vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-13T16:00:49+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3127Différents levels sur les warnings2019-02-13T16:00:49+01:00Mathieu GiraudDifférents levels sur les warningsAurélie ~"LIL-Lille" a des samples avec beaucoup ou énormément de warnings... s'ils sont partout, l'info utile est cachée.
- Vérifier s'il n'y a pas un soucis
- Même dans le cas où il y a beaucoup de warnings, baisser les seuils (hum...Aurélie ~"LIL-Lille" a des samples avec beaucoup ou énormément de warnings... s'ils sont partout, l'info utile est cachée.
- Vérifier s'il n'y a pas un soucis
- Même dans le cas où il y a beaucoup de warnings, baisser les seuils (hum, non...) ? Faire un warning global ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3126Rapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?2021-01-26T15:19:10+01:00Mathieu GiraudRapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3124La touche TAB valide l'autocomplétion du set2019-02-28T12:38:03+01:00Mikaël SalsonLa touche TAB valide l'autocomplétion du setLorsqu'on ajoute un sample, on peut ajoute des sets qui sont spécifiques à ce sample.
Pour passer d'un champ à l'autre dans un formulaire il est habituel d'utilisé la tabulation. Mais quand on arrive sur le champ dédié au set, appuyez su...Lorsqu'on ajoute un sample, on peut ajoute des sets qui sont spécifiques à ce sample.
Pour passer d'un champ à l'autre dans un formulaire il est habituel d'utilisé la tabulation. Mais quand on arrive sur le champ dédié au set, appuyez sur TAB a pour effet de valider le premier élément de la liste (pour peu qu'elle ait déjà été chargée). Rappuyer sur TAB… renouvelle le processus. Si bien qu'il n'est pas possible de quitter ce champ en appuyant sur TAB.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3123Création d'utilisateurs avec unicode impossible2018-04-04T14:54:25+02:00Mathieu GiraudCréation d'utilisateurs avec unicode impossibleOn ne peut plus créer d'utilisateurs dont le nom contient de l'unicode.
Au moins sur `app` (sur `dev`, pas sûr).
Peut-être cela vient-il de 1894f954 ?
Ping #1345.On ne peut plus créer d'utilisateurs dont le nom contient de l'unicode.
Au moins sur `app` (sur `dev`, pas sûr).
Peut-être cela vient-il de 1894f954 ?
Ping #1345.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3122Vérifications sur des choses faites sans Ryan2018-04-19T12:25:28+02:00Mathieu GiraudVérifications sur des choses faites sans RyanPour Ryan, à son retour mi-avril
- #3121, 42b4a7c5 / 90b7ca4cPour Ryan, à son retour mi-avril
- #3121, 42b4a7c5 / 90b7ca4cRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3121Tags publics non vus dans add set/sample, mais bien vus dans search2018-05-24T13:04:15+02:00Mathieu GiraudTags publics non vus dans add set/sample, mais bien vus dans searchVu avec @mikael-s
Voir au passage e7f78f6.Vu avec @mikael-s
Voir au passage e7f78f6.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3120Refaire passer les tests server-unit2018-11-20T12:09:17+01:00Mathieu GiraudRefaire passer les tests server-unitVu avec @mikael-s : les derniers tests passés sont sur 1d4df8e : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/83300
À partir de d3a8c19, qui corrige un fichier de test, cela ne passe plus mais parce que plus de tests sont lancés.
Des an...Vu avec @mikael-s : les derniers tests passés sont sur 1d4df8e : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/83300
À partir de d3a8c19, qui corrige un fichier de test, cela ne passe plus mais parce que plus de tests sont lancés.
Des anciens tests à mettre à jour ?
En tout cas on décide de passer en prod quand même.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3119should: chercher seulement dans une partie du fichier2018-04-11T17:52:04+02:00Mathieu Giraudshould: chercher seulement dans une partie du fichier@mikael-s : "Parfois on cherche quelque chose à un endroit, mais on met `3` parce que cela apparaît aussi dans d'autres endroits".
Pas facile à spécifier ? Ou des opérateurs `after`/`before` couplés à un multi-line #3118 ?
Ou même sans...@mikael-s : "Parfois on cherche quelque chose à un endroit, mais on met `3` parce que cela apparaît aussi dans d'autres endroits".
Pas facile à spécifier ? Ou des opérateurs `after`/`before` couplés à un multi-line #3118 ?
