vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-10T17:01:30+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2037Pagination de la requête patient/sample_set2017-07-10T17:01:30+02:00Ryan HerbertPagination de la requête patient/sample_setLa requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne ...La requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne peuvent pas fonctionner correctement avec la pagination.
La solution proposée était de désactiver la pagination lors du filtre ou du sort des résultats
@RyanHerb @magiraud @mikael-s Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2036Afficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancés2023-11-09T11:04:57+01:00Mathieu GiraudAfficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancésSuite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rap...Suite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
Faire coucou à Aurélie si on fait cela.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2035Colonne "results" de la liste patient vide2023-11-09T11:04:13+01:00Thonier FlorianColonne "results" de la liste patient videSuite au message de Aurélie ~"LIL-Lille" :
pb : colonne "results" vide lors de l'affichage de la liste des patients, pour certains patients dont l'analyse est lancé.
Bug non reproductible, mais en fouillant un peu plus, j'ai remarqué ...Suite au message de Aurélie ~"LIL-Lille" :
pb : colonne "results" vide lors de l'affichage de la liste des patients, pour certains patients dont l'analyse est lancé.
Bug non reproductible, mais en fouillant un peu plus, j'ai remarqué que les patients concernés devaient avoir une analyse lancée mais non finalisée (ou non commencée), donc sans résultats disponibles lors de sa requete.
Solution (voir #2036) : Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" )
Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2034Format JSON pour réponse2022-07-01T11:49:44+02:00Mathieu GiraudFormat JSON pour réponseSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2033Applications mobiles natives2017-04-06T12:54:25+02:00Mathieu GiraudApplications mobiles nativesSur un PJI hors Vidjil, mais qui ressemble à #1740, Marie Jones nous a spontanément demandé si on restait web ou si on envisageait une application via Cordova
https://cordova.apache.org/
https://auth0.com/blog/converting-your-web-app-to...Sur un PJI hors Vidjil, mais qui ressemble à #1740, Marie Jones nous a spontanément demandé si on restait web ou si on envisageait une application via Cordova
https://cordova.apache.org/
https://auth0.com/blog/converting-your-web-app-to-mobile/
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2032Modifier le contrôleur du segmenteur pour permettre l'interaction avec la pag...2017-04-12T14:07:43+02:00Vidjil TeamModifier le contrôleur du segmenteur pour permettre l'interaction avec la page d'ArmandDiscussion avec @RyanHerb et @Tydax
La page d'accueil est statique, pas besoin de passer par un contrôleur. En revanche, l'envoi des séquences doit faire appel en AJAX au contrôleur qui nous renvoie un JSON qu'on peut donner à manger au...Discussion avec @RyanHerb et @Tydax
La page d'accueil est statique, pas besoin de passer par un contrôleur. En revanche, l'envoi des séquences doit faire appel en AJAX au contrôleur qui nous renvoie un JSON qu'on peut donner à manger au modèle, via parseJsonData.
Il faut donc modifier le contrôleur : c'est lui qui gérait le formulaire, c'est inutile maintenant et renvoyer un JSON.
Poke @magiraud
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2031Pré-sélectionner un .analysis (standards connus, ...)2019-04-02T11:33:00+02:00Vidjil TeamPré-sélectionner un .analysis (standards connus, ...)On en avait parlé il y a déjà très longtemps (c'était même une fonctionnalité prévue avec Marc au tout début) : le "import analysis" est fantastique, permet par exemple de pré-charger une analyse avec des spikes ou autre chose.
Revenu ...On en avait parlé il y a déjà très longtemps (c'était même une fonctionnalité prévue avec Marc au tout début) : le "import analysis" est fantastique, permet par exemple de pré-charger une analyse avec des spikes ou autre chose.
Revenu au goût du jour par une demande explicite de Michaela :
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Dear Mathieu and Mikael,
as you probably know, we in Kiel are now extensively using Vidjil for the analysis of our routine marker screening data.
We now want to start using spike-ins, because it is necessary for correction of targets representation.
Would it please be possible that we upload the sequences of spike-ins into vidjil and these will be always marked (eg. with diferrent colour), so that we can easily distinguish spike-in sequences from patients' sequences?
Thank you very much for your answer and have a nice weekend,
Michaela
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Réponse de Mathieu :
=== Preparation, only once
1) Create a « patient » with the name « Spikes » (or what you want).
2) Upload there a Fasta file containing only the spikes (this could be an artificial Fasta file with only a few sequences)
3) Run it (with the same config that you use)
4) Once the run is completed, on the results, color what you want. Moreover, we advise to name the spike clones with a more meaningful label such as « Spike A » (in the list, double-click on the name of the clone). Note that the original name is still accessible, both on the status bar and on the information panel on each clone.
