vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-20T15:30:34+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1695Identifiants des germlines dans germlines.js2022-06-20T15:30:34+02:00Vidjil TeamIdentifiants des germlines dans germlines.jsRemarqué par @Cyanael : les identifiants des *germlines* dans germlines.js ne sont pas systématiques : TRGV, TRGJ, IGK-INTRON, IGHD_upstream ...
En aval, cela impacte au moins model.js: exportFasta où on a du faire des règles spécifiq...Remarqué par @Cyanael : les identifiants des *germlines* dans germlines.js ne sont pas systématiques : TRGV, TRGJ, IGK-INTRON, IGHD_upstream ...
En aval, cela impacte au moins model.js: exportFasta où on a du faire des règles spécifiques.
Cela provient de `buildBrowserGermline.py` (et donc du nom des fichiers ?).
Ces identifiants ne sont pas propres, la seule référence devrait être les infos de `germline/homo-sapiens.g`
→ faudrait-il utiliser des clés TRG-5, TRG-3, IGK+-5, TRD-4 ?
→ ou même TRG / IGK+ en vrac ?
→ ou même... tout en vrac, dans une seule hashmap ? (A-t-on vraiment besoin des séquences séparées par germline ? La description des germlines est déjà faite par ailleurs)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2017Lorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparé...2022-06-20T12:07:06+02:00Vidjil TeamLorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparées) par dateCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1809Ne pas afficher "smaller clones" quand il n'y en a pas2022-06-20T11:51:20+02:00Vidjil TeamNe pas afficher "smaller clones" quand il n'y en a pasLes smaller clones peuvent être gênants quand ils sont tous à zéro. Cas extrême : voir le nouveau jeu de Démo X5.
(Mais attention, c'est dynamique, cela peut changer en fonction du slider top.)
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Comme les 'smaller clones' ont réappa...Les smaller clones peuvent être gênants quand ils sont tous à zéro. Cas extrême : voir le nouveau jeu de Démo X5.
(Mais attention, c'est dynamique, cela peut changer en fonction du slider top.)
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Comme les 'smaller clones' ont réapparu, ping ici
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1782Indice/index de clonalité, diversité, options et clustérisation2022-06-20T11:49:02+02:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité, diversité, options et clustérisation> The diversity measures are computed before taking into account the '-r', '-y' and '-z' options
> and before any further clusterisation.
Pour les options, cela m'a l'air souhaitable.
Mais pour la clustérisation, à voir. Le problème est...> The diversity measures are computed before taking into account the '-r', '-y' and '-z' options
> and before any further clusterisation.
Pour les options, cela m'a l'air souhaitable.
Mais pour la clustérisation, à voir. Le problème est que keepInterstingWindows() a été appelé entre temps, bref ce n'est plus possible d'avoir les calculs exacts. Et justement, avec ces mesures on est intéressé par les petits clones.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1762retrieve and display in a drop-list all .analysis who share at least one samp...2022-06-20T11:41:25+02:00Vidjil Teamretrieve and display in a drop-list all .analysis who share at least one sample with the currently diplayed sample_set
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/17080914-pap-IGH+.should-vdj.fa2022-06-20T11:29:49+02:00Vidjil Team0914-pap-IGH+.should-vdj.fadonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
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@mikael-sdonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1584Makefile et make should2022-06-20T10:58:09+02:00Vidjil TeamMakefile et make shouldmake should lance un clean, parce qu'il fait -O0.
Ce "clean" est gênant quand on est en train de triturer le code / les tests.
Et au passage, "make test" global lance deux fois à la suite cette compilation (should_get, puis should-vdj)....make should lance un clean, parce qu'il fait -O0.
Ce "clean" est gênant quand on est en train de triturer le code / les tests.
Et au passage, "make test" global lance deux fois à la suite cette compilation (should_get, puis should-vdj).
- Faudrait-il définir un autre nom d'éxécutable ./vidjil-test qui serait avec -O0 ?
(mais demande à tout modifier les *should_get ?)
- Ou y-a-t-il peut-être un moyen de savoir si les flags de compil ont changé ?