Ou même sans opérateurs, avec le multi-line : `Outputing clones .* IGHV2-23 .* End of clones` https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3118should: matcher sur plusieurs lignes2018-04-11T16:34:25+02:00Mathieu Giraudshould: matcher sur plusieurs lignes@mikael-s : "Une option pour matcher quelque chose sur plusieurs lignes."
Cela n'empêchera pas le `format-json` dans des cas complexes, mais permettrait effectivement de simplifier certaines commandes `LAUNCH`.@mikael-s : "Une option pour matcher quelque chose sur plusieurs lignes."
Cela n'empêchera pas le `format-json` dans des cas complexes, mais permettrait effectivement de simplifier certaines commandes `LAUNCH`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3117should --retry2018-04-18T12:13:35+02:00Mathieu Giraudshould --retryDepuis #3033, on affiche les tests loupés, ce qui est prêt à copier-coller pour relancer.
On pourrait avoir plus simplement la commande `should --retry` qui relance ces tests (avec les mêmes dernières options passées à `should`). Cela d...Depuis #3033, on affiche les tests loupés, ce qui est prêt à copier-coller pour relancer.
On pourrait avoir plus simplement la commande `should --retry` qui relance ces tests (avec les mêmes dernières options passées à `should`). Cela demande d'avoir quelque part un `should.log` avec ces tests stockés de manière re-parsable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3116should: tests en cas de refactor2018-04-20T17:52:32+02:00Mathieu Giraudshould: tests en cas de refactorSi on se lance dans un gros ~"dev-refactor" voire une réécriture, un bon test sera évidemment que les `should` actuels passent et donnent la même sortie, que ce soit en `.tap` ou en `.log`.
- entrée: ne pas se priver de réfléchir à com...Si on se lance dans un gros ~"dev-refactor" voire une réécriture, un bon test sera évidemment que les `should` actuels passent et donnent la même sortie, que ce soit en `.tap` ou en `.log`.
- entrée: ne pas se priver de réfléchir à comment améliorer le format #3106 #3109... mais maintenir, au moins via options, une compatibilité avec le format actuel
- sortie: même si on met en place quelque chose pour #3107, sortir déjà du TAP...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3115should : --var2018-04-11T16:34:46+02:00Mathieu Giraudshould : --varDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3105#note_81394 :
> > Si tu parles des constantes définies au début, il suffit de définir ces variables dans un autre fichier qu'il faudra inclure au début du script.
> Oui. Ou dans l...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3105#note_81394 :
> > Si tu parles des constantes définies au début, il suffit de définir ces variables dans un autre fichier qu'il faudra inclure au début du script.
> Oui. Ou dans l'autre sens : on veut avoir un `should-to-tap` générique, sans aucune référence dure à vidjil ou à un autre fichier. On peut par contre lui passer en paramètre (ou en fichier) certaines variables.
On pourrait passer à `should` des arguments type `--var VIDJIL_DIR=../../bla --var FOO=bar`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3114Filtrage de BioReader sans re-réserver de la mémoire2018-04-03T17:03:11+02:00Mathieu GiraudFiltrage de BioReader sans re-réserver de la mémoireÉchange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va re...Échange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va recréer un autre `BioReader` en O(répertoire filtré) avec *réservation mémoire* et écritures, c’est un peu bourrin… on pourrait certes dire que c’est peu comparé au O(répertoire filtré x taille read) de `align_against_collection` (qui réserve aussi de la mémoire au passage).
>- y aurait-il sinon une manière de le faire avec une méthode d’un `BioReader` qui, à partir d’une liste d’identifiant, itère et renvoie les séquences ? Même si c’est en O(répertoire initial) au début, il pourrait y avoir ensuite des changements dans `BioReader` qui fait cela en O(répertoire filtré)
@mikael-s :
> Oui ça serait possible mais pas sûr que cela change grand chose : l'utilisation mémoire restera négligeable par rapport à celle de la programmation dynamique.
Bref on fait #3080 comme prévu, pas de soucis pour cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3113Performance highlights feature-c/segmenter_highlights2018-07-05T09:37:49+02:00Ryan HerbertPerformance highlights feature-c/segmenter_highlightsPour logger un peu les résultats de mes tests.
Performances de `highlightToString`:
- Sans highlight seq (comportement avant refactor): 0.5-2 ms/clone
- Avec highlight seq (4 highlights à séquence): 5-15 ms/clone
Si on aligne les séquen...Pour logger un peu les résultats de mes tests.
