vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-01T17:38:13+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4730Plus de STRAND avec nouvelles germlines dans des cas qui devraient être too f...2021-04-01T17:38:13+02:00Mathieu GiraudPlus de STRAND avec nouvelles germlines dans des cas qui devraient être too few V/JPrend la suite de #2107 dans le cadre de !885.
Sur `bug2107.fa`, on a sur !885
```
UNSEG strand -> 5
UNSEG too few V/J -> 9
UNSEG only V/5' -> 1
```
là où avant on avait
```
UNSEG strand -...Prend la suite de #2107 dans le cadre de !885.
Sur `bug2107.fa`, on a sur !885
```
UNSEG strand -> 5
UNSEG too few V/J -> 9
UNSEG only V/5' -> 1
```
là où avant on avait
```
UNSEG strand -> 3
UNSEG too few V/J -> 11
UNSEG only V/5' -> 1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2068Faire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texte2021-04-01T18:56:52+02:00Mathieu GiraudFaire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texteOn peut presque copier la liste des clones et faire un coller texte ailleurs, mais pour l'instant ce n'est pas très bien formaté.
On devrait pouvoir avoir des choses "compatible Fasta" du type :
`>IGHV3-7 1/7/10 D2-21 8//6 J4 [IGH] ...On peut presque copier la liste des clones et faire un coller texte ailleurs, mais pour l'instant ce n'est pas très bien formaté.
On devrait pouvoir avoir des choses "compatible Fasta" du type :
`>IGHV3-7 1/7/10 D2-21 8//6 J4 [IGH] 18.60%`
Ce serait particulièrement utile pour #2066, mais aussi en lien avec l'export.
Si on fait pareil dans le segmenteur, on pourrait avoir en plus la séquence (voire les annotations dans un certain format) ?
@tydax @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4738Nouvel aligneur : pas de scroll à 4 séquences2021-04-01T19:33:48+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur : pas de scroll à 4 séquencesJe sors cela de !836 pour faciliter le merge, mais à voir tout de même pour %"Web 2021.05" :
> @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_491284):
> Si je sélectionne 4 séquences, j...Je sors cela de !836 pour faciliter le merge, mais à voir tout de même pour %"Web 2021.05" :
> @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_491284):
> Si je sélectionne 4 séquences, je vois un scroll sur l'aligneur alors que les 4 tiennent bien en hauteur.
Le problème n'est pas tant que de voir le scroll que le fait que, quand la souris va sur l'aligneur, tout bouge alors qu'il y a la place pour que cela ne bouge pas.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4725Besoin de 3-4 nt de up DD22021-04-01T20:14:41+02:00Mathieu GiraudBesoin de 3-4 nt de up DD2Prenons la séquence "universelle" `TRDD2*01_0//0_TRDD3*01`
```
up DD2 DD3
GTG ccttcctac actgggggatacg
```
Cette séquence (sans aucun up) était marquée en TODO depuis longtemps, c77323f42d (et hack 5bc753ee, pas de lien avec #35...Prenons la séquence "universelle" `TRDD2*01_0//0_TRDD3*01`
```
up DD2 DD3
GTG ccttcctac actgggggatacg
```
Cette séquence (sans aucun up) était marquée en TODO depuis longtemps, c77323f42d (et hack 5bc753ee, pas de lien avec #3501 ?).
On a besoin d'au moins 3nt pour qu'elle soit analysée, autant les mettre dedans.
C'est le cas sur dev mais encore plus sur !885 qui voit les e-valeurs monter
```
dev seed TRD+ UNSEG only J/3' 5.004883e+06 5.004883e+06/4.769940e-09 +D _ _ _ _ _ _ _ _+d+d+d+d+d _ _ _ _ _ _ _ _
dev seed TRD+ SEG_+ 1.915287e-05 1.914810e-05/4.769940e-09 +D+D+D+D _ _ _ _ _ _ _ _+d+d+d+d+d _ _ _ _ _ _ _ _
!885 seed TRD+ UNSEG only J/3' 7.446289e+06 7.446289e+06/2.999281e-08 +D _ _ _ _ _ _ _ _+d+d+d+d+d _ _ _ _ _ _ _ _
!885 seed TRD+ SEG_+ 9.385306e-05 9.382307e-05/2.999281e-08 +D+D+D+D _ _ _ _ _ _ _ _+d+d+d+d+d _ _ _ _ _ _ _ _
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4271Mettre à jour les germlines2021-04-01T20:14:43+02:00Mathieu GiraudMettre à jour les germlinesCela fait plus de 18 mois que cela n'a pas été fait (et !374 ?)
