vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:34:02+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1269Lien direct pour visualiser les courbes d'un patient2016-11-29T14:34:02+01:00Vidjil TeamLien direct pour visualiser les courbes d'un patientQuand on est sur la liste des patients, on pourrait avoir un lien sur le nom de la config (s'il y a des résultats finaux) afin de les visualiser directement (ce qui éviterait plusieurs clics).
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@RyanHerbQuand on est sur la liste des patients, on pourrait avoir un lien sur le nom de la config (s'il y a des résultats finaux) afin de les visualiser directement (ce qui éviterait plusieurs clics).
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1270Moins de rebond lors du changement de système2016-11-29T14:34:03+01:00Vidjil TeamMoins de rebond lors du changement de systèmeEn multi-systèmes, quand on permute de système, il y a un gros rebond (> 1 seconde), que ce soit sur le scatterplot ou sur le #visu_plot_container. Idéalement, il faudrait qu'il n'y en ait pas (ralentir les clones à la fin ?), ou très pe...En multi-systèmes, quand on permute de système, il y a un gros rebond (> 1 seconde), que ce soit sur le scatterplot ou sur le #visu_plot_container. Idéalement, il faudrait qu'il n'y en ait pas (ralentir les clones à la fin ?), ou très peu.
Cela sera encore plus visible le jour où on aura un super raccourci clavier pour permuter de système
La même chose s'observe (mais moins fort) quand on change les axes ou quand on redimensionne la fenêtre
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>> 5ac691a36dfd4
plus de friction pour eviter les rebond
vitesse de base plus élevé (pour compenser)
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parfait
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1271Clavier : une touche pour changer de système (syst. incomplets)2016-11-29T14:34:04+01:00Vidjil TeamClavier : une touche pour changer de système (syst. incomplets)par exemple "h" ou "g", la même lettre que le système... peut-être même sans besoin de Ctrl.
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>>7dabde8974889
TODO : les systemes "+"
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bien. Les systèmes "+", ce n'est pas bien urgent, on n'en a pas pour l'instant.
Par exemple, ap...par exemple "h" ou "g", la même lettre que le système... peut-être même sans besoin de Ctrl.
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>>7dabde8974889
TODO : les systemes "+"
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bien. Les systèmes "+", ce n'est pas bien urgent, on n'en a pas pour l'instant.
Par exemple, appuyer sur "h" pourrait cycler entre le "h" et le "h+"
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47c8af8
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1272Algo multi-système 1.9, faire passer les tests, k-mers ambigus2016-11-29T14:34:04+01:00Vidjil TeamAlgo multi-système 1.9, faire passer les tests, k-mers ambigusIl n'y a finalement très peu de tests en multi-système.
Faire un fichier avec des reads devant être segmenté un peu partout.
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Branche multi, b5fa7e8, le test est fait... reste à le faire passer :)
Solutions possibles :
- monter DE...Il n'y a finalement très peu de tests en multi-système.
Faire un fichier avec des reads devant être segmenté un peu partout.
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Branche multi, b5fa7e8, le test est fait... reste à le faire passer :)
Solutions possibles :
- monter DETECT_THRESHOLD
- graines plus longues
- k-mots communs interdits : une manière simple serait de faire une fonction IKmerStore::remove (ou annihilate, ou ...) qui supprime de l'index les k-mers du fasta donné.Sur l'index TRG, on appellerait remove(IGH), remove(IGK)...
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On voit cela plus tard, peut-être en janvier, avec k-mers communs et index commun ou pas.
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Solution proposée :
- k-mots communs interdits : une manière simple serait de faire une fonction IKmerStore::remove (ou annihilate, ou ...) qui supprime de l'index les k-mers du fasta donné.Sur l'index TRG, on appellerait remove(IGH), remove(IGK)...
- (et idéalement, l'avoir aussi à distance 1)
1) C'est relativement facile à faire
2) Cela permet, dans notre code actuel, d'être quasiment fonctionnellement équivalent à ce qu'on sera quand on aura au début du seul index/automate.
