vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-04-08T14:13:20+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2336Renommer « merge » ou « cluster »2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudRenommer « merge » ou « cluster »Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses si...Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses similaires au bouton.
- remplacer « merge » par « cluster » : cohérent, mais risque de perturber les utilisateurs. Il faudra une notification.
- remplacer « cluster » par « merge » : un peu plus bizarre « merge by J’ », mais on peut s’y faire. Mvouais.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerb Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2335A more joyful clustering experience2017-04-14T17:16:08+02:00Mathieu GiraudA more joyful clustering experienceLe comportement du « reset user clones » est un peu curieux et source d’erreurs : si on fait par exemple « cluster by similarity » puis qu’on merge/splite à la main, on est dans un état peu clair ensuite et non sauvé. Corrigé par !13.
...Le comportement du « reset user clones » est un peu curieux et source d’erreurs : si on fait par exemple « cluster by similarity » puis qu’on merge/splite à la main, on est dans un état peu clair ensuite et non sauvé. Corrigé par !13.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerbWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2333EC-NGS in Lille, April 20182017-04-05T10:41:55+02:00Mathieu GiraudEC-NGS in Lille, April 2018Le 15è meeting d'EuroClonality-NGS aura lieu à Lille, "debut avril 2018".
La date devrait être fixée dans les semaines à venir.
cc @vidjilLe 15è meeting d'EuroClonality-NGS aura lieu à Lille, "debut avril 2018".
La date devrait être fixée dans les semaines à venir.
cc @vidjilhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2328Clarifier ce que sont les clusters2024-01-19T18:26:06+01:00Mathieu GiraudClarifier ce que sont les clustershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2320Quand le scheduler ne fonctionne pas, les jobs en FAILED n'apparaissent pas d...2024-01-19T18:30:34+01:00Mikaël SalsonQuand le scheduler ne fonctionne pas, les jobs en FAILED n'apparaissent pas dans le log debugAurélie nous prévient que certains jobs ont échoué mais rien n'apparaît dans `vidjil-debug.log`
cc @magiraud @RyanHerb @flothoniAurélie nous prévient que certains jobs ont échoué mais rien n'apparaît dans `vidjil-debug.log`
cc @magiraud @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2319app analyse : résultat vraiment égaux que dans l'interface vijdjil complète ?2017-04-04T13:00:06+02:00Thonier Florianapp analyse : résultat vraiment égaux que dans l'interface vijdjil complète ?Question de Véronique (Imgt) de ce matin :
> les résultats entre les deux sont vrament identique
Réponse :
> Il peux y avoir des variation dans la dénomination avec les Evalue qui ne seront pas identique (puisque variabel suivant le n...Question de Véronique (Imgt) de ce matin :
> les résultats entre les deux sont vrament identique
Réponse :
> Il peux y avoir des variation dans la dénomination avec les Evalue qui ne seront pas identique (puisque variabel suivant le nombres de clones présents.
Correct ?
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2318Plusieurs recombinaisons dans une séquence, scFv2023-06-28T17:25:24+02:00Mathieu GiraudPlusieurs recombinaisons dans une séquence, scFvDiscussion avec Véronique ~"repseq-IMGT" : depuis mi-2016, V-QUEST a une option pour analyser les scFv, avec du VJ (à confirmer) après un VJ normal.
https://en.wikipedia.org/wiki/Single-chain_variable_fragment
http://www.imgt.org/IMGT_...Discussion avec Véronique ~"repseq-IMGT" : depuis mi-2016, V-QUEST a une option pour analyser les scFv, avec du VJ (à confirmer) après un VJ normal.
https://en.wikipedia.org/wiki/Single-chain_variable_fragment
http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/imgtvquest.html#afunc
Si on souhaite un jour détecter ce type de choses, cela pose des questions à la fois côté algo et côté client.
cc @flothoni @mikael-s @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2317Avoir la requête originale quelque part dans le json de retour de CloneDB2018-04-12T15:36:59+02:00Mathieu GiraudAvoir la requête originale quelque part dans le json de retour de CloneDBAvoir la séquence de 40nt remise dans le json de retour permettrait de faire simplement #2315 / #2316.
cc @mikael-sAvoir la séquence de 40nt remise dans le json de retour permettrait de faire simplement #2315 / #2316.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2313Affichage de la qualité dans l'aligneur : bikeshedding2021-10-01T11:59:42+02:00Mathieu GiraudAffichage de la qualité dans l'aligneur : bikesheddingMarc avait préparé quelque chose, accessible en dev.
Devrait déjà dépendre de #1982.
(Et pour le cpp, c'est pas exporté en ce moment ?)Marc avait préparé quelque chose, accessible en dev.
Devrait déjà dépendre de #1982.
(Et pour le cpp, c'est pas exporté en ce moment ?)Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2312La cloneDB est très lente quand il y a beaucoup d'occurrences2018-04-17T12:27:49+02:00Mikaël SalsonLa cloneDB est très lente quand il y a beaucoup d'occurrencesActuellement la CloneDB renvoit beaucoup d'informations. À terme on aura peut-être les idées plus claires sur ce qui nous semble pertinent. Si, dans la plupart des cas, il s'agit juste de renvoyer un nombre d'occurrences ça pourrait être...Actuellement la CloneDB renvoit beaucoup d'informations. À terme on aura peut-être les idées plus claires sur ce qui nous semble pertinent. Si, dans la plupart des cas, il s'agit juste de renvoyer un nombre d'occurrences ça pourrait être beaucoup plus rapide (surtout avec ce que fait @Cyanael).
Bref, lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le fuse.py).
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2311Avoir un axe pour le nombre de clones trouvés dans la cloneDB2018-07-26T13:58:34+02:00Mikaël SalsonAvoir un axe pour le nombre de clones trouvés dans la cloneDBPour chaque clone on pourrait calculer le nombre de clones qui sont trouvés avec la même fenêtre dans la cloneDB. Et on pourrait ensuite avoir une coloration ou un graphique pour visualiser cela. Cela permettrait de voir rapidement quels...Pour chaque clone on pourrait calculer le nombre de clones qui sont trouvés avec la même fenêtre dans la cloneDB. Et on pourrait ensuite avoir une coloration ou un graphique pour visualiser cela. Cela permettrait de voir rapidement quels clones sont peu spécifiques.
Exemple avec ce clone : http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23263&config=46&clone=86 j'ai lancé la cloneDB dessus et ça a pris des plombes (48 secondes) car… il y a plein d'occurrences.
cc @magiraud @RyanHerbAlexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2310Plusieurs pre-process2017-04-03T18:06:51+02:00Mathieu GiraudPlusieurs pre-processEn regardant les différentes tâches ~"server-pre-process", on peut se dire qu'un jour on aimerait enchaîner plusieurs de ces traitements... Mais c'est peut-être inutilement ~"!-hard" (pour l'instant on n'a qu'un ~"server-pre-process" !)....En regardant les différentes tâches ~"server-pre-process", on peut se dire qu'un jour on aimerait enchaîner plusieurs de ces traitements... Mais c'est peut-être inutilement ~"!-hard" (pour l'instant on n'a qu'un ~"server-pre-process" !). Je proposerais pour l'instant ~"wont-fix", quitte à faire à la main les pipelines qu'il faut.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2308Mise en production des sets génériques2018-02-23T10:04:51+01:00Mathieu GiraudMise en production des sets génériquesNous mettrons en production les sets pour %"Web 2017.04".
Que reste-t-il ? Surtout de la vérification / ~bikeshedding des différentes pages / voir si tout fonctionne
* [x] page de création
* [x] page d'édition
* [x] url d'arrivée
* [x] ...Nous mettrons en production les sets pour %"Web 2017.04".
Que reste-t-il ? Surtout de la vérification / ~bikeshedding des différentes pages / voir si tout fonctionne
* [x] page de création
* [x] page d'édition
* [x] url d'arrivée
* [x] info en haut à gauche
* [x] save analysis
Et la documentation `user.org` parle-t-elle bien aussi des sets ? Communique-t-on d'une manière particulière ?
