vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:36:38+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1463IMGT : regarder ce qu'on va prendre dans les .csv2016-11-29T14:36:38+01:00Vidjil TeamIMGT : regarder ce qu'on va prendre dans les .csvPour la fin du mois.
Regarder les .csv de V-QUEST, voir ce qui nous intéresse.
Définir ce qu'on veut pour segmenter.js.
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mail envoyé à IMGT
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@magiraud @mikael-s @DuezPour la fin du mois.
Regarder les .csv de V-QUEST, voir ce qui nous intéresse.
Définir ce qu'on veut pour segmenter.js.
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mail envoyé à IMGT
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1727Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo2020-06-19T10:28:20+02:00Vidjil TeamExport csv de la liste des clones en sortie de l'algoVoir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fon...Voir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fonctionne ?
Qui l'utilise ?
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Discuté lors du VW16.
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Je viens de regarder ça deux minutes.
Je ne sais pas tout ce qu'il a été dit au VW, mais voici ce que j'ai vu.
Il vous faut une sortie complète pour faire des analyses bioinfo un peu comme j'ai pu en faire sur mes TCRD ?
Déjà, il faut susurrement mettre à jour avec la détection possible des 4a et 4b si ça devient courant.
De plus, tel quel, la dénomination de sortie est V, D ou J. Or, on peut avoir des D en V ou en J (recombo DJ ou DD par exemple). J'ai résolu pour ma part ce souci par une système de jonglage récursif (si DDx en 5, déplacer en 4, si déjà D en 4, déplacer en 4a, si déjà D en 4a ,...). La détection de l’appartenance aux V,D ou J se faisant uniquement sur la lecture des char en pos 3 du segment (pas idéal).
De plus, avoir une string avec le ratio inclut dedans n'est pas pratique. Soit le bioinfo derrière le recalcul, soit il faut qu'il soit inclut dans une colonne tierce. De même, le ratio n'est pas inclue à chaque fois car il y a une valeur seuil (5reads, suffisant pour les MRD, pas pour les répertoires). C'est compréhensible mais un peu embrouillant quand on a beaucoup de clones et que 90% ne passe pas le filtre.
Dernier point : pour le moment, on a "ratio_$i" en nom de colonne, mais ce n'est pas parlant, surtout si archivé. On gagne peut-être en compréhension si on avait le nom du point ? Bioinformatiquement, ce n'est peut-être pas non plus le plus pratique. Un mix "ratio_0 (prélèvement XXX)" ?
En bonus, possible d'inclure un outil de sélection des colonnes voulues, un peu comme l'obtention des refseq sur le table browser de ucsc ?
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Rando 2016: Marc peut s'y coller, merci!
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1766Mettre à jour les germlines depuis IMGT2018-03-14T11:03:48+01:00Vidjil TeamMettre à jour les germlines depuis IMGTLa dernière mise à jour date de mai 2015 (-> 2015.06).
Il faudra le faire pour la 2016.02 :-)
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Tiens, depuis novembre 2015 IMGT fait un CHANGELOG: http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html
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D'ailleurs, cela vaudra le coup ...La dernière mise à jour date de mai 2015 (-> 2015.06).
Il faudra le faire pour la 2016.02 :-)
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Tiens, depuis novembre 2015 IMGT fait un CHANGELOG: http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html
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D'ailleurs, cela vaudra le coup de faire les pseudo-gènes en même temps (ou juste après). Et "make get-all-data" ne fonctionne pas en ce moment
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@mikael-sAlgo 2017.03Mikaël SalsonMikaël Salson2017-01-16https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1815Mise à jour germlines IMGT et contrôle2016-11-29T14:40:58+01:00Vidjil TeamMise à jour germlines IMGT et contrôledoc/vidjil/germline.org est bien.
Mais devrait-on systématiquement vérifier les changements sur nos fichiers ? Une règle de Makefile "make diff-against-saved" qui regarde les changements sur $(DATA) ?
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72cb07b
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@nobodydoc/vidjil/germline.org est bien.
Mais devrait-on systématiquement vérifier les changements sur nos fichiers ? Une règle de Makefile "make diff-against-saved" qui regarde les changements sur $(DATA) ?
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72cb07b
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1863Plusieurs fois les check-box "CDR3-IMGT"2016-11-29T14:41:28+01:00Vidjil TeamPlusieurs fois les check-box "CDR3-IMGT"http://app.vidjil.org/beta/browser/index.html?patient=146&config=26
Sélectionner un gros groupe de clones (> 10).
Envoyer à IMGT.
Réappuyer : de nouveaux checkboxs sont recréées.
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correction poussée sur dev => cd34ebf164 et 240b40ae5
...http://app.vidjil.org/beta/browser/index.html?patient=146&config=26
Sélectionner un gros groupe de clones (> 10).
Envoyer à IMGT.
Réappuyer : de nouveaux checkboxs sont recréées.
