vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-10-29T14:33:25+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2809Un test external IMGT test_10bis_imgt_post échoue de temps en temps2019-10-29T14:33:25+01:00Mathieu GiraudUn test external IMGT test_10bis_imgt_post échoue de temps en tempsPour compléter #2465, on a aussi épisodiquement un `fail opening second IMGT` qui arrive.Pour compléter #2465, on a aussi épisodiquement un `fail opening second IMGT` qui arrive.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2819Export : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?2018-04-05T10:22:40+02:00Mikaël SalsonExport : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?Évoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGTÉvoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGThttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3007Le bouton « from IMGT » échoue parfois et provoque une erreur serveur2018-01-23T16:47:33+01:00Mikaël SalsonLe bouton « from IMGT » échoue parfois et provoque une erreur serveurLa raison est pour l'instant inconnue. Exemple d'[erreur serveur](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/128.93.193.1.2018-01-23.16-01-10.52d5e2ed-2ea0-4127-a152-4462d7c7f54e) :
>
ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='...La raison est pour l'instant inconnue. Exemple d'[erreur serveur](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/128.93.193.1.2018-01-23.16-01-10.52d5e2ed-2ea0-4127-a152-4462d7c7f54e) :
>
ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='www.imgt.org', port=80): Max retries exceeded with url: /IMGT_vquest/vquest (Caused by NewConnectionError('<requests.packages.urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x7ff2a6b09350>: Failed to establish a new connection: [Errno -2] Name or service not known',))
J'ai ajouté une ligne de debug dans `proxy.py` pour avoir plus d'info (à chaud sur le serveur de prod… hum) :
```
log.debug("Sending request to IMGT: {}".format(payload))
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3131Similarité Vh en natif2018-04-05T10:52:00+02:00Mathieu GiraudSimilarité Vh en natifAurélie/Stéphanie ~"LIL-Lille" : un calcul natif permettrait de comparer ce résultat... à celui obtenu par d'autres méthodes.Aurélie/Stéphanie ~"LIL-Lille" : un calcul natif permettrait de comparer ce résultat... à celui obtenu par d'autres méthodes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3161Vérifier le format d'IMGT2018-04-10T18:02:11+02:00Mathieu GiraudVérifier le format d'IMGTIMGT peut modifier ses APIs/csvs.
Avoir un test pour détecter si cela influence notre utilisation, si des colonnes changent.IMGT peut modifier ses APIs/csvs.
Avoir un test pour détecter si cela influence notre utilisation, si des colonnes changent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3615Axes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?2018-11-07T16:37:15+01:00Mathieu GiraudAxes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3616to IMGT quand pas de CDR32019-06-05T08:12:54+02:00Mathieu Giraudto IMGT quand pas de CDR3Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4087Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudPerte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junctionVu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.Vu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4090"Color by" custom ou axes custom2021-09-15T23:18:35+02:00Mathieu Giraud"Color by" custom ou axes custom
Vu par @pduroux : un `updateModel()` (cc @duez) ou équivalent efface la couleur placée à la main. Ce serait bien d'avoir un champ `customColor` avec un mode de coloration.
Plus généralement, ajouter des modes de coloration par le add-o...
Vu par @pduroux : un `updateModel()` (cc @duez) ou équivalent efface la couleur placée à la main. Ce serait bien d'avoir un champ `customColor` avec un mode de coloration.
Plus généralement, ajouter des modes de coloration par le add-on.
On en discute en interne et on revient vers vous.2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4093Affichage de distance entre clones, tSNE2023-05-03T08:12:45+02:00Mathieu GiraudAffichage de distance entre clones, tSNE@pduroux ~"repseq-IMGT" aimerait afficher des distances particulières, qu'ils implémenteraient (par exemple sur la jonction) et qui seraient calculées sur les clones 2 à 2.
@duez, le tSNE prend bien en entrée ce type de distances ?@pduroux ~"repseq-IMGT" aimerait afficher des distances particulières, qu'ils implémenteraient (par exemple sur la jonction) et qui seraient calculées sur les clones 2 à 2.
@duez, le tSNE prend bien en entrée ce type de distances ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4099Virgule dans l'export AIRR en cas d'alternatives trouvées par IMGT/V-QUEST2019-12-10T14:09:42+01:00Mathieu GiraudVirgule dans l'export AIRR en cas d'alternatives trouvées par IMGT/V-QUESTHello @pduroux,
Parallèlement à ce que vous faites, @flothoni travaille sur l'import AIRR de plusieurs logiciels #3673, dont IMGT/V-QUEST. On voit par exemple dans une de vos sorties AIRR:
```
Homsap IGKV3-11*01 F, or Homsap IGKV3-11*02...Hello @pduroux,
Parallèlement à ce que vous faites, @flothoni travaille sur l'import AIRR de plusieurs logiciels #3673, dont IMGT/V-QUEST. On voit par exemple dans une de vos sorties AIRR:
```
Homsap IGKV3-11*01 F, or Homsap IGKV3-11*02 F or Homsap IGKV3D-11*01 F or Homsap IGKV3D-11*02 F
```
Est-ce voulu qu'il y ait une virgule `,` après le premier gène et pas ensuite ? Ou des virgules partout, sans `or`, seraient-elles plus prévisibles ?