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniWeb 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2305De-duplication de reads de capture2023-06-28T17:04:37+02:00Mathieu GiraudDe-duplication de reads de captureDavid ~"BEL-Belfast" souhaite enlever les doublons exacts de séquence. Pour de la ~"bio-capture", la position des reads est plus ou moins aléatoire, bref ils ne devraient pas être exactement les mêmes. On pourrait avoir un ~"server-pre-p...David ~"BEL-Belfast" souhaite enlever les doublons exacts de séquence. Pour de la ~"bio-capture", la position des reads est plus ou moins aléatoire, bref ils ne devraient pas être exactement les mêmes. On pourrait avoir un ~"server-pre-process" qui fait cela.
C'est par contre problématique pour quantifier précisément (et/ou si on a beaucoup de reads. "Pour de la MRD il faudrait des UMI, mais pour le diag pas besoin."
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2304Mettre une taille minimale pour les bar plots2017-05-22T17:00:37+02:00Mathieu GiraudMettre une taille minimale pour les bar plotshttp://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=22960&config=25
Premier échantillon, preset 4
On a deux clones dominants qui écrasent tout. Si on fait une multi-sélection à la souris, en bas de l'histogramme, on arrive bien à sél...http://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=22960&config=25
Premier échantillon, preset 4
On a deux clones dominants qui écrasent tout. Si on fait une multi-sélection à la souris, en bas de l'histogramme, on arrive bien à sélectionner des petits clones... qu'on ne voyait pas avant.
On pourrait mettre une taille minimale (comme dans la grid). Attention, on n'a pas envie de changer la somme (beaucoup de petits clones ajoutés pourraient donner une somme fausse) : la taille minimale pourrait être uniquement sur l'épaisseur de la boîte, pas sur son `y` absolu qui dépend de la somme réelle de l'histogramme.
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2302Interdire la suppression d'une config qui a servi2017-07-12T11:03:23+02:00Mikaël SalsonInterdire la suppression d'une config qui a serviDans #2296 @RyanHerb s'est rendu compte que la suppression d'une config ou d'un utilisateur supprimait tous les fichiers liés à cette config ou cet utilisateur.
Maintenant que cet effet indésirable est retiré, comment se comporte l'ap...Dans #2296 @RyanHerb s'est rendu compte que la suppression d'une config ou d'un utilisateur supprimait tous les fichiers liés à cette config ou cet utilisateur.
Maintenant que cet effet indésirable est retiré, comment se comporte l'application si on supprime un utilisateur ou un config. Peut-on accéder aux fichiers correspondants sans erreur ?
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2300initial_id / initial_type dans default.py:save_analysis2021-10-12T17:40:17+02:00Mathieu Giraudinitial_id / initial_type dans default.py:save_analysisJ'ai l'impression que `initial_id` / `initial_type` ne servent que à du log.
@RyanHerb, peux-tu confirmer ? Dans ce cas, je vais supprimer, pour simplifier.
Voir aussi #2284.
cc @mikael-sJ'ai l'impression que `initial_id` / `initial_type` ne servent que à du log.
@RyanHerb, peux-tu confirmer ? Dans ce cas, je vais supprimer, pour simplifier.
Voir aussi #2284.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2294API : La modification de l'URL est prise en compte même sans devel-mode2018-04-13T12:36:06+02:00Ghost UserAPI : La modification de l'URL est prise en compte même sans devel-model'ajout manuel de clone ou de plot dans l'url est disponible en mode normal et non pas uniquement en dev mod. D'autant plus que le dev mode ne semble pas etre détecté au chargement de la page.
@magiraud @mikael-sl'ajout manuel de clone ou de plot dans l'url est disponible en mode normal et non pas uniquement en dev mod. D'autant plus que le dev mode ne semble pas etre détecté au chargement de la page.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2289Utilisateurs: avoir une colonne "groups" plus explicite2023-10-26T16:16:07+02:00Mathieu GiraudUtilisateurs: avoir une colonne "groups" plus expliciteLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2288Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis2023-03-01T16:22:07+01:00Mathieu GiraudSegmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précisVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert