vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-03-22T10:02:45+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3096Empêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichie...2018-03-22T10:02:45+01:00Mikaël SalsonEmpêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichiers ne sont pas renseignésEt si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Et si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3091Edit sample2018-03-22T10:21:44+01:00Mathieu GiraudEdit sampleDeux choses bloquantes (mais une solution peut être de commenter temporairement "edit") :
- 1. le "sample information", s'il est déjà existant, n'est pas bien affiché
- 2. il ne devrait y avoir qu'un champ "Common sets" / "Specific set...Deux choses bloquantes (mais une solution peut être de commenter temporairement "edit") :
- 1. le "sample information", s'il est déjà existant, n'est pas bien affiché
- 2. il ne devrait y avoir qu'un champ "Common sets" / "Specific set", sinon on ne comprend pas --> ok, fait
Un détail:
- 3. le retour du formulaire devrait ramener au set, non pas à la liste de tous les sets
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3090Refaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin2018-03-20T14:27:33+01:00Mathieu GiraudRefaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3089Submit button in data uploading dialog has a little bi misleading title (prob...2018-03-20T15:10:54+01:00Mathieu GiraudSubmit button in data uploading dialog has a little bi misleading title (probably, that means Submit in French)(From https://github.com/vidjil/vidjil/issues/8)
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![image](/uploads/14cd91391649e55625ffe497de6c861d/image.png)
My browser: Chrome for Linux, OS: Ubuntu 14, System locale: US/English(From https://github.com/vidjil/vidjil/issues/8)
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![image](/uploads/14cd91391649e55625ffe497de6c861d/image.png)
My browser: Chrome for Linux, OS: Ubuntu 14, System locale: US/Englishhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3088Pear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dump2023-05-23T15:50:12+02:00Thonier FlorianPear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dumpUn utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):...Un utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 734, in run_pre_process
(stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 796, in communicate
self.wait()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1376, in wait
pid, sts = _eintr_retry_call(os.waitpid, self.pid, 0)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 476, in _eintr_retry_call
return func(*args)
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 901, in <lambda>
signal.signal(signal.SIGTERM, lambda signum, stack_frame: sys.exit(1))
SystemExit: 1
```
Je pense qu'il s'agit d'une erreur de surcharge dans la mémoire, mais je ne peux pas accéder à vda pour voir les logs (connexion au chu), et les logs dispo depuis l'interface sont trop récents.
A vérifier lorsque je peux accéder au serveur.
En tout cas je ne suis pas certain qu'il s'agisse d'un bug à proprement parler si cela vient de la mémoire.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3086Documenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.org2018-04-13T12:49:06+02:00Mathieu GiraudDocumenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.orgVoir aussi #2797Voir aussi #2797https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3085Parfois un job server-unit ne termine pas2018-03-20T15:05:58+01:00Mathieu GiraudParfois un job server-unit ne termine pas@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/165#note_78482 :
> Parfois le job ne se termine pas. La raison à cela est obscure. Voici la sortie du job au point où il en est à l'heure actuelle :
```
(…)
Ran 146 tests...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/165#note_78482 :
> Parfois le job ne se termine pas. La raison à cela est obscure. Voici la sortie du job au point où il en est à l'heure actuelle :
```
(…)
Ran 146 tests in 6.416s
OK
Generating XML reports...
web2py Web Framework
Created by Massimo Di Pierro, Copyright 2007-2018
Version 2.16.1-stable+timestamp.2017.11.14.05.54.25
Database drivers available: sqlite3, imaplib, pymysql, pg8000
18 controller files with possible doctests found.
Run doctests
make[1]: Leaving directory '/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server'
```
> Il semble donc avoir terminé ces tests mais ne passe pas à la suite. Est-ce la règle `after_script` qui le bloque ? (mais le blocage date d'avant cet ajout)
> mais ce n'est pas lié à cette branche : je l'ai eu sur `dev` aussi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3080Faire une fonction qui filtre un BioReader en fonction d'une séquence2018-06-13T15:45:33+02:00Mikaël SalsonFaire une fonction qui filtre un BioReader en fonction d'une séquencePour #920 on a besoin de ne lancer le FineSegmenter que sur un sous-ensemble du répertoire.
Cela sera fait en passant un `BioReader` restreint aux gènes d'intérêt à la fonction `align_against_collections`. Il faut donc faire une fonctio...Pour #920 on a besoin de ne lancer le FineSegmenter que sur un sous-ensemble du répertoire.
Cela sera fait en passant un `BioReader` restreint aux gènes d'intérêt à la fonction `align_against_collections`. Il faut donc faire une fonction chargée de créer ce `BioReader` restreint.
Elle prendra deux paramètres (au moins ?) :
1. le `BioReader` d'origine
2. la séquence utilisée comme filtre (les k-mers de cette séquence sont utilisés pour déterminer les gènes d'intérêt)
(Cyprien : pour garder l'info tu peux mettre ce numéro d'issue dans tes messages de commit, à la fin de la description. Par exemple « See #3080 »)Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3076Les vues patient/index.html et run/index.html sont-elles encore utiles ?2018-11-21T16:52:24+01:00Mikaël SalsonLes vues patient/index.html et run/index.html sont-elles encore utiles ?J'ai l'impression que c'est `sample_set/index.html` qui fait le job. Est-ce bien le cas ? Peut-on les supprimer ?
Y a-t-il d'autres vues (voire des contrôleurs) dans le même cas qui pourraient être supprimées ?J'ai l'impression que c'est `sample_set/index.html` qui fait le job. Est-ce bien le cas ? Peut-on les supprimer ?
