vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-02-02T12:19:23+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4642vidjil-algo: analyser stdin2021-02-02T12:19:23+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: analyser stdin
Quelque chose comme `vidjil-algo -c desigations -` serait parfois utile pour analyser des reads au fur et à mesure.
Usages possibles:
- travail à la main sur quelques séquences
- pipe depuis d'autres outils
- analyse en temps-réel ...
Quelque chose comme `vidjil-algo -c desigations -` serait parfois utile pour analyser des reads au fur et à mesure.
Usages possibles:
- travail à la main sur quelques séquences
- pipe depuis d'autres outils
- analyse en temps-réel le jour où on aura de telles données ;)
(Par contre `-c clones` pas pertinent, puisqu'il faut attendre la fin...)Algo 2021.02Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4641app.vidjil.org/analyze ne fonctionne plus2021-01-14T09:01:15+01:00Mathieu Giraudapp.vidjil.org/analyze ne fonctionne plus
... et donc n'est pas monitoré ?
... et donc n'est pas monitoré ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4632Analyse avec MiXCR ne fonctionne pas avec les distributions2021-02-23T10:10:25+01:00Thonier FlorianAnalyse avec MiXCR ne fonctionne pas avec les distributionsSur le serveur de test, les analyses avec la config mixcr ne s'ouvre pas.
Cela est provoqué par la fonction `loadAllDistribClones` qui échoue sur une variable qui peut être non définie.
Les clones mixcr n'ont pas de valeur `lenSeqAvera...Sur le serveur de test, les analyses avec la config mixcr ne s'ouvre pas.
Cela est provoqué par la fonction `loadAllDistribClones` qui échoue sur une variable qui peut être non définie.
Les clones mixcr n'ont pas de valeur `lenSeqAverage`.
Il y aurait possiblement besoin d'un hotfix.
Dans le pire des cas, en attendant nous pouvons retirer sur le serveur les distributions du fuse lors des configuration mixcr.
Ps: Prévenir l'utilisateur 66.2021-01-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4629Accélérer la procédure d'upload des fastq2021-01-12T16:47:13+01:00Anne de SeptenvilleAccélérer la procédure d'upload des fastqBonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutation...Bonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutationnel est en constante augmentation. Les runs comportent de plus en plus d'échantillons. C'est vraiment super de pouvoir créer tous nos patients par copier-coller, c'est vraiment une nette amélioration pour nous et un gros gain de temps. Maintenant il faudrait vraiment pouvoir faire le même genre de chose sur le page d'upload des fastq, au moins pour la sélection des fichiers qui est très laborieuse.
77 patients à entrer ce matin, soit 154 fichiers qu'il faut rechercher manuellement dans la fenêtre de sélection, associer au bon patient etc... cela prend facilement 1h ou 2h pour tout bien faire sans erreur (et ce n'est pas très enrichissant).
Merci encore pour tout ce que vous faites pour nous !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4619test update_radius dans test_scatterplot échoue sur meccano2021-02-12T08:31:46+01:00Mikaël Salsontest update_radius dans test_scatterplot échoue sur meccanoVoir par exemple le job [#903604](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/903604).
```
1) Failure:
TestScatterplot#test_03_update_radius [functional/test_scatterplot.rb:98]:
>> clone 2 should NOT be visible in scatterplot at time ...Voir par exemple le job [#903604](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/903604).
```
1) Failure:
TestScatterplot#test_03_update_radius [functional/test_scatterplot.rb:98]:
>> clone 2 should NOT be visible in scatterplot at time 1
```
@flothoni [a remarqué](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/838#note_428632) que le test passe sur kapla ou sur lego mais pas sur meccano.
