur get custom data sur vdb2021-09-10T18:00:31+02:00Mikaël SalsonErreur sur get custom data sur vdbProblème de permissionProblème de permissionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4834Notification indésirable2021-09-09T18:54:32+02:00Mikaël SalsonNotification indésirableLa notification « Maintenance starts at 17:30 » m'est affichée alors que sa date d'expiration est le 8/09.La notification « Maintenance starts at 17:30 » m'est affichée alors que sa date d'expiration est le 8/09.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4833Erreurs client .js2021-09-09T18:42:05+02:00Mathieu GiraudErreurs client .jsSur vidjil.log, on voit fréquemment des rapports d'erreur client pour `scatterplot.updateClone()` et `ScatterPlot.pdateCloneSize`
ping #3745Sur vidjil.log, on voit fréquemment des rapports d'erreur client pour `scatterplot.updateClone()` et `ScatterPlot.pdateCloneSize`
ping #3745https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4817Les tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxe2021-11-18T10:14:34+01:00Mikaël SalsonLes tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4806Les icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un cluster2021-07-01T12:17:40+02:00Thonier FlorianLes icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un clusterhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4805Le lien assign subset n'a pas d'event lié2022-05-12T09:58:29+02:00Thonier FlorianLe lien assign subset n'a pas d'event liéLe bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.Le bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4801Impossible d'ouvrir un clone en passant par l'ouverture custom détachée2021-10-07T14:18:52+02:00Thonier FlorianImpossible d'ouvrir un clone en passant par l'ouverture custom détachéeLe problème vient de la variable `m.samples.sequence_file_id` qui n'est pas définie dans ce cas.Le problème vient de la variable `m.samples.sequence_file_id` qui n'est pas définie dans ce cas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4798Impossible de faire des compare entre sets2021-06-15T10:10:13+02:00Thonier FlorianImpossible de faire des compare entre setsIl semble qu'il y ai un problème dans la dernière release pour faire des compare sample entre sets.
Je viens de tester de reproduire le bug remonté et il est entièrement reproductible.
Nous avons dans ce cas la variable `sample_set_id`...Il semble qu'il y ai un problème dans la dernière release pour faire des compare sample entre sets.
Je viens de tester de reproduire le bug remonté et il est entièrement reproductible.
Nous avons dans ce cas la variable `sample_set_id` qui reste à `None`, contrairement au cas ou nous passons depuis l'intérieur d'un set.
Cette valeur None provoque une erreur dans l'appel à `myUrl.loadCustomUrl(db, { 'sample_set_id':None })`.
Nous avons probablement touché à ce point lors de l'ajout de la possibilité d'ouvrir un résultat seul.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4794Plus de redimensionnement de la grille/graph2021-09-10T11:44:29+02:00Mikaël SalsonPlus de redimensionnement de la grille/graphJ'avais constaté il y a quelques semaines qu'on ne peut plus redimensionner la grille ou le graphique (ce qui était possible en déplaçant l'axe horizontal qui les sépare).
Si c'est volontaire, j'ai loupé cela, car c'est très gênant sur u...J'avais constaté il y a quelques semaines qu'on ne peut plus redimensionner la grille ou le graphique (ce qui était possible en déplaçant l'axe horizontal qui les sépare).
Si c'est volontaire, j'ai loupé cela, car c'est très gênant sur un petit écran, a fortiori maintenant que l'aligneur prend plus de place.
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4790Les clones ne sont plus affichés dans l'aligneur si on passe par une url2021-05-07T11:34:54+02:00Thonier FlorianLes clones ne sont plus affichés dans l'aligneur si on passe par une urlJe viens de m'apercevoir que si nous passons par une url, les séquences des clones ne sont pas affichées dans l'aligneur. En revanche, nous avons bien les autres informations dessus (noms, tailles, ...).
Au chargement, on les voit brièv...Je viens de m'apercevoir que si nous passons par une url, les séquences des clones ne sont pas affichées dans l'aligneur. En revanche, nous avons bien les autres informations dessus (noms, tailles, ...).
Au chargement, on les voit brièvement apparaître avant de disparaître lors du chargement des graphiques. Probablement un nettoyage fait au cour de l'initialisation de ces vues qui efface les séquences.
Exemple sur LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=4,5,112,124
Aucune erreur dans les logs, et aucun moyen de contourner le problème sans désélectionner les clonotypes.
cc @magiraud @Zeudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4789Bug des clones de distributions parfois non cachés2021-05-07T15:01:30+02:00Thonier FlorianBug des clones de distributions parfois non cachésSuite à la release, je viens de tombé sur un bug embêtant. Les clones de distributions reste présents sur le graph.
Sur demo-LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-25?plot=primers,J/3%27%20gene,bar
Si on switch entre le preset 4 (genesca...Suite à la release, je viens de tombé sur un bug embêtant. Les clones de distributions reste présents sur le graph.
Sur demo-LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-25?plot=primers,J/3%27%20gene,bar
Si on switch entre le preset 4 (genescan) et 15 (primers), on a les clones de distributions qui reste visibles sans bouger.
Le bug semble n'être présent que lorsque je switch du preset 4 au 15. Pour tous les autres, ils s'effacent.
Le preset 4 est le seul a affiché des clones de distributions pour le moment.
PS; **non c'est aussi valable si on passe de 4 à 5** par exemple, les deux étant en mode `bar`, mais ça disparaît si entre les deux on passe en mode scatterplot (par exemple le preset 1).
Il n'y a pas d'erreur dans la console.
Je ne sais pas si provoqué par la nouvelle release web `2021.05`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4783focus on selected clones modifie l'ordre des samples2021-07-27T09:02:57+02:00Mikaël Salsonfocus on selected clones modifie l'ordre des samplesSur [cet exemple](https://app.vidjil.org/3241-25?clone=4,30), faire « focus on selected clones », fait passer le sample 4 avant le sample 2.
cc @flothoniSur [cet exemple](https://app.vidjil.org/3241-25?clone=4,30), faire « focus on selected clones », fait passer le sample 4 avant le sample 2.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4780Rétablir CloneDB2022-06-15T11:17:07+02:00Mikaël SalsonRétablir CloneDBSuite à !836, le bouton pour lancer CloneDB n'apparaît plus dans l'aligneur alors qu'il était auparavant créé avec les autres dans le segmenteur. Il était néanmoins affiché que si config.clonedb vaut true ou en dev-mode.
Il faut remettr...Suite à !836, le bouton pour lancer CloneDB n'apparaît plus dans l'aligneur alors qu'il était auparavant créé avec les autres dans le segmenteur. Il était néanmoins affiché que si config.clonedb vaut true ou en dev-mode.
Il faut remettre CloneDB dans l'aligneur.Web 2022.05marc duezmarc duez