vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-09-23T17:37:53+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/878Stockage des préférences2020-09-23T17:37:53+02:00Vidjil TeamStockage des préférences- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@Ry...- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@RyanHerb @Duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1279Stocker chez nous le fichier d'IMGT et tests2016-11-29T14:34:10+01:00Vidjil TeamStocker chez nous le fichier d'IMGT et testsIMGT fait périodiquement des releases de GENE-DB (dernière: 23 novembre)... et cela fait planter nos tests/ci de manière imprévisible. Je ne sais pas si c'est une bonne façon de faire (on a un logiciel qui marche, on part en année sabbat...IMGT fait périodiquement des releases de GENE-DB (dernière: 23 novembre)... et cela fait planter nos tests/ci de manière imprévisible. Je ne sais pas si c'est une bonne façon de faire (on a un logiciel qui marche, on part en année sabbatique, et il ne marche plus).
Solutions possibles
- donner directement les germaines à télécharger (j'étais contre avant, ce n'est pas sûr que ce soit autorisé...)
- ou, compromis, archiver chez nous le fichier d'IMGT
- ou, encore mieux, récupérer sur IMGT un fichier d'une certaine version, puisqu'ils doivent bien tout archiver... euh non, pas sûr :-)
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Important, le "make test" d'une ancienne release doit toujours fonctionner !
Bref, décision : on héberge nous-même une copie de IMGT-GENE-DB.
Mais cela doit être versionné / daté pour que les anciennes releases fonctionnent toujours.
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Idem pour Stanford-S22.
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Les fichiers germline.tar.gz sont maintenant stockés sur rbx dans le répertoire ~bonsai-ci/germlines. Un lien symbolique du répertoire du serveur web vers ce répertoire-là devrait faire l'affaire. J'ai des commits en local pour gérer ces fichiers-là mais j'attends qu'on ait vidjil.org pour les pousser.
***
3c4d92f..70efc57
le fichier germline/germline_id définit le numéro de build de Vidjil-data sur lequel on travaille.
On récupère maintenant les séquences S22 depuis vidjil.org
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merci !
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4568Stocker 'color_by' dans les préférences2021-04-14T17:28:21+02:00Mathieu GiraudStocker 'color_by' dans les préférencesÉvoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Évoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4969Stocker dans .analysis le nom de la couleur plus que le numéro + quelques tag...2022-04-15T21:41:40+02:00Mathieu GiraudStocker dans .analysis le nom de la couleur plus que le numéro + quelques tags en plusavant #xxx :
- Stocker dans .analysis le nom
- Puis modifiant le tableau: dimer,avant #xxx :
- Stocker dans .analysis le nom
- Puis modifiant le tableau: dimer,Web 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1287Stocker la taille des fichiers fasta comme entier2016-11-29T14:34:15+01:00Vidjil TeamStocker la taille des fichiers fasta comme entierActuellement c'est une chaîne de caractères :)
Cela permettrait :
- de faire des sommes (par patient par exemple)
- de faire du tri
***
@DuezActuellement c'est une chaîne de caractères :)
Cela permettrait :
- de faire des sommes (par patient par exemple)
- de faire du tri
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1061Stocker les noms des tags dans le fichier .analysis2016-11-29T14:31:16+01:00Vidjil TeamStocker les noms des tags dans le fichier .analysisC'est prévu cf. « Utiliser le nouveau format .analysis »
***
@DuezC'est prévu cf. « Utiliser le nouveau format .analysis »
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1217Stocker vidjil.log dans la database2017-02-01T19:07:36+01:00Vidjil TeamStocker vidjil.log dans la database
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#1216
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#1216https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2405Streamer directement les fichiers de résultats qu'on propose de télécharger2017-05-12T14:57:59+02:00Mikaël SalsonStreamer directement les fichiers de résultats qu'on propose de téléchargerDepuis #2141 on peut récupérer les fichiers de résultats produits par les logiciels.
Voici le bout de code qui se charge de l'envoyer à l'utilisateur :
```python
with open(filepath) as f:
file_content = f.rea...Depuis #2141 on peut récupérer les fichiers de résultats produits par les logiciels.
Voici le bout de code qui se charge de l'envoyer à l'utilisateur :
```python
with open(filepath) as f:
file_content = f.read()
return response.stream(StringIO.StringIO(file_content), attachment = True, filename = request.vars['filename'])
```
On stocke donc la totalité du fichier dans une variable `file_content`. Or les fichiers de sortie peuvent être assez gros (plusieurs centaines de Mo, on doit pouvoir en trouver de quelques Go). Il vaudrait mieux directement les streamer, sans avoir à les stocker dans une variable, pour éviter d'utiliser de la mémoire (potentiellement beaucoup).Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2688Style des tags : bikeshedding2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudStyle des tags : bikeshedding1d0b3a29 fait un style léger pour mieux identifier les tags. Visible sur `dev`.
Ouvert au ~bikeshedding ... et le met-on de suite, ou attend-on #2687 ?1d0b3a29 fait un style léger pour mieux identifier les tags. Visible sur `dev`.
