vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-08-27T12:15:50+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4012Better document .g files and how to use custom germlines2020-08-27T12:15:50+02:00Mathieu GiraudBetter document .g files and how to use custom germlinesvidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources.
Beyond the `-V / `-D` / `-J` options, the `.g` file is very flexible.
However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to ma...vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources.
Beyond the `-V / `-D` / `-J` options, the `.g` file is very flexible.
However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization".
We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the `.g` file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4014clones virtuels: selectionnable même lorsqu'ils ne sont pas visibles2020-12-28T16:44:43+01:00Thonier Florianclones virtuels: selectionnable même lorsqu'ils ne sont pas visiblesIl arrive que des clones virtuels ne soit pas visible à l'écran car ils ont une taille de 0. Pourtant, lorsque l'on fait une séléction `drag` sur les graphiques bubble, nous avons parfois des clones qui se retrouvent séléctionnés.
En li...Il arrive que des clones virtuels ne soit pas visible à l'écran car ils ont une taille de 0. Pourtant, lorsque l'on fait une séléction `drag` sur les graphiques bubble, nous avons parfois des clones qui se retrouvent séléctionnés.
En lien avec #3902 et !515.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4017algo: output also CDR3 nt sequences ?2019-11-19T12:13:23+01:00Mathieu Giraudalgo: output also CDR3 nt sequences ?Reported by (Zhang 2019) on various softwareReported by (Zhang 2019) on various softwareAlgo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4020Documenter les distributions2020-04-07T20:01:20+02:00Mathieu GiraudDocumenter les distributionsAvec !515 en cours de finalisation, documenter
- `doc/dev-client.md` (des choses faites, à compléter ?)
- `doc/vidjil-format.md`: décrire le format .json stats#199
En particulier @pduroux sera intéressé
cc @flothoniAvec !515 en cours de finalisation, documenter
- `doc/dev-client.md` (des choses faites, à compléter ?)
- `doc/vidjil-format.md`: décrire le format .json stats#199
En particulier @pduroux sera intéressé
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4022Relance contrats UK avant Gand2019-11-05T17:54:40+01:00Mathieu GiraudRelance contrats UK avant GandMathieu GiraudMathieu Giraud2019-10-31https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4023Docker backup : récupérer et pousser celui de vdb2021-02-25T13:14:16+01:00Mikaël SalsonDocker backup : récupérer et pousser celui de vdbDans vdj#925 on avait un souci de conflit entre la conf `docker-compose.yml` et un conteneur `backup` propre à vdb.
Le conteneur qui est sur vdb permet de configurer son `cron` pour lancer les backups à l'aide d'un fichier de conf. C'es...Dans vdj#925 on avait un souci de conflit entre la conf `docker-compose.yml` et un conteneur `backup` propre à vdb.
Le conteneur qui est sur vdb permet de configurer son `cron` pour lancer les backups à l'aide d'un fichier de conf. C'est plus souple que de modifier le `docker-compose.yml` et ça va dans le sens de #3459 et vdj#767.
Il faudrait que ce soit la solution par défaut, poussée sur notre git.
À intégrer, donc.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4025pre-process FAILED2019-10-29T12:44:43+01:00Anne de Septenvillepre-process FAILEDJe viens d'ajouter les échantillons de mon dernier run mais le pre-process échoue.
```
!!! Pre-process failed, no result file
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, i...Je viens d'ajouter les échantillons de mon dernier run mais le pre-process échoue.
```
!!! Pre-process failed, no result file
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 876, in run_pre_process
cmd = cmd.replace("&flash2&", defs.DIR_FLASH2)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'DIR_FLASH2'
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4027test_browser-functional-external cassé, timeout sur IgBlast2020-10-20T14:12:29+02:00Mathieu Giraudtest_browser-functional-external cassé, timeout sur IgBlastSur dev: Job [#442051](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/442051) failed for b90786ac1f8e187b3434540a69ca28912c9d8586
Ce type de test passait il y a quatre jours, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/438580. #2809 ? Au...Sur dev: Job [#442051](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/442051) failed for b90786ac1f8e187b3434540a69ca28912c9d8586
Ce type de test passait il y a quatre jours, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/438580. #2809 ? Autre chose ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4028DOM et ids2021-11-22T12:37:06+01:00Mathieu GiraudDOM et ids@flothoni : "Il y a peu d'ids de DOM, j'en ai rajouté un certain nombre récemment pour les ~"dev-tests". Était-ce voulu le fait de ne pas mettre d'id (performance) ? Ou peut-on en mettre systématiquement désormais (c'est ce que je fais)"...@flothoni : "Il y a peu d'ids de DOM, j'en ai rajouté un certain nombre récemment pour les ~"dev-tests". Était-ce voulu le fait de ne pas mettre d'id (performance) ? Ou peut-on en mettre systématiquement désormais (c'est ce que je fais)"
@magiraud : cela m'a l'air raisonnable, je ne m'y connais pas pour la performance.
@mikael-s ? @Zeud ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4032Warning dans le client et plusieurs samples : simplifier, factoriser2019-11-26T16:24:32+01:00Mikaël SalsonWarning dans le client et plusieurs samples : simplifier, factoriserDans le client dès qu'un warning est affiché pour un clone, il semble devoir y en avoir un pour chaque sample.
Par exemple [ici](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=1) le clone a deux warnings pour le premier sample puis n'...Dans le client dès qu'un warning est affiché pour un clone, il semble devoir y en avoir un pour chaque sample.