- Ou, encore plus simple, on ne lance -O0 que depuis le make global, et le test/make ne touche pas à tout cela ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1726Évolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-aware2022-06-17T12:39:29+02:00Vidjil TeamÉvolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-awareEuh ? Demander à Bruxelles ?
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Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
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Disc...Euh ? Demander à Bruxelles ?
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Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
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Discuté au VW. Mail de Cristina ~"PAR-Debré" :
> voici l'URL correspondant au patient que nous avons regardé tout à l'heure (locus IgH oligoclonal), passé sur le Miseq en V3 avec le kit LymphoTrack FR1 : http://app.vidjil.org/browser/?patient=1292&config=25. Il s'agit d'un VH4DH3JH6 et d'un VH6DH3JH6, partageant donc le même D-J.
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Faire un calcul de similarité V/D/J-aware, capable de dire : "oh, ces séquences sont très similaires avec une certaine e-valeur car N2/J similaire"... Et le lancer par exemple via le browser comme "plot by similarity"
(Problème: sera dépendant du seuil de détection de D.)
En lien aussi avec modèle de proba d'une recombinaison (Bristol fait cela).
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- soit un calcul de similarité directement sur la représentation sortie du FineSegmenter
- soit, plus précis, on fait cela directement en programmation dynamique, aligner deux séquences en connaissant leur AligBox, et avoir un score différent pour les N.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5041Bibliothèque SIMD alignement .js/.py pour comparaison de clonotypes ?2022-06-17T12:39:29+02:00Mathieu GiraudBibliothèque SIMD alignement .js/.py pour comparaison de clonotypes ?
Pas (encore) pour remplacer dynprog, mais au moins pour utilisation client en comparaison de séquences, sans assignation VDJ.
Pas (encore) pour remplacer dynprog, mais au moins pour utilisation client en comparaison de séquences, sans assignation VDJ.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2786tsne.js prend un peu de temps2022-06-17T12:39:29+02:00Thonier Floriantsne.js prend un peu de tempsEn regardant le tuto, j'ai remarqué que cette fonction ne marchait plus; En effet, le script rentre dans une boucle infinie.
Cela ce voit sur le sample `demo lil3`, avec le choix des `plot by similarity`. L'erreur retourne à la `ligne ...En regardant le tuto, j'ai remarqué que cette fonction ne marchait plus; En effet, le script rentre dans une boucle infinie.
Cela ce voit sur le sample `demo lil3`, avec le choix des `plot by similarity`. L'erreur retourne à la `ligne 332` ou bien `345`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3158Pouvoir afficher tsne sur une distance arbitraire venant du json ou d'ailleurs2022-06-17T12:39:29+02:00Mathieu GiraudPouvoir afficher tsne sur une distance arbitraire venant du json ou d'ailleurshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4979Rapports: nom du clone2022-06-17T12:26:56+02:00Mathieu GiraudRapports: nom du clone![image](/uploads/b926128ea6dc603e6b7687286ccaa45d/image.png)
(Ligne LLC: on en discute déjà sur !1151)
Pourquoi y a-t-il deux fois le nom du clone ?
On pourrait de plus utiliser la forme réduite du nom (selon les settings), de toute ...![image](/uploads/b926128ea6dc603e6b7687286ccaa45d/image.png)
(Ligne LLC: on en discute déjà sur !1151)
Pourquoi y a-t-il deux fois le nom du clone ?
On pourrait de plus utiliser la forme réduite du nom (selon les settings), de toute manière on a la séquence en-dessous si on veut le CDR3 complet.
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4978Rapports: la mini-courbe ne représente pas toute la courbe2022-06-17T12:26:56+02:00Mathieu GiraudRapports: la mini-courbe ne représente pas toute la courbePris à l'instant sur !1148
![image](/uploads/88eba3b20e282d7a584843ab64ec5c87/image.png)
Marc, tu peux regarder?Pris à l'instant sur !1148
![image](/uploads/88eba3b20e282d7a584843ab64ec5c87/image.png)
Marc, tu peux regarder?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4946Exposer les numéros de sampleset partout2022-06-17T12:26:56+02:00Mathieu GiraudExposer les numéros de sampleset partout
Suggestion de @duez
On convient de ne pas exposer les numéros de samples.
