vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-10-03T11:59:09+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5066New scatterplot preset: locus by size2022-10-03T11:59:09+02:00Thonier FlorianNew scatterplot preset: locus by sizeA user ask to create a new preset "locus by size".
for the moment, they should do it by hand each time by selecting correct axis in lists.
Two options:
* Create a specific preset with this option
* Allow user to create their own prese...A user ask to create a new preset "locus by size".
for the moment, they should do it by hand each time by selecting correct axis in lists.
Two options:
* Create a specific preset with this option
* Allow user to create their own preset and "add" them locally by settings.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5065Warning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianWarning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrai...~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrait déjà pouvoir les détecter et indiquer que les séquences sont extrêmement similaires. Probablement déjà la cas, mais nous n'avons pas accès aux données pour le moment. -> Il y a déjà bien le warning W53 (highly similar).
* [ ] Être plus spécifique en indiquant que la variation est située au niveau du primer. Pour ça, il faut être capable d'exploiter les données des primers.
* [ ] À terme, pouvoir en faire un merge automatique depuis l'algo, mais dans ce cas il faut trancher sur le nucléotide à privilégier. Dans le cas présent, les deux clonotypes sont présent dans la même proportion. S'appuyer sur la séquence germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5064Erreur sur grep reads2022-10-04T12:03:20+02:00Mikaël SalsonErreur sur grep readsTenté un grep reads là dessus : https://app.vidjil.org/54221-30?clone=81
Le process a bien tourné, mais ensuite erreur « File could not be read ». En regardant sur le serveur, le fichier n'existe pas. Le répertoire `out-128383/seq` est ...Tenté un grep reads là dessus : https://app.vidjil.org/54221-30?clone=81
Le process a bien tourné, mais ensuite erreur « File could not be read ». En regardant sur le serveur, le fichier n'existe pas. Le répertoire `out-128383/seq` est vide : il n'y a pas de fichier clone.fa-*. Pourtant le processus Vidjil est bien lancé avec l'option `--out-clone-files`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5063nightmare en erreur2022-11-10T17:55:25+01:00Mikaël Salsonnightmare en erreurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/2373884
Quelle cause ? (version trop ancienne ?)
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/2373884
Quelle cause ? (version trop ancienne ?)
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5062Nouveau preset2022-10-03T11:59:09+02:00Mathieu GiraudNouveau preset![image](/uploads/efc2b3ece3d37466851fc96a986dcd34/image.png)![image](/uploads/efc2b3ece3d37466851fc96a986dcd34/image.png)Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5061Rapports par système2022-09-21T14:51:13+02:00Mathieu GiraudRapports par système
"Comme avant", demande donc #5059 et #5060.
"Comme avant", demande donc #5059 et #5060.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5060Rapport : ne pas afficher une section vide2022-09-21T14:51:13+02:00Mathieu GiraudRapport : ne pas afficher une section videmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5059Rapport : liste de clone pour un locus2022-09-21T14:51:13+02:00Mathieu GiraudRapport : liste de clone pour un locusmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5058.gitlab-ci.yml: ajouter `release*` aux jobs de release ?2022-08-23T10:42:44+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml: ajouter `release*` aux jobs de release ?https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#release
En particulier, depuis Gitlab 15.3, on peut spécifier tag git/description/...https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#release
En particulier, depuis Gitlab 15.3, on peut spécifier tag git/description/...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5057EuroClonality spike-in2022-08-02T20:16:08+02:00Guilherme GiustiEuroClonality spike-inImplementing EuroClonality spike-in (cIT-QC) method for converting the number of reads of a clonotype into cell copy number.Implementing EuroClonality spike-in (cIT-QC) method for converting the number of reads of a clonotype into cell copy number.Guilherme GiustiGuilherme Giustihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5056Boldrini branch with MRD computation and visualization2024-02-15T15:16:29+01:00Joao MeidanisBoldrini branch with MRD computation and visualizationI created this issue to be able to derive a merge request and a branch to add all the code and auxiliary files we use here at Boldrini for computing and visualizing MRD values based on spike-ins.I created this issue to be able to derive a merge request and a branch to add all the code and auxiliary files we use here at Boldrini for computing and visualizing MRD values based on spike-ins.Joao MeidanisJoao Meidanis2024-02-23https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5055Add a basket of sample to manipulate2022-07-26T10:24:26+02:00Thonier FlorianAdd a basket of sample to manipulateFor statsQC, it is not possible for the moment to compare samples from differents patients/runs.
A way to do this for the moment is to change all samples to add them to a same generic set, one by one.
A new way to do this could be to h...For statsQC, it is not possible for the moment to compare samples from differents patients/runs.
A way to do this for the moment is to change all samples to add them to a same generic set, one by one.
A new way to do this could be to have a button that allow to add sample to a basket that can be accesed for batch modification (change tags, add them to the same set, ..) or to compare them with statsQC.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5054Axe "number of samples" ne fonctionne pas2022-11-10T17:13:12+01:00Mikaël SalsonAxe "number of samples" ne fonctionne pasL'axe pour connaitre le nombre de samples dans lequel apparait un clone ne fonctionne pas.
Exemple ici : https://app.vidjil.org/53266-25?
