vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-18T10:14:37+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4821Passer nos tests locaux via le gitlab-runer2024-01-18T10:14:37+01:00Thonier FlorianPasser nos tests locaux via le gitlab-runerThe following discussion from !979 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/979#note_542898): (+3 comments)
> J'abandonne ce point tant que le gitlab-runner ne ...The following discussion from !979 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/979#note_542898): (+3 comments)
> J'abandonne ce point tant que le gitlab-runner ne fonctionnera pas mieux en local. Pour rappel, nous devons faire face à 3 problèmes rédhibitoire pour le moment avec cette approche:
>
>* Le runner est incapable de faire des includes
>* On ne peut pas faire de récupération sur les artefacts
>* Si on veut lancer un test, il faut que les changements soient comités. Ça oblige a jongler avec le git sur les moindre lignes que nous manipulons en cours de dev.
On pourra revenir dessus si on jour le runner local évolue, mais ça ne semble pas être une des priorités de gitlab.
CC @magiraud @mikael-s @duezDev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4820Pouvoir changer le nombre de workers2021-07-27T10:15:07+02:00Mathieu GiraudPouvoir changer le nombre de workers
Discuté avec @flothoni et @duez :
Ce n'est même pas dans `defs.py` (c'est normal, passé au démarrage de web2py), mais à changer dans un script obscur et non documenté.
Par contre, à la volée, on fait ce qu'on veut en changeant la table.
Discuté avec @flothoni et @duez :
Ce n'est même pas dans `defs.py` (c'est normal, passé au démarrage de web2py), mais à changer dans un script obscur et non documenté.
Par contre, à la volée, on fait ce qu'on veut en changeant la table.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4819Supprimer toutes les données d'un utilisateur2021-07-22T15:26:46+02:00Mikaël SalsonSupprimer toutes les données d'un utilisateurPour vdj#1170 il serait utile d'avoir un contrôleur qui permet de supprimer toutes les données d'un utilisateur (à partir du moment où elles ne sont pas partagées avec un autre compte).
Le compte utilisateur pourrait rester (tout en sup...Pour vdj#1170 il serait utile d'avoir un contrôleur qui permet de supprimer toutes les données d'un utilisateur (à partir du moment où elles ne sont pas partagées avec un autre compte).
Le compte utilisateur pourrait rester (tout en supprimant les infos identifiantes) mais ajouter un booléen pour savoir que le compte est désactivé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4816Se rendre compte qu'on a vraiment un Dh-Jh2021-07-13T11:06:17+02:00Mathieu GiraudSe rendre compte qu'on a vraiment un Dh-JhComment les usagers peuvent se rendre compte qu'on a un beau Dh-Jh, y compris avec de l'upstream ?
cc @flothoniComment les usagers peuvent se rendre compte qu'on a un beau Dh-Jh, y compris avec de l'upstream ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4815Gethtmlinfo, pouvoir afficher les positions, ou la taille des matchs des segm...2021-07-13T10:22:12+02:00Thonier FlorianGethtmlinfo, pouvoir afficher les positions, ou la taille des matchs des segmentsCe matin, on se demandait comment était réparti les matchs dans le V ou le J. On n'a aucune info depuis cette fenêtre (`gethtmlinfo`) sur ces positions, sur la taille en nombre entre start/pos.
Quelque part, l'info se retrouve si on reg...Ce matin, on se demandait comment était réparti les matchs dans le V ou le J. On n'a aucune info depuis cette fenêtre (`gethtmlinfo`) sur ces positions, sur la taille en nombre entre start/pos.
Quelque part, l'info se retrouve si on regarde dans le segmenteur, on peut avoir aisément une estimation rapide, mais pas la taille. Par exemple, pour savoir combien de bases du V sont disponibles dans le cadre des hypermutations en LLC.
Je ne pense pas que créer une nouvelle ligne soit pertinent pour cette donnée car au bout d'un moment cela deviendrait illisible (à moins d'avoir des presets par maladie par exemple).
Cette issue demande réflexion.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4814Axes; rajouter les evalues2023-06-14T17:24:04+02:00Thonier FlorianAxes; rajouter les evaluesAujourd'hui on aurait aimé afficher une evalue comme axe. Pour rappel, il y en a 3 par clone: evalue, et evalue_right/left.
On a un mécanisme assez simple pour rajouter ces axes en dur et ce serait probablement intéressant.Aujourd'hui on aurait aimé afficher une evalue comme axe. Pour rappel, il y en a 3 par clone: evalue, et evalue_right/left.
On a un mécanisme assez simple pour rajouter ces axes en dur et ce serait probablement intéressant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4812Pouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)2021-11-22T16:38:41+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur s...Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur soustraction au besoin. Cela devrait être testé, voir comment ça fonctionne par exemple avec les séquences consensus par exemple.
