vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-06-22T19:15:28+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4807Mieux documenter le lien algo > client2021-06-22T19:15:28+02:00Mathieu GiraudMieux documenter le lien algo > client
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too lar...
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too large. What we have on the server is that the files are first post-processed with tools/fuse.py) You can also send us a few of these files, we will check with you whether everything worked.
> We advise you to go through the main tutorial, that covers most of the features → http://www.vidjil.org/doc/tutorial/mastering-vidjil.pdf
Voir aussi si l'on documente le dépôt de .vidjil sur le compte (la config existe-t-elle toujours ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4770Tester l'installation binaire comme source2021-04-19T19:00:03+02:00Mathieu GiraudTester l'installation binaire comme sourcehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4736Follow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentation2023-03-28T16:35:40+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentationThe following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelqu...The following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelques part sur cette fonction.
>
> C'est possible de la faire après cette MR pour ne pas géner le freeze mais ce serait mieux avec.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4684Mise à jour Docker et service de relancement2021-02-10T14:51:50+01:00Mathieu GiraudMise à jour Docker et service de relancement
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce servi...
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce service de relance est-il uniquement sur lil ? Serait-il intéressant ailleurs, et faut-il le documenter aussi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4667Documentation, avoir un champ de recherhce2021-01-27T11:13:55+01:00Thonier FlorianDocumentation, avoir un champ de recherhceNotre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pa...Notre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pas un serveur. Il faut vérifier si c'est la raison, et voir quand même si il n'existe pas l'option sur un site statique, ou via un plugin.
L'autre option est de lancer des recherches sur google avec l'option site:vidjil.org/docMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4638Console : doc dev2021-01-13T15:55:38+01:00Mathieu GiraudConsole : doc devmettre à jour les exemples dans `com.js`mettre à jour les exemples dans `com.js`marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4634Doc dev et/ou code : documenter le schéma de la db2021-01-13T15:09:05+01:00Mathieu GiraudDoc dev et/ou code : documenter le schéma de la dbEn discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce ...En discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce que fait chaque champ.
En ~doc `dev-server.md` ou, peut-être mieux, en commentaire dans `models/db.py` ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4631Follow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""2021-04-06T15:06:29+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien d...The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1*01 chez *Sus scrofa* ?
```
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH1|3..296|294 nt|1| | | | |294+72=366| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|H|297..332|36 nt|1| | | | |36+0=36| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH2|333..659|327 nt|1| | | | |327+51=378| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH3-CHS|660..986|327 nt|1| | | | |327+66=393| | |
```
>Ces 4 séquences correspondent en fait à une même séquence d'identifiant M81770 mais ce sont des régions différentes de la séquence (comme l'indiquent les positions : 3 à 296, puis 297 à 332 puis 333 à 659, et enfin 660 à 986). Bref il faudrait certainement clarifier cela, mais ça n'a pas l'air si grave qu'elles aient le même nom… puisque c'est la même séquence.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4623Enlever lessc de js/lib/info.txt ?2021-01-04T09:53:46+01:00Mathieu GiraudEnlever lessc de js/lib/info.txt ?
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir ...
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir b795ea59f3a (et 9a8c272d). Mais `lessc` est désormais en version 4.0, et il me semble que nulle part on embarque son code: aucune occurrence de `lessc` dans tout notre code excepté dans `/browser/css/Makefile`. Peut-on donc enlever cette référence dans `info.txt` ?
Mais alors... d'où l'installe-t-on, en particulier pour ~"server-docker" ? Ce serait déjà inclus dans l'image `nginx` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4509Documenter la migration de données par migrator.sh2021-02-09T17:32:21+01:00Mathieu GiraudDocumenter la migration de données par migrator.sh
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la...
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la place du paragraphe "Filtering data" ? Marc, dès que tu as des choses dessus, on testera/affinera cela
cc @flothoni2020-10-08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4493Nom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process2020-09-30T10:58:25+02:00Mathieu GiraudNom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il...
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il y a des résultats, c'est que tout s'est bien passé. Plus en détail, le log du process de merge est disponible en cliquant sur "M+R2..." dans la colonne "pre-process"
Cela dit...
- en général, est-ce que le nom est celui du premier fichier ? On pourrait enlever R1/R2 ou d'autres chaînes fréquentes, et mettre "merged" quelque part ?
- ce n'est pas très clair qu'il faut cliquer dessus (~doc). Peut-être un "COMPLETED" ou un checkmark aiderait et montrerait que tout s'est bien passéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4456Docker installation: Check what the documentation says on volumes / mount poi...2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocker installation: Check what the documentation says on volumes / mount points / permissionsBy default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation ...By default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation http://www.vidjil.org/doc/server/#docker-installation is complete or update it
- make clear in `docker-compose.yml` the lines which should usually be changed for a first-time installationmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4440Screenshots par cypress "histoires bio" de vidjil.org2021-04-29T18:22:25+02:00Mathieu GiraudScreenshots par cypress "histoires bio" de vidjil.orgExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655#note_362291
@flothoni, peux-tu faire une MR (nouvelle, pas dans !671) avec le code pour générer les screenshots par cypress ?
vdj@4a07e7536
:smiling_imp: Cela ne veut pas d...Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655#note_362291
@flothoni, peux-tu faire une MR (nouvelle, pas dans !671) avec le code pour générer les screenshots par cypress ?
vdj@4a07e7536
:smiling_imp: Cela ne veut pas dire encore qu'on va se lier avec cypress, mais cela fait partie de l'évaluation :smiley:Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4393Procedure pour transferer les patients d'un groupe à un autre2020-07-01T13:33:22+02:00Thonier FlorianProcedure pour transferer les patients d'un groupe à un autreJ'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques test...J'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques tests avant de décrire la procédure dans la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4344validate-links: code d'erreur2020-06-12T12:40:46+02:00Mathieu Giraudvalidate-links: code d'erreurQuand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.Quand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/43270-based / 1-based2021-12-07T18:39:44+01:00Mathieu Giraud0-based / 1-basedSuite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)...Suite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)
Par contre, je pense qu'on est 0-based en *interne* du ~cpp. Mais est-ce systématique ? (Je vois par exemple "JUNCTIONstart is 1-based"). Faut-il progresser vers quelque chose de plus systématique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4307validate-links.py: ancres dans les liens relatifs2020-09-17T07:10:52+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: ancres dans les liens relatifsSuite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.Suite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4300vidjil-algo: Improve documentation on clustering2020-05-26T12:14:23+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Improve documentation on clusteringNow there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.Now there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4283make forcedep2020-05-06T14:53:41+02:00Mathieu Giraudmake forcedepQuand on met à jour son système (et son gcc), `make clean` ne suffit pas tojours, il faut souvent un `make forcedep`.
Documenter cela, ou c'est normal ?Quand on met à jour son système (et son gcc), `make clean` ne suffit pas tojours, il faut souvent un `make forcedep`.
Documenter cela, ou c'est normal ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4201Le dégradé gris peut-il être désactivable ?2020-09-28T16:13:43+02:00Thonier FlorianLe dégradé gris peut-il être désactivable ?En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très est...En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très esthétique et remonte assez haut, ce qui pertube un peu la lecture. De plus, un clone avec une taille nulle voit sa courbe cachée derrière ce dégradé ce qui donne l'impression d'une erreur.
![Screenshot_20200225_174221](/uploads/00dceac5e008682b0d7752160054a91f/Screenshot_20200225_174221.png)
Questions:
* Un utilisateur me demande si il est possible de cacher cette zone grise.
* Il faudrait forcer les clones séléctionné ou hover à être au dessus
* Nous avons des clones avec 0 reads pour l'échantillon 3. Comment l'afficher ? Il n'y a pas d'axe à 0.