(En interne, @flothoni garde `IGKV3-11*01` comme premier choix du V)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4409Afficher dans l'aligneur les résultats d'IMGT s'ils sont présents2021-04-08T08:28:24+02:00Mikaël SalsonAfficher dans l'aligneur les résultats d'IMGT s'ils sont présentsLorsqu'on récupère les résultats depuis IMGT et qu'on sauve une analyse, ceux-ci sont sauvegardés avec l'analyse.
Pourtant au rechargement de la page, les résultats d'IMGT n'apparaissent plus dans l'aligneur quand on sélectionne un clon...Lorsqu'on récupère les résultats depuis IMGT et qu'on sauve une analyse, ceux-ci sont sauvegardés avec l'analyse.
Pourtant au rechargement de la page, les résultats d'IMGT n'apparaissent plus dans l'aligneur quand on sélectionne un clone pour lequel on avait rappatrié les infos d'IMGT.
Exemple avec ce clone : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&clone=1 (les infos d'IMGT sont bien présentes quand on ouvre la fenêtre d'info du clone).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1436Nomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?2017-04-04T13:02:16+02:00Vidjil TeamNomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?Question de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
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@nobodyQuestion de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1819Mieux comprendre IMGT/JunctionAnalysis2019-06-05T08:12:11+02:00Vidjil TeamMieux comprendre IMGT/JunctionAnalysishttp://www.imgt.org/IMGT_jcta/share/textes/userGuide.html
- plusieurs D possibles, réglé par défaut à 3 pour TRD
- réglages de mutations différents par locus
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@magiraud @mikael-shttp://www.imgt.org/IMGT_jcta/share/textes/userGuide.html
- plusieurs D possibles, réglé par défaut à 3 pour TRD
- réglages de mutations différents par locus
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1864IMGT4Seg: les 10 séquences suivantes2018-04-16T16:12:43+02:00Vidjil TeamIMGT4Seg: les 10 séquences suivantesLe bouton envoie au maximum 10 séquences, les 10 plus grosses.
Il devrait plutôt envoyer les 10 plus grosses *qui n'ont pas été déjà traitées par IMGT*.
Rien d'urgent.
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@RyanHerbLe bouton envoie au maximum 10 séquences, les 10 plus grosses.
Il devrait plutôt envoyer les 10 plus grosses *qui n'ont pas été déjà traitées par IMGT*.
Rien d'urgent.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2329app/analyze : conserver lien entre séquence et dénomination2018-10-18T14:36:34+02:00Thonier Florianapp/analyze : conserver lien entre séquence et dénominationRemarque de Véronique :
> peux-t-on retrouver à partir d'une séquence retournée par l'app analysis la séquence d'origine ?
L'idée est de savoir si l'on met trois séquences sen même temps laquelle est laquelle dans le segmenteur.Remarque de Véronique :
> peux-t-on retrouver à partir d'une séquence retournée par l'app analysis la séquence d'origine ?
L'idée est de savoir si l'on met trois séquences sen même temps laquelle est laquelle dans le segmenteur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2331Le lien vers igmt peut être erroné avec du xxx2018-12-04T12:30:51+01:00Thonier FlorianLe lien vers igmt peut être erroné avec du xxxUn cas présenté par imgt d'une séquence IGH (particulière scFv) est ségmenté (non correctement vu #2318).
Cependant, nous le notons comme IGH, et lors d'un clique sur imgt, ça nous renvoie vers une page TR d'imgt.
```
>AB001733
atg...Un cas présenté par imgt d'une séquence IGH (particulière scFv) est ségmenté (non correctement vu #2318).
Cependant, nous le notons comme IGH, et lors d'un clique sur imgt, ça nous renvoie vers une page TR d'imgt.