À corriger car très gênant pour la reproductibilité des pipelines.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4612Implement --post for fuse2021-11-26T15:51:22+01:00Mathieu GiraudImplement --post for fuseFollows #3647. In !367 we did only `--pre`
Après le `-t 100` ? Truc intermédaire avec un autre `-t` ?Follows #3647. In !367 we did only `--pre`
Après le `-t 100` ? Truc intermédaire avec un autre `-t` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4607Améliorer la récupération des tests loupés dans les artefacts Watir2022-03-23T13:48:55+01:00Mathieu GiraudAméliorer la récupération des tests loupés dans les artefacts Watir
Sur une erreur typique, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886646#L3807:
```
1) Error:
TestPreProcess#test_pre_process_add:
Watir::Exception::UnknownObjectException: timed out after 30 seconds, waiting for #<Watir::Anchor: ...
Sur une erreur typique, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886646#L3807:
```
1) Error:
TestPreProcess#test_pre_process_add:
Watir::Exception::UnknownObjectException: timed out after 30 seconds, waiting for #<Watir::Anchor: located: false; {:class=>"button", :text=>"pre-process", :tag_name=>"a"}> to be located
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:798:in `rescue in element_call'
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:790:in `element_call'
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:145:in `click'
functional/test_pre_process.rb:21:in `go_to_list'
functional/test_pre_process.rb:35:in `test_pre_process_add'
```
le [test report](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/195284/test_report) parsé par Gitlab n'affiche que la stack, mais pas la ligne d'erreur. Est-ce notre pipeline qui ne sort pas cela dans l'artefact, ou bien gitlab qui n'arrive pas à le parser ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4606IMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)2021-02-26T10:34:24+01:00Thonier FlorianIMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4605Scatterplot : les légendes des locus sont sous les icônes2021-04-14T17:02:42+02:00Mikaël SalsonScatterplot : les légendes des locus sont sous les icônesQuand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Quand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4595Tests tutorial et ff32, sauter quelques tests et enlever le allow:failure2020-12-28T16:37:05+01:00Mathieu GiraudTests tutorial et ff32, sauter quelques tests et enlever le allow:failureSuite à !812 : un/quelques tests (lesquels ?) échouent sur FF32, pas toujours reproductiblement.
Bien sûr, il serait mieux de corriger cela.
Cela dit... FF32 est une "legacy platform", voir http://www.vidjil.org/doc/user/#legacy-browser...Suite à !812 : un/quelques tests (lesquels ?) échouent sur FF32, pas toujours reproductiblement.
Bien sûr, il serait mieux de corriger cela.
Cela dit... FF32 est une "legacy platform", voir http://www.vidjil.org/doc/user/#legacy-browsers, nous respectons cela ;-)Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4592Évaluer la reproductibilité des pipelines2021-10-29T11:24:20+02:00Mathieu GiraudÉvaluer la reproductibilité des pipelinesPlus généralement que #4591, par API, faire des stats sur les jobs *passés* voir quel est le nombre moyen de relances (automatiques et/ou manuelles) qu'il y a eues. Idéalement coupler cela avec #3397 : que coûtent les relances ?Plus généralement que #4591, par API, faire des stats sur les jobs *passés* voir quel est le nombre moyen de relances (automatiques et/ou manuelles) qu'il y a eues. Idéalement coupler cela avec #3397 : que coûtent les relances ?Tests-Dev-2021-052021-02-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4591Tests server-fonctionnal peu reproductibles2022-03-23T13:49:53+01:00Mathieu GiraudTests server-fonctionnal peu reproductibles
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/873398 est un festival, alternativement pour ff32 et ff45:
- ~~un gpg keyserver #3610~~
- un `TestSample#test_edit: Watir::Wait::TimeoutError: timed out after 30 seconds,` +1
- un `TestSa...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/873398 est un festival, alternativement pour ff32 et ff45:
- ~~un gpg keyserver #3610~~
- un `TestSample#test_edit: Watir::Wait::TimeoutError: timed out after 30 seconds,` +1
- un `TestSample#test_add_with_pre_process: Watir::Wait::TimeoutError: timed out after 30 seconds`
- un `TestSample#test_add [functional/test_sample.rb:98]: Expected false to be truthy.`
- puis cela passe enfin pour ff32 et ff45
On devrait améliorer la reproductibilité... en attendant un `retry:2` ou `retry:3`, comme déjà proposé dans !840https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4588My Account: tester la vue2020-12-10T09:20:24+01:00Mathieu GiraudMy Account: tester la vueÀ l'occasion de !857, j'ai changé quelques chaînes / ordres, et les tests passent toujours. Regarder ce qui est testé.À l'occasion de !857, j'ai changé quelques chaînes / ordres, et les tests passent toujours. Regarder ce qui est testé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4587My Account et ailleurs : terme "job" → "process"2020-12-30T10:07:16+01:00Mathieu GiraudMy Account et ailleurs : terme "job" → "process"Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on p...Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on parle de "task", de "processing"...Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4582My Account: lien vers localhost2020-12-03T19:44:55+01:00Mathieu GiraudMy Account: lien vers localhostBloque #4562 ?
