vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-03-30T12:16:32+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4230test_load_analysis.rb sur feature-c/vmi-functionality2020-03-30T12:16:32+02:00Ryan Herberttest_load_analysis.rb sur feature-c/vmi-functionalityDes tests fonctionnels échouent sur `feature-c/vmi-functionality` dans `test_load_analysis`.
C'est le même comportement qui est résolu par @flothoni avec 86c24130 dans l'issue #4181
J'observe le comportement malgré le fix car il semble...Des tests fonctionnels échouent sur `feature-c/vmi-functionality` dans `test_load_analysis`.
C'est le même comportement qui est résolu par @flothoni avec 86c24130 dans l'issue #4181
J'observe le comportement malgré le fix car il semblerait que l'id du clone dans le `.analysis` ne correspond pas à un id de clone dans le `.vidjil`.
Ceci à-t-il été résolu ? Je n'ai pas trouvé d'autre pipelines qui présentent les même symptômes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4231Mauvaise mise à jour du graph après un changement de tag2023-01-25T17:21:25+01:00Mikaël SalsonMauvaise mise à jour du graph après un changement de tag@RyanHerb a un problème sur un test fonctionnel qui ne passe pas avec VMI.
Il s'agit du test qui charge les fichiers `doc/analysis-example2.vidjil` et `doc/analysis-example2.analysis`.
On peut reproduire le problème à la main, mais ça d...@RyanHerb a un problème sur un test fonctionnel qui ne passe pas avec VMI.
Il s'agit du test qui charge les fichiers `doc/analysis-example2.vidjil` et `doc/analysis-example2.analysis`.
On peut reproduire le problème à la main, mais ça demande de bien placer la souris.
On va modifier le tag du clone en rouge, pour cela on clique sur l'étoile et on va cliquer sur le 5è tag à la place (« standard (noise) ») mais il faut faire attention à ce que la souris soit bien à gauche pour que sa position ne soit pas au dessus du graph mais de la liste. Après avoir cliqué le menu se referme, ne plus toucher à la souris.
![select](/uploads/a0edd65d780fabed97b1587c217868c6/select.png)
Chez moi, et c'est le bug, le clone a disparu de la liste et du scatterplot mais pas du graph. Un problème d'update @duez ?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4232Il manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branc...2020-04-07T18:38:19+02:00Mikaël SalsonIl manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branche devSur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.Sur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4233Avoir un contrôleur pour ajouter (ou renommer) une classification d'une config2020-06-25T20:35:22+02:00Mikaël SalsonAvoir un contrôleur pour ajouter (ou renommer) une classification d'une configSuite à #4219 il faut ajouter un contrôleur pour créer des classif.Suite à #4219 il faut ajouter un contrôleur pour créer des classif.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4234Distributions : tester la position des clones dans le graphe2020-04-03T12:18:11+02:00Mathieu GiraudDistributions : tester la position des clones dans le graphe
cc @flothoni @duez
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4235En mode align, la suppression de certaines lignes efface des mutations2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier FlorianEn mode align, la suppression de certaines lignes efface des mutationshttp://app.vidjil.org/?set=37318&config=2; sélectionner tous les V3-15 /J3.
Parmi cette séléction 2 clonotype ne sont pas identique aux autres. Si on les supprime après avoir fait un align, on ne retrouve pas les mutation entre les autre...http://app.vidjil.org/?set=37318&config=2; sélectionner tous les V3-15 /J3.
Parmi cette séléction 2 clonotype ne sont pas identique aux autres. Si on les supprime après avoir fait un align, on ne retrouve pas les mutation entre les autres clonotype restant.
Si on regarde cet échantillon, on voit que toutes ces séquences sont identiques sur le CDR3, mais diffèrent sur la longueur de séquence. (plus ou moins longue en V).
PS: voir mon commentaire suivant pour une meilleur description de la méthode de reproduction du bug.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4236Faciliter le dévelopement serveur (sans Docker ?)2020-04-07T19:17:38+02:00Mathieu GiraudFaciliter le dévelopement serveur (sans Docker ?)@duez trouve qu'on devrait avoir un setup plus simple pour pouvoir rapidement développer. @flothoni avait aussi. Marc trouve que, même sous Linux, ce n'est pas assez simple. Un setup sans Docker ? Un setup Docker facilité (qui permette d...@duez trouve qu'on devrait avoir un setup plus simple pour pouvoir rapidement développer. @flothoni avait aussi. Marc trouve que, même sous Linux, ce n'est pas assez simple. Un setup sans Docker ? Un setup Docker facilité (qui permette du dev "out-of-the-box" ?
Pour une solution sans Docker:
- les scripts natifs web2py sont partiellement obsolètes, devraient être remis à jour (ou transférer les scripts ~"server-docker" dedans, et les appeler)
- des choses dans `defs.py`
Issues liées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4238Documenter FLASH2020-07-23T12:31:34+02:00Mathieu GiraudDocumenter FLASH
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4239impossible de lancer une analyse si le preprocess est en attente2020-04-09T09:26:29+02:00Thonier Florianimpossible de lancer une analyse si le preprocess est en attenteUne petite erreur dans une verif de status.Une petite erreur dans une verif de status.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4240Pour les admins, trier 'analysis configs' par classification puis par ordre a...2020-04-23T17:26:56+02:00Mathieu GiraudPour les admins, trier 'analysis configs' par classification puis par ordre alphabétiqueSuite à !627/!650 , pour nous, pour mieux voir. Parallèle à #4241 Suite à !627/!650 , pour nous, pour mieux voir. Parallèle à #4241 https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4241Trier les configs à l'intérieur de chaque classification par ordre alphabétique2020-04-23T17:26:57+02:00Mathieu GiraudTrier les configs à l'intérieur de chaque classification par ordre alphabétiquecc @flothoni
Suite de !627/!650cc @flothoni
Suite de !627/!650https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4242Le compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused2020-04-10T18:06:06+02:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refusedhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4243Login sur review server boucle alors que loggué2020-04-14T10:36:43+02:00Mathieu GiraudLogin sur review server boucle alors que logguéconfirmé aussi par @flothoniconfirmé aussi par @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4244Rajjouter des runs et des sets dans ci.sql2021-12-21T11:38:34+01:00Mathieu GiraudRajjouter des runs et des sets dans ci.sqlVoir aussi #2710Voir aussi #2710https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4245Mettre des icônes pour les process et pre-process (queued/running/ ...)2021-04-21T17:25:38+02:00Mathieu GiraudMettre des icônes pour les process et pre-process (queued/running/ ...)Vu à l'occasion de !635Vu à l'occasion de !635https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4246ci.sql: Rajouter des utilisateurs non-privilégiés2021-12-21T11:38:34+01:00Mathieu Giraudci.sql: Rajouter des utilisateurs non-privilégiéset #2710et #2710https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4249Comment accéder aux environnements de review server sur une nouvelle MR ?2020-04-28T15:46:12+02:00Mathieu GiraudComment accéder aux environnements de review server sur une nouvelle MR ?Je n'arrive pas à accéder aux environnements sur !656, nouvelle MR faite à partir de dev (et en cliquant sur le déploiement manuel). On arrive sur "Init database" / "load backup", mais le premier donne un 'Server Error'. J'imagine que ce...Je n'arrive pas à accéder aux environnements sur !656, nouvelle MR faite à partir de dev (et en cliquant sur le déploiement manuel). On arrive sur "Init database" / "load backup", mais le premier donne un 'Server Error'. J'imagine que cela vient de quelque chose que je n'ai pas compris, plusieurs autres environnements tournent ces derniers jours.
Que dois-je faire ? Quelques lignes de ~doc dans server.md ou ailleurs seraient intéressantes, déjà pour expliquer l'architecture ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4253vidjil-algo : pouvoir sortir un .vidjil.gz2020-07-28T09:59:34+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo : pouvoir sortir un .vidjil.gz#2015
#2015