```
>AB001733
atggaggtgcagctggtggagtctggaggaggcttgatccagcctggggggtccctgaga
ctctcctgtgcagcctctgggttcaccgtcagtagcaactacatgagctgggtccgccag
gctccagggaaggggctggagtgggtctcagttatttatagcggtggtagcacatactac
gcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtat
cttcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggccgtattactgtgcaagagagacttg
tgtgattggggccaaggtaccctggtcaccgtgtcgagaggtggcggtggctcgggcggt
ggtgggtcgggtggcggcggatcttctgagctgactcaggaccctgctgtgtctgtggcc
ttgggacagacagtcaggatcacatgccaaggagacagcctcagaagctattatgcaagc
tggtaccagcagaagccaggacaggcccctgtacttgtcatctatggtaaaaacaaccgg
ccctcagggatcccagaccgattctctggctccagctcaggaaacacagcttccttgacc
atcactggggctcaggcggaagatgaggctgactattactgtaactcccgggacagcagt
ggtaaccatgtggtattcggcggagggaccaagctgaccgtcctaggtgcggccgcagaa
caaaaactcatctcagaagaggatctgaatggggccgcatag
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2434Calcul de la jonction AA quand c'est non productif2019-11-06T15:52:40+01:00Mathieu GiraudCalcul de la jonction AA quand c'est non productifDiscussion initiale dans #2428.
> @mikael-s : Si la longueur n'est pas multiple de 3, j'imagine qu'on décide arbitrairement d'ignorer une partie des nt pour sortir des AA pour le reste.
cc @flothoni Discussion initiale dans #2428.
> @mikael-s : Si la longueur n'est pas multiple de 3, j'imagine qu'on décide arbitrairement d'ignorer une partie des nt pour sortir des AA pour le reste.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4621Productivité et codon start et autres éléments2021-01-05T10:53:05+01:00Mathieu GiraudProductivité et codon start et autres élémentsDepuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence pr...Depuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence précise chez ~"repseq-IMGT" ou ailleurs ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4640Nouveau TRGJ1*02 et TRGJ2*012022-05-19T10:00:07+02:00Mathieu GiraudNouveau TRGJ1*02 et TRGJ2*01Pour mémoire, il y a six gènes dans TRGJ.
Nous connaissons bien `TRGJ1*02`, qui jusqu'à maintenant avait 3 nucléotides de moins en 5' que `TRGJ1*01`. Depuis [juillet 2018](http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html), il a rattrap...Pour mémoire, il y a six gènes dans TRGJ.
Nous connaissons bien `TRGJ1*02`, qui jusqu'à maintenant avait 3 nucléotides de moins en 5' que `TRGJ1*01`. Depuis [juillet 2018](http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html), il a rattrapé son grand frère:
```
!
M12960|TRGJ1*01 F|J-REGION|157..206 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacactggttgtcacag
M12957|TRGJ1*02 (old) (F)|J-REGION|23..69 ...ttattataagaaactctttggcagtggaacaacactTgttgtcacag
IMGT000011|TRGJ1*02 (new) F|J-REGION|118516..118565 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacactTgttgtcacag
M12961|TRGJ2*01 F|J-REGION|157..206 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacacttgttgtcacag
```
Il n'est désormais plus marqué `(F)`, et la différence avec `TRGJ1*01` devient encore plus subtile, après ~40 nt. Cela va changer à la marge l'annotation de certaines séquences.
Je serai curieux de connaître les raisons d'un tel changement.
cc @flothoni
[Update : 2022-05-19 : ajout de TRGJ2*01]https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4651Warning quand des programmes différents donnent des estimations différentes d...2022-01-05T16:20:03+01:00Mathieu GiraudWarning quand des programmes différents donnent des estimations différentes de productivitéDisucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.Disucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5007Avoir un message flash lorsque l'on tente d'envoyer un mix de locus à imgt2022-05-04T12:15:41+02:00Thonier FlorianAvoir un message flash lorsque l'on tente d'envoyer un mix de locus à imgtIMGT nécessite d'avoir déclaré en amont le locus (à minima IG/TR).
Si on envoi un mix de clones sélectionnés, nous n'avons pas d'erreur, mais seulement l'un des deux recevra une information.
Il faut soit envoyer deux requêtes distincte...IMGT nécessite d'avoir déclaré en amont le locus (à minima IG/TR).
Si on envoi un mix de clones sélectionnés, nous n'avons pas d'erreur, mais seulement l'un des deux recevra une information.
Il faut soit envoyer deux requêtes distinctes avec les TR d'un côté, puis les IG de l'autre, soit avoir un message flash indiquant qu'il faut modifier la sélection.
Au passage, je me suis aussi déjà posé la question d'envoyer plusieurs requêtes si nous avons plus de 10 clonotypes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5239Slow request to IMGT2024-02-14T15:20:43+01:00THONIER FlorianSlow request to IMGTSince some times, we got slow answer from imgt in our CI pipeline (probably the same in current usage).
It take from 4sec to 30sec.
We need to increase timeout in our cypress jobs that are usually of 4sec by default.Since some times, we got slow answer from imgt in our CI pipeline (probably the same in current usage).
It take from 4sec to 30sec.
We need to increase timeout in our cypress jobs that are usually of 4sec by default.Web 2024.04