vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-04-20T17:53:38+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3105should.py : recodage, diffusion2018-04-20T17:53:38+02:00Mathieu Giraudshould.py : recodage, diffusionÀ la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type ...À la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type commande de shell (et pas vidjil-algo), pour accompagner cette diffusion. Le script comme les exemples pourraient être dans un dossier `tools/should-to-tap/`. Ou ping #1491...
Au passage, `algo/tests/should-status.py` est aussi générique.Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3104Comment organiser les recombinaisons vdj mediées2018-08-07T09:17:20+02:00Thonier FlorianComment organiser les recombinaisons vdj mediéesOn est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapi...On est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapiens-xxx.g`` spécifique de toutes ces configurations.
Je rajouterais aussi dans ce cas un point dans le doc du germline pour expliquer la démarche (il doit déjà y avoir un mot de souvenir).
cf #2139;
cc @magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3103Recombinaison avec ERG2018-08-30T14:51:55+02:00Thonier FlorianRecombinaison avec ERGWith the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Nee...With the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Need more examples to work correctly.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3102Nomenclature Ikaros ?2018-06-14T06:33:36+02:00Mathieu GiraudNomenclature Ikaros ?Pas de choses précises pour la nomenclature dans publis vues par @flothoni (ou à vérifier si partagée avec d'autres).
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=IKZF1 ?
https://www.genenames.org/cgi-bin/gene_symbol_report?hgnc_i...Pas de choses précises pour la nomenclature dans publis vues par @flothoni (ou à vérifier si partagée avec d'autres).
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=IKZF1 ?
https://www.genenames.org/cgi-bin/gene_symbol_report?hgnc_id=13176Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3100Autocomplete : vitesse/latence en production2018-06-26T15:01:25+02:00Mathieu GiraudAutocomplete : vitesse/latence en productionVu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifi...Vu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifique ?
Demande à chaque caractère ? Danger de lag ? Un truc asynchrone ?
Bloque vdj#626.
cc @flothoni @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3098Un sample peut apparaître deux fois dans un set2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudUn sample peut apparaître deux fois dans un setVu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être jus...Vu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être juste au niveau du controlleur qui reçoit qu'une seule association soit créée et pas deux.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3097Add set : erreur serveur si unicode dans le nom2018-03-22T17:39:13+01:00Mathieu GiraudAdd set : erreur serveur si unicode dans le nomVu au moins pour
- Last Name de "add patient"
- Name de "set"
- Name de "run"
Bloque vdj#626.Vu au moins pour
- Last Name de "add patient"
- Name de "set"
- Name de "run"
Bloque vdj#626.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3096Empêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichie...2018-03-22T10:02:45+01:00Mikaël SalsonEmpêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichiers ne sont pas renseignésEt si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Et si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3095Le compare samples ne fonctionne pas sur dev2018-03-21T18:59:24+01:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur devCliquez dessus produit une erreur serveur :
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/home/vidjil/git/dev/server...Cliquez dessus produit une erreur serveur :
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 792, in <module>
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/globals.py", line 419, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 624, in custom
row.string = [row.names, row.sequence_file.filename, str(row.sequence_file.sampling_date), str(row.sequence_file.pcr), str(row.config.name), str(row.results_file.run_date), info]
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 111, in __getattr__
raise AttributeError
AttributeError
```
À quoi est-elle due ? Est-ce grave ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3094Le filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le c...2019-02-28T12:40:32+01:00Mikaël SalsonLe filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le compare samplesSi je filtre par `#demo` dans la liste des patients, j'obtiens des résultats. Si je clique ensuite sur *compare samples/patients* je n'obtiens plus rien car le tag n'est pas présent dans les samples, mais dans les samples sets.
Je pense ...Si je filtre par `#demo` dans la liste des patients, j'obtiens des résultats. Si je clique ensuite sur *compare samples/patients* je n'obtiens plus rien car le tag n'est pas présent dans les samples, mais dans les samples sets.
Je pense que dans ce cas le compare samples devrait afficher tous les samples contenus dans les sample sets `#demo`
À l'inverse, si on recherche un tag présent dans un sample et non dans un sample set, la recherche sur la page patient ne donnera pas le sample set qui contient ce sample, mais le *compare samples* donnera bien le sample (essayer avec le tag #test par exemple).
Je ne sais pas si ce que je viens de décrire n'est vrai que pour les tags ou pour toute chaîne recherchée.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3093Sur dev des workers sont présents, mais les tâches restent QUEUED2018-03-22T11:33:19+01:00Mikaël SalsonSur dev des workers sont présents, mais les tâches restent QUEUEDDepuis les problèmes qu'on a eus sur dev.vidjil.org, les tâches ne sont plus attribuées à des workers. Alors qu'il y a pourtant des workers qui existent.
/cc @RyanHerbDepuis les problèmes qu'on a eus sur dev.vidjil.org, les tâches ne sont plus attribuées à des workers. Alors qu'il y a pourtant des workers qui existent.
/cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3092Edit information sur un sample set renvoie une 4042018-03-22T09:59:19+01:00Mikaël SalsonEdit information sur un sample set renvoie une 404Discuté avec @RyanHerb.
Quand on est sur un sample set on ne peut pas éditer l'information (le nom du contrôleur n'est pas correct).Discuté avec @RyanHerb.
