vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:35:06+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1349Point non montré2016-11-29T14:35:06+01:00Vidjil TeamPoint non montréSur ce patient en IGH http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=66&config=2 on ne voit qu'un point. Or deux ont tourné. Le fichier .data contient les deux points. Vidjil et le fuse semblent avoir tourné sans encombre (/mnt/result/...Sur ce patient en IGH http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=66&config=2 on ne voit qu'un point. Or deux ont tourné. Le fichier .data contient les deux points. Vidjil et le fuse semblent avoir tourné sans encombre (/mnt/result/tmp/out-000713//000713.vidjil.log et /mnt/result/tmp/out-000713//000713.fuse.log).
***
je vois deux points chez moi :)
***
effectivement… :-/
Rassure-moi, t'as touché un truc Marc ?
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1350API: le analysis=xxxx ne fonctionne pas2016-11-29T14:35:07+01:00Vidjil TeamAPI: le analysis=xxxx ne fonctionne pas(haute priorité, pour envoi à Nikos)
J'aimerais faire fonctionner l'URL suivante
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/LIL-L3.vidjil&analysis=demo/external-data-test.analysis
En fait, le paramètre analysis est bien récupéré dans ma...(haute priorité, pour envoi à Nikos)
J'aimerais faire fonctionner l'URL suivante
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/LIL-L3.vidjil&analysis=demo/external-data-test.analysis
En fait, le paramètre analysis est bien récupéré dans main.js, d'où loadAnalysisUrl()
est appelé. Mais cela ne marche pas
1) model.js : loadDataUrl() appelle aussi un loadAnalysisUrl(), écrasant le choix du paramètre
2) même en enlevant cet appel, cela ne marche pas (appelé trop tôt ?)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1352export html: diagnostic2016-11-29T14:35:08+01:00Vidjil Teamexport html: diagnosticPourrait-on ajouter des infos quand on seul point ? On doit réfléchir à ce qu'on voudrait pour le pdf du diagnostic, si possible avant la rencontre à Necker.
- Pie montrant la répartition par système ?
- Scatterplots ?
***
C'est bien sca...Pourrait-on ajouter des infos quand on seul point ? On doit réfléchir à ce qu'on voudrait pour le pdf du diagnostic, si possible avant la rencontre à Necker.
- Pie montrant la répartition par système ?
- Scatterplots ?
***
C'est bien scatterplot*s* au pluriel, on pense au diagnostic multi-système
***
Excellent, cela commence à être très beau !
Pour le rapport diag, on s'attendrait à voir aussi un div float-left avec les read statistics
***
Sur le rapport diagnostic, pour chaque clone, on n'a pas à voir les % de chaque timepoint, ni la mini-icône avec l'évolution
(Et la remarque ci-dessous vaut-toujours.)
***
merci
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1353algo: minor release 2014.122016-11-29T14:35:09+01:00Vidjil Teamalgo: minor release 2014.12Maintenance release, quasi rien, experimental -i.
On release quand même.
***
@magiraud @mikael-sMaintenance release, quasi rien, experimental -i.
On release quand même.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1357export ouvre un nouvel onglet, page html avec le rapport2016-11-29T14:35:13+01:00Vidjil Teamexport ouvre un nouvel onglet, page html avec le rapport
***
#1356
***
#1356https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1358cette page html est auto-contenue (css)2016-11-29T14:35:13+01:00Vidjil Teamcette page html est auto-contenue (css)
***
#1356
***
#1356https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1356export html: Transformer l'export pdf en export html2016-11-29T14:35:13+01:00Vidjil Teamexport html: Transformer l'export pdf en export htmlOn passe donc tout en html.
Au bout, on supprimera pdf.js ? (il y a encore le graphe .pdf pour l'article)
***
Merci Marc, on va dire que globalement c'est bon, on crée des nouvelles tâches pour les bugs restants.
***
#1357, #1358
***
@DuezOn passe donc tout en html.
Au bout, on supprimera pdf.js ? (il y a encore le graphe .pdf pour l'article)
***
Merci Marc, on va dire que globalement c'est bon, on crée des nouvelles tâches pour les bugs restants.
***
#1357, #1358
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1363Dd-Ja2016-11-29T14:35:17+01:00Vidjil TeamDd-Ja1 réarrangements de Necker (pool 94, leur patient B1) est un Dd2 - Dd3 - Ja29
J'imagine qu'on le détecte en Dd2-Dd3.
A voir si on traite (on ne va pas traiter tous les cas les plus rares ?)
***
Avec l'automate d'Aho-Corasick (ou tout aut...1 réarrangements de Necker (pool 94, leur patient B1) est un Dd2 - Dd3 - Ja29
J'imagine qu'on le détecte en Dd2-Dd3.
A voir si on traite (on ne va pas traiter tous les cas les plus rares ?)
***
Avec l'automate d'Aho-Corasick (ou tout autre index qui indexe tous les germlines en même temps), les réarrrangements atypiques peuvent être gérés simplement : théoriquement on a les affectations des différents gènes qui se suivent. En pratique il y a aussi des faux positifs qu'il faut savoir éliminer.
***
À terme, ajouter un réarrangement bizarre ne nous demandera que quelques lignes depuis germlines.data, et de bien viser les "follows", le mieux on visera le moins on aura de faux positifs.
Et on a besoin de transformer "follows" pour qu'il prenne une liste :
TRD > Dd2-Jd > Dd2-Dd3
TRD > Dd2-Ja > Dd2-Dd3
Dd2-Dd3 ne doit être testé qu'après Dd2-Jd et Dd2-Ja.
***
On n'avait pas des problèmes en VdJa (demander Yann/Aurélie) ? Ja 29 ?
***
Ben si… https://www.producteev.com/workspace/t/553fc9bab0fa09cf47000017
***
Normalement c'est bon.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1365Heuristique multi-systèmes 1.9, marquer les k-mers ambigus entre plusieurs sy...2016-11-29T14:35:19+01:00Vidjil TeamHeuristique multi-systèmes 1.9, marquer les k-mers ambigus entre plusieurs systèmes
***
@magiraud
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1366Aho-Corasick: construction, implémentation2016-11-29T14:35:19+01:00Vidjil TeamAho-Corasick: construction, implémentationBiblio : j'imagine qu'il y a plein de papiers sur la construction. Mais l'algo de base suffit peut-être.
Implémentation : librairie externe ? http://multifast.sourceforge.net
http://sourceforge.net/p/multifast/code/HEAD/tree/trunk/ahoco...Biblio : j'imagine qu'il y a plein de papiers sur la construction. Mais l'algo de base suffit peut-être.
Implémentation : librairie externe ? http://multifast.sourceforge.net
http://sourceforge.net/p/multifast/code/HEAD/tree/trunk/ahocorasick/ahocorasick.c
Il doit y avoir mieux.
Mvouais, pas un truc externe au coeur de notre heuristique...
Et c'est relativement facile, en tout cas si on reste sur les algos de base.
***
Après le départ de Marc ?
***
à la rentrée :-)
***
Done, merge prochain :)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1370export du C++ vers le fichier .vidjil (comme pour "seg" ?)2016-11-29T14:35:26+01:00Vidjil Teamexport du C++ vers le fichier .vidjil (comme pour "seg" ?)
***
#1369
***
#1369https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1371détecter Cys, Phe/Trp, "vers le bon endroit" (pas trop loin de la window)2016-11-29T14:35:26+01:00Vidjil Teamdétecter Cys, Phe/Trp, "vers le bon endroit" (pas trop loin de la window)
***
#1369
***
#1369https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1373scatterplot : longueur du CDR3 (nucl et AA) comme axe d'analyse2016-11-29T14:35:27+01:00Vidjil Teamscatterplot : longueur du CDR3 (nucl et AA) comme axe d'analyseKiller feature pour Frédéric (et aussi Necker).
Permet de différencier les répertoires sélectionnés des non-sélectionnés.
Visualisation pseudo-genscan à laquelle ils sont habitués 'depuis 30 ans'.
Et... chose similaire proposée par Nikos...Killer feature pour Frédéric (et aussi Necker).
Permet de différencier les répertoires sélectionnés des non-sélectionnés.
