vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-15T16:42:40+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2998Le spinner tourne parfois alors qu'il ne se passe rien2019-02-15T16:42:40+01:00Mikaël SalsonLe spinner tourne parfois alors qu'il ne se passe rien1er exemple : #2991
2è exemple : #2997
C'est trompeur puisque ça laisse penser — à tort — à l'utilisateur qu'une action est en cours.1er exemple : #2991
2è exemple : #2997
C'est trompeur puisque ça laisse penser — à tort — à l'utilisateur qu'une action est en cours.Web 2018.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2997Pas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecte2018-03-21T19:04:39+01:00Mikaël SalsonPas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecteLorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De...Lorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De plus le spinner qui tourne donne l'impression qu'il se passe quelque chose.Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2996SEG_METHOD_ONE et revcomp2018-07-13T16:08:46+02:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_ONE et revcompPour l'instant le revcomp n'est pas géré ?
- évoqué avec @mikael-s : le faire au niveau du hash de minimisation ?
- peut-être plus robuste de considérer les k-mers de l'index... à moins que ce ne soit déjà fait ? `reversed = (nb_strand...Pour l'instant le revcomp n'est pas géré ?
- évoqué avec @mikael-s : le faire au niveau du hash de minimisation ?
- peut-être plus robuste de considérer les k-mers de l'index... à moins que ce ne soit déjà fait ? `reversed = (nb_strand[0] > nb_strand[1])` est aussi calculé pour `SEG_METHOD_ONE`... est-ce pris en compte ?Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2995SEG_METHOD_543C : afficher le gène C dans le client2018-01-27T22:07:39+01:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_543C : afficher le gène C dans le clientComplète #2993 et #2994.
- [ ] sortir l'info dans le .json
- [ ] l'afficher dans le clientComplète #2993 et #2994.
- [ ] sortir l'info dans le .json
- [ ] l'afficher dans le clienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2994SEG_METHOD_543C : FineSegmenter, identifier le C2023-02-08T12:26:46+01:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_543C : FineSegmenter, identifier le CComplète #2993.
L'afficher juste pour info.Complète #2993.
L'afficher juste pour info.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2993SEG_METHOD_543C : ne pas prendre en compte C dans la p-valeur du J2018-07-16T07:30:18+02:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_543C : ne pas prendre en compte C dans la p-valeur du JPour résoudre #2964, discussion avec @mikael-s
- stocker dans les index les gènes constants (36 KB en IGH)
- point central: lorsqu'on a `VVV_DD_JJJJ_CCCC`, ne pas prendre en compte la zone `CCCC` pour la p-valeur du J
- puis éventu...Pour résoudre #2964, discussion avec @mikael-s
- stocker dans les index les gènes constants (36 KB en IGH)
- point central: lorsqu'on a `VVV_DD_JJJJ_CCCC`, ne pas prendre en compte la zone `CCCC` pour la p-valeur du J
- puis éventuellement #2994/#2995
Si les gènes constants sont trop gros, un pis-aller serait de ne pas considérer, dans `VVV_DD_JJJJ______`, la zone vide à droite du J. Mais c'est potentiellement dangereux.
Fait-on d'un même coup quelque chose `SEG_METHOD_C543C`, configurable ? Ou on a le temps de voir venir ?
Demande en tout cas d'abord #2968.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2992'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur2018-01-18T10:51:41+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2991'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur2018-03-06T16:15:04+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2990Quand on se déconnecte, long message arrivant dans la console2018-03-08T14:54:35+01:00Mathieu GiraudQuand on se déconnecte, long message arrivant dans la consoleVu par @Aurelie, je l'ai aussi vu. Un grand message d'erreur arrive (et ce n'est pas sûr qu'on se déconnecte bien quand même).
Lien avec #2571 ?
cc @RyanHerbVu par @Aurelie, je l'ai aussi vu. Un grand message d'erreur arrive (et ce n'est pas sûr qu'on se déconnecte bien quand même).
Lien avec #2571 ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2989Réécrire les tests unitaires avec TEST_TAP_EQUAL2018-01-30T08:22:26+01:00Mathieu GiraudRéécrire les tests unitaires avec TEST_TAP_EQUALSuite à #2919.
Pas très urgent, cela sert surtout en cas de debug et/ou pour les nouveaux tests.Suite à #2919.
Pas très urgent, cela sert surtout en cas de debug et/ou pour les nouveaux tests.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2988Le paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?2018-02-23T12:05:04+01:00Mikaël SalsonLe paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient ...L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient 4265.
Pourquoi le paramètre `patient` ne semble-t-il pas fonctionnel ? cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2987Shorter / shifted w : autoriser de plus grands shifts, mais jusqu'à où ?2018-06-27T18:53:30+02:00Mathieu GiraudShorter / shifted w : autoriser de plus grands shifts, mais jusqu'à où ?Suite à #2913/#1580.
Si je ne trompe pas, le shift peut être d'au plus `-5`/`+5`, tandis que le short peut aller beaucoup plus loin. Autant cela ne me gène pas de raccourcir quand on n'a pas le choix (reads courtes des deux côtés), auta...Suite à #2913/#1580.
Si je ne trompe pas, le shift peut être d'au plus `-5`/`+5`, tandis que le short peut aller beaucoup plus loin. Autant cela ne me gène pas de raccourcir quand on n'a pas le choix (reads courtes des deux côtés), autant je pense qu'on pourrait bénéficier de plus de contenu à gauche quand on le peut.
Spontanément, j'aimerais mettre :
- les shifts testés à `{-1, 1, -2, 2, -3, 3, -4, 4}`, ou au moins `{-1, 1, -2, 2}`
- et/ou une valeur de `DEFAULT_WINDOW_SHIFT` à `10` ou `15`.
Je ne sais pas si on peut arriver à quelque chose de plus rationel. En tout cas :
- un `w50/-10` serait mieux qu'un `w45/-5`
- un `w50/-20` serait mieux qu'un `w35/-5` (?)
- par contre on ne doit pas faire `w50/-30` à la place d'un `w25/-5` qui serait sous le `MINIMAL_WINDOW_LENGTH`
Pour info, les shifts sur `stanford-w100`:
```
913 w100/-5
197 w95/-5
163 w90/-5
63 w85/-5
29 w80/-5
2 w75/-5
1 w60/-5
```Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2986Pas de séquences en minuscules dans vidjil-algo ?2018-01-17T08:56:19+01:00Mathieu GiraudPas de séquences en minuscules dans vidjil-algo ?En regardant #2985, je me rends compte que dans `tools.cpp`/`tools.h`, certaines fonctions sont case-sensitive
(`nuc_to_int`, ou peut-être pas vu l'encodage ASCII) et d'autres non (`complement_nucleotide`).
D'un autre côté, dans `fasta....En regardant #2985, je me rends compte que dans `tools.cpp`/`tools.h`, certaines fonctions sont case-sensitive
(`nuc_to_int`, ou peut-être pas vu l'encodage ASCII) et d'autres non (`complement_nucleotide`).
D'un autre côté, dans `fasta.cpp`, on a bien une transformation en majuscule dans `OnlineFasta::next()`. Est-ce notre seule porte d'entrée de séquences dans vidjil-algo ? Il y a bien quelques options obscures qui doivent accepter des séquences en ligne de commande. D'autres choses ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2985Améliorer la fonction de hash2020-02-21T21:18:24+01:00Mathieu GiraudAméliorer la fonction de hash@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/76#note_68968 :
> Généralement la minimisation ne se fait pas sur l'ordre lexico (car cela favorise AAAA…, ou des régions de faible complexité riches en A, qui ne sont pas ...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/76#note_68968 :
> Généralement la minimisation ne se fait pas sur l'ordre lexico (car cela favorise AAAA…, ou des régions de faible complexité riches en A, qui ne sont pas les séquences ADN les plus spécifiques), mais en utilisant une fonction de hash.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2984Shorter / shifted w: peut-on trouver un cas non symétrique en allant au revco...2018-01-16T18:41:20+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: peut-on trouver un cas non symétrique en allant au revcomp ?Discussion avec @mikael-s : a priori tout est symétrique.
Cependant on a, dans `WindowExtractor::get_best_length_shifts`, à deux endroits où l'on pourrait casser la symétrie :
- le `+1` de `int constraint_left = 2 * central_pos + 1`
...Discussion avec @mikael-s : a priori tout est symétrique.
Cependant on a, dans `WindowExtractor::get_best_length_shifts`, à deux endroits où l'on pourrait casser la symétrie :
- le `+1` de `int constraint_left = 2 * central_pos + 1`
- l'ordre de test `for (int current_shift : {-1, 1})`
Serait-il possible qu'une fenêtre réduite / shiftée ne donne pas la même chose en revcomp ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2983Shorter / shifted w: Refaire passer les tests2018-01-16T21:25:11+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: Refaire passer les tests@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/141#note_66041 :
> Le job should-vdj foire mais c'est à cause de !132, car j'ai voulu utiliser un même fichier de test, celui de #2910, dans les deux cas. Si je n'arrive pa...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/141#note_66041 :
> Le job should-vdj foire mais c'est à cause de !132, car j'ai voulu utiliser un même fichier de test, celui de #2910, dans les deux cas. Si je n'arrive pas à faire passer !132, je dupliquerais peut-être le fichier (ce qui serait dommage) ou lui dirais qu'il ne faut pas lancer les tests should-vdj dessus.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2982Shorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)2018-01-31T09:21:21+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)Suite à #2913/!141.Suite à #2913/!141.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2981Autocomplétion patient/run/set : utiliser la classe CSS du menu2018-01-30T16:15:49+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : utiliser la classe CSS du menuSuite à #2977, on aimerait, dans le menu d'autocomplétion :
1) utiliser les couleurs
2) afficher "**patient** Jacques Dupont (1980-01-01)" (et idem pour les runs et sets).
Le "**patient**" pourrait être rajouté par CSS et être plus pe...Suite à #2977, on aimerait, dans le menu d'autocomplétion :
1) utiliser les couleurs
2) afficher "**patient** Jacques Dupont (1980-01-01)" (et idem pour les runs et sets).
Le "**patient**" pourrait être rajouté par CSS et être plus petit / plus léger.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2980Couleurs patients/run/sets dans l'autocomplete et ailleurs2018-03-13T15:55:37+01:00Mathieu GiraudCouleurs patients/run/sets dans l'autocomplete et ailleursSuite à #2895, on peut réfléchir aux couleurs (peut-être un chouia moins saturées)... mais surtout trouver comment utiliser de manière homogène ces couleurs, par exemple dans les onglets "patients", "runs", "sets" (au passage, ping #2727...Suite à #2895, on peut réfléchir aux couleurs (peut-être un chouia moins saturées)... mais surtout trouver comment utiliser de manière homogène ces couleurs, par exemple dans les onglets "patients", "runs", "sets" (au passage, ping #2727).
Faire déjà une proposition graphique.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2979Autocomplétion patient/run/set : texte à afficher dans le span2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : texte à afficher dans le span- `Jacques Dupont (1980-01-01)` date de naissance si définie, sinon `Jacques Dupont (254501)`
- `Toto (254500)`
- `Titi (254502)`
Vu ensemble : la référence est le numéro de sample set #2978.- `Jacques Dupont (1980-01-01)` date de naissance si définie, sinon `Jacques Dupont (254501)`
- `Toto (254500)`
- `Titi (254502)`
Vu ensemble : la référence est le numéro de sample set #2978.Ryan HerbertRyan Herbert