vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-05-03T15:16:31+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5003Desactiver le filtre textuel depuis le menu ne remet pas à zero le champ de r...2022-05-03T15:16:31+02:00Thonier FlorianDesactiver le filtre textuel depuis le menu ne remet pas à zero le champ de rechercheDe même, si on veut réactiver le filtre en réappuyant sur entré, le filtre ne s'applique pas.De même, si on veut réactiver le filtre en réappuyant sur entré, le filtre ne s'applique pas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5002[VW] Nouveaux rapports : documenter :)2022-05-19T07:05:21+02:00Mathieu Giraud[VW] Nouveaux rapports : documenter :)On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5001Graph timeline, pas de mise à jour de l'aspect des lignes après séléction par...2022-04-27T14:02:41+02:00Thonier FlorianGraph timeline, pas de mise à jour de l'aspect des lignes après séléction par labelUn cas clair ici: https://app.vidjil.org/48803-25? (mais valable partout).
On ouvre la page, on clique sur l'étiquette `IGH D7` dans le scatterplot.
On devrait voir toutes les lignes correspondantes dans timeline changer pour se mettre...Un cas clair ici: https://app.vidjil.org/48803-25? (mais valable partout).
On ouvre la page, on clique sur l'étiquette `IGH D7` dans le scatterplot.
On devrait voir toutes les lignes correspondantes dans timeline changer pour se mettre en pointillées, or ce n'est pas le cas.
Si on survole les lignes, les clonotypes dans le scatterplot ou bien la liste de clones, nous avons bien une mise à jour correct qui se fait alors.
Probablement un refresh manquant lors de la sélection par l'étiquette.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5000La normalisation n'est pas rechargée lors de l'ouverture d'une analyse.2022-04-25T16:50:41+02:00Thonier FlorianLa normalisation n'est pas rechargée lors de l'ouverture d'une analyse.On sauvegarde bien des informations relatives aux normalisations dans le fichier analysis, pourtant, nous ne le rechargeons pas à la réouverture.
Il n'y a pas d'erreur lors du chargement. Je ne sais pas si l'option avait été implémenté...On sauvegarde bien des informations relatives aux normalisations dans le fichier analysis, pourtant, nous ne le rechargeons pas à la réouverture.
Il n'y a pas d'erreur lors du chargement. Je ne sais pas si l'option avait été implémentée ou si elle a été perdue au cours du temps...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4998Bouton mise à jour disparaît, meme si IMGT + CloneDB2022-05-17T19:09:22+02:00Mathieu GiraudBouton mise à jour disparaît, meme si IMGT + CloneDBVu par @flothoni, suite à !1133Vu par @flothoni, suite à !1133Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4997Screenshots / tests client à scinder ?2022-06-14T16:31:44+02:00Mathieu GiraudScreenshots / tests client à scinder ?@flothoni, !615:
> Il faudra au passage sûrement scinder le script de screenchot pour que les "tests" sur la partie client soit lancé sur les branches client sur une autre MR.@flothoni, !615:
> Il faudra au passage sûrement scinder le script de screenchot pour que les "tests" sur la partie client soit lancé sur les branches client sur une autre MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4996Rapport : Ne pas enregistrer la sélection de clone dans le preset2023-03-28T16:15:40+02:00Mathieu GiraudRapport : Ne pas enregistrer la sélection de clone dans le presetDiscussion avec @mikael-s et @flothoni :
- sauvegarder aussi les clones sélectionnés permet d'avoir quelque chose d'absolument reproductible
mais
- quand on change de preset, on n'a plus les mêmes clones
Bref, pour l'instant on préfè...Discussion avec @mikael-s et @flothoni :
- sauvegarder aussi les clones sélectionnés permet d'avoir quelque chose d'absolument reproductible
mais
- quand on change de preset, on n'a plus les mêmes clones
Bref, pour l'instant on préfère ne pas sauvegarder cette sélection, on verra dans une itération suivanteWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4995Mauvaise position de la boîte d'édition des tags pour plusieurs clones2022-04-15T17:50:10+02:00Mathieu GiraudMauvaise position de la boîte d'édition des tags pour plusieurs clonesmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4994Gestion flexible des tags2022-04-15T12:00:05+02:00Mathieu GiraudGestion flexible des tagsDonnera-t-on un jour la possibilités aux usagèr·es de créer de nouveaux tags ?Donnera-t-on un jour la possibilités aux usagèr·es de créer de nouveaux tags ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4993Pouvoir exporter un alignement dans le rapport2023-06-14T14:50:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir exporter un alignement dans le rapportÉvoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Évoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4992Aligneur: par défaut, centrer sur le CDR32022-04-12T15:46:02+02:00Mathieu GiraudAligneur: par défaut, centrer sur le CDR3évoqué la semaine dernière avec des usagères et @duezévoqué la semaine dernière avec des usagères et @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4991Algo: ne reconnaître des clones que à partir d'une longueur minimale2022-04-08T19:21:16+02:00Mathieu GiraudAlgo: ne reconnaître des clones que à partir d'une longueur minimale
Dans le cadre de #2820/!364, mais aussi d'autres, on peut vouloir limiter la taille des
> On pourrait plutôt faire le filtre au niveau du clone : on ne le considère que si son average read length est suffisant. Comme cela, la détectio...
Dans le cadre de #2820/!364, mais aussi d'autres, on peut vouloir limiter la taille des
> On pourrait plutôt faire le filtre au niveau du clone : on ne le considère que si son average read length est suffisant. Comme cela, la détection continue à bien se faire, mais cela ne fait pas partie des clones sortis
C'est une possibilité, mais on peut même le faire... juste en sortie du KmerSegmenter, ne pas le stocker dans les ReadStorage, ce qui peut alléger encore, surtout dans des cas extrêmes où on voudrait utiliser cette option parce qu'il y aurait
(Bref cela ferait comme quand on a une longueur inférieure à `--window`.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4989% V identity depuis IMGT : avec indel2022-06-21T13:38:39+02:00Mathieu Giraud% V identity depuis IMGT : avec indel
@Anne : "La bonne pratique (ERIC, à vérifier) demande de prendre le % en prenant en compte les indels. C'est normalement donné par IMGT"
@Anne : "La bonne pratique (ERIC, à vérifier) demande de prendre le % en prenant en compte les indels. C'est normalement donné par IMGT"Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4988RAM/CPU requirements for vidjil-algo2022-04-07T18:11:35+02:00Mathieu GiraudRAM/CPU requirements for vidjil-algoDans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core proc...Dans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core processor with 2GB RAM will be enough.
> (...) since 2018 (100+ users, including 30+ regular users) (...) 8 virtual CPUs 6 workers RAM: 28GB
mais rien pour l'instant dans doc/vidjil-algo.md (et donc dans ce qu'on distribue dans le .tar.gz)
Est-ce que ce 1.2GB / 5 minutes est toujours d'actualité ?Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4987mkdocs : autre thème et/ou retravail css2022-04-07T17:14:18+02:00Mathieu Giraudmkdocs : autre thème et/ou retravail cssSuite à !1158, on n'a plus le scroll sur la navbar.
Mais bon, on pourrait aussi regarder les autres thèmes et partir sur autre chose.Suite à !1158, on n'a plus le scroll sur la navbar.
Mais bon, on pourrait aussi regarder les autres thèmes et partir sur autre chose.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4986Plus de séquence dans les (anciens) rapports2022-04-07T17:29:52+02:00Mathieu GiraudPlus de séquence dans les (anciens) rapportsDeux utilisatrices nous font remonter des soucis.
> il y manque les séquence des réarrangements sélectionnés (ex en PJ). Je sais qu'un souci de génération de rapport s'était déjà posé il y a peu de temps, et avait été résolu (on avait...Deux utilisatrices nous font remonter des soucis.
> il y manque les séquence des réarrangements sélectionnés (ex en PJ). Je sais qu'un souci de génération de rapport s'était déjà posé il y a peu de temps, et avait été résolu (on avait alors toutes les séquences en vrac au bout du report, sans possibilité apparente de les ordonner, ce qui nous a paru peu pratique mais utilisable)
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4985Mettre à jour vidjil-alpha2024-02-01T06:07:44+01:00Mathieu GiraudMettre à jour vidjil-alphavidjil-alpha est notre solution pour le [pre-filtering](https://www.vidjil.org/doc/workflow/#pre-filtering-of-large-datasets), et on l'a maintenant releasé il y a plus d'un an, avec deux releases depuis de vijdil-algo.
J'ai vérifié dans...vidjil-alpha est notre solution pour le [pre-filtering](https://www.vidjil.org/doc/workflow/#pre-filtering-of-large-datasets), et on l'a maintenant releasé il y a plus d'un an, avec deux releases depuis de vijdil-algo.
J'ai vérifié dans le CHANGELOG, pour l'instant rien de critique n'a été mis depuis, mais bon, il y a eu du refactor (des germlines), d'autres sont à venir (!1129), bref cela vaudrait probablement le coup de ne pas trop diverger.
Rebaser ou remerger la bonne MR (c'est d'ailleurs !410 ou !881 ?) et republier un vidjil-alpha à jour ?
cc @mikael-sAlgo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4984Primers; inclure les primers D2022-04-07T14:33:02+02:00Thonier FlorianPrimers; inclure les primers DIl semble que les séquences DJ ne trouve pas de primers.
Il faut vérifier le bon fonctionnement et si on peut les inclure.Il semble que les séquences DJ ne trouve pas de primers.
Il faut vérifier le bon fonctionnement et si on peut les inclure.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4983Pipeline de publi de la doc HS2022-04-07T18:28:49+02:00Mathieu GiraudPipeline de publi de la doc HSVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela a...Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela avait marché pour vidjil-algo 2022.03. Je relance.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4982Color by sample : mettre en gris les clones taggués "standard" et autres ?2022-04-07T09:22:10+02:00Mathieu GiraudColor by sample : mettre en gris les clones taggués "standard" et autres ?Discuté hier avec @flothoni. Voir sur L3.
Après, on peut aussi les cacher...Discuté hier avec @flothoni. Voir sur L3.
Après, on peut aussi les cacher...