- Fonctionnellement, car on sera toujours beaucoup plus long.
- et 'au début', car après l'automate permettrait de partir dans des graines bien plus différentes par V/J
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1274send to IMGT: ne marche plus2016-11-29T14:34:06+01:00Vidjil Teamsend to IMGT: ne marche plusrbx → Demo (L2, TRG ou L3, multi) → clone principal → IMGT
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bug ajouté avec (probleme d'initialisation) >> 50d5a2fffd08e7a
corrigé avec >> ba13fdc55ebd09
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@Duezrbx → Demo (L2, TRG ou L3, multi) → clone principal → IMGT
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bug ajouté avec (probleme d'initialisation) >> 50d5a2fffd08e7a
corrigé avec >> ba13fdc55ebd09
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1275On ne peut plus visualiser la séquence de clones "?/?"2016-11-29T14:34:07+01:00Vidjil TeamOn ne peut plus visualiser la séquence de clones "?/?"J'imagine que maintenant c'est limité à ceux du système en cours (est-ce souhaitable ? c'était rigolo d'aligner des TRG avec des IGH).
En tous cas, pour les ?/? on doit pouvoir voir la séquence.
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@DuezJ'imagine que maintenant c'est limité à ceux du système en cours (est-ce souhaitable ? c'était rigolo d'aligner des TRG avec des IGH).
En tous cas, pour les ?/? on doit pouvoir voir la séquence.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1276Supprimer le champ DB 'germline'2016-11-29T14:34:07+01:00Vidjil TeamSupprimer le champ DB 'germline'Sert uniquement au lancement vidjil C++ (on pourra le mettre dans config)
Le browser est déjà indépendant de ce paramètre
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bien, cela fonctionne toujours et c'est plus clair ainsi.
Les configs sur rbx ont été mises à jour
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@DuezSert uniquement au lancement vidjil C++ (on pourra le mettre dans config)
Le browser est déjà indépendant de ce paramètre
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bien, cela fonctionne toujours et c'est plus clair ainsi.
Les configs sur rbx ont été mises à jour
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1277Avoir un indicateur persistant qui tourne/bouge quand un upload est en cours2016-11-29T14:34:08+01:00Vidjil TeamAvoir un indicateur persistant qui tourne/bouge quand un upload est en coursBut : sentir visuellement que quelque chose se passe, même si on ne voit plus les messages de log et si on est en train de faire "autre chose".
Par exemple tout à droite du #top-container ?
Bikeshedding : un joli sablier Windows 98 ? un...But : sentir visuellement que quelque chose se passe, même si on ne voit plus les messages de log et si on est en train de faire "autre chose".
Par exemple tout à droite du #top-container ?
Bikeshedding : un joli sablier Windows 98 ? un truc abstrait qui tourne/bouge ? La même barre de progression que celle qu'on voit sur la page d'upload ?
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Génialissime, le menu upload !
Reste à faire qu'il ait une apparence différent quand il est en train de tourner ("uploading...") ou quand tout est completed ("upload completed").
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> a3afb6de87
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1279Stocker chez nous le fichier d'IMGT et tests2016-11-29T14:34:10+01:00Vidjil TeamStocker chez nous le fichier d'IMGT et testsIMGT fait périodiquement des releases de GENE-DB (dernière: 23 novembre)... et cela fait planter nos tests/ci de manière imprévisible. Je ne sais pas si c'est une bonne façon de faire (on a un logiciel qui marche, on part en année sabbat...IMGT fait périodiquement des releases de GENE-DB (dernière: 23 novembre)... et cela fait planter nos tests/ci de manière imprévisible. Je ne sais pas si c'est une bonne façon de faire (on a un logiciel qui marche, on part en année sabbatique, et il ne marche plus).
Solutions possibles
- donner directement les germaines à télécharger (j'étais contre avant, ce n'est pas sûr que ce soit autorisé...)