5) Click on « import/export → export analysis ». This will download a very small file that you can store on your computer, renaming it to something like « spikes.analysis »
=== Usage
Each time you have a new patient/sample, once the run is completed
6) Click on « import/export → import analysis » and select the file « spikes.analysis » from your computer. This will color the spikes. This step should be done *before* any other work on the sample, as it may reset some work done.
7) As usual, work on the sample, possibly merging / tagging some clones
8) Then « save patient » will save both the imported spikes and your work on the sample
In the future, we would like to improve this procedure to avoid step 6), but it would require some development.
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Bref, serait-il possible de faire cela de manière plus intégrée ?
- un "import analysis" qui prenne directement un fichier sur le serveur ?
- un réglage dans la config ou ailleurs qui applique un .analysis dès le fuse ? (euh, les fused ne sont pas les .analysis !)
Liste déroulante quelque part des analysis disponibles ? Ceux qui sont marqués d'une certaine manière ?
Enfin, est-ce que "import analysis" fait bien un reset de tout ? Ou bien un merge ?
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Autre application possible : tagger certains recombinaisons publiques, et tagger la non-recombinaison Dh7-J (on a parlé de Dh7 à la réunion Inca aujourd'hui)
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Avec la méthode actuelle, attention au contexte dans lequel le fichier .analysis est généré. S'il contient trop d'informations, cela écraserait celles du sampleset dans lequel il est importé. cf. https://www.producteev.com/workspace/t/58221473b2fa094c7500000d
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2030Supprimer un groupe pour une personne2019-01-10T15:21:22+01:00Vidjil TeamSupprimer un groupe pour une personneDans la page utilisateur, on a la liste des groupes auxquels l'utilisateur appartient, ainsi qu'une croix au bout de la ligne. En fait cette croix n'est pas un lien et n'a aucun effet. Pour supprimer l'utilisateur d'un groupe, il faut al...Dans la page utilisateur, on a la liste des groupes auxquels l'utilisateur appartient, ainsi qu'une croix au bout de la ligne. En fait cette croix n'est pas un lien et n'a aucun effet. Pour supprimer l'utilisateur d'un groupe, il faut aller sur la page groupe et retirer l'utilisateur du groupe.
Il serait bien ou de retirer les croix inactives sur la page de l'utilisateurs, ou bien de les rendre actives.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2029"Color by tag" ne fonctionne pas après un autre "Color by" dans la liste des ...2016-11-29T14:43:25+01:00Vidjil Team"Color by tag" ne fonctionne pas après un autre "Color by" dans la liste des cloneshttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=25
-> Color by J (ou by locus, encore mieux- -> Color by tag
On ne peut pas revenir au color by tag.
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Pas de problème chez moi, ou je n'ai pas compris le problème.
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J'avais mal p...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=25
-> Color by J (ou by locus, encore mieux- -> Color by tag
On ne peut pas revenir au color by tag.
***
Pas de problème chez moi, ou je n'ai pas compris le problème.
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J'avais mal précisé : cela fonctionne bien dans le scatterplot, mais pas dans la liste des clones.
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Ah oui. Pour préciser : la couleur par tags est bien remise mais l'ancienne couleur (par J ou locus ou …) est conservée. On a donc un mélange de deux colorations.
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>9a3f5e59949007
getColor() renvoyait un undefined quand aucune couleur n'était défini, étrangement on ne peut pas overwrite une valeur css avec undefined.
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Super, merci Marc !
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2028Merger tous les types de sample_set, ou non ?2017-03-14T12:07:51+01:00Vidjil TeamMerger tous les types de sample_set, ou non ?http://dba.stackexchange.com/questions/109210/does-an-empty-column-value-occupy-same-storage-space-as-a-filled-column-value
En résumé, une colonne de type fixe occupera sa place qu'elle soit NULL ou non, alors qu'une colonne de type v...http://dba.stackexchange.com/questions/109210/does-an-empty-column-value-occupy-same-storage-space-as-a-filled-column-value
En résumé, une colonne de type fixe occupera sa place qu'elle soit NULL ou non, alors qu'une colonne de type variable n'occupera aucune place si elle est vide.
Il y a cependant un vecteur de bits en entête de la table, qui recense les colonnes NULLABLE, et occupe un bit par colonne (arrondi à l'octet supérieur).
Web2py créé des varchar pour les string et des longtext pour les text. Les longtext n'étant pas stockés dans la table à proprement dire, occupent toujours la place d'un pointeur.
