vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:00:55+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5118Warnings view; unknown warnings are not shown2023-03-28T16:00:55+02:00THONIER FlorianWarnings view; unknown warnings are not shownIf I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.If I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5093report: use clone N region setting2022-11-23T17:10:52+01:00Thonier Florianreport: use clone N region settingUse the selected N region settings in the reportUse the selected N region settings in the reportWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5083Faire un point sur tSNE, puis doc2023-03-21T16:52:04+01:00Mathieu GiraudFaire un point sur tSNE, puis docWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5081Axe "Number of samples" ne fonctionne pas ?2022-11-04T13:42:36+01:00Mathieu GiraudAxe "Number of samples" ne fonctionne pas ?Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5054Axe "number of samples" ne fonctionne pas2022-11-10T17:13:12+01:00Mikaël SalsonAxe "number of samples" ne fonctionne pasL'axe pour connaitre le nombre de samples dans lequel apparait un clone ne fonctionne pas.
Exemple ici : https://app.vidjil.org/53266-25?
Erreur dans la console :
```
Uncaught TypeError: right-hand side of 'in' should be an object, ...L'axe pour connaitre le nombre de samples dans lequel apparait un clone ne fonctionne pas.
Exemple ici : https://app.vidjil.org/53266-25?
Erreur dans la console :
```
Uncaught TypeError: right-hand side of 'in' should be an object, got string
autofill https://app.vidjil.org/js/axis.js:159
compute https://app.vidjil.org/js/axis.js:134
changeSplitMethod https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1386
changeYaxis https://app.vidjil.org/js/scatterPlot_menu.js:459
onchange https://app.vidjil.org/js/scatterPlot_menu.js:149
```Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5040Pas de liste de clones ?2023-03-28T16:05:13+02:00Mathieu GiraudPas de liste de clones ?
https://app.vidjil.org/3241-25?
![image](/uploads/8ddc9f0e95407ea7655b0aecdb99cae5/image.png)
https://app.vidjil.org/3241-25?
![image](/uploads/8ddc9f0e95407ea7655b0aecdb99cae5/image.png)Web 2022.12Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5021Rapport - la génération échoue si l'on est en "custom"2022-05-25T17:22:23+02:00Thonier FlorianRapport - la génération échoue si l'on est en "custom"Si l'on ouvre un sample seul (en custom) l'on ne peux pas générer le rapport par défaut (peut-être les autres aussi). Je pense que l'on échoue à cause du bloc `log`. Il faudrait vérifier cependant...
Reproductible.Si l'on ouvre un sample seul (en custom) l'on ne peux pas générer le rapport par défaut (peut-être les autres aussi). Je pense que l'on échoue à cause du bloc `log`. Il faudrait vérifier cependant...
Reproductible.Web 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5012Rapport et "presets" communs entre plusieurs analyses2022-11-30T16:51:26+01:00Mathieu GiraudRapport et "presets" communs entre plusieurs analyses
@flothoni : "je fais un nouveau template, j'enregistre. Comment l'avoir pour des nouveaux samples ?"
Et même soucis en rechargeant l'analyse ?
Ou renommer en attendant "Preset" en quelque chose d'autre ?
@flothoni : "je fais un nouveau template, j'enregistre. Comment l'avoir pour des nouveaux samples ?"
Et même soucis en rechargeant l'analyse ?
Ou renommer en attendant "Preset" en quelque chose d'autre ?Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5006Le hover des time label montre toujours le nombre de reads de l'échantillon c...2022-05-17T19:48:08+02:00Thonier FlorianLe hover des time label montre toujours le nombre de reads de l'échantillon courantJe viens de m'apercevoir que le nombre de reads et le pourcentage indiqué dans le hover est toujours lié au sample courant.
Probablement une variable non ou mal passée.
A priori très simple à corriger.Je viens de m'apercevoir que le nombre de reads et le pourcentage indiqué dans le hover est toujours lié au sample courant.
Probablement une variable non ou mal passée.
A priori très simple à corriger.Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5002[VW] Nouveaux rapports : documenter :)2022-05-19T07:05:21+02:00Mathieu Giraud[VW] Nouveaux rapports : documenter :)On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4998Bouton mise à jour disparaît, meme si IMGT + CloneDB2022-05-17T19:09:22+02:00Mathieu GiraudBouton mise à jour disparaît, meme si IMGT + CloneDBVu par @flothoni, suite à !1133Vu par @flothoni, suite à !1133Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4989% V identity depuis IMGT : avec indel2022-06-21T13:38:39+02:00Mathieu Giraud% V identity depuis IMGT : avec indel
@Anne : "La bonne pratique (ERIC, à vérifier) demande de prendre le % en prenant en compte les indels. C'est normalement donné par IMGT"
@Anne : "La bonne pratique (ERIC, à vérifier) demande de prendre le % en prenant en compte les indels. C'est normalement donné par IMGT"Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4988RAM/CPU requirements for vidjil-algo2022-04-07T18:11:35+02:00Mathieu GiraudRAM/CPU requirements for vidjil-algoDans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core proc...Dans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core processor with 2GB RAM will be enough.
> (...) since 2018 (100+ users, including 30+ regular users) (...) 8 virtual CPUs 6 workers RAM: 28GB
mais rien pour l'instant dans doc/vidjil-algo.md (et donc dans ce qu'on distribue dans le .tar.gz)
Est-ce que ce 1.2GB / 5 minutes est toujours d'actualité ?Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4985Mettre à jour vidjil-alpha2024-02-01T06:07:44+01:00Mathieu GiraudMettre à jour vidjil-alphavidjil-alpha est notre solution pour le [pre-filtering](https://www.vidjil.org/doc/workflow/#pre-filtering-of-large-datasets), et on l'a maintenant releasé il y a plus d'un an, avec deux releases depuis de vijdil-algo.
J'ai vérifié dans...vidjil-alpha est notre solution pour le [pre-filtering](https://www.vidjil.org/doc/workflow/#pre-filtering-of-large-datasets), et on l'a maintenant releasé il y a plus d'un an, avec deux releases depuis de vijdil-algo.
J'ai vérifié dans le CHANGELOG, pour l'instant rien de critique n'a été mis depuis, mais bon, il y a eu du refactor (des germlines), d'autres sont à venir (!1129), bref cela vaudrait probablement le coup de ne pas trop diverger.
Rebaser ou remerger la bonne MR (c'est d'ailleurs !410 ou !881 ?) et republier un vidjil-alpha à jour ?
cc @mikael-sAlgo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4970Champ recherche dans toute la doc2022-05-06T14:15:09+02:00Mathieu GiraudChamp recherche dans toute la doc
Un paramètre dans mkdocs ? Et/ou recherche via moteur externe ?
Un paramètre dans mkdocs ? Et/ou recherche via moteur externe ?Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4969Stocker dans .analysis le nom de la couleur plus que le numéro + quelques tag...2022-04-15T21:41:40+02:00Mathieu GiraudStocker dans .analysis le nom de la couleur plus que le numéro + quelques tags en plusavant #xxx :
- Stocker dans .analysis le nom
- Puis modifiant le tableau: dimer,avant #xxx :
- Stocker dans .analysis le nom
- Puis modifiant le tableau: dimer,Web 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4968Sprint pour Web 2022.052022-06-15T11:25:32+02:00Mathieu GiraudSprint pour Web 2022.05Passe sur l'ensemble des issues %"Web 2022.05"
Les gros points à finir
- Rapports #4932 #4971 #4980 @duez #4920 #3130 @flothoni
Les issues fonctionnelles qui me semblent jouables et amener quelque chose à l'usager :
- Color by...Passe sur l'ensemble des issues %"Web 2022.05"
Les gros points à finir
- Rapports #4932 #4971 #4980 @duez #4920 #3130 @flothoni
Les issues fonctionnelles qui me semblent jouables et amener quelque chose à l'usager :
- Color by sample #4042, plus de couleur index par texte #4969 @duez
- numéro sample dans l'export #4561 @duez ?
- bug export rapport vidjil/support/lille-hemato#36 (obsolète nouveaux rapports ?)
- doc des dernières features #4967 @flothoni #4625 @duez vdj#mailsusagersdoc recherche dans doc #4970
- API !615 @flothoni ok !1198
- nb clonotypes en sortie de l'algo !1146
Celles finalement déplacées à %"Web 2022.12"
- UMI !1141 @flothoni
- color productivity detailed #4795 @magiraud
- client alignement EndWithSomeDeletons #3332 @magiraud ?
Grosses issues déplacées à %"Web 2022.12" :
- se souvenir des primes #1253
- vue warnings #4165
- germlines alternatives #2639
- stats-qc mise en prod #4539/#3171Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4967Rajouter dans user.md un screenshot de diversité par locus2022-04-21T12:59:12+02:00Mathieu GiraudRajouter dans user.md un screenshot de diversité par locushttps://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indiceshttps://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indicesWeb 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4952Exporter dans l'algo le nb de clonotypes totaux de manière structurée2022-04-20T19:23:36+02:00Mathieu GiraudExporter dans l'algo le nb de clonotypes totaux de manière structuréeAu total et par locus.
Discuter au passage du format .vidjilAu total et par locus.
Discuter au passage du format .vidjilAlgo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4932Nouveaux rapports : détails techniques2022-04-06T21:11:44+02:00Mathieu GiraudNouveaux rapports : détails techniquesOn continue après !1118
(Bikeshedding bio dans #4920, ici uniquement technique)
- si 0 sample est sélectionné, ne pas permettre la validation du rapport
- dropdown add block : ne pas mettre les blocs déjà présents
- dropdown add ...On continue après !1118
(Bikeshedding bio dans #4920, ici uniquement technique)
- si 0 sample est sélectionné, ne pas permettre la validation du rapport
- dropdown add block : ne pas mettre les blocs déjà présents
- dropdown add block : mettre le nom complet, pas l’id, dans la liste
- le rapport marche bien sur le CI mais… pas chez moi en local, il me manque quelque chose
- quand la génération du rapport plante, le bandeau “generating reports” est toujours là et l’appli est bloquée. Récupérer s’il y a des erreurs pour ne pas tout bloquer.Web 2022.05marc duezmarc duez