Probablement pas pour #4268 ;)Cela fait plus de 18 mois que cela n'a pas été fait (et !374 ?)
Probablement pas pour #4268 ;)Algo 2021.042021-03-23https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4747Internaliser un retry sur le NetTimeout du old-chrome2021-04-02T14:58:14+02:00Mathieu GiraudInternaliser un retry sur le NetTimeout du old-chromeVoir #4592.
Suggestion de @mikael-s
(comme on a internalisé le retry sur gpg #3610)Voir #4592.
Suggestion de @mikael-s
(comme on a internalisé le retry sur gpg #3610)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3610Les tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failed2021-04-02T14:58:14+02:00Mikaël SalsonLes tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failedEn ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
``...En ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
```
produit l'erreur `gpg: keyserver receive failed: Cannot assign requested address`. Cela fonctionne chez moi (dans le dock) en local. Et la commande fonctionne également, hors dock, sur le slave.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4453Tester les index d'overlap dans algo-then-fuse.should (S22)2021-04-06T09:40:41+02:00Mathieu GiraudTester les index d'overlap dans algo-then-fuse.should (S22)depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/465#note_369575 :
> à voir si ce serait l'occasion de modifier le test algo `algo-then-fuse.should`
>
> avec un truc type:
>
```
head -n 100 ../demo/Stanford_S22.fasta > ../...depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/465#note_369575 :
> à voir si ce serait l'occasion de modifier le test algo `algo-then-fuse.should`
>
> avec un truc type:
>
```
head -n 100 ../demo/Stanford_S22.fasta > ../demo/Stanford_S22-begin.fasta
```
> @flothoni : "si c'est le cas, nouvelle branche" après !465
rien d'urgent !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4036Taille des .vidjil en -y all2021-04-06T11:17:00+02:00Mathieu GiraudTaille des .vidjil en -y allvdj#921
Sur LIL-L3-1 :
- .fastq.gz 330M
- .vidjil habituel, `-z 100`, 51M
- .vidjil `-y all`, **395M**
- .vidjil après ~"server-fuse", 200k
Pour 1 clone en `-y all` sans `-z`, il y a... `1.9 ko` dans le `.vidjil` ! En plus de `se...vdj#921
Sur LIL-L3-1 :
- .fastq.gz 330M
- .vidjil habituel, `-z 100`, 51M
- .vidjil `-y all`, **395M**
- .vidjil après ~"server-fuse", 200k
Pour 1 clone en `-y all` sans `-z`, il y a... `1.9 ko` dans le `.vidjil` ! En plus de `sequence`, on a `quality`, `affectSigns`, `affectValues`... Beaucoup pour quelque chose qui va juste être un +1 dans une distribution...
- Calculer certaines distributions dans ~cpp ? Faisable, mais pas très générique, et demande ensuite des changements dans ~"server-fuse" pour lire les distributions
- Limiter au maximum ces sorties (voir aussi #3911) ? Par exemple, au-delà du `-z`, ne mettre que l'`id` et la `sequence`. Relativement simple, devrait réduire déjà la taille d'un facteur 3-4.
- Ne rien faire, tant pis pour la place, de toute façon cela se compresse bien ?
- Ne rien faire, car de toute façon le but est un jour de faire `-z all`, et on aura encore plus de choses ? (voire AIRR pour tout ?)
```
{
"_average_read_length": [
377.0
],
"_coverage": [
1.0
],
"_coverage_info": [
"377 bp (100% of 377.0 bp)"
],
"germline": "IGH",
"id": "AAAAAGTGGGAACTACTTCGGGCGGCGCCCCACCTAGGCTACTGGGGGCC",
"reads": [
1
],
"seg": {
"affectSigns": {
"seq": "+++++++ + +++++++++++++++++++++++++++++++++++++ + + ++++++++++++++ +++ + +++++++++++++++++++++++ + ++++ + ++ + + +++++++++++++++++++++++ + ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ +++++++++++++++ ",
"start": 1,
"stop": 377
},
"affectValues": {
"seq": "HHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH___H__H___HHHHHHHHHHHHHH?HHH______H____HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________H?HHHH________________H______HH______H_________________H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________________________________________________________________hhhhhhhhhhhhhhh_____________",
"start": 1,
"stop": 377
},
"evalue": {
"val": "2.012178e-46"
},
"evalue_left": {
"val": "0.000000e+00"
},
"evalue_right": {
"val": "2.012178e-46"
},
"quality": {
"seq": "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!::::*:999+85883446878/--'-----'334933-36;665999+95!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!",
"start": 1,
"stop": 377
}
},
```
cc @flothoni @duezAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/996k-mers interdits, distance 12021-04-06T14:59:34+02:00Vidjil Teamk-mers interdits, distance 1Ping. Une des plus anciennes tâches ouvertes (2014).