Performances de `highlightToString`:
- Sans highlight seq (comportement avant refactor): 0.5-2 ms/clone
- Avec highlight seq (4 highlights à séquence): 5-15 ms/clone
Si on aligne les séquences, on passe à envviron 30 ms/clone
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3111Inclure les données de diversité dans le resultat de fuse2018-03-30T10:07:17+02:00Thonier FlorianInclure les données de diversité dans le resultat de fuseLes données de diversité ne sont pas inclussent dans le résultat du fuse. Il faudrait les prendre en compte.
Vous validez ?
@magiraud @mikael-sLes données de diversité ne sont pas inclussent dans le résultat du fuse. Il faudrait les prendre en compte.
Vous validez ?
@magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3110ajouter des exceptions aux timeout2018-03-28T14:56:46+02:00Thonier Florianajouter des exceptions aux timeoutDepuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker sp...Depuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker spécifique pour lequel le timeout serait bien plus élevé, ou bien d'assigner dynamiquement un timeout plus long quand on peux prévoir qu'un tel job est en cours ?
Tel que je le vois, il faudrait être capable de détecter avant son lancement si un job risque le timeout :
* Poids des fichiers en entrée (automatique pour tous) ?
* Déclaration de l'utilisateur dans une liste blanche ?
* une case à cocher par l'utilisateur pour signifier qu'un fichier risque d'être lourd (j'y crois pas trop). Cependant, on pourrait alors avoir une liste des jobs pour lesquels nous validons les lancements avec exceptions.
Ensuite, il ne faut pas non plus bloquer le serveur :
* n'autoriser qu'un seul jobs sans timeout, 2 max ?
Que faire d'un job long qui finalement dépasserait le timeout sans être prévu:
* si le seul en cours, le laisser et le passer en exception à la volée (laisserai 2 ou 3 workers pour les jobs plus rapide) ?
* si déjà d'autres jobs en exception il faudrait le tuer et le relancer automatiquement dès qu'un place en exception de timeout se libère ?
Voilà, beaucoup de questions. Je ne sais pas si c'est aisé ou non, et ça demande peut-être beaucoup mise au point.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3109should: syntaxe claire pour expected / todo, bikeshedding `:`2018-04-04T08:19:44+02:00Mathieu Giraudshould: syntaxe claire pour expected / todo, bikeshedding `:`À la place de `1:` on peut mettre `f1:`, `s1:`, `e1:`. Y aurait-il d’autres modificateurs utiles ?
Pour `f` et `s`, y a-t-il des conventions (#3107 ou autres) sur coment désigner ce type de tests ?
Bikeshedding : faut-il imposer `1:`...À la place de `1:` on peut mettre `f1:`, `s1:`, `e1:`. Y aurait-il d’autres modificateurs utiles ?
Pour `f` et `s`, y a-t-il des conventions (#3107 ou autres) sur coment désigner ce type de tests ?
Bikeshedding : faut-il imposer `1:` ? Ne pourrait-on pas avoir une syntaxe avec rien ? Pas sûr du tout : on ne saurait plus distinguer les lignes avec un test ou sans test. Peut-être autoriser simplement `:` (ou `+:`) pour dire "au moins une occurrence".
Voir #3105.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3108should: bikeshedding2018-03-27T17:51:46+02:00Mathieu Giraudshould: bikeshedding`.should-get` est un peu verbeux. `.should` ? Autre chose ?
Si on fait #3107, le nom `should-to-tap` sera aussi probablement à changer. `should-testing` ? `stest` ? `shtest` (déjà pris) ? `shoutest` ?
Voir #3105`.should-get` est un peu verbeux. `.should` ? Autre chose ?
Si on fait #3107, le nom `should-to-tap` sera aussi probablement à changer. `should-testing` ? `stest` ? `shtest` (déjà pris) ? `shoutest` ?
Voir #3105https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3107should-to-tap: TAP, JUnit XML ou autres2018-08-30T22:21:48+02:00Mathieu Giraudshould-to-tap: TAP, JUnit XML ou autres@mikael-s, dans #3105 :
> Est-ce que sortir du TAP est suffisant ?
Voir si on gagnerait à avoir un autre format.
Ping https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/17081@mikael-s, dans #3105 :
> Est-ce que sortir du TAP est suffisant ?
Voir si on gagnerait à avoir un autre format.
Ping https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/17081https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3106should-to-tap: escapes, regex2018-04-19T23:59:21+02:00Mathieu Giraudshould-to-tap: escapes, regexOn a certains `'\\\\'` et autres dans les tests. Il serait agréable d'en avoir moinsOn a certains `'\\\\'` et autres dans les tests. Il serait agréable d'en avoir moins