vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-10-12T17:40:17+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2300initial_id / initial_type dans default.py:save_analysis2021-10-12T17:40:17+02:00Mathieu Giraudinitial_id / initial_type dans default.py:save_analysisJ'ai l'impression que `initial_id` / `initial_type` ne servent que à du log.
@RyanHerb, peux-tu confirmer ? Dans ce cas, je vais supprimer, pour simplifier.
Voir aussi #2284.
cc @mikael-sJ'ai l'impression que `initial_id` / `initial_type` ne servent que à du log.
@RyanHerb, peux-tu confirmer ? Dans ce cas, je vais supprimer, pour simplifier.
Voir aussi #2284.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2294API : La modification de l'URL est prise en compte même sans devel-mode2018-04-13T12:36:06+02:00Ghost UserAPI : La modification de l'URL est prise en compte même sans devel-model'ajout manuel de clone ou de plot dans l'url est disponible en mode normal et non pas uniquement en dev mod. D'autant plus que le dev mode ne semble pas etre détecté au chargement de la page.
@magiraud @mikael-sl'ajout manuel de clone ou de plot dans l'url est disponible en mode normal et non pas uniquement en dev mod. D'autant plus que le dev mode ne semble pas etre détecté au chargement de la page.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2289Utilisateurs: avoir une colonne "groups" plus explicite2023-10-26T16:16:07+02:00Mathieu GiraudUtilisateurs: avoir une colonne "groups" plus expliciteLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2288Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis2023-03-01T16:22:07+01:00Mathieu GiraudSegmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précisVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2284SampleSets: SET_TYPE_SEQUENCE_FILE2017-06-08T11:19:16+02:00Mathieu GiraudSampleSets: SET_TYPE_SEQUENCE_FILESuite à #2282, on se rend compte qu'il y a du code pour un type `sequence_file`.
@RyanHerb : "@Duez a fait cela à un moment (pour transition, ou pas ?), chaque sample a son sample set."
Est-ce toujours utilisé ou à supprimer ?
...Suite à #2282, on se rend compte qu'il y a du code pour un type `sequence_file`.
@RyanHerb : "@Duez a fait cela à un moment (pour transition, ou pas ?), chaque sample a son sample set."
Est-ce toujours utilisé ou à supprimer ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2278Proposer au login l'acces à la page http://app.vidjil.org/analyze2017-04-03T11:55:12+02:00Thonier FlorianProposer au login l'acces à la page http://app.vidjil.org/analyzeLors du login, on propose un champs démo, il pourrait être intéressant aussi de faire de la com pour la page [analyse](http://app.vidjil.org/analyze) avec un lien
Précise-t-on si la page est encore en évolution ?
@magiraud @mikael-s @...Lors du login, on propose un champs démo, il pourrait être intéressant aussi de faire de la com pour la page [analyse](http://app.vidjil.org/analyze) avec un lien
Précise-t-on si la page est encore en évolution ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2277sample set: l'URL n'est pas mise à jour2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu Giraudsample set: l'URL n'est pas mise à jourAutant faire cela directement avec #2274.
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sAutant faire cela directement avec #2274.
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2276Visualisation de getSegLengthDoubleFeature2021-11-22T14:25:04+01:00Thonier FlorianVisualisation de getSegLengthDoubleFeatureSuite au déploiment de la dernière version du serveur, la détéction des primers #2043 sur un sets test IGH fonctionne, en revanche, la visualisation graphique ne marche pas.
La fonction `getSegLengthDoubleFeature` retourne bien la vale...Suite au déploiment de la dernière version du serveur, la détéction des primers #2043 sur un sets test IGH fonctionne, en revanche, la visualisation graphique ne marche pas.
La fonction `getSegLengthDoubleFeature` retourne bien la valeur attendu sur un clone type, et il s'agit de la fonction théoriquement appelé par le graph.
A voir si le format de generation du graph n'as pas changé. (il me semble qu'il y avait eu une variation il y a deux mois).Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2275analyze: message d'erreur lorsqu'on n'envoie pas de fichier FASTA2017-03-22T15:10:36+01:00Mathieu Giraudanalyze: message d'erreur lorsqu'on n'envoie pas de fichier FASTAVu par @flothoni : le ~"segmenter-app" (maintenant sur http://app.vidjil.org/analyze) devrait donner une erreur correcte ("This is not a FASTA file") si on n'envoie pas un fichier Fasta, ce que peut faire un ~"com-first-time-user".
Est-...Vu par @flothoni : le ~"segmenter-app" (maintenant sur http://app.vidjil.org/analyze) devrait donner une erreur correcte ("This is not a FASTA file") si on n'envoie pas un fichier Fasta, ce que peut faire un ~"com-first-time-user".
Est-ce que le controlleur renvoie déjà quelque chose dans ce cas ?
cc @tydax @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2270Certains test QUnit de url_test.js dépendent de db_scan.js2017-03-20T22:24:54+01:00Ryan HerbertCertains test QUnit de url_test.js dépendent de db_scan.jsJe m'en suis rendu compte en débuggant #2267
Si je commente l'inclusion de dbscan_test.js dans test_QUnit.html, deux tests de url_test.js échouent.
@magiraud @mikael-s @aurelBZHJe m'en suis rendu compte en débuggant #2267
Si je commente l'inclusion de dbscan_test.js dans test_QUnit.html, deux tests de url_test.js échouent.
@magiraud @mikael-s @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2269Affichage limité à 16 sample dans la vue d'un run2017-03-22T14:39:20+01:00Thonier FlorianAffichage limité à 16 sample dans la vue d'un runmail de Aurelie Caillault
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1 . Nous avons mis 17 échantillons dans le run 53_LAL et visuellement nous ne pouvons en voir que 16. Au départ nous pensions pouvoir utiliser l’épingle à droite pour y placer les échantillons qu’on avai...mail de Aurelie Caillault
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1 . Nous avons mis 17 échantillons dans le run 53_LAL et visuellement nous ne pouvons en voir que 16. Au départ nous pensions pouvoir utiliser l’épingle à droite pour y placer les échantillons qu’on avait regardés et ainsi accéder au 17ème échantillon non visible. Mais à place de l’épingle nous avons 3 petits points et du coup on ne peut rien faire. Est-ce lié au nombre trop grand d’échantillons ? Notre idée de départ n’est-elle pas possible ?
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Je viens de vérifier, et en effet, on a seulement l'affichage de 16 samples.
De plus, même lors de l'utilisation du "compare sample", il n'y a que 16 points visualisables. Le point manquant est le dernier de la liste des échantillons (sample88.ionXpress...)
Je me demande si il n'y a pas un bug avec la commande fuse qui supprimerai le dernier sample, comme une boucle avec un length-1 par exemple.
Je viens de trouver comment accéder au données brut (le run a été crée par Anne-Sophie BLANCHIS, et c'est la seul à pouvoir télécharger le resultat .dat brut), encore fallait-il savoir qui avait creer le 'run'. (affiché dans le log du report sample).
Pour finir donc, le fichier loadé par le serveur est en effet bien limité à 16 sample, donc le dernier est en dehors.Web 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2267Un test QUnit dans clone_test.js passe une fois sur deux2017-03-21T16:15:19+01:00Mathieu GiraudUn test QUnit dans clone_test.js passe une fois sur deuxProbablement suite à un des derniers merge.
cc @mikael-s @RyanHerbProbablement suite à un des derniers merge.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2266Les configs serveur n'acceptent pas certains caractères Unicode2022-07-01T11:52:50+02:00Mathieu GiraudLes configs serveur n'acceptent pas certains caractères UnicodeUn essai de renommer "- Mus Musculus TRB" en "🐭TRB" n'a pas été concluant.
C'est peut-être mieux ainsi :-)
cc @mikael-sUn essai de renommer "- Mus Musculus TRB" en "🐭TRB" n'a pas été concluant.
C'est peut-être mieux ainsi :-)
cc @mikael-s2022-06-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2261germlines-classes.data pour Sarah2021-02-09T16:01:00+01:00Mathieu Giraudgermlines-classes.data pour SarahMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2258Vijdil-benchmark: +35% de mémoire en janvier2017-03-16T09:58:08+01:00Mathieu GiraudVijdil-benchmark: +35% de mémoire en janvierhttps://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/FILENAME=data%7dStanford_S22.fasta,GERMLINE=-G%20germline%7dIGH,label=bonsai-debian-wheezy-amd64/plot/
Que s'est-il passé ? (Peut-on voir un tableau pour voir précisément le build qui a fa...https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/FILENAME=data%7dStanford_S22.fasta,GERMLINE=-G%20germline%7dIGH,label=bonsai-debian-wheezy-amd64/plot/
Que s'est-il passé ? (Peut-on voir un tableau pour voir précisément le build qui a fait monter ?) Serait-ce lié à #2120 ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2257Reconfigurer Vidjil-benchmark / tracer les temps de vijdil-algo à travers les...2022-05-23T10:12:17+02:00Mathieu GiraudReconfigurer Vidjil-benchmark / tracer les temps de vijdil-algo à travers les releasesVidjil-benchmark ne fonctionnait plus (suite aux changements sur `-g`).
J'ai modifié (d'abord une modif simple, puis j'ai remis les 2 anciens + 2 nouveaux)...
Pour l'instant je n'arrive plus à accéder à l'historique de certains des ancie...Vidjil-benchmark ne fonctionnait plus (suite aux changements sur `-g`).
J'ai modifié (d'abord une modif simple, puis j'ai remis les 2 anciens + 2 nouveaux)...
Pour l'instant je n'arrive plus à accéder à l'historique de certains des anciens jobs.
J'espère ne pas avoir fait de bêtises !Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2255Simplifier `make release`2018-03-05T18:42:56+01:00Mathieu GiraudSimplifier `make release`C'est utile d'avoir un `make release`, ne serait-ce que pour générer les .tgz et le binaire.
Mais a-t-on vraiment besoin des longues listes de fichier dans le `Makefile` ? On oublie des fichiers régulièrement.
Ne pourrait-on pas inclure ...C'est utile d'avoir un `make release`, ne serait-ce que pour générer les .tgz et le binaire.
Mais a-t-on vraiment besoin des longues listes de fichier dans le `Makefile` ? On oublie des fichiers régulièrement.
Ne pourrait-on pas inclure tout `algo` (qu'est-ce que cela changerait ?), et éventuellement d'autres fichiers ?
cc @mikael-sAlgo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2254Vitesse des tests et lancement Stanford2017-08-28T12:59:53+02:00Mathieu GiraudVitesse des tests et lancement StanfordUne tripotée de tests `should-get` utilisent `Stanford_S22.fasta` (et aussi `bugs/bug2224.should-get`). Au moins 15 d'entre eux n'ont aucun `-x` ou `-X`, et pourtant tous n'auraient pas besoin de tourner sur 13 000 reads. Pourrait-on met...Une tripotée de tests `should-get` utilisent `Stanford_S22.fasta` (et aussi `bugs/bug2224.should-get`). Au moins 15 d'entre eux n'ont aucun `-x` ou `-X`, et pourtant tous n'auraient pas besoin de tourner sur 13 000 reads. Pourrait-on mettre ces tests avec des `-x 100` (ou même `-x 1000`) ? Cela pourrait améliorer considérablement la vitesse de l'ensemble.
Voir par exemple e963e16.
cc @mikael-sAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2253Build "make shouldvdj" sous Travis2017-03-16T11:47:57+01:00Mathieu GiraudBuild "make shouldvdj" sous TravisSur db78197 (qui passe bien chez nous et sur Jenkins), Travis a un soucis dans le `make shouldvdj` (et pas avant)
https://travis-ci.org/vidjil/vidjil/builds/211401793#L1270
```
g++-4.8 -o ../vidjil vidjil.o core/vidjil.a lib/lib.a ...Sur db78197 (qui passe bien chez nous et sur Jenkins), Travis a un soucis dans le `make shouldvdj` (et pas avant)
https://travis-ci.org/vidjil/vidjil/builds/211401793#L1270
```
g++-4.8 -o ../vidjil vidjil.o core/vidjil.a lib/lib.a -lm -lz -W -Wall -std=c++11 -O2 -DNDEBUG
core/vidjil.a(affectanalyser.o): In function `_GLOBAL__sub_I_65535_0__ZeqRK14affect_infos_sS1_':
/home/travis/build/vidjil/vidjil/algo/core/affectanalyser.cpp:447: undefined reference to `__gcov_init'
```
cc @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2252Algo 2017.032017-03-16T17:10:00+01:00Mathieu GiraudAlgo 2017.03Je vise db78197. Je me suis permis de protéger `dev` le temps que les tests tournent (si on pousse, on repart au début, et on a plus de 2 heures de valgrind...). Peut-être faudra-t-il un jour lancer `release` (voire `valgrind`) sur maste...Je vise db78197. Je me suis permis de protéger `dev` le temps que les tests tournent (si on pousse, on repart au début, et on a plus de 2 heures de valgrind...). Peut-être faudra-t-il un jour lancer `release` (voire `valgrind`) sur master ou sur une branche plus protégée que `dev`.
cc @mikael-sAlgo 2017.03