vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-11-19T12:13:23+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4017algo: output also CDR3 nt sequences ?2019-11-19T12:13:23+01:00Mathieu Giraudalgo: output also CDR3 nt sequences ?Reported by (Zhang 2019) on various softwareReported by (Zhang 2019) on various softwareAlgo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3952should-vdj-to-tap : --ignore_D ne fonctionne pas correctement2019-11-06T15:17:26+01:00Mikaël Salsonshould-vdj-to-tap : --ignore_D ne fonctionne pas correctementSi on a un D dans la désignation à trouver et qu'un D n'est pas trouvé dans la désignation donnée par le logiciel, le script `should-vdj-to-tap.py` compte une erreur même avec l'optino `--ignore_D`.Si on a un D dans la désignation à trouver et qu'un D n'est pas trouvé dans la désignation donnée par le logiciel, le script `should-vdj-to-tap.py` compte une erreur même avec l'optino `--ignore_D`.Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3949should-vdj-to-tap : regex insérant une espace avec une alternative2019-11-06T15:18:42+01:00Mikaël Salsonshould-vdj-to-tap : regex insérant une espace avec une alternativeOn a une situation où la regex avec l'alternative n'est pas correcte. Une espace est insérée à tort après la première alternative.On a une situation où la regex avec l'alternative n'est pas correcte. Une espace est insérée à tort après la première alternative.Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3890Changement de dénomination des clones sans VDJ ?2020-03-25T09:18:09+01:00Anne de SeptenvilleChangement de dénomination des clones sans VDJ ?Les clones non identifiés (qui apparaissent dans la section ?/?) étaient nommés auparavant par leur séquence. Maintenant ils ont un nom complexe.
Exemple : clone-002--IGH--0000193--0.111%--M03464:350:000000000-CCMYG:1:1103:3714:1114...Les clones non identifiés (qui apparaissent dans la section ?/?) étaient nommés auparavant par leur séquence. Maintenant ils ont un nom complexe.
Exemple : clone-002--IGH--0000193--0.111%--M03464:350:000000000-CCMYG:1:1103:3714:11148-[2,296]-#6 - 295 bp (99% of 297.5 bp)
Est-ce voulu ? Et cela va-t-il rester comme ça ?Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3302vidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir une info par clone de -y sur st...2019-11-06T17:03:02+01:00Mathieu Giraudvidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir une info par clone de -y sur stdout, mais une barre de progressionUn lancement avec `-y 1000` donne une très grosse stdout.
Ok pour limiter la stdout par défaut à 20 clones, avec une option pour en mettre plus ?
Voir aussi #3269Un lancement avec `-y 1000` donne une très grosse stdout.
Ok pour limiter la stdout par défaut à 20 clones, avec une option pour en mettre plus ?
Voir aussi #3269Algo 2019.10