Par exemple [ici](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=1) le clone a deux warnings pour le premier sample puis n'en a plus, pour autant l'infobulle note "undefined: undefined" pour chacun des autres samples.
D'autre part, [parfois](http://app.vidjil.org/?set=34568&config=25&clone=0) le warning est le même pour tous les samples : il est alors affiché dans l'infobulle autant de fois qu'il y a de samples, ce qui n'apporte pas d'information.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4033Distribution et original_names sans chemin complet2019-11-06T10:28:23+01:00Mathieu GiraudDistribution et original_names sans chemin complet@magiraud :
> http://app.vidjil.org/?set=3241&config=56 ne fonctionne pas, j'ai un distribs undefined dans loadDistribAllClones. Je dois passer à autre chose, et il faut que je me mette à préparer la présentation... bref, tant pis si pa...@magiraud :
> http://app.vidjil.org/?set=3241&config=56 ne fonctionne pas, j'ai un distribs undefined dans loadDistribAllClones. Je dois passer à autre chose, et il faut que je me mette à préparer la présentation... bref, tant pis si pas de mise en démo/prod pour demain.
@mikael-s :
> Le problème est que `distributions.repertoires` est un dictionnaire dont les clés sont les noms des samples (les chemins absolus des fichiers). Et on essaie d'y accéder en utilisant les samples définis dans `samples.original_names`. Or, ici, il n'y a que les noms des fichiers sans le chemin complet.
>
> Ça vient du contrôleur `default/get_data` qui nettoie les `original_names` pour qu'ils soient plus lisibles.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4034Genescan gris et clones clusterisés2020-06-11T13:24:31+02:00Mikaël SalsonGenescan gris et clones clusterisésCela provoque une erreur, par exemple ici : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=56
```
TypeError: cluster_clone is undefined
```
(clone.js:790)Cela provoque une erreur, par exemple ici : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=56
```
TypeError: cluster_clone is undefined
```
(clone.js:790)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4035Release 2020.012020-03-27T15:18:48+01:00Mathieu GiraudRelease 2020.01Au moins pour #3890, où j'ai promis à ~"Paris-Pitié" "d'ici novembre" :)Au moins pour #3890, où j'ai promis à ~"Paris-Pitié" "d'ici novembre" :)Déploiement 2020.062019-12-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4042Color by sample2022-04-06T14:52:31+02:00Mikaël SalsonColor by sampleAfin de visualiser la contamination il peut être intéressant de colorer en fonction du sample (tous les top clones d'un même sample ont la même couleur). Par contre se pose la question de la couleur si un même clone est dans le top de pl...Afin de visualiser la contamination il peut être intéressant de colorer en fonction du sample (tous les top clones d'un même sample ont la même couleur). Par contre se pose la question de la couleur si un même clone est dans le top de plusieurs samples.
Exemple, fait à la main : http://app.vidjil.org/index.html?set=33832&config=25
cf. #1744Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4043Les smaller clones apparaissent dans le rapport2019-11-13T07:40:06+01:00Mikaël SalsonLes smaller clones apparaissent dans le rapportExemple ici : export > report sample
http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plotExemple ici : export > report sample
http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plothttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4044Le rapport monitor ne fonctionne plus2019-11-13T07:40:05+01:00Mikaël SalsonLe rapport monitor ne fonctionne plusExemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
Remonté par ~"PRA-Prague"Exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
Remonté par ~"PRA-Prague"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4045Documenter les constantes de clone.js2019-11-13T11:09:23+01:00Mikaël SalsonDocumenter les constantes de clone.jsDans clone.js on a maintenant des constantes pour définir ce que sait faire ou non un clone.
A-t-on quelque part une documentation de la signification des constantes ? Je suis un peu perdu pour certaines.
```js
C_CLUSTERIZABLE = 1...Dans clone.js on a maintenant des constantes pour définir ce que sait faire ou non un clone.
A-t-on quelque part une documentation de la signification des constantes ? Je suis un peu perdu pour certaines.
```js
C_CLUSTERIZABLE = 1
C_INTERACTABLE = 4
C_IN_SCATTERPLOT = 32
C_SIZE_DISTRIB = 64
C_SIZE_CONSTANT = 128
C_SIZE_OTHER = 256
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4046Erreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[obje...2019-11-15T20:04:17+01:00Mikaël SalsonErreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[object Object]'Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)...Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 695, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 252, in get_data
).select(db.fused_file.ALL).first()
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4047Analyse FAILED2019-11-18T12:40:44+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse FAILEDJ'ai 2 samples du dernier run pour lesquels l'analyse IGH a un problème. Le merge semble tout à fait normal.
Il s'agit des patient 34429 et 34430.
>Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/s...J'ai 2 samples du dernier run pour lesquels l'analyse IGH a un problème. Le merge semble tout à fait normal.
Il s'agit des patient 34429 et 34430.
>Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 353, in run_vidjil
run_fuse(id_file, id_config, id_data, sample_set_id, clean_before = False)
File "applications/vidjil/models/task.py", line 691, in run_fuse
stream = open(fuse_filepath, 'rb')
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/mnt/result/tmp/out-066735/066735-33789.fused'https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4053Retour quand erreur à la création de compte2019-11-15T20:15:38+01:00Mathieu GiraudRetour quand erreur à la création de compteLa création de compte peut échouer, par exemple avec un mot de passe à <6 caractères.
Faire un retour.La création de compte peut échouer, par exemple avec un mot de passe à <6 caractères.
Faire un retour.