vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-10T15:21:23+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2629Le texte "(focus on some clones)" devrait être plus visible2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudLe texte "(focus on some clones)" devrait être plus visibleDiscussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?Discussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
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Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2238Avoir une doc au format manpage pour le paquet algo2017-12-13T07:22:14+01:00Ryan HerbertAvoir une doc au format manpage pour le paquet algoOn pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/On pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2200Documenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeq2017-02-23T07:47:29+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeqCe n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur q...Ce n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur qui se servirait de MiXCR. C'est peut-être d'ailleurs notre responsabilité d'indiquer comment se servir le mieux possible de chaque algo (même hors Vidjil-algo).
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2189Lever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappées2017-02-16T18:59:40+01:00Mathieu GiraudLever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappéesVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-sVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2130Champ 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défaut2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudChamp 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défautEn faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on fa...En faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on faire de champ `germlines` ? Sert-il déjà au ~client ? Devrait-on toujours le peupler avec les infos venant de `homo-sapiens.germlines`/`germlines.data` ?
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2065Pre-process par défaut2019-10-07T16:10:55+02:00Mathieu GiraudPre-process par défautSuite à #2048.
Faudrait-il des entrées pour le pre-process dans `controllers/default.py` ?
Évidemment, on peut fonctionner sans pear... Mais bon, avoir des entrées permettrait de faire des bons exemples. On pourrait par défaut cré...Suite à #2048.
Faudrait-il des entrées pour le pre-process dans `controllers/default.py` ?
Évidemment, on peut fonctionner sans pear... Mais bon, avoir des entrées permettrait de faire des bons exemples. On pourrait par défaut créer tout de même les deux pre-process, en mettant les droits pour que cela ne soit pas accessible tant que l'admin ne les ait pas activés.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2060Afficher la documentation des axes2023-03-01T18:19:49+01:00Mathieu GiraudAfficher la documentation des axesDans `available_axis` (pour l’instant dans `scatterplot.js`), avoir pour chaque axe, une documentation / commentaire en ~1 ligne. Cela aiderait en particulier pour les choses obscures comme « coverage » et autres :-)
Cette doc serait vi...Dans `available_axis` (pour l’instant dans `scatterplot.js`), avoir pour chaque axe, une documentation / commentaire en ~1 ligne. Cela aiderait en particulier pour les choses obscures comme « coverage » et autres :-)
Cette doc serait visible en ` :hover` :
- dans le choix des axes x/y dans le sous-menu plot
- sur la grid, sur la légende
- et potentiellement à d'autres endroits une fois qu'on aura #1471
@mikael-s @RyanHerb
* [x] Rajouter un champ `.doc` dans certains axes
* [ ] Implémenter le `:hover`, déjà sur la grid, dans la légendehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1837MiXCR : rebaser avant un pull request2019-08-19T16:08:56+02:00Vidjil TeamMiXCR : rebaser avant un pull requestIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
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@RyanHerbIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1743Rajouter de la doc pour pré-processing, check qualité...2020-08-27T12:00:02+02:00Vidjil TeamRajouter de la doc pour pré-processing, check qualité...Évoqué vendredi dernier au CHR.
Même si on a envie de rendre certains pré-processings accessibles depuis le serveur, nous n'allons pas tout faire... (erreurs, basse qualité, adaptateurs/barcodes mal trimmés...)
Mais par contre, nous p...Évoqué vendredi dernier au CHR.
Même si on a envie de rendre certains pré-processings accessibles depuis le serveur, nous n'allons pas tout faire... (erreurs, basse qualité, adaptateurs/barcodes mal trimmés...)
Mais par contre, nous pourrions donner dans la doc quelques conseils sur comment préparer/vérifier les données d'entrée.
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FASTQC
cutadapt
Galaxy
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1559model.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?2019-11-04T06:50:47+01:00Vidjil Teammodel.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au débu...La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au début de `model.js`,
J'ai par exemple du mal à comprendre pourquoi `updateModel()` est appelé par certaines fonctions.
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/864Nomenclature Intron/KDE ?2018-11-20T12:15:33+01:00Vidjil TeamNomenclature Intron/KDE ?avoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDEavoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDE