vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-12T15:05:08+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1902/mnt/data-rby ne répond pas2021-11-12T15:05:08+01:00Vidjil Team/mnt/data-rby ne répond pasC'est remis pour l'instant. Je vais voir si je peux trouver une cause de ce problème
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C'est retombé.
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Oui, ce n'est plus monté.
J'ai essayé un "sudo mount /mnt/data-rby" mais ensuite j'obtiens des "cannot access /mnt/data-rby: Inp...C'est remis pour l'instant. Je vais voir si je peux trouver une cause de ce problème
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C'est retombé.
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Oui, ce n'est plus monté.
J'ai essayé un "sudo mount /mnt/data-rby" mais ensuite j'obtiens des "cannot access /mnt/data-rby: Input/output error"
Ryan, peux-tu nous dire la commande que tu utilises ?
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la commande qu'il faut lancer est: sudo sshfs vidjil@rby.vidjil.org:/home/export/data /mnt/data-rby -o identityfile=/home/vidjil/.ssh/rby.id_rsa,allow_other,default_permissions,uid=0,gid=0
Mais j'en ai profité pour réparer l'entrée dans fstab donc "sudo mount /mnt/data-rby" devrait suffir maintenant :)
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merci Ryan !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1900rapport pdf : n'affiche pas l'état actuel du graphe (à voir avec Aurélie)2017-04-14T13:20:51+02:00Vidjil Teamrapport pdf : n'affiche pas l'état actuel du graphe (à voir avec Aurélie)Les couleurs ne sont pas les même que celles affichées.
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudLes couleurs ne sont pas les même que celles affichées.
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1899export fasta : retirer les point dans les séquences des germlines2018-07-24T15:57:13+02:00Vidjil Teamexport fasta : retirer les point dans les séquences des germlinesEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
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Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
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Ok, mieux vaut supprimer les points.
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@CyanaelEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
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Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
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Ok, mieux vaut supprimer les points.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1898Scatterplot : raccourcis en chiffre lorsque >9 ?2016-11-29T14:41:53+01:00Vidjil TeamScatterplot : raccourcis en chiffre lorsque >9 ?comment utiliser les racoursis de config du scatterplot lorsque le numéro est > 9 ?
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On pourrait faire shift+0, shift+1...
js/shortcut.js
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d4b61c2 et 2a4e5a4
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@Cyanael @RyanHerbcomment utiliser les racoursis de config du scatterplot lorsque le numéro est > 9 ?
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On pourrait faire shift+0, shift+1...
js/shortcut.js
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d4b61c2 et 2a4e5a4
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@Cyanael @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1897mode serveur : menu du browser ambigue2018-04-16T15:58:01+02:00Vidjil Teammode serveur : menu du browser ambigueLorsque on est en mode serveur serveur, le menu du browser est ambigue. Passer la souris dessus laisse penser qu'il se passe un truc sans qu'on comprend quoi.
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudLorsque on est en mode serveur serveur, le menu du browser est ambigue. Passer la souris dessus laisse penser qu'il se passe un truc sans qu'on comprend quoi.
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1896Upload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clair2019-01-18T18:21:58+01:00Vidjil TeamUpload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clairSi on rentre deux fichiers ayant le même nom, pas d'explication de l'erreur
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Signalé par Shugay (qui avait deux fichiers de même nom de répertoires différent)
Au minimum mettre un message d'erreur.
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Question peut-être bête car je n...Si on rentre deux fichiers ayant le même nom, pas d'explication de l'erreur
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Signalé par Shugay (qui avait deux fichiers de même nom de répertoires différent)
Au minimum mettre un message d'erreur.
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Question peut-être bête car je ne suis pas certain de comprendre le bug, mais ça me fait rebondir : Les fichiers, une fois sur le serveur, garde-t-il le même nom ?
Je me suis poser la question pour ma RGS du serveur quand je devais parler de l'anonymisation.
Possible de mettre une concordance clé autogénéré/unique, et de renommer le fichier avec cette clé uniquement ?
Évite (ou ralenti car rajoute le hack de l'user sql) peut-être des soucis en cas d'intrusion, et ce potentiel bug.