- ou, compromis, archiver chez nous le fichier d'IMGT
- ou, encore mieux, récupérer sur IMGT un fichier d'une certaine version, puisqu'ils doivent bien tout archiver... euh non, pas sûr :-)
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Important, le "make test" d'une ancienne release doit toujours fonctionner !
Bref, décision : on héberge nous-même une copie de IMGT-GENE-DB.
Mais cela doit être versionné / daté pour que les anciennes releases fonctionnent toujours.
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Idem pour Stanford-S22.
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Les fichiers germline.tar.gz sont maintenant stockés sur rbx dans le répertoire ~bonsai-ci/germlines. Un lien symbolique du répertoire du serveur web vers ce répertoire-là devrait faire l'affaire. J'ai des commits en local pour gérer ces fichiers-là mais j'attends qu'on ait vidjil.org pour les pousser.
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3c4d92f..70efc57
le fichier germline/germline_id définit le numéro de build de Vidjil-data sur lequel on travaille.
On récupère maintenant les séquences S22 depuis vidjil.org
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merci !
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1280algo: Release 2014-11, gzip, premier multi-système fonctionnel2016-11-29T14:34:10+01:00Vidjil Teamalgo: Release 2014-11, gzip, premier multi-système fonctionnelmerci Mikaël et bon week-end !
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@magiraud @mikael-smerci Mikaël et bon week-end !
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1282Le renommage de clone ne fonctionne plus2016-11-29T14:34:12+01:00Vidjil TeamLe renommage de clone ne fonctionne plusclonelist → on renomme → save (ou entrée) → rien ne change
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@Duezclonelist → on renomme → save (ou entrée) → rien ne change
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1287Stocker la taille des fichiers fasta comme entier2016-11-29T14:34:15+01:00Vidjil TeamStocker la taille des fichiers fasta comme entierActuellement c'est une chaîne de caractères :)
Cela permettrait :
- de faire des sommes (par patient par exemple)
- de faire du tri
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@DuezActuellement c'est une chaîne de caractères :)
Cela permettrait :
- de faire des sommes (par patient par exemple)
- de faire du tri
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1288color by abundance at selected time point à l'intérieur d'un cluster2016-11-29T14:34:16+01:00Vidjil Teamcolor by abundance at selected time point à l'intérieur d'un clusterLa coloration ne fonctionne pas pour les clones à l'intérieur d'un cluster (lorsque le cluster a été « déplié »)
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>> 25bb43b0f61247
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@DuezLa coloration ne fonctionne pas pour les clones à l'intérieur d'un cluster (lorsque le cluster a été « déplié »)
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>> 25bb43b0f61247
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1289Impossible de « décacher » le menu de gauche2016-11-29T14:34:17+01:00Vidjil TeamImpossible de « décacher » le menu de gaucheSous FF ou Chromium, une fois le menu de gauche caché (en cliquant sur la barre du milieu), impossible de le remontrer : il apparaît pour disparaître aussitôt
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>> 9afd899311eb371
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@DuezSous FF ou Chromium, une fois le menu de gauche caché (en cliquant sur la barre du milieu), impossible de le remontrer : il apparaît pour disparaître aussitôt
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>> 9afd899311eb371
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1296Fichiers SRA2016-11-29T14:34:22+01:00Vidjil TeamFichiers SRAhttp://nsaunders.wordpress.com/2011/12/22/sequencing-for-relics-from-the-sanger-era-part-1-getting-the-raw-data/
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Et donner des .fastq à Tatiana
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merci Mikaël
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@magiraud @mikael-shttp://nsaunders.wordpress.com/2011/12/22/sequencing-for-relics-from-the-sanger-era-part-1-getting-the-raw-data/
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Et donner des .fastq à Tatiana
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merci Mikaël
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1297Ne pas faire apparaître les points qui n'ont pas fini de tourner2016-11-29T14:34:23+01:00Vidjil TeamNe pas faire apparaître les points qui n'ont pas fini de tournerLorsqu'un point est en train de tourner avec Vidjil, il apparaît dans le graph, ce qui semble le faire bugger (les courbes apparaissent puis disparaissent rapidement). Or ce point n'existe pas encore puisqu'on n'a pas les résultats.