"fuses:" met un lien vers `/localhost`Bloque #4562 ?
"fuses:" met un lien vers `/localhost`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4581DNS sur des déploiements d'un serveur de review2020-12-02T19:10:03+01:00Mathieu GiraudDNS sur des déploiements d'un serveur de reviewDepuis !782:
> Mais cette MR (!846) est au dessus de !782 donc elle a le même souci : Erreur 500 sur cette URL https://feature-sc-nginx-conf-and-url.server.ci.vidjil.org/vidjil/static/js/checkSSL.js
On discute avec @duez : il ne voit p...Depuis !782:
> Mais cette MR (!846) est au dessus de !782 donc elle a le même souci : Erreur 500 sur cette URL https://feature-sc-nginx-conf-and-url.server.ci.vidjil.org/vidjil/static/js/checkSSL.js
On discute avec @duez : il ne voit pas ce qui cause le soucis. Ce serait quelque chose de spécifique au review server ?
Apparament cela passe en local (et donc en prod si déployé). Vu les corrections que !846 apporte, est-ce qu'on se permettrait de merger ces MRs ? D'un autre côté, c'est très embêtant de ne pas avoir de review server, en ce moment c'est bloquant.
@duez et @mikael-s ont vu que c'est probablement lié à un problème de DNS sur le serveur de deploy (qui a plusieurs déploiements en même temps.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4578Warnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur d...2021-02-23T10:33:35+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur différents samplesEn lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais...En lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais il faudrait possiblement mettre un niveau plus élevé pour le faire ressortir (en attendant une meilleur gestion du bruit des warnings).
De plus, comment faire ressortir que c'est le sample 3 qui présente la divergence sur les XXX présent ? E tque c'est les samples 3 et 5 sur les YYY présent ?
Il faudrait faire des fusions des warning pour permettre d'extraire l'information et la fusionner au besoin au sein d'une seule entrée plus lisible.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4577qc-stats : Un même échantillon est présent plusieurs fois2022-07-19T15:36:08+02:00Mikaël Salsonqc-stats : Un même échantillon est présent plusieurs foisÀ l'heure actuelle on a pu constater sur des données de ~"Paris-Pitié" qu'un échantillon est présent dans la vue qc-stats autant de fois qu'il est présent dans un sample set.À l'heure actuelle on a pu constater sur des données de ~"Paris-Pitié" qu'un échantillon est présent dans la vue qc-stats autant de fois qu'il est présent dans un sample set.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4576Mettre à jour la page de login views/default/user.html2020-12-02T20:49:49+01:00Mathieu GiraudMettre à jour la page de login views/default/user.htmlPas mise à jour depuis plusieurs années. Revoir les crédits.
Suite à !813, mettre en particulier un texte différent selon le statut du server.Pas mise à jour depuis plusieurs années. Revoir les crédits.
Suite à !813, mettre en particulier un texte différent selon le statut du server.Web 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4575Faire un template de release/déploiement web2021-08-13T10:08:22+02:00Mathieu GiraudFaire un template de release/déploiement webÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiWeb 2021.052020-12-11