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Les fichiers sont bien renommés lors de l'upload pour éviter les collisions de noms de fichiers. Le nom original est ensuite restitué lors du téléchargement.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1895Gadgets : savoir si on les garde2018-04-16T15:58:40+02:00Vidjil TeamGadgets : savoir si on les gardeCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1894Demande de confirmation avant de changer de patient2018-04-16T16:01:50+02:00Vidjil TeamDemande de confirmation avant de changer de patientDans le cas de changements effectués : la fenetre ne se ferme pas en confirmant
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudDans le cas de changements effectués : la fenetre ne se ferme pas en confirmant
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1893Export graph : ne fonctionne pas si le graphe est caché2018-04-16T16:06:40+02:00Vidjil TeamExport graph : ne fonctionne pas si le graphe est caché
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraud
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1892Ellipsis à faire sur les titres des samples dans le graphe (ça dépasse et c'e...2016-11-29T14:41:50+01:00Vidjil TeamEllipsis à faire sur les titres des samples dans le graphe (ça dépasse et c'est moche)Dans les trucs moches qu'on a, c'est un truc qui arrive *très* souvent. Même avec 2 points seulement sur écran de portable... Et plusieurs utilisateurs ont des patients (ou des compare samples/patients) à 10 points.
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ping. Mikaël, tu ...Dans les trucs moches qu'on a, c'est un truc qui arrive *très* souvent. Même avec 2 points seulement sur écran de portable... Et plusieurs utilisateurs ont des patients (ou des compare samples/patients) à 10 points.
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ping. Mikaël, tu as fait du ellipsis la semaine dernière, mais cela n'avait rien à voir j'ai l'impression.
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complètement rien à voir. Pour le graph, le conteneur prend la place qu'il veut, on peut toujours lui mettre la classe ellipsis mais ça ne changera rien.
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Rando 2016: fait par Marc. merci !
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@Cyanael @RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1891Après merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparables2018-04-18T08:59:51+02:00Vidjil TeamAprès merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparablesRemarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquable...Remarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquables (dans la liste ou le scatterplot) et donc on peut toujours les comparer.
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Ah oui... pas pour moi (pas de sélection multiple). C'est donc un autre bug.
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Effectivement, on peut faire cette sélection... mais ce n'est pas clair.
En fait, quand on ouvre un clone, tout est grisé, mais pas sélectionné, ce n'est pas facile de comprend pas que les sous-clones ne sont pas encore sélectionnés (le reste du temps, ce qui est grisé dans la liste est aussi sélectionné). Le rectangle noir autour du cluster n'est pas très cohérent.
Enlever ce grisé ?
(Au passage, les rectangles noirs ne sont pas très clairs : gris plus léger ?)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1890Grid / Bar : Ajouter courbes ?2018-04-16T16:10:54+02:00Vidjil TeamGrid / Bar : Ajouter courbes ?À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules...À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules courbes sont celles du time graph), et parfois cela n'a pas de sens sur des données non numériques (locus, nom des allèles, ou lien entre "?" et reste).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1889evalues > 12019-09-16T16:58:45+02:00Vidjil Teamevalues > 1Des e-valeurs > 1 sont sorties pas Vidjil. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1634&config=25 prendre le premier clone de la liste avec un warning. La e-valeur vaut 480061.
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Vu aussi par Tatiana, e-value >1 sample 370...Des e-valeurs > 1 sont sorties pas Vidjil. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1634&config=25 prendre le premier clone de la liste avec un warning. La e-valeur vaut 480061.
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Vu aussi par Tatiana, e-value >1 sample 3703
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Je n'arrive pas à retrouver un exemple : le bug sur le 1634 est confirmé ?
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Je ne vois plus les e-valeurs. Elles ne sont plus affichées ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1888Warning n'apparaît pas dans le segmenter2016-11-29T14:41:47+01:00Vidjil TeamWarning n'apparaît pas dans le segmenterLorsqu'un clone est en warning, le i est remplacé par un panneau warning. Mais ce remplacement ne se fait pas dans le segmenteur.
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0cf82f4. Mais voir "duplication code list.js segmenter.js"
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@magiraudLorsqu'un clone est en warning, le i est remplacé par un panneau warning. Mais ce remplacement ne se fait pas dans le segmenteur.
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0cf82f4. Mais voir "duplication code list.js segmenter.js"
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
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Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
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On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1886Browser: faire que cela marche avec .vidjil d'avant2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamBrowser: faire que cela marche avec .vidjil d'avant
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1885doc/analysis-format.org2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil Teamdoc/analysis-format.org
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1884Browser2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamBrowser
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1883Fuse2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamFuse
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1882C++2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamC++
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#1881
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#1881