On peut déjà faire quelques tests avec même temps que #3152.
Il faudrait proposer ça comme une option ? Le faire de manière automatique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4807Mieux documenter le lien algo > client2021-06-22T19:15:28+02:00Mathieu GiraudMieux documenter le lien algo > client
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too lar...
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too large. What we have on the server is that the files are first post-processed with tools/fuse.py) You can also send us a few of these files, we will check with you whether everything worked.
> We advise you to go through the main tutorial, that covers most of the features → http://www.vidjil.org/doc/tutorial/mastering-vidjil.pdf
Voir aussi si l'on documente le dépôt de .vidjil sur le compte (la config existe-t-elle toujours ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4804Simplification du job de CI sur les tests serveurs2024-01-18T12:13:32+01:00Mikaël SalsonSimplification du job de CI sur les tests serveurs@duez et @flothoni ont discuté ensemble de la construction des images Docker pour les tests serveurs. C'est inutilement coûteux pour des changements minimes. Dans le cas général, il n'y a pas de modification du Docker (ou des configurati...@duez et @flothoni ont discuté ensemble de la construction des images Docker pour les tests serveurs. C'est inutilement coûteux pour des changements minimes. Dans le cas général, il n'y a pas de modification du Docker (ou des configurations associées), il n'est donc pas utile de tout reconstruire.
Il est aussi question d'utiliser des fichiers override pour la configuration Docker (sur ce point, voir !614).
J'ai par contre un peu de mal à voir ce qui se passe quand on pousse des modifs dans le répertoire `docker/`. On pourrait donc avoir un nom de branche à part pour générer une nouvelle image, mais quel est ensuite le statut de l'image construite ? Devient-elle directement après merge la nouvelle image par défaut ? Est-ce que ça ne pourrait pas poser des problèmes de compatibilité avec les autres branches en cours ?Dev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4803Test segmenter page2023-03-28T16:25:28+02:00Mathieu GiraudTest segmenter pageSuite à [!967](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/967#note_527043):
> @duez : "Nouveau test. Cela passe chez moi... mais pas sur ~"dev-gitlab" "
@mikael-s : "il faut compiler vidjil-algo"
==> test fonctionnel ? ou...Suite à [!967](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/967#note_527043):
> @duez : "Nouveau test. Cela passe chez moi... mais pas sur ~"dev-gitlab" "
@mikael-s : "il faut compiler vidjil-algo"
==> test fonctionnel ? ou test unitaire avec mock ?Web 2023.10marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4802Pouvoir affiché plus de clones pour les données de capture2021-05-27T18:07:20+02:00Thonier FlorianPouvoir affiché plus de clones pour les données de captureUn utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-a...Un utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-aléatoire (reproductible entre 2 lancement; ou entre 2 séquençages ? A priori oui puisque conservé de par la fenêtre).
Une possibilité que je vois est de modifier dans la configuration le top du fuse pour en afficher un seuil plus haut de clonotype. On pourrait utilisé un hack que j'ai déjà testé: on donne un top ex æquo, avec plusieurs occurrence pour un top donné. Ça fonctionne, mais ça n'empêchera pas que beaucoup de clones détériore quand même les performances. (mais moins que par exemple une analyse avec 30 samples).
L'autre point est la limite côté client. Est-il possible d'ajouter une variable dans le fichier vidjil pour repousser le limite de 100 clonotypes ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4800Temps de calcul Genescan2021-05-19T12:08:18+02:00Mathieu GiraudTemps de calcul GenescanUn cas avec 16 patients x 100 clones qui prend 3-4 minutes.
Mais bon... on ne conseille pas d'analyser les patients individuellement sur une telle vue.
- des choses possibles pour accélérer ?
- sinon, limiter l'utilisation de cet axe ?Un cas avec 16 patients x 100 clones qui prend 3-4 minutes.
Mais bon... on ne conseille pas d'analyser les patients individuellement sur une telle vue.
- des choses possibles pour accélérer ?
- sinon, limiter l'utilisation de cet axe ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4798Impossible de faire des compare entre sets2021-06-15T10:10:13+02:00Thonier FlorianImpossible de faire des compare entre setsIl semble qu'il y ai un problème dans la dernière release pour faire des compare sample entre sets.
Je viens de tester de reproduire le bug remonté et il est entièrement reproductible.
Nous avons dans ce cas la variable `sample_set_id`...Il semble qu'il y ai un problème dans la dernière release pour faire des compare sample entre sets.
Je viens de tester de reproduire le bug remonté et il est entièrement reproductible.