***
@nobodyPing. Une des plus anciennes tâches ouvertes (2014).
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4631Follow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""2021-04-06T15:06:29+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien d...The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1*01 chez *Sus scrofa* ?
```
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH1|3..296|294 nt|1| | | | |294+72=366| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|H|297..332|36 nt|1| | | | |36+0=36| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH2|333..659|327 nt|1| | | | |327+51=378| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH3-CHS|660..986|327 nt|1| | | | |327+66=393| | |
```
>Ces 4 séquences correspondent en fait à une même séquence d'identifiant M81770 mais ce sont des régions différentes de la séquence (comme l'indiquent les positions : 3 à 296, puis 297 à 332 puis 333 à 659, et enfin 660 à 986). Bref il faudrait certainement clarifier cela, mais ça n'a pas l'air si grave qu'elles aient le même nom… puisque c'est la même séquence.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4656split-germlines.py : indiquer dans le header une référence à la séquence up/down2021-04-08T07:50:06+02:00Mathieu Giraudsplit-germlines.py : indiquer dans le header une référence à la séquence up/down
```
>J00256|IGHJ1*01|Homo sapiens|F|J-REGION|723..774|52 nt|1| | | | |52+0=52| | |
.................gctgaatacttccagcactggggccagggcaccctggtcaccgtctcctcag
GAGTCTGCTGTCTGGGGATAGCGGGGAGCCAGGTGTACTGGGCCAGGCAAGGGCTTTGGCTTCAGACTTG
```
Nous dev...
```
>J00256|IGHJ1*01|Homo sapiens|F|J-REGION|723..774|52 nt|1| | | | |52+0=52| | |
.................gctgaatacttccagcactggggccagggcaccctggtcaccgtctcctcag
GAGTCTGCTGTCTGGGGATAGCGGGGAGCCAGGTGTACTGGGCCAGGCAAGGGCTTTGGCTTCAGACTTG
```
Nous devrions afficher dans le header que nous avons complété la séquence.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1796make unit_browser est cassé : germline.js / germline.data2021-04-08T08:12:58+02:00Vidjil Teammake unit_browser est cassé : germline.js / germline.dataNous tests unitaires browsers sont cassés (et donc notre build public sur travis mis ) jour après la dernière release). La cause est subtile :
7ed4fb2, Marc, juin 2015 : buildBrowserGermline.py : output json file instead of js file
...Nous tests unitaires browsers sont cassés (et donc notre build public sur travis mis ) jour après la dernière release). La cause est subtile :
7ed4fb2, Marc, juin 2015 : buildBrowserGermline.py : output json file instead of js file
→ l'avait fait car le C++ s'était mis à prendre en compte germline.data
MAIS depuis, on n'avait pas remis à jour les germlines IMGT.
526beeb, Mikaël, 3 février 2016 : remise à jour des germlines
→ germline.js n'a plus germlines_data de défini, et depuis les tests ne passent plus.
Je ne vois pas à quel endroit germline.js ou germline.data est lu dans les tests browsers. Marc, Ryan, est-ce que vous pouvez regarder cela ?
***
Mais 7ed4fb2 ne modifie que germline.js. Or le C++ ne lit pas germline.js. Donc quel est le rôle de 7ed4fb2 ? Peut-on le reverter de manière sûre pour que buildBrowserGermline.py crée toujours un fichier JS ? Ou alors y avait-il une autre raison à vouloir un fichier JSON ?
***
Au passage, j'ai fait un "make germline" sur rbx, édité à la main le fichier germline.js pour que cela passe.