Y a-t-il d'autres vues (voire des contrôleurs) dans le même cas qui pourraient être supprimées ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3071retour ecran lors d'une erreur de champs pour l'ajout d'un sample2018-03-14T11:20:13+01:00Thonier Florianretour ecran lors d'une erreur de champs pour l'ajout d'un sampleLoi des séries oblige, je suis tombé aujourd'hui sur un bug qui m'a été reporté aussi par un utilisateur.
Lors de l'ajout de sample, j'ai rentré une valeur aberrante dans le champs run. Lorsque je clique sur save, j'ai l’icône `wait`, ...Loi des séries oblige, je suis tombé aujourd'hui sur un bug qui m'a été reporté aussi par un utilisateur.
Lors de l'ajout de sample, j'ai rentré une valeur aberrante dans le champs run. Lorsque je clique sur save, j'ai l’icône `wait`, alors que le serveur est en erreur face à cette valeur inexistante.
Coté log, on a bine une erreur qui s'affiche, mais pour l'utilisateur l'interface est bloquée a mouliner sans que l'on sache pourquoi.
Il faudrait donc penser à avoir un retour en mettant en rouge le fond de la ligne mal renseigné (Je présume en faisant un croiser de l'information et/ou de son type avec la BDD.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3068deploy_review Job Failed #723022018-03-06T17:24:36+01:00Ryan Herbertdeploy_review Job Failed #72302Job [#72302](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/72302
) failed for 501a286b053da9699fba2dd812773fd1ef7df541:
On dirait bien que le rsync ne fonctionne pas comme on veut dans ce pipeline. Il semblerait que l'echec se produit au...Job [#72302](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/72302
) failed for 501a286b053da9699fba2dd812773fd1ef7df541:
On dirait bien que le rsync ne fonctionne pas comme on veut dans ce pipeline. Il semblerait que l'echec se produit au niveau de la clef ssh.
Edit: vu que les liens générés ne fonctionnent pas correctement, le runner en question est Kapla et je mets à jour le lien.
~"dev-ci"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3067test unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjil2018-03-07T11:35:24+01:00Mathieu Giraudtest unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjilVu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@R...Vu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@RyanHerb fait un fix rapide. Il faudra qu'on voie comment faire cela plus proprement... Derrière, c'est une question de ~doc: est-ce qu'on a bien quelque part ce qu'il faut pour montrer un .vidjil d'un sample, puis de plusieurs samples ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3065Réparer les tests unit-server2018-05-30T15:17:59+02:00Mathieu GiraudRéparer les tests unit-servercc @RyanHerbcc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3061Tests unitaires serveur sur gitlab CI2018-03-06T17:52:42+01:00Mathieu GiraudTests unitaires serveur sur gitlab CI(Peut-être un doublon, je n'arrive pas à retrouver la tâche)
Avoir l'équivalent de `server-unit` sur gitlab. Différent de #2881.
cc @RyanHerb(Peut-être un doublon, je n'arrive pas à retrouver la tâche)
Avoir l'équivalent de `server-unit` sur gitlab. Différent de #2881.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3059Warnings e-value / coverage calculé par le client2018-02-20T19:44:35+01:00Mathieu GiraudWarnings e-value / coverage calculé par le clientDepuis #3029.
Par exemple http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=v,j,plot&clone=94,110
- est-ce bien le e-valueur le Fine (et donc pas le W52 ?)
- que faire quand ils seront redondant avec un warning de vidjil-algo ? Depuis #3029.
Par exemple http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=v,j,plot&clone=94,110
- est-ce bien le e-valueur le Fine (et donc pas le W52 ?)
- que faire quand ils seront redondant avec un warning de vidjil-algo ? https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3053Déploiement du jour2018-11-20T09:40:02+01:00Mathieu GiraudDéploiement du jourJe viens de déployer sur `app`. Apparament cela n'avait pas été fait depuis... fin novembre, bien que quelques commits de hotfix y étaient. On pourrait prendre l'habitude de re-déployer toutes les semaines ou presque : ce qui est sur `de...Je viens de déployer sur `app`. Apparament cela n'avait pas été fait depuis... fin novembre, bien que quelques commits de hotfix y étaient. On pourrait prendre l'habitude de re-déployer toutes les semaines ou presque : ce qui est sur `dev` doit être stable.
Au passage, cela a du déployer #2917 #2640 #2840 #2882 #2849 #3043 + la normalisation (?).
cc @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3050Afficher le log de plusieurs samples d'un coup2018-02-09T17:10:22+01:00Mathieu GiraudAfficher le log de plusieurs samples d'un coupSuggéré par @flothoni
Voir aussi #3049Suggéré par @flothoni
Voir aussi #3049https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3049Mettre en json structué des infos pour l'instant dans le log2022-07-26T09:51:51+02:00Mathieu GiraudMettre en json structué des infos pour l'instant dans le log@flothoni dans #2235 :
> Discuté hier: pose la question d'avoir les données au format structuré dans le json et non plus en string.@flothoni dans #2235 :
> Discuté hier: pose la question d'avoir les données au format structuré dans le json et non plus en string.json-exporthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3047vidjil-algo: message peu clair si demo/S22 n'est pas présent2018-02-09T17:18:42+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: message peu clair si demo/S22 n'est pas présent```
terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what(): !! Error in opening file ./demo/Stanford_S22.fasta -
```
Le `std::invalid_argument` est peu clair (et arrive si on n'a pas fait `make data`).```
terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what(): !! Error in opening file ./demo/Stanford_S22.fasta -
```
Le `std::invalid_argument` est peu clair (et arrive si on n'a pas fait `make data`).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3046Add sample mutliple : compacter2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAdd sample mutliple : compacterViser une ligne par sample, sans aucune bordure autour.Viser une ligne par sample, sans aucune bordure autour.Ryan HerbertRyan Herbert