En l'occurrence, le seul longtext que nous avons pour les sample_set correspond à la colonne info, commune à nos trois types de sample_set.
La seule colonne qui occuperait donc de la place inutile serait la date.
***
Donc l'enjeu serait plutôt de voir les performances de la liste. Si nous mettons tout en commun dans une table, il risque d'y avoir des performances similaires pour toutes les listes (patient, sample_set, run) quelque-soit le nombre de chaque type de sample_set.
Ce qui relève le sujet de la pagination.
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Ceci dit, le nombre de sample_sets reste le même dans tous les cas.
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merci Ryan pour ces éléments très précis !
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@RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2027Beaucoup de FAILED dans le Vidjil Morning du jour2018-05-23T16:54:58+02:00Vidjil TeamBeaucoup de FAILED dans le Vidjil Morning du jourgrep -i failed
***
BIzarre, cette commande ne retourne rien :
grep -P '2016-11-08 1[45]' /var/vidjil/vidjil-debug.log
***
Je mets de côté les FAILED qui sont sur dev. Tous les autres FAILED concernent des fichiers de séquences supprimé...grep -i failed
***
BIzarre, cette commande ne retourne rien :
grep -P '2016-11-08 1[45]' /var/vidjil/vidjil-debug.log
***
Je mets de côté les FAILED qui sont sur dev. Tous les autres FAILED concernent des fichiers de séquences supprimés. Peut-être que les process étaient schédulés et l'utilisateur s'est rendu compte d'une erreur et a supprimé le patient. Du coup les process étaient ensuite en FAILED
Kiel a effectivement supprimé un patient à 15:22
2016-11-08 15:22:10,424 INFO - patient.py:432 194.94.189.101 <Markerscreening> patient (4085) deleted
Si je prends le run sch-236571, son last_run_time est 15:22:43 (j'en ai regardé d'autres et les horaires sont dans ces eaux-là aussi).
Tout colle :)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2026Fichier .analysis sur une seule partie des fichiers2020-12-04T12:07:47+01:00Vidjil TeamFichier .analysis sur une seule partie des fichiersLorsqu'un fichier analysis est enregistré pour une seule partie des fichiers, cela peut avoir des conséquence fâcheuses.
Exemple : on a deux fichiers (identiques, peu importe). On leur met un commentaire et un nom différents. On lance u...Lorsqu'un fichier analysis est enregistré pour une seule partie des fichiers, cela peut avoir des conséquence fâcheuses.
Exemple : on a deux fichiers (identiques, peu importe). On leur met un commentaire et un nom différents. On lance une analyse IGH pour l'un d'eux et une analyse multi+inc+xxx sur l'autre. On ouvre le premier, on fait quelques colorations et merges, on l'enregistre. On va voir l'autre fichier et là, ô surprise, le champ commentaire et le nom du fichier sont ceux de l'autre, car ils ont été enregistrés dans le fichier anaysis.
L'exemple se trouve ici : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=4334&config=2 (IGH) et là https://dev.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=4334&config=25 (multi+inc+xxx).
Solution : ne pas stocker info et names dans le analysis, mais le problème c'est (me semble-t-il) qu'ils servent de sauvegarde temporaire avant de répercuter les modifications en BD. Il faudrait donc supprimer ces infos du fichier .analysis, après les avoir intégrés dans la BD.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2025Les smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survole2016-11-29T14:43:23+01:00Vidjil TeamLes smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survoleSuite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
***
Je précise qu'ils restent bien présents physique...Suite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
***
Je précise qu'ils restent bien présents physiquement dans la liste, mais sont alors en display: none
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Merci pour ta vigilance.
6c623048
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2024Nommer plus clairement les groupes utilisateurs2020-07-01T11:12:47+02:00Vidjil TeamNommer plus clairement les groupes utilisateursOn pourrait changer "Group uniquely assigned to used 97" en "Group for user 0097 : Joe Doo", que ce soit à la création (et, si possible, rétroactivement, sur les groupes existants).
Cela permettrait de mieux comprendre, sur la page "grou...On pourrait changer "Group uniquely assigned to used 97" en "Group for user 0097 : Joe Doo", que ce soit à la création (et, si possible, rétroactivement, sur les groupes existants).
Cela permettrait de mieux comprendre, sur la page "groups", qui possède quel droits.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2023Merge reads et .fasta2018-04-16T16:17:49+02:00Vidjil TeamMerge reads et .fastaÉchange entre Shun et Mikaël :
> The read merging failed because you provided FASTA files. When merging reads, you should provide FASTQ files only. We should specify that limitation more clearly. You cannot provide FASTA files if you wa...Échange entre Shun et Mikaël :
> The read merging failed because you provided FASTA files. When merging reads, you should provide FASTQ files only. We should specify that limitation more clearly. You cannot provide FASTA files if you want to merge the reads.
