vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-19T11:06:56+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3334Stéréotypie CDR3 à un subset connu2021-11-19T11:06:56+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3 à un subset connuCas particulier de #3906.Cas particulier de #3906.CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3461Lazy_msa avec EndWithSomeDeletions2018-09-27T07:16:32+02:00Mathieu GiraudLazy_msa avec EndWithSomeDeletionsPlus général que #3332.
Pouvoir faire un alignement *multiple* avec certains blocs qui sautent.
1) Le calculer
2) Comment les afficher ? Par exemple :
```
V GACATCACGACTAGacatgctacg
read GACATCACGACTAGTTCATTCACACACATAC
J ...Plus général que #3332.
Pouvoir faire un alignement *multiple* avec certains blocs qui sautent.
1) Le calculer
2) Comment les afficher ? Par exemple :
```
V GACATCACGACTAGacatgctacg
read GACATCACGACTAGTTCATTCACACACATAC
J agtgtgagatACACACATAC
```
Cela fait furieusement penser à la sortie de `vdj_assign`.CLL-2018-septembreMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3484Add germline genes et désélection de clones2018-09-27T18:45:57+02:00Mathieu GiraudAdd germline genes et désélection de clonesLa désélection de tous les clones devrait aussi enlever les germlines genes.
(Et la désélection d'un clone ? Probablement pas, on peut avoir envie de faire d'autres choses avec les germline genes).La désélection de tous les clones devrait aussi enlever les germlines genes.
(Et la désélection d'un clone ? Probablement pas, on peut avoir envie de faire d'autres choses avec les germline genes).CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3731Add germlines genes pour tous2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAdd germlines genes pour tousSuite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735Suite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735CLL-2018-septembre