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...Lorsqu'un point est en train de tourner avec Vidjil, il apparaît dans le graph, ce qui semble le faire bugger (les courbes apparaissent puis disparaissent rapidement). Or ce point n'existe pas encore puisqu'on n'a pas les résultats.
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7d9f4ce422
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1299Liens mal placés pour le téléchargement des data et analysis2016-11-29T14:34:25+01:00Vidjil TeamLiens mal placés pour le téléchargement des data et analysisSur la page d'un patient, c'est uniquement lorsque la souris passe tout en haut du lien qu'on peut cliquer et télécharger, sinon le lien n'est pas actif. Pourtant il s'agit d'une balise <a> classique, je ne vois pas trop pourquoi. Y-a-t-...Sur la page d'un patient, c'est uniquement lorsque la souris passe tout en haut du lien qu'on peut cliquer et télécharger, sinon le lien n'est pas actif. Pourtant il s'agit d'une balise <a> classique, je ne vois pas trop pourquoi. Y-a-t-il un div par dessus qui cacherait ?
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en effet le footer depasse un poil
>> df1c65cee53
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1300Petits clones qui frétillent2016-11-29T14:34:26+01:00Vidjil TeamPetits clones qui frétillentDepuis la dernière modif du moteur physique, si on met bcp de clones, les petits clones autour du gros ont tendance à frétiller. Voir particulièrement sur Demo L3 en multi.
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Mvoui, pas si gênant, ou cela a diminué
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Non observé depu...Depuis la dernière modif du moteur physique, si on met bcp de clones, les petits clones autour du gros ont tendance à frétiller. Voir particulièrement sur Demo L3 en multi.
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Mvoui, pas si gênant, ou cela a diminué
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Non observé depuis longtemps
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1301API: erreur si mauvais appel2016-11-29T14:34:26+01:00Vidjil TeamAPI: erreur si mauvais appelMaintenant qu'il y a une belle API, il y a plein d'occasion de faire des erreurs :
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1&config=5
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=578545&config=2
http://rbx.vidjil.org/browser/?dfgdt=5785
Il de...Maintenant qu'il y a une belle API, il y a plein d'occasion de faire des erreurs :
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1&config=5
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=578545&config=2
http://rbx.vidjil.org/browser/?dfgdt=5785
Il devrait y avoir un joli message d'erreur dans ces cas :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1304Réarrangements incomplets2016-11-29T14:34:29+01:00Vidjil TeamRéarrangements incompletsPatient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
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Pour le patient MAQ en DD2/DD3 :...Patient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
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Pour le patient MAQ en DD2/DD3 : rien. Mais ça vient des germlines. Le DD2 fait 9nt et on utilise une graine qui s'étend sur 11. Il faudrait récupérer la séquence en amont du DD2 et en aval du DD3.
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|13+0=13| |rev-compl|
actgggggatacgcacagtgctacaaaacctacagagacctgtac
En utilisant ces séquences-là (en local) on a un clone à 44584 reads.
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|
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|9+0=9| |rev-compl|
tatactgatgtgtttcattgtgccttcctac
et cette séquence-là pour le DD3 :
>M22152|TRDD3*01|Homo sapiens|F|D-REGION|214..226|13 nt|1|
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|
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Sur bioinfo-inria on a cette séquence-là pour le DD2 :
>M22153|TRDD2*01|Homo sapiens|F|D-REGION|34..42|9 nt|1|
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Pour récupérer automatiquement les séquences amonts on peut peut-être utiliser l'API du NCBI (pour le faire automatiquement). Sinon on peut les stocker quelque part :)
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Pour TRDD2*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22153&rettype=fasta&retmode=text&to=42
Pour TRDD3*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22152&rettype=fasta&retmode=text&from=214&to=258
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b43f867 pour récupérer les fichiers avec les séquences amont/aval
et cffcd74, 7aaa26f pour gérer les réarrangements incomplets (merci Mathieu)
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@magiraud