Nous avons dans ce cas la variable `sample_set_id` qui reste à `None`, contrairement au cas ou nous passons depuis l'intérieur d'un set.
Cette valeur None provoque une erreur dans l'appel à `myUrl.loadCustomUrl(db, { 'sample_set_id':None })`.
Nous avons probablement touché à ce point lors de l'ajout de la possibilité d'ouvrir un résultat seul.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4797Migration serveur Lille2021-05-12T11:13:59+02:00Aurélie CAILLAULT-VENETMigration serveur LilleBonjour,
Fabrice va faire la bascule d'Isilon à midi et il cherche à joindre Marc. Peut-il se mettre rapidement en contact ou me transmettre son n° de tel pour que je le donne à Fabrice.
Merci ++
AurélieBonjour,
Fabrice va faire la bascule d'Isilon à midi et il cherche à joindre Marc. Peut-il se mettre rapidement en contact ou me transmettre son n° de tel pour que je le donne à Fabrice.
Merci ++
Auréliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4796Espace disque sur les slaves2022-10-06T19:11:53+02:00Mathieu GiraudEspace disque sur les slaves
mentionné par @mikael-s : Cypress a particulièrement des grosses images ?
Plus généralement, d'autres soucis pour #4320 ?
cc @flothoni
mentionné par @mikael-s : Cypress a particulièrement des grosses images ?
Plus généralement, d'autres soucis pour #4320 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4795Avoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivité2023-03-28T16:24:46+02:00Mathieu GiraudAvoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivitéPermettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Permettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Web 2023.10Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4794Plus de redimensionnement de la grille/graph2021-09-10T11:44:29+02:00Mikaël SalsonPlus de redimensionnement de la grille/graphJ'avais constaté il y a quelques semaines qu'on ne peut plus redimensionner la grille ou le graphique (ce qui était possible en déplaçant l'axe horizontal qui les sépare).
Si c'est volontaire, j'ai loupé cela, car c'est très gênant sur u...J'avais constaté il y a quelques semaines qu'on ne peut plus redimensionner la grille ou le graphique (ce qui était possible en déplaçant l'axe horizontal qui les sépare).
Si c'est volontaire, j'ai loupé cela, car c'est très gênant sur un petit écran, a fortiori maintenant que l'aligneur prend plus de place.
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4791Browser-functional via docker2021-05-07T14:44:09+02:00Mathieu GiraudBrowser-functional via dockerSous-partie de #4320
(attentionSous-partie de #4320
(attentionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4790Les clones ne sont plus affichés dans l'aligneur si on passe par une url2021-05-07T11:34:54+02:00Thonier FlorianLes clones ne sont plus affichés dans l'aligneur si on passe par une urlJe viens de m'apercevoir que si nous passons par une url, les séquences des clones ne sont pas affichées dans l'aligneur. En revanche, nous avons bien les autres informations dessus (noms, tailles, ...).
Au chargement, on les voit brièv...Je viens de m'apercevoir que si nous passons par une url, les séquences des clones ne sont pas affichées dans l'aligneur. En revanche, nous avons bien les autres informations dessus (noms, tailles, ...).
Au chargement, on les voit brièvement apparaître avant de disparaître lors du chargement des graphiques. Probablement un nettoyage fait au cour de l'initialisation de ces vues qui efface les séquences.
Exemple sur LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=4,5,112,124
Aucune erreur dans les logs, et aucun moyen de contourner le problème sans désélectionner les clonotypes.
cc @magiraud @Zeudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4789Bug des clones de distributions parfois non cachés2021-05-07T15:01:30+02:00Thonier FlorianBug des clones de distributions parfois non cachésSuite à la release, je viens de tombé sur un bug embêtant. Les clones de distributions reste présents sur le graph.
Sur demo-LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-25?plot=primers,J/3%27%20gene,bar
Si on switch entre le preset 4 (genesca...Suite à la release, je viens de tombé sur un bug embêtant. Les clones de distributions reste présents sur le graph.
Sur demo-LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-25?plot=primers,J/3%27%20gene,bar
Si on switch entre le preset 4 (genescan) et 15 (primers), on a les clones de distributions qui reste visibles sans bouger.
Le bug semble n'être présent que lorsque je switch du preset 4 au 15. Pour tous les autres, ils s'effacent.
Le preset 4 est le seul a affiché des clones de distributions pour le moment.
PS; **non c'est aussi valable si on passe de 4 à 5** par exemple, les deux étant en mode `bar`, mais ça disparaît si entre les deux on passe en mode scatterplot (par exemple le preset 1).
Il n'y a pas d'erreur dans la console.
Je ne sais pas si provoqué par la nouvelle release web `2021.05`.