vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-11-22T18:42:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3444Mettre en place les artefacts JUnit xml (make should)2019-11-22T18:42:58+01:00Mathieu GiraudMettre en place les artefacts JUnit xml (make should)Gitlab CE 11.2 inclut enfin un premier affichage des tests JUnit pour les MR : https://docs.gitlab.com/ee/ci/junit_test_reports.html !
Démo : https://gitlab.com/dosuken123/JUnit-test-reports/merge_requests/1
Attendre que gitlab.inria.f...Gitlab CE 11.2 inclut enfin un premier affichage des tests JUnit pour les MR : https://docs.gitlab.com/ee/ci/junit_test_reports.html !
Démo : https://gitlab.com/dosuken123/JUnit-test-reports/merge_requests/1
Attendre que gitlab.inria.fr soit en 11.2, puis faire ce qu'il faut.
Voir aussi #3107/should#1.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3443ERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifique2018-08-30T17:47:05+02:00Thonier FlorianERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifiqueChloé Arfeuille m'a signalé une séquence aspécifique.
J'attends de l'obtenir.
On pourrait ensuite ajouter un warning sur celle-ci.
Je ne me suis âs encore penché sur la méthode mais je présume que c'est la même que pour le clone non...Chloé Arfeuille m'a signalé une séquence aspécifique.
J'attends de l'obtenir.
On pourrait ensuite ajouter un warning sur celle-ci.
Je ne me suis âs encore penché sur la méthode mais je présume que c'est la même que pour le clone non recombiné DJ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3442Environnement de review pour les feature-s2018-10-26T14:29:29+02:00Mathieu GiraudEnvironnement de review pour les feature-sVu qu'on a désormais #2881, on pourrait souhaiter accéder au serveur déployé sur une MR de feature-s.
Voir par exemple !280.
Est-ce que le dock existe toujours après le test ? Serait-ce lourd d'en maintenir plusieurs ?
cc @RyanHerbVu qu'on a désormais #2881, on pourrait souhaiter accéder au serveur déployé sur une MR de feature-s.
Voir par exemple !280.
Est-ce que le dock existe toujours après le test ? Serait-ce lourd d'en maintenir plusieurs ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3439L'animation BAR > GRID fait parfois "sauter" temporairement les clones hors d...2018-08-13T18:09:32+02:00Mathieu GiraudL'animation BAR > GRID fait parfois "sauter" temporairement les clones hors du sp?patient=146&config=26 -> alterner entre grid et bar?patient=146&config=26 -> alterner entre grid et barhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3438Largeur des histogrammes2018-08-14T22:19:48+02:00Mathieu GiraudLargeur des histogrammesSuite à !275, les histogrammes sont parfois trop fins quand il y a peu de valeurs.Suite à !275, les histogrammes sont parfois trop fins quand il y a peu de valeurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3436Statistiques : tester, mettre en production pour tous2018-10-02T18:33:52+02:00Mathieu GiraudStatistiques : tester, mettre en production pour tousSuite à #2235.
Voir aussi #3171.Suite à #2235.
