vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:34:40+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1316sp_system2016-11-29T14:34:40+01:00Vidjil Teamsp_system
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#1315
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#1315https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/922src/align.cgi : faire un aligneur flexible, cgi / texte2021-10-21T19:17:38+02:00Vidjil Teamsrc/align.cgi : faire un aligneur flexible, cgi / texte
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4109Stage prepare_release : supprimer2021-04-28T13:54:04+02:00Mathieu GiraudStage prepare_release : supprimerLe stage `prepare_release` peut sembler redondant avec `tgz_release` (mis à part la conservation des artefacts et le `allow_failure`).
Dans le passé, on faisait des `feature-a/release-candidate`... mais au final on passait à
`feature-a...Le stage `prepare_release` peut sembler redondant avec `tgz_release` (mis à part la conservation des artefacts et le `allow_failure`).
Dans le passé, on faisait des `feature-a/release-candidate`... mais au final on passait à
`feature-a/release` et ce n'est pas forcément fini (car les pipelines ne sont pas les mêmes, et on a plusieurs itérations). Ce qui semble plus propre est:
- d'avoir une branche `feature-a/release` quand on veut releaser
- sur cette branche, s'assurer que tout passe
- quand on veut faire la release, merge de cela dans `dev` + lancement manuel ?
Ou est-ce trop risqué pour déployer des choses non prêtes ?Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2235Statistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue génér...2018-09-14T12:08:00+02:00Mathieu GiraudStatistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue générique)Discussion avec ~"Paris-Pitié" .
Un tableau récapitulatif d'un ensemble de samples.
Déjà pour ~"bio-control" (assurance qualité), mais aussi de l'interprétation de résultats.
Voir aussi #1644
cc @mikael-s @RyanHerbDiscussion avec ~"Paris-Pitié" .
Un tableau récapitulatif d'un ensemble de samples.
Déjà pour ~"bio-control" (assurance qualité), mais aussi de l'interprétation de résultats.
Voir aussi #1644
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3436Statistiques : tester, mettre en production pour tous2018-10-02T18:33:52+02:00Mathieu GiraudStatistiques : tester, mettre en production pour tousSuite à #2235.
Voir aussi #3171.Suite à #2235.
Voir aussi #3171.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3500Stats : bikeshedding nom des colonnes2018-10-08T11:01:44+02:00Mathieu GiraudStats : bikeshedding nom des colonnes#3436.#3436.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3497Stats : commenter les champs booléens2018-10-05T19:16:46+02:00Mathieu GiraudStats : commenter les champs booléensIls serviront lors d'une prochaine itération, après la première mise en prod.Ils serviront lors d'une prochaine itération, après la première mise en prod.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3525Stats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les...2018-10-05T19:09:17+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les pages des runs/patients/sets concernésRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3524Stats et affichage des sample sets : valeurs dupliquées2018-10-05T19:17:50+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : valeurs dupliquéesDepuis #3496, vu par @flothoni
> > Oui, exactement. Le but est d'avoir, par exemple quand on compare les samples d'un patient, l'info sur les runs et autres sets auxquels il appartient. Est-ce que ce n'est pas clair ?
> Non, dans mon c...Depuis #3496, vu par @flothoni
> > Oui, exactement. Le but est d'avoir, par exemple quand on compare les samples d'un patient, l'info sur les runs et autres sets auxquels il appartient. Est-ce que ce n'est pas clair ?
> Non, dans mon cas, j'ai fait le compare depuis le run, qui contient 3 fichiers. J'ai pour un sample son patient de ratacchement, et 3 fois le run (en répétition). Il doit s'agir d'une bug dasn uen itération.
Oui, confirmé. dev, runs, premier run, on compare tout, les samples apparaissent trois fois.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3499Stats et animation2018-10-05T19:24:45+02:00Mathieu GiraudStats et animationL'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?L'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3526Stats et genescan : ne pas décaler les valeurs2018-10-05T19:08:24+02:00Mathieu GiraudStats et genescan : ne pas décaler les valeursVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3495Stats : pour l'instant en gris2018-10-08T11:01:25+02:00Mathieu GiraudStats : pour l'instant en grisOn réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.On réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3528StatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)2018-10-05T18:19:40+02:00Mikaël SalsonStatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)Sur `dev` pour le run 26863Sur `dev` pour le run 26863https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1517stats : segmenté ou avec window ?2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamstats : segmenté ou avec window ?reads av. len clones av. rds
IGH -> 185469 125.9 31516 5.6
Mais 5.6 = (quelque chose de plus petit que 185469) / 31516.
La faible différence vient des reads segmentées mais sans window.
Jusqu'à maintenan...reads av. len clones av. rds
IGH -> 185469 125.9 31516 5.6
Mais 5.6 = (quelque chose de plus petit que 185469) / 31516.
La faible différence vient des reads segmentées mais sans window.
Jusqu'à maintenant, on insiste sur les reads "segmentées", mais bon, pour l'utilisateur c'est les reads avec window qui sont intéressante.
" = SEG, no window " devrait devenir "UNSEG_NO_WINDOW", c'est une cause parmi d'autre de non-analyse.
