vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-30T15:52:07+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3423Etendre vidjilparser.py pour générer des fichiers2018-07-30T15:52:07+02:00Ryan HerbertEtendre vidjilparser.py pour générer des fichiersDans #2240 nous avons créé un module capable d'extraire les informations d'un fichier en maintenant la structure d'un fichier vidjil, et de valider un fichier vidjil en suivant un modèle passé en paramètre, mais il ne sait pas encore gén...Dans #2240 nous avons créé un module capable d'extraire les informations d'un fichier en maintenant la structure d'un fichier vidjil, et de valider un fichier vidjil en suivant un modèle passé en paramètre, mais il ne sait pas encore générer "from scratch" un fichier vidjil.
Il faudrait savoir quel type d'API nous souhaitons construire.
L'utilisateur à-t-il besoin d'avoir des connaissances dans le format Vidjil, ou l'API suffit-elle ?
Moins on demande de connaissances sur le format vidjil, plus l'API demandera de complexité.
Mais plus on demande de connaissances, plus on se rapproche d'une API qui renvoit un dictionnaire plus ou moins complet que l'utilisateur doit compléter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3422Auto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la r...2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonAuto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la rendre claireLa limite de 10 résultats peut être un peu courte (cf. #3420). On pourrait l'augmenter (c'est simple) mais il faudrait aussi la rendre claire : on doit savoir qu'on ne voit que X résultats mais qu'en fait il en existe d'autres.La limite de 10 résultats peut être un peu courte (cf. #3420). On pourrait l'augmenter (c'est simple) mais il faudrait aussi la rendre claire : on doit savoir qu'on ne voit que X résultats mais qu'en fait il en existe d'autres.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3421Auto-complétion des samples sets : marquer la distinction entre résultats réc...2018-07-27T18:40:10+02:00Mikaël SalsonAuto-complétion des samples sets : marquer la distinction entre résultats récents et résultats globaux.À l'utilisation, la différence d'auto-complétion qui se fait à partir du 3è caractère n'est pas claire (cf. #3420) : Pour 0, 1 et 2 caractères l'auto-complétion se fait sur les créations récentes de sample sets. À partir du 3è on fait la...À l'utilisation, la différence d'auto-complétion qui se fait à partir du 3è caractère n'est pas claire (cf. #3420) : Pour 0, 1 et 2 caractères l'auto-complétion se fait sur les créations récentes de sample sets. À partir du 3è on fait la recherche sur tous les samples sets accessibles par l'utilisateur.
Sans remettre en cause l'intérêt de cette distinction pour ne pas surcharger le serveur (mais pour nos utilisateur orientaux cette limite de 2 caractères pourrait être contraignante), il faudrait présenter les choses différemment (voire indiquer ain au sein de quoi la recherche est faite), afin de lever l'ambiguité existante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3420Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion2019-03-25T09:43:54+01:00Anne de SeptenvilleAméliorer l'ergonomie de l'auto-completionJ'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet...J'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet, une espace est aussi ajoutée à la suite de l'étiquette. du coup quand on veut ajouter une 2e étiquette, il faut commencer par supprimer l'espace... j'ai mis du temps à comprendre que c'était pour ça que l'auto-complétion ne retrouvais pas toujours ce que je cherchais.
2) Je n'ai pas réussi à comprendre pourquoi, mais l'auto-completion ne veux pas afficher certaines étiquettes lorsque je tape certaines suites de caractères...