Visualisation pseudo-genscan à laquelle ils sont habitués 'depuis 30 ans'.
Et... chose similaire proposée par Nikos.
***
(demandé aussi par Yann, 10 février)
***
merci !
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1377Raccourci clavier : shift-P pour revenir à la liste des patients2016-11-29T14:35:30+01:00Vidjil TeamRaccourci clavier : shift-P pour revenir à la liste des patients
***
@Cyanael
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1379export html: Faire que les séquences soient en format Fasta2016-11-29T14:35:32+01:00Vidjil Teamexport html: Faire que les séquences soient en format FastaCe serait bien que la partie texte prête à copier/coller soit au format Fasta :
>Clone 3 - 3% - IGKV4-V4...
TCGCACTTATACGACATCAGACATA
***
l'apparence n'a pas changé mais le résultat du copier/coller donne du fasta
***
merci !
***...Ce serait bien que la partie texte prête à copier/coller soit au format Fasta :
>Clone 3 - 3% - IGKV4-V4...
TCGCACTTATACGACATCAGACATA
***
l'apparence n'a pas changé mais le résultat du copier/coller donne du fasta
***
merci !
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1380export html: si rien de sélectionné, mettre les 2/3 clones majoritaires *par ...2016-11-29T14:35:32+01:00Vidjil Teamexport html: si rien de sélectionné, mettre les 2/3 clones majoritaires *par système* sous chaque scatterplotDans le rapport html (surtout le diagnostic), on veut par défaut avoir des clones sélectionnés, idéalement 2/3 par système.
Les clones doivent être sous chaque scatterplot, regroupé par système.
(Indépendant de la tâche top par système...Dans le rapport html (surtout le diagnostic), on veut par défaut avoir des clones sélectionnés, idéalement 2/3 par système.
Les clones doivent être sous chaque scatterplot, regroupé par système.
(Indépendant de la tâche top par système sur cpp/fuse qui devra être discutée)
***
parfait
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1381export html: remplir le div="header-title"2016-11-29T14:35:33+01:00Vidjil Teamexport html: remplir le div="header-title"merci Marc !
***
@Duezmerci Marc !
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1383export html: version de Vidjil (et command line / run date)2016-11-29T14:35:35+01:00Vidjil Teamexport html: version de Vidjil (et command line / run date)"Soft version" dans le rapport est vide (la version de Vidjil, pas la vidjil_json_version).
C'est une tâche pénible à faire, demande aussi du fuse et du c++, mais importante pour le suivi de l'ensemble, et on en parle depuis longtemps....."Soft version" dans le rapport est vide (la version de Vidjil, pas la vidjil_json_version).
C'est une tâche pénible à faire, demande aussi du fuse et du c++, mais importante pour le suivi de l'ensemble, et on en parle depuis longtemps...
***
merci Marc !
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1384export html multi-systèmes: voir aussi le % par rapport à chaque système2016-11-29T14:35:36+01:00Vidjil Teamexport html multi-systèmes: voir aussi le % par rapport à chaque systèmeAu lieu de voir :
>IGKV1-5*01 -1/2/-2 KDE 12.80%
On pourrait voir :
>IGKV1-5*01 -1/2/-2 KDE 12.80% (25.40% of IGK)
Cela est particulièrement utile pour le diagnostic, mais aussi pour les autres points.
S'il n'y a qu'un seul système ...Au lieu de voir :
>IGKV1-5*01 -1/2/-2 KDE 12.80%
On pourrait voir :
>IGKV1-5*01 -1/2/-2 KDE 12.80% (25.40% of IGK)
Cela est particulièrement utile pour le diagnostic, mais aussi pour les autres points.
S'il n'y a qu'un seul système sélectionné, peut-être que ce n'est pas la peine
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1387Par défaut, liste des patients triée par plus récent en haut2016-11-29T14:35:38+01:00Vidjil TeamPar défaut, liste des patients triée par plus récent en hautCela évitera à avoir à se servir de l'ascenseur dans la plupart des cas
***
merci
***
@DuezCela évitera à avoir à se servir de l'ascenseur dans la plupart des cas
***
merci
***
@Duez