Bref, dans core/windowExtractor.cpp, j'ai très envie de déplacer la ligne "seg->segmented_germline->stats_reads.insert(read_length);"
juste en-dessous. Et de changer d'autres trucs à coté.
Ce serait donc l'occasion d'afficher dans le browser plutôt le nombre de reads "avec window". Et peut-être mettre "analyzed" au lieu de "segmented", cela fait longtemps que cela me trotte dans la tête.
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C'est acté, on change.
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77113c1
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1326Stats sur clones sélectionnés : position2022-06-20T10:11:13+02:00Vidjil TeamStats sur clones sélectionnés : positionRéfléchir si la position est optimale. (Les autres quantités sont à gauche, pas à droite).
De plus, quand on est en :hover sur un clone, faut-il changer ou non le comportement des stats ?
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@nobodyRéfléchir si la position est optimale. (Les autres quantités sont à gauche, pas à droite).
De plus, quand on est en :hover sur un clone, faut-il changer ou non le comportement des stats ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3498Stats sur le genescan et hover2018-10-05T19:16:52+02:00Mathieu GiraudStats sur le genescan et hoverIdéalement, mettre quelque chose de type "24% at 340 bp" ou bien simplement "340 bp" (c'est pas évident de voir ce que les pourcentages représentent).
En attendant, on peut tout simplement commenter et ne pas avoir de hover.Idéalement, mettre quelque chose de type "24% at 340 bp" ou bien simplement "340 bp" (c'est pas évident de voir ce que les pourcentages représentent).
En attendant, on peut tout simplement commenter et ne pas avoir de hover.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1048Stats sur le jeu complet dans le fichier .vidjil / smaller clones2019-10-29T14:38:34+01:00Vidjil TeamStats sur le jeu complet dans le fichier .vidjil / smaller clonesReparlé plusieurs fois lors des dernières semaines.
Quels stats seraient intéressantes, sur tous les clones (pas seulement les FineSegmentés) ? Distribution des longueurs (on l'a, mais un peu brut), autres ?
(distribution V/J/CDR3/... de...Reparlé plusieurs fois lors des dernières semaines.
Quels stats seraient intéressantes, sur tous les clones (pas seulement les FineSegmentés) ? Distribution des longueurs (on l'a, mais un peu brut), autres ?
(distribution V/J/CDR3/... demanderait de faire plus de FineSegmenter)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1644Stats sur les clones2021-11-23T16:53:31+01:00Vidjil TeamStats sur les clonesSur tous les fichiers sur rbx :
- distribution des locus
- quelles sont les clones trouvés en "xxx" ?
- quels sont les clones trouvés avec une insertion de plus de 10 ?
La BDD des clones pourrait répondre à cela... mais on pourrai...Sur tous les fichiers sur rbx :
- distribution des locus
- quelles sont les clones trouvés en "xxx" ?
- quels sont les clones trouvés avec une insertion de plus de 10 ?
La BDD des clones pourrait répondre à cela... mais on pourrait déjà avoir bcp de réponses relativement rapidement en scriptant sur les fichiers résultats `*.vidjil`.
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(ou sur un sous-ensemble de clones, "filter")
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1043Stats sur les clones sélectionnés2016-11-29T14:31:03+01:00Vidjil TeamStats sur les clones sélectionnésA minima le nombre de reads et le pourcentage correspondant aux clones sélectionnés et possiblemement des stats supplémentaires (distrib des V ? stats sur la jonction ? distib des N ?)
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Tout à droite de #bot-bar, on peut déjà mettre "...A minima le nombre de reads et le pourcentage correspondant aux clones sélectionnés et possiblemement des stats supplémentaires (distrib des V ? stats sur la jonction ? distib des N ?)
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Tout à droite de #bot-bar, on peut déjà mettre "7 clones (54554 reads, 31.2%)"
Les stats supplémentaires, on verra plus tard.
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bonsoir Tatiana,
Voici la première tâche qu'on te donnera demain : quand on a un clone, ou plusieurs clones sélectionnés, on aimerait pouvoir savoir quelle est la taille de la sélection. Ce sera l'occasion de t'initier au Javascript... et au code du browser, dans browser/js.
On en parle demain matin, bonne soirée...
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Manque le code css pour bien mettre au bon endroit
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css: 7972734
merci Tatiana !
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#1044
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3041Stats sur un ensemble de samples : contrôleur2018-09-14T12:08:31+02:00Mathieu GiraudStats sur un ensemble de samples : contrôleurFaire un contrôleur qui, à partir d’une sélection de samples (faites par le « search », possiblement via des tags), renvoie
- les fichiers `.vidjil`
- ainsi que les métadonnées des samples
C’est pour remplir #2235, mais on garderai...Faire un contrôleur qui, à partir d’une sélection de samples (faites par le « search », possiblement via des tags), renvoie
- les fichiers `.vidjil`
- ainsi que les métadonnées des samples
C’est pour remplir #2235, mais on garderait pour l'instant non accessible aux utilisateurs.
@flothoni pourrait ainsi l’utiliser pour la demande de Patrick de #2235.
cc @RyanHerb