vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-12-11T13:03:49+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1257compare-last-results : être plus fin, lancement régulier2020-12-11T13:03:49+01:00Vidjil Teamcompare-last-results : être plus fin, lancement régulier
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#1258, #1259, #1260
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@magiraud
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#1258, #1259, #1260
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1256Bugs consécutifs à l'échec d'upload2016-11-29T14:33:51+01:00Vidjil TeamBugs consécutifs à l'échec d'uploadSuite à un échec d'upload il ne semble pas possible de modifier les métadonnées du fichier ou de réuploader un fichier.
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@DuezSuite à un échec d'upload il ne semble pas possible de modifier les métadonnées du fichier ou de réuploader un fichier.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1255Send to IMGT/IgBlast en multi-système2016-11-29T14:33:50+01:00Vidjil TeamSend to IMGT/IgBlast en multi-systèmeSelon le système de la séquence sélectionnée, on doit donner les bons paramètres pour que la segmentation avec IMGT/IgBlast se fasse sur le bon système (par défaut il semble l'envoyer en TRG)
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Prendre le système de la plus séquence sé...Selon le système de la séquence sélectionnée, on doit donner les bons paramètres pour que la segmentation avec IMGT/IgBlast se fasse sur le bon système (par défaut il semble l'envoyer en TRG)
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Prendre le système de la plus séquence sélectionnée la plus abondante (car si on a sélectionné des séquences de systèmes différents, cela ne va de toute façon pas marcher pour tout le monde)
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Euh... Demo L3 → clone principal IGH → igBlast → le fait en TRB et non pas en IGH
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>>ba13fdc55ebd097
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1254Échec de l'upload : database is locked2016-11-29T14:33:49+01:00Vidjil TeamÉchec de l'upload : database is lockedParfois l'upload de fichier échoue. Exemple de ticket : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-11-13.14-22-22.5d2d0491-a1a0-4820-b599-1f760db3cfe5
On a un database locked. Est-ce dû aux limitations de sqli...Parfois l'upload de fichier échoue. Exemple de ticket : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-11-13.14-22-22.5d2d0491-a1a0-4820-b599-1f760db3cfe5
On a un database locked. Est-ce dû aux limitations de sqlite ? Peut-il y avoir plusieurs connexions en parallèle sur la base de données ?
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Sur les gros fichiers (ou uploads longs) on a des « database is locked » qui semblent récurrents.
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Exemple : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-12-16.12-39-46.3b1604d2-4155-4688-8ec9-15f37b79081e
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http://www.motobit.com/help/scptutl/pa98.htm
la plupart des browsers sont limités a 2gb en upload (sauf chrome !!!!)
une solution serait d'utiliser l' API file de hml5 qui permet de slice un upload (mais c'est incompatible avec ie 10)
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Mikaël, est-ce toujours d'actualité ?
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Oui. Testé de chez moi avec un fichier de 900Mo. 1ère tentative échec : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/109.190.80.52.2015-02-07.16-57-12.8b53effd-52a6-4e2b-ab20-c33798bc1a84
2è tentative : ok
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Florian, des US, a essayé d'uploader... on a un (plusieurs) ticket(s) "Database is locked" :
https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/171.66.219.134.2015-03-09.17-49-31.93642c4b-06b2-44f7-8d4b-0fc8506d6376
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Et aussi un "database is locked" ce matin du CBP
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je reboote rbx, cela faisait > 1 semaine.
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et ce matin, encore plein d'erreurs... aïe...
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Florian a eu des soucis encore cette nuit... + on a eu des "No space left on device" ???
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Trois "database locked" aujourd'hui, pour deux usagers différents
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Plusieurs "<class 'sqlite3.OperationalError'> database is locked" encore aujourd'hui
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Pas de 'database is locked' depuis quelque temps. Magie du MySQL ?
Priorité baissée, et on fermera courant mai si pas de soucis.
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Le serveur a aussi été moins chargé ces derniers temps.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1252Compresser les fichiers dans la DB ?2016-11-29T14:33:48+01:00Vidjil TeamCompresser les fichiers dans la DB ?Pas urgent... de toute façon cela ne fera pas des miracles, x5-6, pas plus...
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Maintenant que Vidjil prend le .gz, on pourrait le faire sans risque... mais pas sur les fichiers .clntab, ni fichiers déjà .gz
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doublon, c'est fait
***...Pas urgent... de toute façon cela ne fera pas des miracles, x5-6, pas plus...
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Maintenant que Vidjil prend le .gz, on pourrait le faire sans risque... mais pas sur les fichiers .clntab, ni fichiers déjà .gz
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doublon, c'est fait
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1251Cmd-S sous OS X ?2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil TeamCmd-S sous OS X ?
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#1249
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#1249https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1250voir interaction avec boites de texte2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil Teamvoir interaction avec boites de texte
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#1249
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#1249https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1249Ctrl-S (save)2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil TeamCtrl-S (save)Cross-platform (?) : http://stackoverflow.com/questions/93695/best-cross-browser-method-to-capture-ctrls-with-jquery
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#1250, #1251
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@DuezCross-platform (?) : http://stackoverflow.com/questions/93695/best-cross-browser-method-to-capture-ctrls-with-jquery
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#1250, #1251
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1248API: export html2017-01-10T12:08:16+01:00Vidjil TeamAPI: export html?data=......&export=pdf
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?data=......&export=html
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@RyanHerb @Duez?data=......&export=pdf
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?data=......&export=html
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1247Server : cela doit fonctionner depuis l'upload2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamServer : cela doit fonctionner depuis l'upload
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#1245
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#1245https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1246Est-ce que fuse.py fonctionne toujours sur du clntab ?2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamEst-ce que fuse.py fonctionne toujours sur du clntab ?
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#1245
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#1245https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1245Config EC-clntab / fuse only2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamConfig EC-clntab / fuse onlyL'upload direct de .clntab (ou bien direct de .data) devrait fonctionner
Faut-il "none" comme programme ou "ec-ngs pipeline" ?
Cas de test : mettre sur la DB de rbx un patient avec deux points : un fichier .data, et un fichier .clntab
...L'upload direct de .clntab (ou bien direct de .data) devrait fonctionner
Faut-il "none" comme programme ou "ec-ngs pipeline" ?
Cas de test : mettre sur la DB de rbx un patient avec deux points : un fichier .data, et un fichier .clntab
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#1246, #1247
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1244versions 2014.10 et .09 : deux limites différentes2016-11-29T14:33:41+01:00Vidjil Teamversions 2014.10 et .09 : deux limites différentesdescendu, on arrive à vivre avec
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@Duezdescendu, on arrive à vivre avec
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1243'color by system' ne fonctionne pas2016-11-29T14:33:40+01:00Vidjil Team'color by system' ne fonctionne pas>> 46c54dc0118c0d
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@Duez>> 46c54dc0118c0d
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/124251 clones sur un point, top 502016-11-29T14:33:39+01:00Vidjil Team51 clones sur un point, top 50>>22684c4fe69aa92
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@Duez>>22684c4fe69aa92
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1241mutli-germline: on élague si pas de clones2016-11-29T14:33:39+01:00Vidjil Teammutli-germline: on élague si pas de clones>>1972bc0a3315f
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youpi
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@Duez>>1972bc0a3315f
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youpi
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1240Le browser ne s'ouvre pas sur Lynx 2.8.8 et Links 2.72016-11-29T14:33:38+01:00Vidjil TeamLe browser ne s'ouvre pas sur Lynx 2.8.8 et Links 2.7Plus sérieusement, si le javascript est désactivé, on arrive sur une page où tout est bloqué mais on ne le sait pas. Un petit message serait le bienvenu (et donc en haut du html pour être accessible sous Lynx :)
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c35278b
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@DuezPlus sérieusement, si le javascript est désactivé, on arrive sur une page où tout est bloqué mais on ne le sait pas. Un petit message serait le bienvenu (et donc en haut du html pour être accessible sous Lynx :)
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c35278b
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1239align.cgi ne fonctionne plus en tant que CGI2016-11-29T14:33:37+01:00Vidjil Teamalign.cgi ne fonctionne plus en tant que CGIDepuis le commit 59a1bcf6 Fasta::add() affiche un message sur cout. Or le CGI ouvre un fichier FASTA et le constructeur fait appel à la fonction add, du coup on se retrouve avec un
<== /tmp/VidjilAlignxndSPK 54 bp in 3 sequenc...Depuis le commit 59a1bcf6 Fasta::add() affiche un message sur cout. Or le CGI ouvre un fichier FASTA et le constructeur fait appel à la fonction add, du coup on se retrouve avec un
<== /tmp/VidjilAlignxndSPK 54 bp in 3 sequences
au début de la sortie, ce qui fait foirer le parsing du Json.
Vire-t-on l'affichage du Fasta (perso j'ai rien contre…) ? Ou autre solution ?
(J'avais aussi introduit d'autre problèmes en refactorant, c'est corrigé par a6ca2f2..19c540a)
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2cb2d70 et 027ac25.
Cela rend fasta.cpp un peu plus lourd, mais de l'extérieur cela ne se voit pas. J'aime bien cet affichage, cela permet de se rendre compte de ce qu'il se passe.
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Dans mon précédent message je faisais référence à des commits que j'ai oublié de pousser (pour corriger d'autres aspects) : du coup les commits sont 239b954..469d433
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1238multi-system : optimiser l'affichage pour les gros multi-system (6+system)2016-11-29T14:33:36+01:00Vidjil Teammulti-system : optimiser l'affichage pour les gros multi-system (6+system)
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1237germlines.data et offline2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamgermlines.data et offlinegermlines.data est récupéré par germline_builder.js via AJAX... et donc, ne marche que sur serveur, et pas en offline.
Comment faire ? Est-ce que germlines.data pourrait être directement chargé comme du .js source (comme pour les séquen...germlines.data est récupéré par germline_builder.js via AJAX... et donc, ne marche que sur serveur, et pas en offline.
Comment faire ? Est-ce que germlines.data pourrait être directement chargé comme du .js source (comme pour les séquences ?)
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D'un autre côté, veut-on pouvoir garder la possibilité d'avoir des germlines.data différents par fichier ? Non, on a bien un seul germlines.data, les adaptations éventuelles sont les germlines "custom" dans les .vidjil.
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j'ai fait quelques modifs, le germline en javascript est construit d'abord avec les données de germlines.data et si elles sont incompletes ou manquantes le germline est construit/complété avec les genes du fichier .vidjil donc meme sans germlines.data on a un truc regardable (manque juste les "shortcut" et "color")
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ok, on en discute demain
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-> mettre en .js
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@Duez