Quand on est sur un sample set on ne peut pas éditer l'information (le nom du contrôleur n'est pas correct).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3091Edit sample2018-03-22T10:21:44+01:00Mathieu GiraudEdit sampleDeux choses bloquantes (mais une solution peut être de commenter temporairement "edit") :
- 1. le "sample information", s'il est déjà existant, n'est pas bien affiché
- 2. il ne devrait y avoir qu'un champ "Common sets" / "Specific set...Deux choses bloquantes (mais une solution peut être de commenter temporairement "edit") :
- 1. le "sample information", s'il est déjà existant, n'est pas bien affiché
- 2. il ne devrait y avoir qu'un champ "Common sets" / "Specific set", sinon on ne comprend pas --> ok, fait
Un détail:
- 3. le retour du formulaire devrait ramener au set, non pas à la liste de tous les sets
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3090Refaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin2018-03-20T14:27:33+01:00Mathieu GiraudRefaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3089Submit button in data uploading dialog has a little bi misleading title (prob...2018-03-20T15:10:54+01:00Mathieu GiraudSubmit button in data uploading dialog has a little bi misleading title (probably, that means Submit in French)(From https://github.com/vidjil/vidjil/issues/8)
See attach
![image](/uploads/14cd91391649e55625ffe497de6c861d/image.png)
My browser: Chrome for Linux, OS: Ubuntu 14, System locale: US/English(From https://github.com/vidjil/vidjil/issues/8)
See attach
![image](/uploads/14cd91391649e55625ffe497de6c861d/image.png)
My browser: Chrome for Linux, OS: Ubuntu 14, System locale: US/Englishhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3088Pear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dump2023-05-23T15:50:12+02:00Thonier FlorianPear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dumpUn utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):...Un utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 734, in run_pre_process
(stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 796, in communicate
self.wait()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1376, in wait
pid, sts = _eintr_retry_call(os.waitpid, self.pid, 0)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 476, in _eintr_retry_call
return func(*args)
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 901, in <lambda>
signal.signal(signal.SIGTERM, lambda signum, stack_frame: sys.exit(1))
SystemExit: 1
```
Je pense qu'il s'agit d'une erreur de surcharge dans la mémoire, mais je ne peux pas accéder à vda pour voir les logs (connexion au chu), et les logs dispo depuis l'interface sont trop récents.
A vérifier lorsque je peux accéder au serveur.
En tout cas je ne suis pas certain qu'il s'agisse d'un bug à proprement parler si cela vient de la mémoire.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3086Documenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.org2018-04-13T12:49:06+02:00Mathieu GiraudDocumenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.orgVoir aussi #2797Voir aussi #2797https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3085Parfois un job server-unit ne termine pas2018-03-20T15:05:58+01:00Mathieu GiraudParfois un job server-unit ne termine pas@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/165#note_78482 :
> Parfois le job ne se termine pas. La raison à cela est obscure. Voici la sortie du job au point où il en est à l'heure actuelle :
```
(…)
Ran 146 tests...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/165#note_78482 :
> Parfois le job ne se termine pas. La raison à cela est obscure. Voici la sortie du job au point où il en est à l'heure actuelle :
```
(…)
Ran 146 tests in 6.416s
OK
Generating XML reports...
web2py Web Framework
Created by Massimo Di Pierro, Copyright 2007-2018
Version 2.16.1-stable+timestamp.2017.11.14.05.54.25
Database drivers available: sqlite3, imaplib, pymysql, pg8000
18 controller files with possible doctests found.
Run doctests
make[1]: Leaving directory '/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server'
```
> Il semble donc avoir terminé ces tests mais ne passe pas à la suite. Est-ce la règle `after_script` qui le bloque ? (mais le blocage date d'avant cet ajout)
> mais ce n'est pas lié à cette branche : je l'ai eu sur `dev` aussi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3084germline_id, *.g et vidjil-algo2020-11-19T08:41:57+01:00Mathieu Giraudgermline_id, *.g et vidjil-algoSuite à !158, cela me tenterait presque de déplacer `germline_id` dans `algo/`. En effet, `germline_id` est bien la version des germlines utilisée par l'algo.
En effet `germline/` est autonome, avec ses tests. On peut désormais faire év...Suite à !158, cela me tenterait presque de déplacer `germline_id` dans `algo/`. En effet, `germline_id` est bien la version des germlines utilisée par l'algo.
En effet `germline/` est autonome, avec ses tests. On peut désormais faire évoluer les germlines, travailler sur `split-from-imgt`, faire les tests qui vont avec sans casser l'algo. Quand on est content, on met à jour `germline_id` et on travaille sur l'algo.
Problème : on trouve aussi ces numéros de versions dans les `*.g` (mais qui sont aussi, quelque part, des choses plutôt algo).
Voir #1491.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3083Regénérer les germlines2018-03-20T15:14:54+01:00Mathieu GiraudRegénérer les germlinesSuite à !150 et avant !158, regénérer les germlines.
Je m'en charge.
Voir aussi #1766.
À faire relativement rapidement car les tests algos sont cassés entre temps.Suite à !150 et avant !158, regénérer les germlines.
Je m'en charge.
Voir aussi #1766.
À faire relativement rapidement car les tests algos sont cassés entre temps.Mathieu GiraudMathieu Giraud