"P3" ne montre rien, il faut que je tape "P3 " pour voir le patient "EC-NGS P3 DJO" (idem avec les autres P1 à P9)
"EC-NGS " ne fais apparaître que mes sets "EC-NGS Comparaison" et "EC-NGS PSL" et pas les patients "EC-NGS Pxx xxx"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3419Tests sur les CD qui échouent avec Aho2019-03-05T14:43:03+01:00Mikaël SalsonTests sur les CD qui échouent avec Ahocf. !78
Je pense qu'il nous faut un expert sur le sujet.cf. !78
Je pense qu'il nous faut un expert sur le sujet.Mathieu GiraudMathieu Giraud2018-11-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3418Menu plot : au delà d'un certain rang l'axe montré comme sélectionné n'est pa...2018-08-07T10:31:04+02:00Mikaël SalsonMenu plot : au delà d'un certain rang l'axe montré comme sélectionné n'est pas le bonAller dans le menu plot, pour l'axe des x (ou des y) choisir *tag*. C'est bien celui-ci qui est affiché mais dans le menu ce n'est pas celui-ci qui est montré comme sélectionné. Le problème est le même pour toutes les entrées suivantes d...Aller dans le menu plot, pour l'axe des x (ou des y) choisir *tag*. C'est bien celui-ci qui est affiché mais dans le menu ce n'est pas celui-ci qui est montré comme sélectionné. Le problème est le même pour toutes les entrées suivantes du menuhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3417Avec les nouvelles germlines, l'export FASTA ne fonctionne plus2018-07-24T15:57:13+02:00Mikaël SalsonAvec les nouvelles germlines, l'export FASTA ne fonctionne pluscf. les tests fonctionnels : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/143530cf. les tests fonctionnels : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/143530https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3416Le fenêtre info ne s'ouvre pas2018-07-25T16:20:32+02:00Mikaël SalsonLe fenêtre info ne s'ouvre pasMail du 24/07/2018 11:38 :
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Nous avons un souci avec l'analyse de notre dernière série de patients : lorsqu'on clique sur le i permettant habituellement d'accéder aux infos des reads analysés pour l'échantillon considéré, rien ne s'ou...Mail du 24/07/2018 11:38 :
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Nous avons un souci avec l'analyse de notre dernière série de patients : lorsqu'on clique sur le i permettant habituellement d'accéder aux infos des reads analysés pour l'échantillon considéré, rien ne s'ouvre, comme si le lien était cassé, il n'est d'ailleurs pas grisé (sceenshot en PJ).
ça fonctionne bien en revanche pour d'anciennes séries de patients précédemment analysées, donc ça ne peut pas venir de nos navigateurs.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3415Mettre -2 et -3 par défaut ?2018-07-21T13:41:30+02:00Mathieu GiraudMettre -2 et -3 par défaut ?La commande de base pourrait être désormais `vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g my-reads.fa`, avec par défaut:
- `-2` : Le unexpected/xxx est finalement ultra-testé, par défaut sur le servuer.
(`--no-unexpected` ou un truc comme...La commande de base pourrait être désormais `vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g my-reads.fa`, avec par défaut:
- `-2` : Le unexpected/xxx est finalement ultra-testé, par défaut sur le servuer.
(`--no-unexpected` ou un truc comme cela sinon)
- `-3` : (`--no-cdr3`, si cela vaut vraiment la peine ?)
Au pire des choses plus particulières pourraient être spécifiées dans `germline.h` (pour certains germlines, le CDR3 ne fait pas de sens (pas de CDR3 en IGKV-Intron, c'est déjà le cas, je ne vois pas où c'est réglé)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3414Exporter les 3+v meilleurs gènes2019-04-04T13:19:27+02:00Mathieu GiraudExporter les 3+v meilleurs gènesSuite à !255 / #1409, faire que, si des gènes au-delà du 3è ont le même score que le 3è, alors on les exporte également.
Cela permettra de plus un comportement plus déterministe (voir 68b6ebc).
cc @boreec
Suite à !255 / #1409, faire que, si des gènes au-delà du 3è ont le même score que le 3è, alors on les exporte également.
Cela permettra de plus un comportement plus déterministe (voir 68b6ebc).
cc @boreec
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3412Compare sample : depuis la liste globale pour une même config on ne voit que ...2019-02-27T19:12:31+01:00Mikaël SalsonCompare sample : depuis la liste globale pour une même config on ne voit que le plus ancien résultatProblème soulevé ici : #3410.
Pour cette utilisatrice (214) lorsqu'on cherche P9 sur la page des patients et qu'on fait un compare samples, on ne voit que 4 résultats, dont deux pour le patient `P9 P9` : un en IGH et un en multi+inc.
M...Problème soulevé ici : #3410.
Pour cette utilisatrice (214) lorsqu'on cherche P9 sur la page des patients et qu'on fait un compare samples, on ne voit que 4 résultats, dont deux pour le patient `P9 P9` : un en IGH et un en multi+inc.
Mais lorsqu'on va sur le patient `P9 P9` (27495) et qu'on fait un compare samples on voit 4 résultats : 3 en IGH et 1 en multi+inc.
De plus le seul résultat IGH vu dans le 1er cas est le plus ancien. Récupère-t-on uniquement un seul résultat par config ?
@RyanHerb ça te dit quelque chose ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3411Bouton admin pour passer à la version suivante de vidjil-algo ?2018-07-20T15:18:23+02:00Mathieu GiraudBouton admin pour passer à la version suivante de vidjil-algo ?Mais même chose pour le serveur, pour d'autres outils ?Mais même chose pour le serveur, pour d'autres outils ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3410Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons2018-07-20T15:06:28+02:00Anne de SeptenvilleAbsence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillonsPour ces 2 patients (P9 et P10) j'ai bien des données d'analyse IGH, mais quand je veux les utiliser pour une comparaison avec un autre échantillon, Vidjil n'affiche que les clones du patient avec lequel je le compare, et no read pour P9...Pour ces 2 patients (P9 et P10) j'ai bien des données d'analyse IGH, mais quand je veux les utiliser pour une comparaison avec un autre échantillon, Vidjil n'affiche que les clones du patient avec lequel je le compare, et no read pour P9 ou P10.
Je crois que cela fait suite à ce problème : #3258
Il me semble que c'était les seuls patients pour lesquels je n'avais pas re-importé les fastq suite au problème #3258
https://app.vidjil.org/index.html?set=27495&config=2
https://app.vidjil.org/index.html?set=27496&config=2https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3409Modéliser / représenter la "read distribution"2023-06-28T18:17:49+02:00Mathieu GiraudModéliser / représenter la "read distribution"Voir #3408 et #3407.
> reads distrbution : l'histogramme montre le % de reads dans des clones ≥ 10%, compris entre 1% et 10%, compris entre 0,1% et 1%, etc. La hauteur peut être relative au nombre de reads du sample
Tous les 10%, propo...Voir #3408 et #3407.
> reads distrbution : l'histogramme montre le % de reads dans des clones ≥ 10%, compris entre 1% et 10%, compris entre 0,1% et 1%, etc. La hauteur peut être relative au nombre de reads du sample
Tous les 10%, proportion des reads ? Est-ce qu'on arrive à mettre dessus l'info sur le nombre de clones ?
En gros voir d'un coup d'oeil si c'est monoclonal / polyclonal / autre.
Autre option (peut-être aussi issue), le nombre de reads pour le top 20/50 clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3408Qualité de chaque échantillon : première itération2023-06-28T16:59:24+02:00Mikaël SalsonQualité de chaque échantillon : première itérationVoici les informations qu'on pourrait vouloir afficher, et qui sont simples à récupérer :
* [ ] Nombre total de reads
* [ ] Nombre de reads analysés (%)
* [ ] Liste des locus détectés
* [ ] Nombre de clones ≥ 5% dans leur locus
* [ ] pot...Voici les informations qu'on pourrait vouloir afficher, et qui sont simples à récupérer :
* [ ] Nombre total de reads
* [ ] Nombre de reads analysés (%)
* [ ] Liste des locus détectés
* [ ] Nombre de clones ≥ 5% dans leur locus
* [ ] potentiellement distribution des clones par taille (`reads.distribution` dans le `.vidjil`)
* [ ] potentiellement distribution de la longueur des reads ? (type genescan)
Par la suite d'autres informations pourraient être ajoutées mais peuvent être plus complexes à récupérer (voir par exemple #2875) : par exemple des informations sur les pre-process, sur les causes de non-segmentation, ou des comparaisons entre les différents échantillons.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3407Décoration des champs du contrôleur multi samples2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonDécoration des champs du contrôleur multi samplesPour #2235, #2875Pour #2235, #2875Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3406Réinitialisation db pour les tests2024-01-18T12:12:58+01:00Mathieu GiraudRéinitialisation db pour les testsDernière chose qui bloque !225.Dernière chose qui bloque !225.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3405Choses sur lesquelles il y a eu du travail et qui seraient à boucler2018-07-20T19:06:11+02:00Mathieu GiraudChoses sur lesquelles il y a eu du travail et qui seraient à bouclerun tag ?