Ouvert au ~bikeshedding ... et le met-on de suite, ou attend-on #2687 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3089Submit button in data uploading dialog has a little bi misleading title (prob...2018-03-20T15:10:54+01:00Mathieu GiraudSubmit button in data uploading dialog has a little bi misleading title (probably, that means Submit in French)(From https://github.com/vidjil/vidjil/issues/8)
See attach
![image](/uploads/14cd91391649e55625ffe497de6c861d/image.png)
My browser: Chrome for Linux, OS: Ubuntu 14, System locale: US/English(From https://github.com/vidjil/vidjil/issues/8)
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![image](/uploads/14cd91391649e55625ffe497de6c861d/image.png)
My browser: Chrome for Linux, OS: Ubuntu 14, System locale: US/Englishhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3163Suite à un changement de format d'IMGT V-QUEST : il manque les % d'identité2018-04-17T14:52:41+02:00Mikaël SalsonSuite à un changement de format d'IMGT V-QUEST : il manque les % d'identitéLorsqu'on utilise la fonctionnalité « from IMGT ».
Important : utilisé pour le pronostic de la ~"bio-CLL"Lorsqu'on utilise la fonctionnalité « from IMGT ».
Important : utilisé pour le pronostic de la ~"bio-CLL"Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1430Supervision externe des workers/tasks2016-11-29T14:36:13+01:00Vidjil TeamSupervision externe des workers/tasksEn attendant mieux, j'ai mis une mesure d'urgence pour qu'on soit prévenu si les workers tombent.
56a77b7 (sur rbx)
-> page https://rbx.vidjil.org/vidjil/admin/monitor (publique, mais bon...)
-> surveillée par uptimerobot, vérifie si...En attendant mieux, j'ai mis une mesure d'urgence pour qu'on soit prévenu si les workers tombent.
56a77b7 (sur rbx)
-> page https://rbx.vidjil.org/vidjil/admin/monitor (publique, mais bon...)
-> surveillée par uptimerobot, vérifie si QUEUED=0
-> https://uptimerobot.com/dashboard#776644401
Normalement, cela reste très peu de temps en QUEUED (passe en ASSIGNED en quelques secondes). Quand il y a un problème, hier comme ce matin, on avait du QUEUED.
(Je n'ai pas testé volontairement, on verra bien si la supervision marche...)
***
mis aussi pour dev.vidjil.org
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1662Supervision externe du serveur de prod / tests fonctionnels live2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamSupervision externe du serveur de prod / tests fonctionnels liveEn faisant un "apt-get upgrade", je me demande toujours si tout fonctionne.
Même le jour où notre déploiement git>prod sera automatisé, on aura toujours besoin de superviser le serveur, il y a plein de raisons qui peuvent faire que quel...En faisant un "apt-get upgrade", je me demande toujours si tout fonctionne.
Même le jour où notre déploiement git>prod sera automatisé, on aura toujours besoin de superviser le serveur, il y a plein de raisons qui peuvent faire que quelque chose tombe.
La supervision externe vérifie déjà que le serveur tourne et que les derniers jobs ne sont pas en "queued", c'est déjà pas mal.
J'aimerais avoir un truc plus complet, un test fonctionnel (qui uploade une séquence, lance un run, et compare les résultats ?). On pourrait avoir un utilisateur test qui travaillerait sur un patient test *sur le serveur de prod*.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3015Support de gcc 7.3 ?2018-06-21T17:46:46+02:00Mathieu GiraudSupport de gcc 7.3 ?`doc/algo.org:` Vidjil-algo will not work with a =g++= 7.0 or above.
On devrait avoir au moins 7.2 vu #2615.
Est-ce que 7.3 fonctionne ?`doc/algo.org:` Vidjil-algo will not work with a =g++= 7.0 or above.
On devrait avoir au moins 7.2 vu #2615.
Est-ce que 7.3 fonctionne ?Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1908Suppression de patients : mauvais nombre de fichier indiqué2016-11-29T14:42:01+01:00Vidjil TeamSuppression de patients : mauvais nombre de fichier indiquéErr:508
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@RyanHerb @DuezErr:508
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3523Suppression des images Docker échoue le build (dans certains cas ?)2019-11-22T12:05:23+01:00Mikaël SalsonSuppression des images Docker échoue le build (dans certains cas ?)The following discussion from !305 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/305#note_123377):
> Sur `dev` le pipeline dit cela :
>
> ```
> Error...The following discussion from !305 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/305#note_123377):
> Sur `dev` le pipeline dit cela :
>
> ```
> Error response from daemon: conflict: unable to remove repository reference "vidjil/server:test" (must force) - container cb085cbafdb5 is using its referenced image d1aa7cbe4ed6
> Error response from daemon: conflict: unable to remove repository reference "vidjil/client:test" (must force) - container 1b70d95aef53 is using its referenced image 4f48f02d2a14
> ```Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4384Suppression des patients2020-08-25T10:33:47+02:00Aurélie CAILLAULT-VENETSuppression des patientsBonjour,
Suite à la MAJ de cette semaine, nous avons plusieurs constats:
- nous ne pouvons plus supprimer les dossiers créés en doublon;
- les échantillons nouvellement inclus ne peuvent plus être analysés sur notre version obsolète de C...Bonjour,
Suite à la MAJ de cette semaine, nous avons plusieurs constats:
- nous ne pouvons plus supprimer les dossiers créés en doublon;
- les échantillons nouvellement inclus ne peuvent plus être analysés sur notre version obsolète de Chrome. Les anciens profils ne sont pas impactés;
- sur FireFox, la prise en main est différente et notamment le copier-coller de la séquence d'un clone d'intérêt. Nous perdons la mise en forme avec la séparation de la région N. Il faut donc tout retrouver à la main ou alors enregistrer en html, ouvrir la page avec Internet explorer (navigateur par défaut) et faire le copier-coller comme ça.