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correction poussée sur dev => cd34ebf164 et 240b40ae5
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1876Lancer IMGT dans un nouvel onglet ouvre les résultats sur le fichier CSV2016-11-29T14:41:37+01:00Vidjil TeamLancer IMGT dans un nouvel onglet ouvre les résultats sur le fichier CSVLorsqu'on lance IMGT en version background (en cliquant sur la flèche vers le bas), puis qu'on le lance en mode « nouvel onglet », les résultats affichés sont ceux du fichier CSV et pas la page habituelle.
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C'est passé sur rbx lors du...Lorsqu'on lance IMGT en version background (en cliquant sur la flèche vers le bas), puis qu'on le lance en mode « nouvel onglet », les résultats affichés sont ceux du fichier CSV et pas la page habituelle.
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C'est passé sur rbx lors du grqnd nettoyage de Mathieu
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2108Ne pas avoir de séquences IMGT dans le package vidjil-germline2017-01-18T11:06:12+01:00Mikaël SalsonNe pas avoir de séquences IMGT dans le package vidjil-germlineJ'ai l'impression que le paquet debian vidjil-germline contient quelques fichiers de séquences. Quand je fais un `tar tvf /home/vidjil-ci/archive/stable/source/vidjil-germline_2016.08.1.tar.xz`, je vois les fichiers de séquences associés...J'ai l'impression que le paquet debian vidjil-germline contient quelques fichiers de séquences. Quand je fais un `tar tvf /home/vidjil-ci/archive/stable/source/vidjil-germline_2016.08.1.tar.xz`, je vois les fichiers de séquences associés à la souris et au rat. Or ils ne devraient pas y être puisque soumis aux mêmes restrictions d'IMGT que les autres données.
Par ailleurs, dans le répertoire ` vidjil/packaging/germline/debian`je ne comprends pas quel fichier indique les fichiers qui seront inclus dans le paquet.
@RyanHerb @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2318Plusieurs recombinaisons dans une séquence, scFv2023-06-28T17:25:24+02:00Mathieu GiraudPlusieurs recombinaisons dans une séquence, scFvDiscussion avec Véronique ~"repseq-IMGT" : depuis mi-2016, V-QUEST a une option pour analyser les scFv, avec du VJ (à confirmer) après un VJ normal.
https://en.wikipedia.org/wiki/Single-chain_variable_fragment
http://www.imgt.org/IMGT_...Discussion avec Véronique ~"repseq-IMGT" : depuis mi-2016, V-QUEST a une option pour analyser les scFv, avec du VJ (à confirmer) après un VJ normal.
https://en.wikipedia.org/wiki/Single-chain_variable_fragment
http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/imgtvquest.html#afunc
Si on souhaite un jour détecter ce type de choses, cela pose des questions à la fois côté algo et côté client.
cc @flothoni @mikael-s @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2319app analyse : résultat vraiment égaux que dans l'interface vijdjil complète ?2017-04-04T13:00:06+02:00Thonier Florianapp analyse : résultat vraiment égaux que dans l'interface vijdjil complète ?Question de Véronique (Imgt) de ce matin :
> les résultats entre les deux sont vrament identique
Réponse :
> Il peux y avoir des variation dans la dénomination avec les Evalue qui ne seront pas identique (puisque variabel suivant le n...Question de Véronique (Imgt) de ce matin :
> les résultats entre les deux sont vrament identique
Réponse :
> Il peux y avoir des variation dans la dénomination avec les Evalue qui ne seront pas identique (puisque variabel suivant le nombres de clones présents.
Correct ?
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2437V Identity par IMGT: avec ou sans indels ?2022-06-21T13:38:39+02:00Mathieu GiraudV Identity par IMGT: avec ou sans indels ?La raison de 605e9d5 est qu'au moins la séquence IGH de Demo-X5 renvoyait via IMGT un "V identity" uniquement sans indels.
Voir #2396.
cc @flothoniLa raison de 605e9d5 est qu'au moins la séquence IGH de Demo-X5 renvoyait via IMGT un "V identity" uniquement sans indels.
Voir #2396.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3143timeout sur TestExternalSegmenterPage#test_05_imgt_post2020-05-27T11:51:55+02:00Mathieu Giraudtimeout sur TestExternalSegmenterPage#test_05_imgt_postDepuis !177 :
> > Le dernier stage de test ne passe pas... mais comme sur feature-c/dev.
> bizarre, ça fait longtemps ?
Cela ne vient pas de nous :
- https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/78372 (passé il y a deux semaines, je n'...Depuis !177 :
> > Le dernier stage de test ne passe pas... mais comme sur feature-c/dev.
> bizarre, ça fait longtemps ?