- [ ] en haut à gauche du client (les admins le voient déjà)
- [ ] rapports
- [ ] envoi vers service tiers #4561
- [ ] export fasta ? (utilise même fonction o...
Suggestion de @duez
On convient de ne pas exposer les numéros de samples.
- [ ] en haut à gauche du client (les admins le voient déjà)
- [ ] rapports
- [ ] envoi vers service tiers #4561
- [ ] export fasta ? (utilise même fonction ou pas ?)
```
>1454212--100 TRBV5-4*03 0/CCT/0 TRBD1*01 (num clone, too much ? on le fait déjà...)
>1454212 TRBV5-4*03 0/CCT/0 TRBD1*01
>TRBV5-4*03 0/CCT/0 TRBD1*01
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5039Test cypress "div#updateIcon should not be visible"2022-06-17T11:25:18+02:00Mathieu GiraudTest cypress "div#updateIcon should not be visible"Comme dans [ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/2101334/artifacts/file/browser/test/cypress/screenshots/doc_tutorial_client.js/Tutorial%20browser%20--%2000-tutorial-browser%20(failed).png)
@flothoni : "Soucis revient de t...Comme dans [ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/2101334/artifacts/file/browser/test/cypress/screenshots/doc_tutorial_client.js/Tutorial%20browser%20--%2000-tutorial-browser%20(failed).png)
@flothoni : "Soucis revient de temps en temps"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3623Coûts environnementaux et économiques d'un serveur Vidjil2022-06-16T11:25:26+02:00Mathieu GiraudCoûts environnementaux et économiques d'un serveur VidjilEst-ce le CPU, le disque, le réseau qui est dominant ? Quel ordre de grandeur ?
Aiderait à préciser l'importance de #3397.Est-ce le CPU, le disque, le réseau qui est dominant ? Quel ordre de grandeur ?
Aiderait à préciser l'importance de #3397.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5038Bookmark clonotypes2022-06-15T11:15:57+02:00Mathieu GiraudBookmark clonotypesIdée de @duez sur #1547:
> Même hue (rouge/chaud), mécanisme standard, on clique et il affecte le premier de disponible. En allant dans le menu, on peut avoir plus de choix, sémantique.
Vu ce qui a été fait dans !1199, on va déjà voir ...Idée de @duez sur #1547:
> Même hue (rouge/chaud), mécanisme standard, on clique et il affecte le premier de disponible. En allant dans le menu, on peut avoir plus de choix, sémantique.
Vu ce qui a été fait dans !1199, on va déjà voir à l'usage comment réagissent les usagers, et on se repose la question dans quelques mois voir si un autre mécansime est nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5036Avoir un système plus générique pour séparer les blocs de tags2022-06-02T20:33:40+02:00Mathieu GiraudAvoir un système plus générique pour séparer les blocs de tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5035API : une limite pour getAllSamplesets() ?2022-05-31T16:27:27+02:00Mathieu GiraudAPI : une limite pour getAllSamplesets() ?
Peut-on tout récupérer ? Pour l'instant c'est le cas.
Une limite en dur type `vidjil.MAX_ITEMS = 100 # Do not change unless you know what you are doing.`
et/ou page
Peut-on tout récupérer ? Pour l'instant c'est le cas.
Une limite en dur type `vidjil.MAX_ITEMS = 100 # Do not change unless you know what you are doing.`
et/ou pageThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5034La fenêtre pour coller la liste des patients à créer ne s'ouvre pas2022-05-31T16:21:08+02:00Anne de SeptenvilleLa fenêtre pour coller la liste des patients à créer ne s'ouvre pasBonjour, la fenêtre pour coller tous les patients à créer d'un coup ne s'ouvre pas quand je clique sur bouton. (ni celle des sets ou des runs). Ca fonctionne via l'accès vdb par contre...Bonjour, la fenêtre pour coller tous les patients à créer d'un coup ne s'ouvre pas quand je clique sur bouton. (ni celle des sets ou des runs). Ca fonctionne via l'accès vdb par contre...