Erreur dans la console :
```
Uncaught TypeError: right-hand side of 'in' should be an object, ...L'axe pour connaitre le nombre de samples dans lequel apparait un clone ne fonctionne pas.
Exemple ici : https://app.vidjil.org/53266-25?
Erreur dans la console :
```
Uncaught TypeError: right-hand side of 'in' should be an object, got string
autofill https://app.vidjil.org/js/axis.js:159
compute https://app.vidjil.org/js/axis.js:134
changeSplitMethod https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1386
changeYaxis https://app.vidjil.org/js/scatterPlot_menu.js:459
onchange https://app.vidjil.org/js/scatterPlot_menu.js:149
```Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5053Couleur des étoiles / tags dans la liste des clones2022-07-19T14:26:04+02:00Anne de SeptenvilleCouleur des étoiles / tags dans la liste des clonesBonjour,
serait-il possible que les étoiles dans la liste des clone changent de couleur lorsqu'un tag est attribué à un clone ?
J'utilise presque exclusivement la coloration par productivité quand je consulte mes résultats, et du cou...Bonjour,
serait-il possible que les étoiles dans la liste des clone changent de couleur lorsqu'un tag est attribué à un clone ?
J'utilise presque exclusivement la coloration par productivité quand je consulte mes résultats, et du coup si j'ajoute un tag (généralement sur un clone contaminant), je n'ai aucun moyen de le voir rapidement. Ou bien pensez-vous à un autre moyen visuel de le signaler dont je n'aurais pas connaissance ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5052REndre la page (pre)process dispo aux non admins, sans droits de modification2022-07-05T17:12:33+02:00Thonier FlorianREndre la page (pre)process dispo aux non admins, sans droits de modificationCela permet de voir les CLI
Il ne devrait pas y avoir grand choses à cacher non ?
Voir le contrôleurCela permet de voir les CLI
Il ne devrait pas y avoir grand choses à cacher non ?
Voir le contrôleurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5051API serveur: doc/demo, com2024-01-19T18:50:04+01:00Mathieu GiraudAPI serveur: doc/demo, comMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5050Fuse, pouvoir ne retenir que les clones présents dans 2 échantillons (au moin...2022-07-01T16:59:39+02:00Thonier FlorianFuse, pouvoir ne retenir que les clones présents dans 2 échantillons (au moins ou strict)Quelque part c'est l'inverse de #3828.
On a une utilisatrice qui souhaite comparer les clonotypes communs entre 2 échantillons provenant du même patient mais de 2 tissus différents.
Le cas pratique ici ne correspond peut-être pas non ...Quelque part c'est l'inverse de #3828.
On a une utilisatrice qui souhaite comparer les clonotypes communs entre 2 échantillons provenant du même patient mais de 2 tissus différents.
Le cas pratique ici ne correspond peut-être pas non plus à un usage sur le client, mais serait intéressant. On enlève dans ce cas beaucoup de bruit de fond sur les clones non détectés dans A ou B, et on obtient des fichiers plus petits et simple à analyser, avec du coup le moyen d'en avoir un aperçu sur le client, au moins sur le top 100.
L'optimum en config serveur: Faire la première passe de l'algo pour avoir les fenêtres, trouver les similaires, puis relancer l'algo avec cette liste (cf labels ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5049À la perte de permissions, rediriger vers la page de login2022-07-01T11:40:13+02:00Mathieu GiraudÀ la perte de permissions, rediriger vers la page de login@duez : "des erreurs de perte de session" ?
@mikael-s : "c'est probablement juste au redémarrage des containers" ?
Donc peut-être un non-problème critique@duez : "des erreurs de perte de session" ?
@mikael-s : "c'est probablement juste au redémarrage des containers" ?
Donc peut-être un non-problème critiquemarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5048Image docker un peu plus complète cypress/python/gcc/clang ?2023-04-13T18:02:45+02:00Mathieu GiraudImage docker un peu plus complète cypress/python/gcc/clang ?
Proposition de @flothoni : étendre l'image cypress pour avoir aussi feature-t et code-quality sans installation
Proposition de @flothoni : étendre l'image cypress pour avoir aussi feature-t et code-quality sans installationThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5047Erreurs No such record2022-06-29T13:50:25+02:00Mikaël SalsonErreurs No such recordMentionné ici : #5044
@flothoni : « 6 erreur `No such record`, un artefact des erreur de R2 de la semaine dernière ? »
C'est-à-dire ? Que peut-on faire pour prévenir ces erreurs ?
On a encore des erreurs en ce moment. Sur les 7 erre...Mentionné ici : #5044
@flothoni : « 6 erreur `No such record`, un artefact des erreur de R2 de la semaine dernière ? »
C'est-à-dire ? Que peut-on faire pour prévenir ces erreurs ?
On a encore des erreurs en ce moment. Sur les 7 erreurs actuellement sur le serveur il en a pour :
* 32358 (sample_set)
* 96766 (sequence_file)
* 102317 (sequence_file)
* 102387 (sequence_file)
* 102386 (sequence_file)
Pourquoi essaie-t-on d'accéder à ces éléments s'ils n'existent pas ?
D'où viennent ces identifiants ?