***
74db4e9 et suivants.
unit_browser est quasi réparé (c'est autre chose qui casse, lien avec germline, mais plus ce problème)
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4540Récupérer les positions FR1/2/3/4 et CDR1/2/3 via IMGT2021-04-08T08:25:51+02:00Mathieu GiraudRécupérer les positions FR1/2/3/4 et CDR1/2/3 via IMGTDepuis #2135, dans le cadre de !836 :
> (...) mettre cela dans le `.vidjil` (type `"FR1": {"start": 48, "stop": xxx}`
Le faire donc déjà via `imgtPost...()`, en prenant les champs `{FR,CDR}{1,2,3,4?}-IMGT {start,stop}`, et créer donc d...Depuis #2135, dans le cadre de !836 :
> (...) mettre cela dans le `.vidjil` (type `"FR1": {"start": 48, "stop": xxx}`
Le faire donc déjà via `imgtPost...()`, en prenant les champs `{FR,CDR}{1,2,3,4?}-IMGT {start,stop}`, et créer donc des highlights type `"FR1-IMGT": {"start": 48, "stop": xxx}`
Normalement tous ces highlights seront non-chevauchants et pourront être affichés sur une même "ligne"marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2135Visualiser FR1 et autres dans le client2021-04-08T08:27:52+02:00Mathieu GiraudVisualiser FR1 et autres dans le clientDemande de Fred à @flothoni et @mikael-s.
Voir aussi #1841Demande de Fred à @flothoni et @mikael-s.
Voir aussi #1841https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4409Afficher dans l'aligneur les résultats d'IMGT s'ils sont présents2021-04-08T08:28:24+02:00Mikaël SalsonAfficher dans l'aligneur les résultats d'IMGT s'ils sont présentsLorsqu'on récupère les résultats depuis IMGT et qu'on sauve une analyse, ceux-ci sont sauvegardés avec l'analyse.
Pourtant au rechargement de la page, les résultats d'IMGT n'apparaissent plus dans l'aligneur quand on sélectionne un clon...Lorsqu'on récupère les résultats depuis IMGT et qu'on sauve une analyse, ceux-ci sont sauvegardés avec l'analyse.
Pourtant au rechargement de la page, les résultats d'IMGT n'apparaissent plus dans l'aligneur quand on sélectionne un clone pour lequel on avait rappatrié les infos d'IMGT.
Exemple avec ce clone : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&clone=1 (les infos d'IMGT sont bien présentes quand on ouvre la fenêtre d'info du clone).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2140Donner toute la séquence en acides aminés2021-04-08T08:28:36+02:00Mikaël SalsonDonner toute la séquence en acides aminésSuite à #1372 on peut afficher les séquences en AA dans le segmenteur, mais juste sur le CDR3. Cependant cette fonctionnalité est réservée aux admins pour l'instant (avant le grand chamboulement dans le segmenteur #2137).
Fred aimerait v...Suite à #1372 on peut afficher les séquences en AA dans le segmenteur, mais juste sur le CDR3. Cependant cette fonctionnalité est réservée aux admins pour l'instant (avant le grand chamboulement dans le segmenteur #2137).
Fred aimerait voir la séquence complète en AA comme dans ~"repseq-IMGT".
cc @magiraud @RyanHerb @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3164N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences2021-04-08T08:28:46+02:00Mikaël SalsonN'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquencesDemande de FD : l'affichage serait plus clair.
C'était aussi mentionné ici https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2356#note_26660
> Remarque de @RyanHerb : on pourrait même n'afficher que les positions ou il y a les mutations, ce...Demande de FD : l'affichage serait plus clair.
C'était aussi mentionné ici https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2356#note_26660
> Remarque de @RyanHerb : on pourrait même n'afficher que les positions ou il y a les mutations, ce serait moins encombré.
À voir comment on « matérialise » les positions identiques, pour qu'il n'y ait pas de confusion avec les gaps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2664Highlights : liste de checkbox2021-04-08T08:28:52+02:00Mathieu GiraudHighlights : liste de checkboxDiscuté en audio. On propose juste la liste des features, la couleur se fixe toute seule (disons en dur pour l'instant pour chaque feature).Discuté en audio. On propose juste la liste des features, la couleur se fixe toute seule (disons en dur pour l'instant pour chaque feature).Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2136Sélection flexible des features à afficher dans l'aligneur2021-04-08T08:28:57+02:00Mathieu GiraudSélection flexible des features à afficher dans l'aligneurSuite à #2135, AJAX IMGT et autres, il faudrait un moyen lorsqu'il y a "plein" de features, pour chosir celles qu'on veut.
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2135, AJAX IMGT et autres, il faudrait un moyen lorsqu'il y a "plein" de features, pour chosir celles qu'on veut.
@mikael-s @RyanHerb