Cela ne vient pas de nous :
- https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/78372 (passé il y a deux semaines, je n'ai pas bissecté plus)
- https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/84651 (le même aujourd'hui, ne passe pas)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3163Suite à un changement de format d'IMGT V-QUEST : il manque les % d'identité2018-04-17T14:52:41+02:00Mikaël SalsonSuite à un changement de format d'IMGT V-QUEST : il manque les % d'identitéLorsqu'on utilise la fonctionnalité « from IMGT ».
Important : utilisé pour le pronostic de la ~"bio-CLL"Lorsqu'on utilise la fonctionnalité « from IMGT ».
Important : utilisé pour le pronostic de la ~"bio-CLL"Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3372Différences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur...2018-07-13T14:15:10+02:00Mikaël SalsonDifférences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur accessionChaque gène provenant d'IMGT fait référence à un numéro d'accession et à des positions au sein de cette séquence.
Lorsqu'on récupère les germlines « classiques » on utilise directement les séquences en provenance d'IMGT alors que lorsqu...Chaque gène provenant d'IMGT fait référence à un numéro d'accession et à des positions au sein de cette séquence.
Lorsqu'on récupère les germlines « classiques » on utilise directement les séquences en provenance d'IMGT alors que lorsqu'on récupère les germlines up ou down on passe en fait par le numéro d'accession pour extraire la séquence correspondante.
Avec la mise en place de #3009 il fallait vérifier que cela correspond bien.
Seule différence `TRAJ13*02`.
D'après IMGT :
```
>AB258131|TRAJ13*02|Homo sapiens|F|J-REGION|101..163|63 nt|3| | || |63+0=63| | |
tgaattctgggggttaccagaaagttacctttggaactggaacaaagctccaagtcatcccaa
```
Le numéro d'accession est donc AB258131 et les positions sont 101 à 163. Mais quand on les extrait on obtient :
```
>AB258131.1:101-163|TRAJ13*02|Homo sapiens|F|J-REGION+down|Homo sapiens DNA, MLV integration site, partial sequence, clone: MLV-TPA-Mat-255
ttgggatgacttggagctttgttccagttccaaaggtaactttctggtaacccccagaattca
```
C'est en fait le reverse complement car IMGT n'indique pas dans son header que la séquence est reverse complémentée.
Je n'ai pas rencontré d'autres cas (pour les J).
Cela rend probablement nécessaire d'utiliser systématiquement les séquences d'IMGT pour ce qui est de la séquence du gène.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3678axes: pouvoir afficher n'importe quel NumericAxis comme couleur2021-09-15T19:18:32+02:00Mathieu Giraudaxes: pouvoir afficher n'importe quel NumericAxis comme couleurSpécialisé depuis #2370.
Voir déjà ce qui a été fait pour "N", et le généraliser ?
cc @flothoniSpécialisé depuis #2370.
Voir déjà ce qui a été fait pour "N", et le généraliser ?
cc @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3913Changement d'API pour V-QUEST2019-06-03T14:00:23+02:00Mikaël SalsonChangement d'API pour V-QUESTLes noms des paramètres ont changé. Ce sera mis en prod d'ici 2 semaines.
Voir ici les changements : http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/V-QUEST-program-version%203.5.0.pdf
Cela concerne notre bouton d'envoi à IMGT et de récup...Les noms des paramètres ont changé. Ce sera mis en prod d'ici 2 semaines.
Voir ici les changements : http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/V-QUEST-program-version%203.5.0.pdf
Cela concerne notre bouton d'envoi à IMGT et de récupération.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3958Changement de résultat du lien "to IMGT"2019-08-28T18:22:48+02:00Anne de SeptenvilleChangement de résultat du lien "to IMGT"Le lien "to IMGT" n'affiche plus le résultat de la requête IMGT mais uniquement la page http://www.imgt.org/IMGT_vquest/vquest.
Je n'ai pas compris si c'est une modification de Vidjil ou bien d'IMGT ?Le lien "to IMGT" n'affiche plus le résultat de la requête IMGT mais uniquement la page http://www.imgt.org/IMGT_vquest/vquest.
Je n'ai pas compris si c'est une modification de Vidjil ou bien d'IMGT ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4020Documenter les distributions2020-04-07T20:01:20+02:00Mathieu GiraudDocumenter les distributionsAvec !515 en cours de finalisation, documenter
- `doc/dev-client.md` (des choses faites, à compléter ?)
- `doc/vidjil-format.md`: décrire le format .json stats#199
En particulier @pduroux sera intéressé
cc @flothoniAvec !515 en cours de finalisation, documenter
- `doc/dev-client.md` (des choses faites, à compléter ?)
- `doc/vidjil-format.md`: décrire le format .json stats#199
En particulier @pduroux sera intéressé
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4606IMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)2021-02-26T10:34:24+01:00Thonier FlorianIMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4700Pouvoir accéder à la "Detailed view" de IMGT/V-QUEST2021-02-17T11:13:11+01:00Mathieu GiraudPouvoir accéder à la "Detailed view" de IMGT/V-QUESTcc @flothonicc @flothoni