cc @mikael\-sun tag ?
cc @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3404Aho : segmentation en xxx au lieu de IGH VDJ2018-07-19T19:50:01+02:00Mikaël SalsonAho : segmentation en xxx au lieu de IGH VDJMais le plus drôle c'est que le unexpected qui est sorti est du… IGHV+/IGHJ+ !
C'est sur la séquence : should-vdj-tests/7038-long-deletions.should-vdj.fa
On a des e-valeurs plus basses à la fois pour le V et pour le J en `xxx` (10^-89 ...Mais le plus drôle c'est que le unexpected qui est sorti est du… IGHV+/IGHJ+ !
C'est sur la séquence : should-vdj-tests/7038-long-deletions.should-vdj.fa
On a des e-valeurs plus basses à la fois pour le V et pour le J en `xxx` (10^-89 et 10^-32 contre 10^84 et 10^-23). C'est douteux.
Voici les affectations :
IGH
```
seed IGH SEG_+ 1.099395e-23 9.613435e-84/1.099395e-23 _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _+H _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
xxx
```
seed unexpected SEG_+ 3.237259e-32 1.203927e-89/3.237259e-32 _ _-L+B _ _ _ _ _-B _ _ _ _ _ _ _-L _ _ _ _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _+L+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _+H _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _+L _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3401Liste de tests fonctionnels server2021-01-26T16:51:05+01:00Ryan HerbertListe de tests fonctionnels serverIci on fait une liste des tests fonctionnels server:
* Utilisateur
- [x] Login
- [ ] Logout (mais #2571 #2477)
- [ ] Changer le mot de passe (mais #1682)
* Patients
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Edition
- [x] Suppression
...Ici on fait une liste des tests fonctionnels server:
* Utilisateur
- [x] Login
- [ ] Logout (mais #2571 #2477)
- [ ] Changer le mot de passe (mais #1682)
* Patients
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Edition
- [x] Suppression
- [x] Recherche
* Samples
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Upload (normal, déjà inclus dans précédent ?) (et #4628)
- [x] Upload (réseau)
- [x] Edition
- [ ] Edition: ajouter le sample à un set supplémentaire
- [ ] Reupload
- [x] Suppression avec results
- [ ] Suppression sans results (n'existent pas)
- [ ] Suppression sans results (mais results existent)
- [x] Recherche
- [ ] Ajout sets multiples
- [x] Run (et #4628)
- [ ] Runs concurrents, certains sont provisoirement en `QUEUED` #3447
- [ ] Pre-process
- [ ] Relancer pre-process échoué
* Autcompletion
- [ ] tags
- [ ] samples
* Tags
- [x] Recherche par click (patient ou sample)
- [x] Recherche patient
- [x] Recherche sample
* Permissions
- [ ] Accès groupe public
- [ ] Accès groupe personnel
- [ ] Accès groupe hierarchie
- [ ] Pas d'accès à un groupe dont on n'est pas membre
- [ ] Permissions diverses (admin, upload, create, run)
* Groupes
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
- [ ] Invitation utilisateur
- [ ] Exclusion utilisateur
- [ ] Modification permissions
* Configs
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
* Tips
- [ ] Fermer
- [ ] Suivant
- [ ] Précédent
- [ ] lu
* Notifications
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
- [ ] Expiration
- [ ] lu
* logs
- [ ] tester tous les cas de figure ?
* Utilisateurs
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
* Consultation d'une analyse préalablement lancée
- [ ] Affichage correct
- [ ] Vérification des informations affichées dans la fenêtre d'info globale (éviter #3416)
- [ ] Sauvegarder une analyse (éviter vdj#792)
* Pre process
- [x] Ajout
- [x] Edition
- [x] Suppression
* Compare
- [ ] Liste
- [ ] Compare