Idem l'enregistrement de l'export en pdf est plus complexe qu'avec Chrome; l'accès est moins direct car il nécessite pdf creator. Si on veut rouvrir le fichier html avec Chrome et l'imprimer en pdf, ça ne fonctionne pas.
- concernant l'affichage des clones dans l'encart du haut à droite, nous avons constaté que l'allure des courbes a été modifiée. Au lieu de faire un graphique en points avec des droites, nous avons des courbes. Si c'est plus doux à l'oeil, en analyse c'est moins facile surtout quand on recherche les contaminations éventuelles dans un run. Est-il possible de modifier cette visualisation et revenir au système précédent?
Mise à part la suppression des dossiers en double, les autres points ne sont pas bloquants mais ils ralentissent l'analyse car il y a plus de petites étapes à faire pour obtenir un résultat.
Auréliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1631Suppression des résultats et mise à jour des fichiers fused2017-05-23T14:01:52+02:00Vidjil TeamSuppression des résultats et mise à jour des fichiers fusedIl semble n'y avoir dans la DB qu'un seul fichier fuse par fichier de séquence par config. Si on lance un nouveau run, l'ancienne entrée dans la table fused_file est-elle supprimée ?
Le problème est le suivant : j'ai lancé le même run de...Il semble n'y avoir dans la DB qu'un seul fichier fuse par fichier de séquence par config. Si on lance un nouveau run, l'ancienne entrée dans la table fused_file est-elle supprimée ?
Le problème est le suivant : j'ai lancé le même run deux fois sur le patient 531 (sur dev.vidjil.org). Une fois le 18/06, une fois le 19/06. J'ai supprimé les résultats du 19/06 mais en DB il ne reste qu'un fichier fused, celui du 19 : https://dev.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db?query=db.fused_file.patient_id==531 et le lien pour consulter les résultats est donc celui du 19/06 : http://dev.vidjil.org/browser/index.html?patient=531&config=2
Or je l'ai supprimé et la liste des résultats, sur la page info du patient, ne me montre que le fichier de résultat du 18/06.
***
Je ne sais pas si c'est lié, mais :
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=612&config=25
-> 3 points, alors qu'il n'y a que.... 2 fichiers. Le troisième a été supprimé, et on n'a pas re-fusé ensuite.
***
Dans task.py l.47-57 :
## check fused_file
row2 = db( ( db.fused_file.config_id == id_config ) &
( db.fused_file.patient_id == id_patient )
).select()
if len(row2) > 0 : ## update
fuse_id = row2[0].id
else: ## create
fuse_id = db.fused_file.insert(patient_id = id_patient,
config_id = id_config)
Si un entrée fused existe déjà, elle est remplacée.
***
Ça pose la question de ce qu'on fait. Relance-t-on fuse à chaque action sur les fichiers de résultat ?
***
@Duez @mikael-s @magiraudWeb 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1907Suppression et modification impossible des patients sur rbx2016-11-29T14:42:00+01:00Vidjil TeamSuppression et modification impossible des patients sur rbxLes icones n'apparaissent pas dans la liste patient, alors qu'elles apparaissent sur test.vidjil.org (quelque chose qui a été corrigé récemment ?)
***
A priori ce code n'a pas été changé depuis longtemps => 5cc32d7e
***
Ce problème est r...Les icones n'apparaissent pas dans la liste patient, alors qu'elles apparaissent sur test.vidjil.org (quelque chose qui a été corrigé récemment ?)
***
A priori ce code n'a pas été changé depuis longtemps => 5cc32d7e
***
Ce problème est résolu, il me semble. Au moins depuis la mise en prod des nouvelles permissions
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1606Supprimer delta_max (et delta_min ?)2016-11-29T14:38:30+01:00Vidjil TeamSupprimer delta_max (et delta_min ?)Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
***
Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-...Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
***
Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-value pour le Fine.
On peut déjà le supprimer pour le Kmer.
***
Je serais partant de ne garder que le delta_min pour le Fine. Si on a KmerSegmenté avec de grosses insertions, c'est bizarre d'empêcher le Fine de trouver le bon alignement.
***
oui, ok (mais peut-être que le Fine actuel ne va pas bien se comporter, on verra...)
***
fait il y a un certain temps...
***
@magiraud @mikael-s