Voir aussi #3171.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3435Tests fonctionnels en ordre aléatoire2018-08-10T13:14:30+02:00Mathieu GiraudTests fonctionnels en ordre aléatoireÉvoqué par @RyanHerbÉvoqué par @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3433Les tests functionnal external ne passent plus du tout sur dev ?2018-09-14T23:36:41+02:00Mathieu GiraudLes tests functionnal external ne passent plus du tout sur dev ?Difficile de voir si c'est uniquement #2465/#2809, une combinaison avec #3431 qui toucherait aussi cela, ou bien autre chose...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/151371Difficile de voir si c'est uniquement #2465/#2809, une combinaison avec #3431 qui toucherait aussi cela, ou bien autre chose...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/151371https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3431Test functional qui ne marche pas de manière non reproductible2018-09-14T23:14:44+02:00Mathieu GiraudTest functional qui ne marche pas de manière non reproductibleCe n'est pas #2465, mais on a aussi des tests functionnels qui peuvent louper sans raison :
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/151231
La première fois, un "unable to obtain stable firefox connection in 60 seconds"
Je mets un...Ce n'est pas #2465, mais on a aussi des tests functionnels qui peuvent louper sans raison :
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/151231
La première fois, un "unable to obtain stable firefox connection in 60 seconds"
Je mets un `retry` à ces tests aussi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3428inclure make should-ijson avec un !REQUIRES2018-08-07T13:05:23+02:00Mathieu Giraudinclure make should-ijson avec un !REQUIRESVoir !201.Voir !201.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3425Etendre les infos extraites avec sample_set/multi_sample_stats2018-08-06T15:47:51+02:00Ryan HerbertEtendre les infos extraites avec sample_set/multi_sample_statsSuite de #3172
Il faut choisir plus de données à afficher sur la page de stats.Suite de #3172
Il faut choisir plus de données à afficher sur la page de stats.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3422Auto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la r...2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonAuto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la rendre claireLa limite de 10 résultats peut être un peu courte (cf. #3420). On pourrait l'augmenter (c'est simple) mais il faudrait aussi la rendre claire : on doit savoir qu'on ne voit que X résultats mais qu'en fait il en existe d'autres.La limite de 10 résultats peut être un peu courte (cf. #3420). On pourrait l'augmenter (c'est simple) mais il faudrait aussi la rendre claire : on doit savoir qu'on ne voit que X résultats mais qu'en fait il en existe d'autres.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3421Auto-complétion des samples sets : marquer la distinction entre résultats réc...2018-07-27T18:40:10+02:00Mikaël SalsonAuto-complétion des samples sets : marquer la distinction entre résultats récents et résultats globaux.À l'utilisation, la différence d'auto-complétion qui se fait à partir du 3è caractère n'est pas claire (cf. #3420) : Pour 0, 1 et 2 caractères l'auto-complétion se fait sur les créations récentes de sample sets. À partir du 3è on fait la...À l'utilisation, la différence d'auto-complétion qui se fait à partir du 3è caractère n'est pas claire (cf. #3420) : Pour 0, 1 et 2 caractères l'auto-complétion se fait sur les créations récentes de sample sets. À partir du 3è on fait la recherche sur tous les samples sets accessibles par l'utilisateur.
Sans remettre en cause l'intérêt de cette distinction pour ne pas surcharger le serveur (mais pour nos utilisateur orientaux cette limite de 2 caractères pourrait être contraignante), il faudrait présenter les choses différemment (voire indiquer ain au sein de quoi la recherche est faite), afin de lever l'ambiguité existante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3420Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion2019-03-25T09:43:54+01:00Anne de SeptenvilleAméliorer l'ergonomie de l'auto-completionJ'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet...J'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet, une espace est aussi ajoutée à la suite de l'étiquette. du coup quand on veut ajouter une 2e étiquette, il faut commencer par supprimer l'espace... j'ai mis du temps à comprendre que c'était pour ça que l'auto-complétion ne retrouvais pas toujours ce que je cherchais.
2) Je n'ai pas réussi à comprendre pourquoi, mais l'auto-completion ne veux pas afficher certaines étiquettes lorsque je tape certaines suites de caractères...
"P3" ne montre rien, il faut que je tape "P3 " pour voir le patient "EC-NGS P3 DJO" (idem avec les autres P1 à P9)
"EC-NGS " ne fais apparaître que mes sets "EC-NGS Comparaison" et "EC-NGS PSL" et pas les patients "EC-NGS Pxx xxx"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3419Tests sur les CD qui échouent avec Aho2019-03-05T14:43:03+01:00Mikaël SalsonTests sur les CD qui échouent avec Ahocf. !78
Je pense qu'il nous faut un expert sur le sujet.cf. !78
Je pense qu'il nous faut un expert sur le sujet.Mathieu GiraudMathieu Giraud2018-11-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3415Mettre -2 et -3 par défaut ?2018-07-21T13:41:30+02:00Mathieu GiraudMettre -2 et -3 par défaut ?La commande de base pourrait être désormais `vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g my-reads.fa`, avec par défaut:
- `-2` : Le unexpected/xxx est finalement ultra-testé, par défaut sur le servuer.
(`--no-unexpected` ou un truc comme...La commande de base pourrait être désormais `vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g my-reads.fa`, avec par défaut:
- `-2` : Le unexpected/xxx est finalement ultra-testé, par défaut sur le servuer.
(`--no-unexpected` ou un truc comme cela sinon)
- `-3` : (`--no-cdr3`, si cela vaut vraiment la peine ?)
Au pire des choses plus particulières pourraient être spécifiées dans `germline.h` (pour certains germlines, le CDR3 ne fait pas de sens (pas de CDR3 en IGKV-Intron, c'est déjà le cas, je ne vois pas où c'est réglé)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3414Exporter les 3+v meilleurs gènes2019-04-04T13:19:27+02:00Mathieu GiraudExporter les 3+v meilleurs gènesSuite à !255 / #1409, faire que, si des gènes au-delà du 3è ont le même score que le 3è, alors on les exporte également.
Cela permettra de plus un comportement plus déterministe (voir 68b6ebc).
cc @boreec
Suite à !255 / #1409, faire que, si des gènes au-delà du 3è ont le même score que le 3è, alors on les exporte également.
Cela permettra de plus un comportement plus déterministe (voir 68b6ebc).
cc @boreec
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3413Vocabulaire vidjil-algo Kmer/Fine2020-06-11T22:18:26+02:00Mathieu GiraudVocabulaire vidjil-algo Kmer/Fine@mikael\-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/245#note_108065
> Il y a _analyze_ qui est utilisé dans deux sens : pour l'heuristique et pour la désignation VDJ. Je trouve que ça n'aide pas à la compréhension.
Mille f...@mikael\-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/245#note_108065
> Il y a _analyze_ qui est utilisé dans deux sens : pour l'heuristique et pour la désignation VDJ. Je trouve que ça n'aide pas à la compréhension.
Mille fois oui !!! On est souvent embêté, pour l'instant c'était "full analysis" ou "further analysis" pour `Fine` et effectivement c'est confus.
> Je pense qu'il faudrait parler de VDJ designation ou VDJ assignment dans le 2è cas et donc dans les options ne pas avoir du `analysis` partout.
Pourquoi pas ! C'est bien "assignment" et pas "assignation".
Il faudrait avoir un verbe et un nom commun. Cela donnerait, avec d'autres possibilités :
- "V(D)J genes designation" / "to design V(D)J genes" (verbe bof ?)
- "V(D)J genes assignment" / "to assign V(D)J genes"
- ~~"V(D)J genes labeling" / "to label V(D)J genes"~~ -> conflit avec "labeled sequences"
- ~~"V(D)J genes tagging" / "to tag V(D)J genes"~~ -> conflit avec "tag" dans client
- "V(D)J genes identification" / "to identify V(D)J gene"
- autres ?
(cc @RyanHerb : y a-t-il des expressions qui font bizarre en anglais (en américain plutôt :-)) ?)
Pendant qu'on y est, pourrait-on être encore plus précis sur la première phase et utiliser par exemple "recombination detection" / "to detect recombinations" (modulo #1724, hihihi) ? Ce qui permettrait de garder "analysis" / "analyzed reads" pour le process global.
Une fois décidé, cela s'appliquera
- [ ] aux noms des options !245
- [ ] `doc/vidjil-algo.md`
- [ ] quelques messages dans `vidjil.cpp`
- [ ] dans le client, voir s'il y a des choses
- [ ] com, site web
- [ ] slides de présentation
(Au passage, j'ai encore changé des "segment" la semaine dernière :-)Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3411Bouton admin pour passer à la version suivante de vidjil-algo ?2018-07-20T15:18:23+02:00Mathieu GiraudBouton admin pour passer à la version suivante de vidjil-algo ?Mais même chose pour le serveur, pour d'autres outils ?Mais même chose pour le serveur, pour d'autres outils ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3410Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons2018-07-20T15:06:28+02:00Anne de SeptenvilleAbsence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillonsPour ces 2 patients (P9 et P10) j'ai bien des données d'analyse IGH, mais quand je veux les utiliser pour une comparaison avec un autre échantillon, Vidjil n'affiche que les clones du patient avec lequel je le compare, et no read pour P9...Pour ces 2 patients (P9 et P10) j'ai bien des données d'analyse IGH, mais quand je veux les utiliser pour une comparaison avec un autre échantillon, Vidjil n'affiche que les clones du patient avec lequel je le compare, et no read pour P9 ou P10.
Je crois que cela fait suite à ce problème : #3258
Il me semble que c'était les seuls patients pour lesquels je n'avais pas re-importé les fastq suite au problème #3258
https://app.vidjil.org/index.html?set=27495&config=2
https://app.vidjil.org/index.html?set=27496&config=2