On devrait pouvoir utiliser le merge même avec des .fasta (quitte à faire un .fastq bidon). En attendant, j'ai renommé la config pre-process en "Merge paired-end reads (+R2) [only .fastq / .fastq.gz files]".
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2022Tester l'affichage des "smaller clones"2017-11-18T12:31:19+01:00Vidjil TeamTester l'affichage des "smaller clones"Ex ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=4011&config=25
Plus de smaller clones dans la liste des clones. Où sont-ils passés ?
***
Cela vient de 2095ef3152, je ne sais pas encore pourquoi.
***
7525317c2
***
Ce serait bien...Ex ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=4011&config=25
Plus de smaller clones dans la liste des clones. Où sont-ils passés ?
***
Cela vient de 2095ef3152, je ne sais pas encore pourquoi.
***
7525317c2
***
Ce serait bien de faire un test fonctionnel : vérifier qu'un clone virtuel "smaller clones" apparait dans la liste, mais pas dans le scatterplot.
(Cela dit, un jour on aura des clones "virtuels" qui iront aussi dans le scatterplot, ceux rajoutés manuellement...)
***
a11c031 (le commit montre la simplicité des tests Watir ;))
Cela va casser les tests à cause de https://producteev.com/workspace/t/58220195b0fa09ce7e000000
***
@nobody @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2021Sauvegarde de l'analyse ne fonctionne pas2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamSauvegarde de l'analyse ne fonctionne pasNotification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
***
Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
***
Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'es...Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
***
Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
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Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'est pas une ligne modifiée récemment, donc ce n'est pas ça qui doit causer la nouveauté du problème.
Je n'arrive pas à trouver où ces ID sont définis dans le .js ni si quelquechose a récemment été modifié dans ce sens. Marc, Ryan une idée ?
Je ne suis plus dessus, vous avez la main ;)
***
Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'est pas une ligne modifiée récemment, donc ce n'est pas ça qui doit causer la nouveauté du problème.
Je n'arrive pas à trouver où ces ID sont définis dans le .js ni si quelquechose a récemment été modifié dans ce sens. Marc, Ryan une idée ?
Je ne suis plus dessus, vous avez la main ;)
***
C'est bien cette modification qui allait bien. Ou du moins c'était la plus simple. Le code de get_data (default.py) avec changé en octobre, donc quand j'ai mis prod-server à jour avec dev, le save_analysis. J'aurais pu remettre le bon champ "ids" dans le get_data mais il y avait plus de lignes à changer (au moins le double !).
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2020Clone majoritaire qui disparait avec un nombre plus important de samples2019-08-20T10:34:34+02:00Vidjil TeamClone majoritaire qui disparait avec un nombre plus important de samplesExemple : Dans le deuxième il y a un clone très clair en TRG qui disparait dans le premier cas
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=16705&custom=16717&custom=16729&custom=16741&custom=16753&custom=16762&custom=16771&custom=16780&
http:...Exemple : Dans le deuxième il y a un clone très clair en TRG qui disparait dans le premier cas
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=16705&custom=16717&custom=16729&custom=16741&custom=16753&custom=16762&custom=16771&custom=16780&
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=16705&custom=16717&custom=16729&custom=16741&
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Cela semble dépendant de l'ordre. Essayé en local : selon les fichiers mis en premier les résultats obtenus ne sont pas les mêmes…
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C'est ma faute : 0d40d04c7975403b691781b50eafef9efb1dced5
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Je ne suis pas sûr de comprendre, merci en tout cas d'avoir trouvé.
Proposition : dans l'urgence, reverter simplement ce commit plutôt que de chercher à corriger. Puis changer une batterie de tests et changer le fonctionnement de fuse.py tranquillement.
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Moi non plus je ne comprends pas.
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Ah, c'est plus embêtant... Peux-tu mettre un test quelque part, même très informel, où on voit ce qui ne va pas ?
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Commit réverté, utilisateur prévenu;
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Merci ! Est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de faire une notification sur le serveur pour tous ?
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La mise à jour de prod-server sur rbx n'a été faite que hier et depuis il n'y a que Kiel qui a utilisé le fuse (ou lancé des jobs), du coup je ne pense pas que ce soit utile.
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ok, parfait
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@Duez @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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2998886
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@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2017Lorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparé...2022-06-20T12:07:06+02:00Vidjil TeamLorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparées) par dateCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobody