vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:34:25+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1299Liens mal placés pour le téléchargement des data et analysis2016-11-29T14:34:25+01:00Vidjil TeamLiens mal placés pour le téléchargement des data et analysisSur la page d'un patient, c'est uniquement lorsque la souris passe tout en haut du lien qu'on peut cliquer et télécharger, sinon le lien n'est pas actif. Pourtant il s'agit d'une balise <a> classique, je ne vois pas trop pourquoi. Y-a-t-...Sur la page d'un patient, c'est uniquement lorsque la souris passe tout en haut du lien qu'on peut cliquer et télécharger, sinon le lien n'est pas actif. Pourtant il s'agit d'une balise <a> classique, je ne vois pas trop pourquoi. Y-a-t-il un div par dessus qui cacherait ?
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en effet le footer depasse un poil
>> df1c65cee53
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1298API : accès à la visu d'un patient2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAPI : accès à la visu d'un patientScénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là...Scénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là, puis là.
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Par exemple http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2 (avec un bouton share pour récupérer l'URL ou alors Vidjil nous met automatiquement à cette URL-là lorsqu'on visualise le suivi d'un patient).
Ou mieux : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=CasMax&config=IGH-500
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Je vote plutôt pour http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2
parce que les noms des patients (...) et surtout des configs peuvent changer.
(et aussi par anonymat, les URLs sont stockées partout, pas génial de balancer les noms des patients)
Peut-être hasher cela pour que ce soit moins translucide ?
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=df541da5&config=2
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(et voir comment cela se passe lorsqu'ils ne sont pas loggués, peuvent-ils être redirigés comme il le faut lors du log)
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>> 167408d80c424
-redirection ok
-shortcut ("?patient=15&config=2") ok
pour changer l'url sans recharger la page
history.pushState('plop', 'plop', '/browser/index.html?patient=32&config=5');
pour le bouton share (copie dans le presse papier >> need flash)
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Excellent.
Et je ne connaissais pas pushState, et cela fonctionne même sur mon navigateur propriétaire :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1297Ne pas faire apparaître les points qui n'ont pas fini de tourner2016-11-29T14:34:23+01:00Vidjil TeamNe pas faire apparaître les points qui n'ont pas fini de tournerLorsqu'un point est en train de tourner avec Vidjil, il apparaît dans le graph, ce qui semble le faire bugger (les courbes apparaissent puis disparaissent rapidement). Or ce point n'existe pas encore puisqu'on n'a pas les résultats.
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...Lorsqu'un point est en train de tourner avec Vidjil, il apparaît dans le graph, ce qui semble le faire bugger (les courbes apparaissent puis disparaissent rapidement). Or ce point n'existe pas encore puisqu'on n'a pas les résultats.
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7d9f4ce422
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1296Fichiers SRA2016-11-29T14:34:22+01:00Vidjil TeamFichiers SRAhttp://nsaunders.wordpress.com/2011/12/22/sequencing-for-relics-from-the-sanger-era-part-1-getting-the-raw-data/
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Et donner des .fastq à Tatiana
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merci Mikaël
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@magiraud @mikael-shttp://nsaunders.wordpress.com/2011/12/22/sequencing-for-relics-from-the-sanger-era-part-1-getting-the-raw-data/
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Et donner des .fastq à Tatiana
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merci Mikaël
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1295Gros clones au milieu2017-11-21T19:14:03+01:00Vidjil TeamGros clones au milieuMartin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur l...Martin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur le fichier joint, le rond rouge V3-30/J6 ne va pas au bon endroit car il y a trop d'autres clones. ne faudrait-il pas qu'il soit centré et les autres répartis autour ? Plus le clone est majoritaire, plus il doit être bien placé.
>
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Vive le forward de mail à task@producteev.com !
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>> 3a9a6bb913fdfcac
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Joli ! Ce change ce a quoi on est habitué, mais c'est mieux ainsi.
Et c'est aussi un peu plus rapide, ce qui est mieux quand on switche rapidement entre plusieurs systèmes.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1293Animations superflues lors de la normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamAnimations superflues lors de la normalisationIl y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent...Il y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent normalisé <> non normalisé)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1292Mettre le même tag à tous les clones sélectionnés2019-02-05T12:20:51+01:00Vidjil TeamMettre le même tag à tous les clones sélectionnésParfois on sélectionne plusieurs clones et on veut leur attribuer le même clone. Il faut recommencer plusieurs fois la même opération et c'est fastidieux…
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La zone de sélection (ou il y a `5 clones, .... focus`) pourrait avoir un ch...Parfois on sélectionne plusieurs clones et on veut leur attribuer le même clone. Il faut recommencer plusieurs fois la même opération et c'est fastidieux…
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La zone de sélection (ou il y a `5 clones, .... focus`) pourrait avoir un champ `tag` (donc une étoile) qui fait apparaître un menu contextuel pour faire cela.
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@nobody @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1289Impossible de « décacher » le menu de gauche2016-11-29T14:34:17+01:00Vidjil TeamImpossible de « décacher » le menu de gaucheSous FF ou Chromium, une fois le menu de gauche caché (en cliquant sur la barre du milieu), impossible de le remontrer : il apparaît pour disparaître aussitôt
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>> 9afd899311eb371
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@DuezSous FF ou Chromium, une fois le menu de gauche caché (en cliquant sur la barre du milieu), impossible de le remontrer : il apparaît pour disparaître aussitôt
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>> 9afd899311eb371
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1288color by abundance at selected time point à l'intérieur d'un cluster2016-11-29T14:34:16+01:00Vidjil Teamcolor by abundance at selected time point à l'intérieur d'un clusterLa coloration ne fonctionne pas pour les clones à l'intérieur d'un cluster (lorsque le cluster a été « déplié »)
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>> 25bb43b0f61247
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@DuezLa coloration ne fonctionne pas pour les clones à l'intérieur d'un cluster (lorsque le cluster a été « déplié »)
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>> 25bb43b0f61247
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1287Stocker la taille des fichiers fasta comme entier2016-11-29T14:34:15+01:00Vidjil TeamStocker la taille des fichiers fasta comme entierActuellement c'est une chaîne de caractères :)
Cela permettrait :
- de faire des sommes (par patient par exemple)
- de faire du tri
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@DuezActuellement c'est une chaîne de caractères :)
Cela permettrait :
- de faire des sommes (par patient par exemple)
- de faire du tri
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1286TCRKlass2020-12-11T13:05:17+01:00Vidjil TeamTCRKlassTCRklass: A New K-String–Based Algorithm for Human and Mouse TCR Repertoire Characterization
http://www.jimmunol.org/content/early/2014/11/15/jimmunol.1400711.abstract
http://sourceforge.net/projects/tcrklass/files/
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ADT, intégration...TCRklass: A New K-String–Based Algorithm for Human and Mouse TCR Repertoire Characterization
http://www.jimmunol.org/content/early/2014/11/15/jimmunol.1400711.abstract
http://sourceforge.net/projects/tcrklass/files/
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ADT, intégration logiciel
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1284Rajouter les commandes de la doc dans la suite de tests2017-11-24T10:04:36+01:00Vidjil TeamRajouter les commandes de la doc dans la suite de tests`doc/algo.org` contient un certain nombre de commandes. L'idée n'est pas de tester la sortie (*), mais déjà de vérifier que la commande se lance correctement (en particulier si on change les options, il peut y avoir un exit 1).
Seul un ...`doc/algo.org` contient un certain nombre de commandes. L'idée n'est pas de tester la sortie (*), mais déjà de vérifier que la commande se lance correctement (en particulier si on change les options, il peut y avoir un exit 1).
Seul un pervers du org-mode + des tests peut faire cela :)
(*) Quoique... une belle syntaxe à la `should_get` serait amusante (dans un esprit doctest à la python ?)
Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1282Le renommage de clone ne fonctionne plus2016-11-29T14:34:12+01:00Vidjil TeamLe renommage de clone ne fonctionne plusclonelist → on renomme → save (ou entrée) → rien ne change
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@Duezclonelist → on renomme → save (ou entrée) → rien ne change
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1280algo: Release 2014-11, gzip, premier multi-système fonctionnel2016-11-29T14:34:10+01:00Vidjil Teamalgo: Release 2014-11, gzip, premier multi-système fonctionnelmerci Mikaël et bon week-end !
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@magiraud @mikael-smerci Mikaël et bon week-end !
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1279Stocker chez nous le fichier d'IMGT et tests2016-11-29T14:34:10+01:00Vidjil TeamStocker chez nous le fichier d'IMGT et testsIMGT fait périodiquement des releases de GENE-DB (dernière: 23 novembre)... et cela fait planter nos tests/ci de manière imprévisible. Je ne sais pas si c'est une bonne façon de faire (on a un logiciel qui marche, on part en année sabbat...IMGT fait périodiquement des releases de GENE-DB (dernière: 23 novembre)... et cela fait planter nos tests/ci de manière imprévisible. Je ne sais pas si c'est une bonne façon de faire (on a un logiciel qui marche, on part en année sabbatique, et il ne marche plus).
Solutions possibles
- donner directement les germaines à télécharger (j'étais contre avant, ce n'est pas sûr que ce soit autorisé...)
- ou, compromis, archiver chez nous le fichier d'IMGT
- ou, encore mieux, récupérer sur IMGT un fichier d'une certaine version, puisqu'ils doivent bien tout archiver... euh non, pas sûr :-)
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Important, le "make test" d'une ancienne release doit toujours fonctionner !
Bref, décision : on héberge nous-même une copie de IMGT-GENE-DB.
Mais cela doit être versionné / daté pour que les anciennes releases fonctionnent toujours.
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Idem pour Stanford-S22.
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Les fichiers germline.tar.gz sont maintenant stockés sur rbx dans le répertoire ~bonsai-ci/germlines. Un lien symbolique du répertoire du serveur web vers ce répertoire-là devrait faire l'affaire. J'ai des commits en local pour gérer ces fichiers-là mais j'attends qu'on ait vidjil.org pour les pousser.
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3c4d92f..70efc57
le fichier germline/germline_id définit le numéro de build de Vidjil-data sur lequel on travaille.
On récupère maintenant les séquences S22 depuis vidjil.org
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merci !
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1278Database Timeout2017-11-24T11:00:00+01:00Vidjil TeamDatabase TimeoutTimeout plus gros (> 3 secondes, et peut-être même 10 secondes).
On peut avoir un état intermédiaire ou on affiche un "sablier" sans faire d'erreur.
Et si timeout, pas rouge, rouge = critique (sauf si données pas enregistrées ?)
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cf7...Timeout plus gros (> 3 secondes, et peut-être même 10 secondes).
On peut avoir un état intermédiaire ou on affiche un "sablier" sans faire d'erreur.
Et si timeout, pas rouge, rouge = critique (sauf si données pas enregistrées ?)
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cf74fa8 : 5 secondes, pas rouge pour certains messages
à améliorer :)
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En ce moment le chargement de la page des patients provoque un timeout. L'accès direct à la page (https://rbx.vidjil.org/vidjil/patient/index) permet de mesurer le temps pour qu'elle arrive : environ une dizaine de secondes. Pendant ce temps sur rbx, le process uwsgi monte en flèche jusqu'à 100% pendant plusieurs secondes. Pourquoi ?
Un sudo restart uwsgi-emperor (entre deux runs de Prague…) permet de faire revenir le temps aux alentours de 3-4s. C'est peut-être juste une coïncidence, mais ça reste long pour quelque chose d'assez basique.
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Sablier mis sur une autre tâche
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>>bfa129f46
le controller ne fait plus que 2 requetes a la bdd (a la place de 3*nombre de patient)
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rhâaa... on veut voir :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1277Avoir un indicateur persistant qui tourne/bouge quand un upload est en cours2016-11-29T14:34:08+01:00Vidjil TeamAvoir un indicateur persistant qui tourne/bouge quand un upload est en coursBut : sentir visuellement que quelque chose se passe, même si on ne voit plus les messages de log et si on est en train de faire "autre chose".
Par exemple tout à droite du #top-container ?
Bikeshedding : un joli sablier Windows 98 ? un...But : sentir visuellement que quelque chose se passe, même si on ne voit plus les messages de log et si on est en train de faire "autre chose".
Par exemple tout à droite du #top-container ?
Bikeshedding : un joli sablier Windows 98 ? un truc abstrait qui tourne/bouge ? La même barre de progression que celle qu'on voit sur la page d'upload ?
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Génialissime, le menu upload !
Reste à faire qu'il ait une apparence différent quand il est en train de tourner ("uploading...") ou quand tout est completed ("upload completed").
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> a3afb6de87
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1276Supprimer le champ DB 'germline'2016-11-29T14:34:07+01:00Vidjil TeamSupprimer le champ DB 'germline'Sert uniquement au lancement vidjil C++ (on pourra le mettre dans config)
Le browser est déjà indépendant de ce paramètre
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bien, cela fonctionne toujours et c'est plus clair ainsi.
Les configs sur rbx ont été mises à jour
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@DuezSert uniquement au lancement vidjil C++ (on pourra le mettre dans config)
Le browser est déjà indépendant de ce paramètre
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bien, cela fonctionne toujours et c'est plus clair ainsi.
Les configs sur rbx ont été mises à jour
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1275On ne peut plus visualiser la séquence de clones "?/?"2016-11-29T14:34:07+01:00Vidjil TeamOn ne peut plus visualiser la séquence de clones "?/?"J'imagine que maintenant c'est limité à ceux du système en cours (est-ce souhaitable ? c'était rigolo d'aligner des TRG avec des IGH).
En tous cas, pour les ?/? on doit pouvoir voir la séquence.
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@DuezJ'imagine que maintenant c'est limité à ceux du système en cours (est-ce souhaitable ? c'était rigolo d'aligner des TRG avec des IGH).
En tous cas, pour les ?/? on doit pouvoir voir la séquence.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1274send to IMGT: ne marche plus2016-11-29T14:34:06+01:00Vidjil Teamsend to IMGT: ne marche plusrbx → Demo (L2, TRG ou L3, multi) → clone principal → IMGT
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bug ajouté avec (probleme d'initialisation) >> 50d5a2fffd08e7a
corrigé avec >> ba13fdc55ebd09
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@Duezrbx → Demo (L2, TRG ou L3, multi) → clone principal → IMGT
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bug ajouté avec (probleme d'initialisation) >> 50d5a2fffd08e7a
corrigé avec >> ba13fdc55ebd09
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@Duez